［Rhodamine - Wikipedia，Rhodamine 6G - Wikipedia，Tetraphenylphosphonium chloride - Wikipedia］
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5kaw（テトラフェニルホスホニウムとローダミン6Gが結合したGyrI様タンパク質SAV2435）P4P（テトラフェニルホスホニウム）選択 RHQ（ローダミン6G）選択 同PDBsumデータ5kaw_RHQ$ 5kaxのChain A（ローダミン6Gが結合したGyrI様タンパク質CTR107） 同PDBsumデータ5kax_RHQ$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
テトラフェニルホスホニウムとローダミン6Gが結合したGyrI様タンパク質5kaw（左；テトラフェニルホスホニウムも結合したSAV2435）と5kaxのChain A（右；CTR107）
同上PDBsumデータ
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●アミノ色表示の凡例
ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
●疎水性インデックス順
ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
●有機概念図I/O値順（特性基 R）
ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
●等電点順
ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG
アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！
［Isoprene synthase - Wikipedia］
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3n0gのChain A（イソプレン合成酵素） ※参考：ポリイソプレン（高分子） → 代表的な高分子 バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
イソプレン合成酵素3n0gのChain A
- Activation mechanism of endothelin ETB receptor by endothelin-1（Nature，2016/09/05）
- 血管収縮因子エンドセリンの受容体初期活性化機構を解明（SPring-8，2016/09/06）
- 血圧調節物質「エンドセリン」の構造解明 心不全、がん治療に期待（ZAKZAK，2016/09/06）
- エンドセリン - Wikipedia
- GPCR - 2012年ノーベル化学賞（本サイト）
［Endothelin receptor type B - Wikipedia，Endothelin receptor - Wikipedia，Endothelin - Wikipedia］
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5glh（エンドセリン-1が結合したエンドセリンB受容体） Chain B（エンドセリン-1）選択 5gli（エンドセリンB受容体） バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
エンドセリン-1が結合したエンドセリンB受容体5glh
- PETを超える機能性を持つ100％バイオ樹脂の製造、オランダのバイオベンチャーと合意（東洋紡，2016/09/06）
- Products & applications - Avantium
- 代表的な高分子（本サイト）
［Polyethylene 2,5-furandicarboxylate - Wikipedia］
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ポリエチレンフラノエート（ポリエチレンフラノアート；PEF）の繰り返し単位 ポリエチレンテレフタレート（ポリエチレンテレフタラート；PET）の繰り返し単位 PEFとPETの同時表示 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 背景・黒 灰 白 紺 |
PEFとPETの繰り返し単位
- 流行性耳下腺炎（おたふくかぜ）の原因ウイルスの受容体構造を解明 －病原性やワクチンに関して新知見－（京都大学，2016/09/27）
- Trisaccharide containing α2,3-linked sialic acid is a receptor for mumps virus（PNAS，2016/09/27）
- 「おたふくかぜ」感染のしくみを解明（KEK，2016/09/28）
- 九大など、おたふくかぜの原因ウイルスの受容体構造を解明（マイナビニュース，2016/09/27）
- おたふくかぜ感染「鍵」解明 九大など（朝日，2016/09/27）
- 流行性耳下腺炎（ムンプス、おたふくかぜ） - 国立感染症研究所
- 流行性耳下腺炎 - Wikipedia
［Mumps hemagglutinin-neuraminidase - Wikipedia，Mumps virus - Wikipedia］
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5b2dのChain A（3-シアリルラクトースに結合したムンプスウイルスのHNタンパク質） 同PDBsumデータ5b2d_SLT$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 SLT（3-シアリルラクトース）選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 糖鎖別着色：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
3-シアリルラクトースに結合したムンプスウイルスのHNタンパク質5b2dのChain A（左）と同PDBsumデータ（右）
- 薬用せっけん、何が問題？ 「長期使用で耐性菌」指摘も（朝日，2016/11/23）
- トリクロサン等を含む薬用石けんの切替えを促します（厚生労働省，2016/09/30）
- 薬用せっけん「代替品に切り替えを」 米禁止受け厚労省 （朝日，2016/10/01）
- Antibacterial Soap? You Can Skip It -- Use Plain Soap and Water（FDA，2016/09/02）
- 抗菌石けんは「効果に科学的根拠がない」として販売禁止に（GIGAZINE，2016/09/05）
- 抗菌せっけん、米で販売禁止 「効果に根拠ない」 トリクロサンなど殺菌剤19種（日経，2016/09/03）
- トリクロサン - Wikipedia
［Triclosan - Wikipedia，Triclocarban - Wikipedia］
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トリクロサン（triclosan） トリクロカルバン（triclocarban） トリクロサンとトリクロカルバンの同時表示 フェノール（phenol） → アルコールとフェノール ※参考（トリクロサンが結合したPDBデータ例）：4w9nのChain B（トリクロサンが結合したエノイルアシルキャリアータンパク質レダクターゼ） TCL（トリクロサン）選択 同PDBsumデータ4w9n_TCL$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
トリクロサンとトリクロカルバン（右は参考としてトリクロサン結合タンパク質例4w9nのPDBsumデータ）
- 今月の分子 203: アミノペプチダーゼ1とオートファジー（Aminopeptidase 1 and Autophagy）（PDBj，2016/11） ｜ Molecule of the Month（PDB）
- RCSB PDBにおける Ohsumi, Y. らによるタンパク質構造データ検索結果
- The Intrinsically Disordered Protein Atg13 Mediates Supramolecular Assembly of Autophagy Initiation Complexes（Developmental Cell，2016/07/11） ※5jhf
- Structural basis of starvation-induced assembly of the autophagy initiation complex（Nature Structural & Molecular Biology，2014/05/04） ※4p1w
- Structural Basis for the Specificity and Catalysis of Human Atg4B Responsible for Mammalian Autophagy（J.Biol.Chem，2005/12/02） ※2cy7
- Structural Insights into Atg10-Mediated Formation of the Autophagy-Essential Atg12-Atg5 Conjugate（Structure，2012/06/07） ※3vqi
- 「非常に重要な発見」ノーベル医学生理学賞委員長が評価（朝日，2016/12/08）
- ノーベル賞の大隅良典さん 「生命現象の根源」解き明かす（dot.，2016/12/03）
- ノーベル賞の大隅さん、オートファジー研究者らと座談会（朝日，2016/11/26）
- ノーベル賞 医学生理学賞に大隅良典・東工大栄誉教授（毎日，2016/10/03）
- Medicine Nobel for research on how cells 'eat themselves'（Nature News & Comment，2016/10/03）
- 2016 Nobel Prize in Physiology or Medicine Collection
- Nobel Laureates: Cell Press（Cell Press，2016/10/03）
- Ohsumi’s Nobel Is Big Win for Autophagy, Yeast & ASCB（ASCB Post，2016/10/03）
- 【中継録画】ノーベル「生理学・医学賞」受賞の東工大・大隅良典氏が会見（THE PAGE，2016/10/03）
- 大隅教授単独インタビュー「最初のきっかけは基本的な知的好奇心にある」（ニュースイッチ，2016/10/04）
- 「基礎研究支える社会に」 ノーベル賞大隅さん、一夜明け心境（日経，2016/10/04）
- ノーベル賞・大隅氏を直撃！「次世代を育てる環境が必要」（ダイヤモンド・オンライン，2016/10/04）
- 大隅良典栄誉教授 ノーベル生理学・医学賞受賞決定（東京工業大学，2016/10/03）
- 2016年ノーベル生理学・医学賞発表！「細胞の中のお掃除係」の解明で大隅良典先生が受賞！！（科学コミュニケーターブログ，2016/10/03）
- 小胞体も核も選択的オートファジーの対象だった！ | Vol. 12 No. 10 | Nature ダイジェスト | Nature Research（2015/10）
- オートファジー - Wikipedia
- 分子モデルで見るノーベル賞（本サイト） ｜ 別トピック[1]・[2]・[3]・[4]
［Autophagy - Wikipedia］
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4p1w（オートファジータンパク質Atg1317BR-Atg17-Atg29-Atg31複合体） Chain G（Atg1317BR）選択 → Nature Structural & Molecular Biology（2014/05/04） 5jhf（オートファジータンパク質Atg1317BR-Atg1317LR-Atg17-Atg29-Atg31複合体） Chain G・H（Atg1317BR）選択 Chain I・J（Atg1317LR）選択 → Developmental Cell（2016/07/11） 4p1w（オートファジータンパク質Atg1317BR-Atg17-Atg29-Atg31複合体） 2cy7（ヒトのオートファジータンパク質Atg4B） 3vqiのChain A（酵母Kluyveromyces marxianusのオートファジータンパク質Atg5） バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
オートファジータンパク質Atg1317BR-Atg17-Atg29-Atg31複合体4p1w（左）とヒトのオートファジータンパク質Atg4B2cy7（右）
- ノーベル賞 化学賞の授賞理由は「分子機械の設計と合成」（毎日，2016/10/05）
- ノーベル化学賞、ソバージュ氏ら3氏に 分子機械に関する研究で（AFPBB News，2016/10/05）
- World’s tiniest machines win chemistry Nobel（Nature News & Comment，2016/10/05）
- 【速報】2016年ノーベル化学賞は「分子マシンの設計と合成」に！（Chem-Station，2016/10/06）
- 2016年ノーベル化学賞 現実の世界を分子の世界にも！！（科学コミュニケーターブログ，2016/10/05）
- 分子マシンの時代がやってきた（Nature ダイジェスト，2015年12月号）
- 電気で走るナノ四駆登場！（有機化学美術館・分館，2011/11/13）
- The tiniest Lego: a tale of nanoscale motors, rotors, switches and pumps（Nature News & Comment，2016/09/02）
- Experience the first international molecule-car race（CEMES-CNRS，2016/10/14-15）
- Rethinking Molecular Machines（C&EN，2012/04/02）
- 分子マシン - Wikipedia
- 分子モデルで見るノーベル賞（本サイト） ｜ 光動力キラル分子モーター
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Feringaらによる分子モーター例の構造：(3R,3'R)-(P,P)-(E)-3体 ｜ (3R,3'R)-(P,P)-(Z)-4体 ｜ 両者の同時表示 ※参考（Feringa, B.L.らによるPDBデータ例）：4c5u（フェニルアラニン-2,3-アミノムターゼ） バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
Ben L. Feringaらによる分子モーター例（左：Jmol表示 中：ノーベル財団資料 [PDF]，右：本サイト旧資料）
［Dipeptidyl peptidase-4 - Wikipedia］
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バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 Chain D（3-merペプチド）選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 糖鎖別着色：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
ジペプチジルペプチダーゼ4 1nu8
- 2倍速で育つトラフグ ゲノム編集で（NHK「かぶん」ブログ，2016/09/05）
- ブタの遺伝子、簡単に編集 徳島大など、新技術（朝日，2016/09/15）
- CRISPR関連生体分子データ（本サイト）
［Myostatin - Wikipedia，FSTL3 - Wikipedia］ （）」
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バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 Chain C（フォリスタチン関連タンパク質3）選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 糖鎖別着色：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
フォリスタチン関連タンパク質3（FSTL3）が結合したミオスタチン3sek