- 上掲書抜粋版：「Newtonライト 3時間でわかる 化学」，ニュートンプレス(2019) …該当ページを〈緑文字〉で以下に
- 元素・分子が登場する本を読もう！（本サイト）
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DNA/RNA（ATGCU，backbone） 全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
p.6・25・31・63・122ほか〈p.6・19・38・88ほか〉〈p.3・29ほか〉 水・氷：水（water） ｜ 氷構造の例 → 分子の形と性質｜もっと数を増やすと（分子とは？） p.7・8・37・162ほか〈p.7・8・133・176〉 グルコース：α-グルコース（α-glucose） β-グルコース（β-glucose） → 甘味物質の秘密 p.7・162ほか〈p.7・176ほか〉 アミロース：アミロース（amylose）部分構造（グルコース環×4，マルトース単位×2） → 代表的な高分子 p.8・33・39・163ほか〈p.8・159・177〉 セルロース：セルロース（cellulose）部分構造（グルコース環×4，セロビオース単位〔繰り返し単位〕×2） → 代表的な高分子 p.8・24・72 黒鉛／p.47 グラファイト〈p.8〉：黒鉛（グラファイト，graphite） → フラーレン p.9・79〈p.9〉 ポリ塩化ビニル：ポリ塩化ビニル（PVC）の繰り返し単位 → 代表的な高分子 p.19・38 フェノール：フェノール（phenol） → アルコールとフェノール p.19・29・31・61・78・102〈p.71〉〈p.16〉 二酸化炭素：二酸化炭素（carbon dioxide） → 温室効果ガス p.25・101・120・139〈p.86 原子どうしの結合／p.108 固体の構造〉〈p.26〉 ：塩の結晶構造塩化ナトリウム（sodium chloride，NaCl）の結晶構造 → 川上モデル｜分子・結晶・リガンド模型 p.32・37 フルクトース：フルクトース（果糖，fructose；フラノース型） 同（ピラノース型） → 甘味物質の秘密 p.33・66〈p.9〉 ポリプロピレン：ポリプロピレン（PP）の繰り返し単位 → 代表的な高分子 p.35 ノネナール：ノネナール（2-nonenal） → 悪臭の正体 p.36 L-グルタミン酸：L-グルタミン酸（L-glutamic acid） → アミノ酸 p.37 シス-ジャスモン：cis-ジャスモン（cis-jasmone） → 香りの分子事典 p.37 チモール：チモール（thymol） → 香りの分子事典 p.37 カルバクロール：カルバクロール（carvacrol） → 香りの分子事典 p.38・157〈p.171〉〈p.53〉 ベンゼン：ベンゼン（benzene） → モノはなぜ見える（ポリアセン参照） p.41〈p.181〉 オレイン酸：オレイン酸（oleic acid） p.50〈p.71・159〉〈p.16〉 二酸化ケイ素：左水晶 ｜ 右水晶 → 分子の科学｜二酸化ケイ素の結晶構造 左水晶と右水晶のキラリティー(1a) p.61 カフェイン：カフェイン（caffeine） p.62・78・156〈p.167・170〉 メタン：メタン（methane） → 分子の形と性質 p.63・64・78ほか 酸素：酸素（dioxygen） → 分子の形と性質｜水素の燃焼 p.66・78 エチレン：エチレン（ethylene；エテン ethene） p.66・166〈p.182〉 ポリエチレン：ポリエチレン（PE）の繰り返し単位 → 代表的な高分子 p.68 乳酸：L-乳酸 〔(S)-(+)-乳酸〕< → 乳酸で見る鏡像異性体 p.68 ポリ乳酸：ポリ乳酸（ポリ-L-乳酸，PLLA）の繰り返し単位 → 代表的な高分子 p.72・121・132〈p.27〉 ダイヤモンド：ダイヤモンド（diamond，C）の結晶構造 → 2014年は世界結晶年！ p.73〈p.36〉 フラーレン：フラーレン（fullerene，C60） → フラーレン p.78・156〈p.167・170〉 エタン：エタン（ethane） p.78 アセチレン：アセチレン（acetylene；エチン ethyne） p.79・167〈p.182〉〈p.57〉 ナイロン66：ナイロン66（nylon 66）の繰り返し単位 → 代表的な高分子 p.109・140〈p.73・138〉 アンモニア：アンモニア（ammonia） → 分子の形と性質｜窒素から見る生命の世界 p.110〈p.80〉 体内にある元素： 例（Mo含むタンパク質例） 1fiq（キサンチンオキシダーゼ；他にFe含む） → 生体分子の構成元素｜金属原子を含む生体分子のSITEデータ集 p.101〈p.81〉 ヘモグロビン： ヘモグロビン構造の例 2hhb（ヒトのデオキシヘモグロビン） → ヘモグロビン p.120・133〈p.86〉〈p.27〉 金：金（gold）の結晶構造 → 川上モデル｜分子・結晶・リガンド模型 p.132〈p.108〉 黄鉄鉱：黄鉄鉱（pyrite）の結晶構造 → 川上モデル - 分子・結晶・リガンド模型 p.133〈p.109〉 アセチルコリン：アセチルコリン（acetylcholine，ACh） → 抗うつ剤と神経伝達物質 p.140〈p.138〉 酢酸：酢酸（acetic acid） → 酢酸分子の形と軌道 p.152〈p.158〉 ドデカン酸ナトリウム〈p.49〉：ドデカン酸ナトリウム（sodium dodecanoate） → 界面活性剤の種類 p.152〈p.158〉 ペラルゴニジン：ペラルゴニジン（pelargonidin；平板構造） → フラボノイドの生合成経路 p.153〈p.158〉〈p.49〉 リノール酸：リノール酸（linoleic acid） p.153〈p.159〉 スクロース〈p.49〉：スクロース（ショ糖，sucrose） → 甘味物質の秘密 p.153〈p.159〉〈p.49〉 ヘム：ヘム（haem，heme） → 4種類のテトラピロール p.153〈p.159〉〈p.49〉 イソプレンゴム：ポリイソプレン（polyisoprene）の繰り返し単位 → 代表的な高分子 p.153〈p.159〉〈p.49〉 ナイロン6：ナイロン6（nylon 6）の繰り返し単位 → 代表的な高分子 p.153・164〈p.90・159・178・188〉〈p.49〉 DNA／RNA： DNA部分構造例 1d66のChain D・E ｜ A-T ｜ G-C H原子消去 → DNAとRNAのいろいろな姿 p.157 ナフタレン：ナフタレン（naphthalene） → モノはなぜ見える（ポリアセン参照） p.157 スチレン：スチレン（styrene） → 化学物質過敏症・シックハウス情報 p.157 ベンズアルデヒド：ベンズアルデヒド（benzaldehyde） → 動く香り分子事典 p.158〈p.172〉〈p.54〉 プロパノール：プロパノール（propanol） → アルコールとフェノール p.161〈p.174〉 メントール：(-)-メントール（(-)-menthol，(1R,2S,5R)-メントール；さわやかなハッカのにおい） ｜ (+)-メントール（(+)-menthol，(1S,2R,5S)-メントール；不快臭） → (-)-メントールと(+)-メントール p.164〈p.71・178〉〈p.16〉 アミノ酸：20種類のアミノ酸（amino acid，有機概念図I/O値順，pdb形式） → タンパク質中の20種類のアミノ酸 p.164〈p.178〉 ホスファチジルコリン：ジオレオイルホスファチジルコリン（dioleoylphosphatidylcholine〈H原子含まない〉；リン脂質の例，PDBsumデータ4pv1_OPC[205(B)]より） → Jmolトピック p.166〈p.182〉〈p.56〉 ポリクロロプレン：ポリクロロプレン（polychloroprene）の繰り返し単位 ｜ 繰り返し単位×10（構造例1） 同（構造例2） → 代表的な高分子 p.167〈p.183〉〈p.57〉 ポリエチレンテレフタラート：ポリエチレンテレフタラート（polyethylene terephthalate，PET）の繰り返し単位 → 代表的な高分子 p.170〈p.186〉〈p.59〉 アスピリン：アセチルサリチル酸（acetylsalicylic acid） p.170〈p.186〉〈p.59〉 サリシン：サリシン（salicin） p.171〈p.187〉 アリザリン：アリザリン（alizarin） → 染料の種類 p.171〈p.187〉：テトロドトキシン（tetrodotoxin, TTX） p.171〈p.187〉 タミフル：オセルタミビル（oseltamivir；オセルタミビルリン酸塩が商品名タミフル Tamiflu） → 鳥インフルエンザ＆新型インフルエンザ情報 p.171〈p.187〉 キニーネ：キニーネ（quinine） → 窒素から見る生命の世界｜Jmolトピック |
［左］「ニュートン別冊 学びなおし 中学・高校化学」第2版と初版 ［中］塩化ナトリウムの結晶構造（p.25・139ほか；右は川上モデル） ［右］オセルタミビル（oseltamivir，p.171のタミフル参照）
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●アミノ色表示の凡例
ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
●疎水性インデックス順
ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
●有機概念図I/O値順（特性基 R）
ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
●等電点順
ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG
アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！
- Bismuth antimicrobial drugs serve as broad-spectrum metallo-β-lactamase inhibitors（Nature Communications，2018/01/30） ※5xp9（2017/06/01公開データ）を以下に
- 則末和宏ほか，『北太平洋におけるビスマスの分布とその分布形成機構』（2016年度日本地球化学会第63回年会講演要旨集）
- 113番元素特設ページ | 理化学研究所 仁科加速器科学研究センター ｜ 113番元素の合成 ※“亜鉛(Zn原子番号30、陽子数30個)の原子核とビスマス(Bi 原子番号83、陽子数83個)の原子核を衝突させ、融合させれば30 + 83 = 113番元素が出来上がります”。 ベンジャミン・マクファーランド 著，渡辺 正 訳，「星屑から生まれた世界 進化と元素をめぐる生命38億年史」，化学同人(2017) ※p.44でビスマスイオンを含む“ペプトビスモルという胃潰瘍の薬”（一般名は次サリチル酸ビスマス）の作用機序を説明 → 同書Jmolトピック ｜ Bismuth subsalicylate - Wikipedia 桜井 弘，「宮沢賢治の元素図鑑 作品を彩る元素と鉱物」，化学同人(2018) ※p.112ほかにビスマス → 同書Jmolトピック
- 医療用医薬品 : 次硝酸ビスマス - KEGG
- ビスマス - 結晶美術館
- 生体分子の構成元素（本サイト）
ビスマスの結晶（表面の多彩な色は酸化膜の構造色）
［New Delhi metallo-beta-lactamase 1 - Wikipedia，Bismuth - Wikipedia］
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5xp9 同PDBsumデータ5xp9_BS3$ 次サリチル酸ビスマス（bismuth subsalicylate） バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左］ビスマス(III)イオンが結合したNDM-1 5xp9とそのPDBsumデータ ［右］次サリチル酸ビスマス（有機概念図計算：I = 300，O = 220）
- Mechanistic and structural studies on legumain explain its zymogenicity, distinct activation pathways, and regulation（PNAS，2013/07/02） ※下掲4awbについて
- RCSB PDB 2023/10/11新規公開データより：7fqi Crystal Structure of human Legumain in complex with (2S)-N-[(1S)-3-amino-1-cyano-3-oxopropyl]-1-[1-[4-[(2,4-difluorophenyl)methoxy]phenyl]cyclopropanecarbonyl]pyrrolidine-2-carboxamide [NEW!] ※他に7fqh・7fqj・7fqk・7fql公開
- レグマイン - Wikipedia
［Legumain - Wikipedia］
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4awbのChain A・I（レグマイン） CYS（システイン）選択 Chain I選択 7fqiのChain A（レグマイン） 同PDBsumデータ7fqi_WSN$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 糖鎖別着色：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
レグマインの構造例 4awbのChain A（レグマイン）・I
ヒトのレグマイン7fqiのChain AとそのPDBsumデータ
- Cysteine-mediated decyanation of vitamin B12 by the predicted membrane transporter BtuM（Nature Communications，2018/08/02）
- コバラミン結合BtuM別研究例：RCSB PDB 2024/01/31新規公開データより：8c7p Tagless BtuM in complex with cyanocobalamin [NEW!]
- Membrane proteins - Latest research and news | Nature
- 水溶性ビタミンと脂溶性ビタミン（本サイト） ｜ 4種類のテトラピロール
［Cobalamin - Wikipedia，Membrane transport protein - Wikipedia］
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6ffv（コバラミンが結合した膜輸送体BtuM） B12（コバラミン）選択 同PDBsumデータ6ffv_B12$ 8c7p（コバラミン結合膜輸送体BtuM） 同PDBsumデータ8c7p_B12$ コバラミン（cobalamin） ｜ シアノコバラミン（cyanocobalamin） バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
コバラミンが結合した膜輸送体BtuMの構造6ffvと8c7p，およびそれぞれのPDBsumデータ
参考図：4種類のテトラピロール同時表示と関連川上モデル
→ 4種類のテトラピロール
- Structural and mechanistic analysis of the arsenate respiratory reductase provides insight into environmental arsenic transformations（PNAS，2018/08/13）
- Understanding the enzyme that enables bacteria to breathe arsenic（Phys.Org，2018/08/14）
- 生体分子の構成元素（本サイト）
［Arsenate - Wikipedia］
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6cz8のChain A・B（ヒ酸が結合したヒ酸呼吸性レダクターゼ） ART（ヒ酸）選択 SF4（Fe4S4）選択 MGD選択 同PDBsumデータ6cz8_ART[904(C)]$ 同PDBsumデータ6cz8_MGD[902(C)]$ 同PDBsumデータ6cz8_MGD[903(C)]$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
ヒ酸（arsenate）が結合したヒ酸呼吸性レダクターゼ6cz8のChain A・BおよびそのPDBsumデータ例（ヒ酸ほか；こちらはChain Cより）
- Cryo-EM structure of the insect olfactory receptor Orco（Nature，2018/08/15）
- Structure of ion channel reveals how insects smell their way around the world（Phys.Org，2018/08/15）
- Cryo-electron microscopy shapes up（Nature News & Comment，2018/09/25）
- 構造生物学： Orcoのクライオ電子顕微鏡構造は昆虫嗅覚の基盤についての手掛かりをもたらす（Nature ハイライト，2018/08/23）
- 昆虫における匂いやフェロモンの受容体シグナル伝達メカニズムをめぐる論争に決着（東京大学，2012/03/08）
［Olfactory receptor - Wikipedia］
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バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
昆虫の嗅覚受容体コレセプターOrco6c70
- KampoDB
- KampoDB, database of predicted targets and functional annotations of natural medicines（Scientific Reports，2018/07/25）
- 漢方薬の作用機序や新規効能を予測する情報技術を開発 ービッグデータと機械学習による漢方薬リポジショニングー（九州工業大学，2018/08/06）
- 富山大学など、漢方薬の新効能を予測するデータベース開発（大学ジャーナルオンライン，2018/08/22）
- 漢方薬 - Wikipedia ｜ 漢方医学
- 研究メンバーの梅嵜雅人さんは2016年に亡くなられていますが，下記サイエンスカフェのゲストをお引き受けいただきました。
- 第14回 公民館サイエンスカフェ「漢方，富山の薬売り」（2013/03/02）
- サイエンスカフェとやま第11回「身近で不思議なタンパク質」（4/20）（2014/03/17）
【参考】吉岡 翼・梅嵜雅人・本間善夫，『地域づくりの種としての草の根サイエンスカフェ ─新潟・富山での取り組み』，日本サイエンスコミュニケーション協会誌 第3巻2号(2014) [PDF]
［Aconitine - Wikipedia，Kampo - Wikipedia］
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アコニチン（aconitine） → アルカロイド - 窒素から見る生命の世界 ※KampoDBで結合シミュレーションに用いられるタンパク質例： 2pfrのChain A（アリールアミン-N-アセチルトランスフェラーゼ2） → KampoDBでの同タンパク質へのaconitine結合シミュレーション ［N-acetyltransferase - Wikipedia］ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
KampoDBでの2pfrのChain A（アリールアミン-N-アセチルトランスフェラーゼ2）へのaconitine結合シミュレーション画像例（I/O値順着色） → KampoDBの当該データ
- Crystal structures of Escherichia coli phytase and its complex with phytate（Nature Structural Biology，2000/02/01） ※下掲1dkqについて
- フィターゼ - 農林水産省 [PDF]
［Phytase - Wikipedia］
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1dkq（フィターゼ） 同PDBsumデータ1dkq_IHP$ イノシトール6リン酸 IP6（フィチン酸，phytic acid） バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
フィチン酸（phytic acid；IP6）が結合したフィターゼ1dkqとそのPDBsumデータ
- Sulfoxaflor exposure reduces bumblebee reproductive success（Nature，2018/08/15）
- An alternative to controversial pesticides still harms bumblebees（Nature News And Views，2018/08/15）
- スルホキサフロル、ハナバチのコロニーに悪影響を与えるとの研究結果（財経新聞，2018/08/23）
- スルホキサフロル - 厚生労働省 [PDF]
- 気をつけて！新たなネオニコ系農薬・スルホキサフロルが解禁に（国際環境NGOグリーンピース，2018/01/13）
- ネオニコチノイド系農薬問題（本サイト）
［Sulfoxaflor - Wikipedia］
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スルホキサフロル（sulfoxaflor；異性体あり） ネオニコチノイド系農薬5種（イミダクロプリド，クロチアニジン，チアメトキサム，スルホキサフロル，ジノテフラン；上段左から時計回りで）の同時表示 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 背景・黒 灰 白 紺 |
［左］スルホキサフロル（sulfoxaflor；異性体あり） ［右］ネオニコチノイド系農薬5種の同時表示
- The first transmembrane region of complement component-9 acts as a brake on its self-assembly（Nature Communications，2018/08/15）
- 補体 - Wikipedia
［Complement component 9 - Wikipedia，Complement system - Wikipedia］
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バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 糖鎖別着色：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
補体成分C9 6dlw（α炭素のみ）