ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※Jmol利用コンテンツはWindows 10でもInternet Explorer 11で閲覧できます。
|
6e7z(TRPML1;Mucolipin-1) 同PDBsumデータ6e7z_AQV$ 9cgpのChain A(ダントロレン〈dantrolene〉が結合したリアノジン受容体1〈RyR1〉;cif→pdb変換,α炭素のみ) 同PDBsumデータ9cgp_lp$ [Dantrolene - Wikipedia] 5va1の4量体(Chain A×4,hERG) 3j9j(カプサイシン受容体;TRPV1) 4tll(GluN1/GluN2B NMDA受容体) バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ) 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
左からTRPML1 6e7z,hERG 5va1の4量体(Chain A×4),TRPV1 3j9j,NMDA 4tllおよび6e7zのPDBsumデータ
ダントロレン(dantrolene)が結合したリアノジン受容体1(RyR1)9cgpのChain A(α炭素のみ)とPDBsumデータ
様々な元素がつくり出す世界
全選択 タンパク質選択 リガンド選択 DNA/RNA選択 DNA/RNA backbone選択 空間充填 球棒 球30% 球60% スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
様々な結晶とタンパク質内の結晶もどき ダイヤモンド,石英(水晶),窒化ガリウム,塩化ナトリウムの結晶構造の同時表示 C 炭素(C)の同素体:ダイヤモンド,グラファイト,フラーレン(C60),カーボンナノチューブ(アームチェア型の例) → フラーレン Au・Ag・Cu 金(Au)・銀(Ag)・銅(Cu)の結晶構造同時表示 | 金(Au) 銀(Ag) 銅(Cu) Fe 鉄(Fe;面心立方格子構造の結晶) | ※参考: 鉄(Fe;体心立方格子) Fe・S 黄鉄鉱(pyrite;FeS2)部分構造 | Fe2S2・Fe4S4・Fe3S4(以上2wqyより),Fe8S7(3minより),黄鉄鉱(pyrite)部分構造の同時表示 → 2014年は世界結晶年!|鉄硫黄クラスターを含む生体分子のSITE例 2017年制作のリガンド・分子・結晶群 | 新旧データ群の抜粋 As 1hyv_TTA Au 5gu2の3量体(Chain名をM・Q・Uに変更) 金(Au)選択 同 中心のAu12原子 → Jmolトピック Cu 1c9e_MP1 Fe 2hhb_HEM(ヘム) → ヘモグロビン Hf 1o7t_HF5(リガンドのみ;アミノ酸の多くが遠方のため) Mg 3arc_CLA[607(A)](クロロフィルa) → 光合成 光化学系IIの部分構造例 Mo 1ogp_MTQ → Mo化合物,W化合物を含む生体分子 P 4at1_ATP(ATP) P 4pv1_OPC[205(B)](ジオレオイルホスファチジルコリン;リン脂質の例,クロロフィルaも含む) → Jmolトピック W 1b25_PTT(鉄硫黄クラスターも含む) → Mo化合物,W化合物を含む生体分子 Te・W 4z12_TEW → Mo化合物,W化合物を含む生体分子 ◆環境問題編 Br デカブロモジフェニルエーテル(DBDE,BDE-209;分子ソフトで組み立て) → 新規POPs有害物質リスト Cl 3,3',4,4',5-PeCB(分子ソフトで組み立て) H原子消去(川上モデルでは水素省略) → ダイオキシン類 Hg 塩化メチル水銀(分子ソフトで組み立て) H原子消去 → 水俣病 I 1y0x_T44(チロキシン) → 甲状腺ホルモンと受容体 ABS(アルキルベンゼンスルホン酸塩)の例 ドデシルベンゼンスルホン酸ナトリウム(DBS;分子ソフトで組み立て) H原子消去 → 界面活性剤の種類 ビスフェノールA 2e2r_2OH → 多様なリガンドを含むエストロゲン受容体および関連受容体等のSITE比較 ◆その他 DNA部分構造例 A-T | G-C H原子消去 → DNAとRNAのいろいろな姿 セルロースとアミロース セルロース(セロビオース単位×2)とアミロース(マルトース単位×2)の同時表示 → 代表的な高分子 |
小惑星探査機「はやぶさ2」が持ち帰った小惑星リュウグウ試料中の元素:
〇〇本トピックに載せた元素(〇はリュウグウで不検出),〇はリュウグウで検出,〇は「はやぶさ2」による試料汚染(Ta)
→ 東京工業大学プレスリリース(2022/06/15)
※お勧め動画:科学のフロンティア16 元素の起源を探る ~理研RIビームファクトリー~
|
4kzdのChain R(RNAアプタマー“ホウレンソウ”〈Spinach aptamer〉) 同PDBsumデータ4kzd_1TU$ 7eog(HBCが結合したRNAアプタマー“ペッパー”〈Pepper aptamer〉) J8F(HBC)選択 同PDBsumデータ7eog_J8F(5'-デオキシアデノシン)$ | PDBsumデータ7eok_J8L(HBC485)$ PDBsumデータ7eol_J8O(HBC497)$ PDBsumデータ7eom_J8R(HBC508)$ PDBsumデータ7eon_J8U(HBC514)$ PDBsumデータ7eoo_J8X(HBC525)$ PDBsumデータ7eop_J93(HBC620)$ ※参考(“グアニン四重鎖”の例): 1kf1(ヒトテロメアDNA) バックボーン 二次構造 DNA/RNA(ATGCU,backbone) 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 DNA/RNA選択 DNA/RNA backbone選択 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
蛍光RNAアプタマー“ホウレンソウ”(Spinach aptamer)4kzdのChain R
蛍光RNAアプタマー“ペッパー”(Pepper aptamer)7eogとそのPDBsumデータ(7eok・7eol・7eom・7eon・7eoo・7eopとの比較)
|
6cqa(阻害剤AMPQDが結合したジヒドロ葉酸レダクターゼ) 同PDBsumデータ6cqa_PQD$ ∥ PDBsumデータ6cw7_THG$ THG選択 PDBsumデータ6cxk_DHF$ PDBsumデータ6cyv_DHF$ 葉酸(folic acid;ビタミンM) バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
阻害剤AMPQDが結合したジヒドロ葉酸レダクターゼ 6cqaとそのPDBsumデータおよび同時公開構造のPDBsumデータ
|
メチレンブルー(methylene blue) ※参考(メチレンブルーを含むPDBデータ例):5dlp(アセチルコリンエステラーゼ) 同PDBsumデータ5dlp_MBT$ ∥ PDBsumデータ5dlp_MBT$ → Protein Science論文 バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ) 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 糖鎖別着色(#印のみ):Gal,α-Glc,β-Glc,Man,Fuc,Xyl,Sia,GalNAc,GlcNAc,GlcA 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
[左]メチレンブルー(methylene blue) [右]メチレンブルーを含むPDBデータ例としてアセチルコリンエステラーゼ5dlpとそのPDBsumデータ
|
6a6nの2量体(Chain A×2;P糖タンパク質CmABCB1〈多剤排出ポンプ〉,内向型) Gly132選択 | PDBsumデータ6a6m_ANP(AMP-PNP-Mg2+)$ 7dqv(P糖タンパク質CmABCB1;G132V変異体,外向型) Val132選択 同PDBsumデータ7dqv_ANP$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ) 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
[左]P糖タンパク質CmABCB1(多剤排出ポンプ,内向型)6a6nの2量体(Chain A×2) [中]同(G132V変異体,外向型)7dqv [右]6a6mと7dqvのPDBsumデータ
|
6g02のChain A(H1N1インフルエンザウイルスのノイラミニダーゼ) EF8(ω-azidohexyl tamiphosphor derivative 1;上掲Biochem. J.論文参)選択 同PDBsumデータ6g02_EF8$ ∥ PDBsumデータ6g01_EEW$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ) 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 糖鎖別着色(#印のみ):Gal,α-Glc,β-Glc,Man,Fuc,Xyl,Sia,GalNAc,GlcNAc,GlcA 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
H1N1インフルエンザウイルスのノイラミニダーゼ6g02のChain A(左)と同PDBsumデータ(右,6g01との比較)
|
アパルタミド(apalutamide) ※参考(アパルタミド類似化合物が結合したアンドロゲン受容体のPDBデータ例):4ogh(ヒドロキシフルタミドが結合したアンドロゲン受容体) 同PDBsumデータ4ogh_HFT$ → Molecular Oncology論文 バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ) 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
[左]アパルタミド(apalutamide) [右]参考データとしてヒドロキシフルタミドが結合したアンドロゲン受容体4oghとそのPDBsumデータ
|
6hug(ピクロトキシンと“megabody”Mb38が結合したGABAA受容体) RI5(ピクロトキシン)選択 同PDBsumデータ6hug_RI5$ ∥ PDBsumデータ6huj_RI5(ピクロトキシン)$ PDBsumデータ6huk_H0Z(ビククリン)$ PDBsumデータ6huo_08H(アルプラゾラム)$ PDBsumデータ6huo_ABU(GABA)$ 7a5v(ヒスタミンと“megabody”Mb25が結合したGABAA受容体β3-サブユニット) HSM(ヒスタミン)選択 9drxのChain D(ラモトリギン〈lamotrigine〉が結合したGABAA受容体) 同PDBsumデータ9drx_IYJ$ → 別トピック ビククリン(bicuculline) デスクロロクロザピン(deschloroclozapine;DCZ) バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ) 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 糖鎖別着色(#印のみ):Gal,α-Glc,β-Glc,Man,Fuc,Xyl,Sia,GalNAc,GlcNAc,GlcA 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
ピクロトキシン(picrotoxin)と“megabody”Mb38が結合したGABAA受容体6hugとそのPDBsumデータ,および6huj(ピクロトキシン結合)・6huk(ビククリン結合)・6huo(アルプラゾラム結合,GABA結合)のPDBsumデータ
[左]ビククリン(bicuculline) [右]デスクロロクロザピン(deschloroclozapine;DCZ)
ヒスタミンと“megabody”Mb25が結合したGABAA受容体β3-サブユニット7a5v
|
4tpwのChain A(阻害剤4EGI-1が結合したeIF4E) 33R(4EGI-1)選択 同PDBsumデータ4tpw_33R$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ) 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
阻害剤4EGI-1が結合したeIF4E 4tpwのChain AとそのPDBsumデータ