◆ Jmolで見るトピックス分子（14-4） ◆

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ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や，RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため，10件ずつ表示するように変更しました（上記書庫も順次修正します）。
※旧版で表示していた一部の参考データ（PDBsumなど）は今後追加します。
※Jmol利用コンテンツはWindows 10でもInternet Explorer 11で閲覧できます。

  1. RCSB PDB 2016/06/01 新規公開データより：5i20 Crystal structure of protein

    PDBデータ 5i20のChain A（アミノ酸排出輸送タンパク質YddG）

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    		 5i20のChain A（アミノ酸排出輸送タンパク質YddG）　OLC [301(A)]選択　同PDBsumデータ5i20_OLC[301(A)]$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    アミノ酸排出輸送タンパク質YddG5i20のChain A（左）とそのPDBsumデータ（右）

      ●アミノ色表示の凡例
      ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR　ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO
      ●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR　ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS
      ●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
      SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG　HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP　SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE
      ●有機概念図I/O値順（特性基 R）
      ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS　TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE
      ●等電点順
      ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP　VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！

  2. RCSB PDB 2016/06/22 新規公開データより：5kdq Deoxyhemoglobin in Complex with an Aryloxyalkanoic acid

    PDBデータ 5kdq（3-[2-chloranyl-4-(1~{H}-imidazol-2-yl)phenoxy]propanoic acid〈KAUS-23〉が結合したデオキシヘモグロビン）
    ［Hemoglobin - Wikipedia，Allosteric regulation - Wikipedia］

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    		 5kdq（3-[2-クロラニル-4-(1~{H}-イミダゾール-2-イル)フェノキシ]プロピオン酸が結合したデオキシヘモグロビン）　KOH選択　同PDBsumデータ5kdq_KOH[202(C)]$
    ※参考（オキシヘモグロビンの例）：1hhoの4量体（Chain A・B×2） → その他詳細はヘモグロビン
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左］5kdq（化合物KAUS-23が結合したデオキシヘモグロビン）　［右］同PDBsumデータ

  3. 環境ホルモンの規制を検討　6物質が候補（東京新聞，2016/06/24）

    EXTEND2016で規制検討される環境ホルモンと目される6化合物の同時表示（一部異性体あり）

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    		 EXTEND2016で規制検討される環境ホルモンと目される6化合物（下掲）の同時表示（一部異性体あり）
    ビスフェノールA
    エストロン　→ 性ホルモン - ステロイドホルモンの生合成と代謝
    4-ノニルフェノール（p-ノニルフェノール）〔分岐型の例〕 ｜ 同〔直鎖〕
    4-t-オクチルフェノール〔分岐型の例〕 ｜ 同〔直鎖〕
    4-t-ペンチルフェノール（p-tert-ペンチルフェノール） ｜ 4-iso-ペンチルフェノール（p-iso-ペンチルフェノール） ｜ 4-ペンチルフェノール〔直鎖〕
    4-ヒドロキシ安息香酸メチル（p-ヒドロキシ安息香酸メチル，メチルパラベン）　→ 化粧品の成分／パラベン
    ※参考（上記化合物が結合したタンパク質例）：
    2e2r（ビスフェノールAが結合したエストロゲン関連受容体γ）　同PDBsumデータ2e2r_2OH$
    3hm1のChain A・C（エストロンが結合したエストロゲン受容体α）　同PDBsumデータ3hm1_J3Z$

    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左］EXTEND2016で規制検討される環境ホルモンと目される6化合物の同時表示（一部異性体あり）
    ［右］それらのうちビスフェノールA，エストロンが結合したタンパク質（2e2rと3hm1）のPDBsumデータ

  4. RCSB PDB 2016/06/29 新規公開データより：5irn Crystal structure of rabbit NOD2 in an ADP-bound state (Crystal form1)　※他に5irl・5irm公開。

    PDBデータ 5irn（ADPが結合したNOD様受容体2〈NOD2〉；Crystal form1）
    ［NOD2 - Wikipedia，NOD-like receptor - Wikipedia］

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    		 5irn（ADPが結合したNOD2；Crystal form1）　同PDBsumデータ5irn_ADP$
    5irm（ADPが結合したNOD2；Crystal form2）　同PDBsumデータ5irm_ADP$
    5irl（ADPが結合したNOD2；SER mutant）　同PDBsumデータ5irl_ADP$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　Ser選択　Leu選択　BCAA球表示（Leu Ile Val）
    空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    5irn（ADPが結合したNOD様受容体2〈NOD2〉；Crystal form1）


    5irn・5irm・5irlのPDBsumデータ（リガンドはADP）

      【参考】5irnと5irlのアミノ酸配列の比較；BCAA（Leu Ile Val），Cys，Serに着目して。配列に違いがあるのは■の751-800の間（5irmは5irnと同配列）。
      001-050
      5irn Gly Pro Glu Phe Glu Ala Ala Ala Cys Lys Lys Tyr Met Ser Lys Leu Arg Thr Ile Val Ala Ala Gln Ser Arg Phe Leu Ser Thr Tyr Asp Gly Ala Glu Asn Leu Cys Leu Glu Asp Ile Tyr Thr Glu Asn Thr Leu Glu Val Arg
      5irl Gly Pro Glu Phe Glu Ala Ala Ala Cys Lys Lys Tyr Met Ser Lys Leu Arg Thr Ile Val Ala Ala Gln Ser Arg Phe Leu Ser Thr Tyr Asp Gly Ala Glu Asn Leu Cys Leu Glu Asp Ile Tyr Thr Glu Asn Thr Leu Glu Val Arg
      051-100
      5irn Thr Glu Val Gly Met Ala Gly Pro Leu His Lys Ser Pro Ala Ala Leu Gly Leu Glu Glu Leu Phe Ser Pro Asn Gly His Leu Asn Glu Asp Ala Asp Thr Val Leu Val Val Gly Glu Ala Gly Ser Gly Lys Ser Thr Leu Leu Gln
      5irl Thr Glu Val Gly Met Ala Gly Pro Leu His Lys Ser Pro Ala Ala Leu Gly Leu Glu Glu Leu Phe Ser Pro Asn Gly His Leu Asn Glu Asp Ala Asp Thr Val Leu Val Val Gly Glu Ala Gly Ser Gly Lys Ser Thr Leu Leu Gln
      101-150
      5irn Gln Val His Leu Leu Trp Ala Thr Gly Gln Asp Phe Gln Glu Phe Leu Phe Val Phe Pro Phe Ser Cys Arg Gln Leu Gln Cys Val Ala Arg Pro Leu Ser Val Met Thr Leu Leu Phe Glu His Cys Cys Trp Pro Asp Val Gly Gln
      5irl Gln Val His Leu Leu Trp Ala Thr Gly Gln Asp Phe Gln Glu Phe Leu Phe Val Phe Pro Phe Ser Cys Arg Gln Leu Gln Cys Val Ala Arg Pro Leu Ser Val Met Thr Leu Leu Phe Glu His Cys Cys Trp Pro Asp Val Gly Gln
      151-200
      5irn Gln Asp Val Phe Gln Phe Leu Leu Asp His Pro Asp Arg Ile Leu Leu Thr Phe Asp Gly Phe Asp Glu Phe Lys Phe Lys Phe Thr Asp His Glu Arg His Cys Ser Pro Thr Asp Pro Thr Ser Val Gln Thr Leu Leu Phe Asn Leu
      5irl Gln Asp Val Phe Gln Phe Leu Leu Asp His Pro Asp Arg Ile Leu Leu Thr Phe Asp Gly Phe Asp Glu Phe Lys Phe Lys Phe Thr Asp His Glu Arg His Cys Ser Pro Thr Asp Pro Thr Ser Val Gln Thr Leu Leu Phe Asn Leu
      201-250
      5irn Leu Gln Gly Asn Leu Leu Lys Asn Ala Arg Lys Val Leu Thr Ser Arg Pro Asp Ala Val Ser Ala Phe Leu Arg Lys Tyr Val Arg Thr Glu Phe Asn Leu Lys Gly Phe Ser Glu Glu Gly Ile Glu Leu Tyr Leu Arg Lys Cys His
      5irl Leu Gln Gly Asn Leu Leu Lys Asn Ala Arg Lys Val Leu Thr Ser Arg Pro Asp Ala Val Ser Ala Phe Leu Arg Lys Tyr Val Arg Thr Glu Phe Asn Leu Lys Gly Phe Ser Glu Glu Gly Ile Glu Leu Tyr Leu Arg Lys Cys His
      251-300
      5irn Arg Glu Pro Gly Val Ala Asp Arg Leu Ile His Leu Leu Gln Thr Thr Ser Ala Leu His Gly Leu Cys His Leu Pro Val Phe Ser Trp Met Val Ser Lys Cys His Gln Glu Leu Leu Leu Gln Asp Gly Gly Ser Pro Lys Thr Thr
      5irl Arg Glu Pro Gly Val Ala Asp Arg Leu Ile His Leu Leu Gln Thr Thr Ser Ala Leu His Gly Leu Cys His Leu Pro Val Phe Ser Trp Met Val Ser Lys Cys His Gln Glu Leu Leu Leu Gln Asp Gly Gly Ser Pro Lys Thr Thr
      301-350
      5irn Thr Asp Met Tyr Leu Leu Ile Leu Gln His Phe Leu Arg His Ala Ser Leu Pro Asp Ser Ala Ser Gln Gly Leu Gly Pro Ser Leu Leu Gln Gly Arg Leu Pro Thr Leu Leu Arg Leu Gly Gln Leu Ala Leu Trp Gly Leu Gly Met
      5irl Thr Asp Met Tyr Leu Leu Ile Leu Gln His Phe Leu Arg His Ala Ser Leu Pro Asp Ser Ala Ser Gln Gly Leu Gly Pro Ser Leu Leu Gln Gly Arg Leu Pro Thr Leu Leu Arg Leu Gly Gln Leu Ala Leu Trp Gly Leu Gly Met
      351-400
      5irn Cys Cys Tyr Val Phe Ser Ala Gln Gln Leu Gln Ala Ala Gln Val Asp Pro Asp Asp Ile Ser Leu Gly Phe Leu Val Gln Ala Gln Gly Val Val Pro Gly Ser Thr Ala Pro Leu Glu Phe Leu His Ile Thr Phe Gln Cys Phe Leu
      5irl Cys Cys Tyr Val Phe Ser Ala Gln Gln Leu Gln Ala Ala Gln Val Asp Pro Asp Asp Ile Ser Leu Gly Phe Leu Val Gln Ala Gln Gly Val Val Pro Gly Ser Thr Ala Pro Leu Glu Phe Leu His Ile Thr Phe Gln Cys Phe Leu
      401-450
      5irn Ala Ala Phe Tyr Leu Val Leu Ser Thr Asp Val Pro Thr Ala Ser Leu Arg Tyr Leu Phe Asn Cys Arg Arg Pro Gly Ser Ser Pro Leu Ser Arg Leu Leu Pro Arg Leu Cys Val Gln Gly Ser Glu His Lys Glu Ser Thr Val Ala
      5irl Ala Ala Phe Tyr Leu Val Leu Ser Thr Asp Val Pro Thr Ala Ser Leu Arg Tyr Leu Phe Asn Cys Arg Arg Pro Gly Ser Ser Pro Leu Ser Arg Leu Leu Pro Arg Leu Cys Val Gln Gly Ser Glu His Lys Glu Ser Thr Val Ala
      451-500
      5irn Ala Leu Leu Gln Lys Thr Glu Pro His Asn Leu Gln Ile Thr Ala Ala Phe Leu Ala Gly Leu Leu Ser Arg Glu His Arg Asp Leu Leu Ala Ala Cys Gln Ala Ser Glu Arg Ser Leu Leu Arg Arg Arg Ala Cys Ala Arg Trp Cys
      5irl Ala Leu Leu Gln Lys Thr Glu Pro His Asn Leu Gln Ile Thr Ala Ala Phe Leu Ala Gly Leu Leu Ser Arg Glu His Arg Asp Leu Leu Ala Ala Cys Gln Ala Ser Glu Arg Ser Leu Leu Arg Arg Arg Ala Cys Ala Arg Trp Cys
      501-550
      5irn Leu Ala Arg Ser Leu His Lys His Phe Arg Ser Ile Pro Pro Ala Val Pro Gly Glu Ala Lys Ser Met His Ala Met Pro Gly Phe Leu Trp Leu Ile Arg Ser Leu Tyr Glu Met Gln Glu Glu Arg Leu Ala Gln Glu Ala Val Arg
      5irl Leu Ala Arg Ser Leu His Lys His Phe Arg Ser Ile Pro Pro Ala Val Pro Gly Glu Ala Lys Ser Met His Ala Met Pro Gly Phe Leu Trp Leu Ile Arg Ser Leu Tyr Glu Met Gln Glu Glu Arg Leu Ala Gln Glu Ala Val Arg
      551-600
      5irn Gly Leu Asn Val Glu His Leu Lys Leu Thr Phe Cys Gly Val Gly Pro Ala Glu Cys Ala Ala Leu Ala Phe Val Leu Arg His Leu Arg Arg Pro Val Ala Leu Gln Leu Asp His Asn Ser Val Gly Asp Ile Gly Val Glu Gln Leu
      5irl Gly Leu Asn Val Glu His Leu Lys Leu Thr Phe Cys Gly Val Gly Pro Ala Glu Cys Ala Ala Leu Ala Phe Val Leu Arg His Leu Arg Arg Pro Val Ala Leu Gln Leu Asp His Asn Ser Val Gly Asp Ile Gly Val Glu Gln Leu
      601-650
      5irn Leu Pro Cys Leu Gly Ala Cys Lys Ala Leu Tyr Leu Arg Asp Asn Asn Ile Ser Asp Arg Gly Ile Cys Lys Leu Ile Glu His Ala Leu His Cys Glu Gln Leu Gln Lys Leu Ala Leu Phe Asn Asn Lys Leu Thr Asp Gly Cys Ala
      5irl Leu Pro Cys Leu Gly Ala Cys Lys Ala Leu Tyr Leu Arg Asp Asn Asn Ile Ser Asp Arg Gly Ile Cys Lys Leu Ile Glu His Ala Leu His Cys Glu Gln Leu Gln Lys Leu Ala Leu Phe Asn Asn Lys Leu Thr Asp Gly Cys Ala
      651-700
      5irn His Ser Val Ala Gln Leu Leu Ala Cys Lys Gln Asn Phe Leu Ala Leu Arg Leu Gly Asn Asn His Ile Thr Ala Glu Gly Ala Gln Val Leu Ala Glu Gly Leu Arg Asp Asn Ser Ser Leu Gln Phe Leu Gly Phe Trp Gly Asn Lys
      5irl His Ser Val Ala Gln Leu Leu Ala Cys Lys Gln Asn Phe Leu Ala Leu Arg Leu Gly Asn Asn His Ile Thr Ala Glu Gly Ala Gln Val Leu Ala Glu Gly Leu Arg Asp Asn Ser Ser Leu Gln Phe Leu Gly Phe Trp Gly Asn Lys
      701-750
      5irn Val Gly Asp Lys Gly Ala Gln Ala Leu Ala Glu Ala Leu Ser Asp His Gln Ser Leu Lys Trp Leu Ser Leu Val Gly Asn Asn Ile Gly Ser Val Gly Ala Gln Ala Leu Ala Ser Met Leu Glu Lys Asn Val Ala Leu Glu Glu Leu
      5irl Val Gly Asp Lys Gly Ala Gln Ala Leu Ala Glu Ala Leu Ser Asp His Gln Ser Leu Lys Trp Leu Ser Leu Val Gly Asn Asn Ile Gly Ser Val Gly Ala Gln Ala Leu Ala Ser Met Leu Glu Lys Asn Val Ala Leu Glu Glu Leu
      751-800
      5irn Cys Leu Glu Glu Asn His Leu Gln Asp Ala Gly Val Cys Ser Leu Ala Glu Gly Leu Lys Arg Asn Ser Ser Leu Lys Val Leu Lys Leu Ser Asn Asn Cys Ile Thr Phe Val Gly Ala Glu Ala Leu Leu Gln Ala Leu Ala Ser Asn
      5irl Cys Leu Ala Ala Asn His Leu Gln Asp Ala Gly Val Cys Ser Leu Ala Glu Gly Leu Lys Arg Asn Ser Ser Leu Lys Val Leu Lys Leu Ser Asn Asn Cys Ile Thr Phe Val Gly Ala Glu Ala Leu Leu Gln Ala Leu Ala Ser Asn
      801-830
      5irn Asp Thr Ile Leu Glu Val Trp Leu Arg Gly Asn Pro Phe Ser Pro Glu Glu Met Glu Ala Leu Ser His Arg Asp Ser Arg Leu Leu Leu
      5irl Asp Thr Ile Leu Glu Val Trp Leu Arg Gly Asn Pro Phe Ser Pro Glu Glu Met Glu Ala Leu Ser His Arg Asp Ser Arg Leu Leu Leu
      5irnおよび5irlのBCAA等の割合
      Ile = 19
      Val = 46
      Leu = 142（17.1％）
      　BCAA = 207（24.9％）
      Cys = 29
      Ser = 57
      Total = 830

  5. 今月の分子 199: モネリン（Monellin）（PDBj，2016/07） ｜ Molecule of the Month（PDB）

    PDBデータ 4or2（代謝型グルタミン酸受容体）
    ［Metabotropic glutamate receptor - Wikipedia］

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    		4monのChain A・B（甘味タンパク質モネリン）
    1thw（甘味タンパク質ソーマチン）
    2brz（甘味タンパク質ブラゼイン）　Asp29-Arg33・Glu36・Tyr39-Arg43（甘味に重要な残基とされる）球棒表示*1
    2d04（味覚修飾タンパク質ネオクリン）
    4or2（代謝型グルタミン酸受容体）　FM9選択　同PDBsumデータ4or2_FM9$　→ Science論文（2014/04/04）
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　Pb選択　
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

    *1 河合美佐子・榛葉信久，『“味”な分子のはなし』，化学と教育，54(7)，398(2006) 参照（図3）


    甘味に重要な残基（Asp29-Arg33・Glu36・Tyr39-Arg43）を球棒表示したブラゼイン（PDBデータ2brz）


    ネガティブアロステリックモジュレーターFITMが結合した代謝型グルタミン酸受容体4or2とそのPDBsumデータ


    参考（上掲九州大学プレスリリースのTAS1R2/TAS1R3二量体関連）：グルタミンが結合した味覚受容体T1r2-T1r3ヘテロ二量体5x2mのChain A・BとそのPDBsumデータ
    → GPCR（本サイト）　［TAS1R3 - Wikipedia］

  6. 2016/07/31に本サイトecosci.jpが20周年を迎えました！　※PDBの20merデータ例を以下に。

    PDBデータ 4e48のChain A・B（2重らせんRNA）

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    		 バックボーン　二次構造　DNA/RNA（ATGCU，backbone）
    全選択　リガンド選択　DNA/RNA選択　DNA/RNA backbone選択　DNA/RNA 塩基選択
    （*印のみ）　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色

    水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

  7. RCSB PDB 2016/07/27 新規公開データより：4zjl Crystal structure of AcrB in complex with antibiotic in P21 space group　※他に4zit・4ziv・4ziw・4zjo・4zjq

    PDBデータ 4zjlのChain A-C（エリスロマイシンが結合した多剤排出トランスポーターAcrB）
    ［Erythromycin - Wikipedia，Multiple drug resistance - Wikipedia，Resistance-nodulation-cell division superfamily - Wikipedia］

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    		 4zjlのChain A-C（エリスロマイシンが結合したAcrB）　ERY（エリスロマイシン）選択　同PDBsumデータ4zjl_ERY$ ｜ PDBsumデータ4zjo_ERY$ ｜ PDBsumデータ4zjq_ERY$
    ※抗生物質が結合した他のAcrB例
    3aoc（エリスロマイシンが結合したAcrB）　同PDBsumデータ3aoc_ERY$
    3aod*（ミノサイクリンとリファンピシンが結合したAcrB）　ミノサイクリン選択　リファンピシン選択　同PDBsumデータ3aod_RFP（リファンピシン）$ ｜ リファンピシン（rifampicin）
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    ［上］4zjlのChain A-C（エリスロマイシンが結合したAcrB）　［下］4zjl・4zjo・4zjqおよび3aoc（別研究）のPDBsumデータ

  8. 今月の分子 200: 正二十面体型ウイルスの準対称性（Quasisymmetry in Icosahedral Viruses）（PDBj，2016/08） ｜ Molecule of the Month（PDB）

    PDBデータ 2bukの60量体（Chain A×60〈α炭素とHETATMのみ〉；タバコ壊死サテライトウイルスのカプシド）
    ［Capsid#Triangulation_number - Wikipedia，Satellite tobacco mosaic virus - Wikipedia］

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    		2bukの60量体（Chain A×60〈α炭素とHETATMのみ〉；タバコ壊死サテライトウイルスのカプシド）
    ※他の正二十面体型ウイルスの構造例（ジカウイルスの場合） → ジカウイルス
    5ireの360量体（Chain A-F×60〈α炭素とHETATMのみ〉） ｜ 5iz7の360量体（Chain A-F×60〈α炭素とHETATMのみ〉）
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    タバコ壊死サテライトウイルスのカプシド2bukの60量体（Chain A×60；α炭素とHETATMのみ）

  9. RCSB PDB 2015/08/10 新規公開データより：5jxe Human PD-1 ectodomain complexed with Pembrolizumab Fab

    PDBデータ 5jxeのChain B-D（プログラム細胞死1〈PD-1〉外部ドメインに結合したペンブロリズマブFabフラグメント）
    ［Pembrolizumab - Wikipedia，Programmed cell death protein 1 - Wikipedia］

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    		 バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    ヒトPD-1外部ドメインに結合したペンブロリズマブFabフラグメント5jxeのChain B-D

  10. モルヒネに代わる「副作用のない」鎮痛薬を開発か、研究（AFPBB News，2016/08/18）

    PZM21
    ［PZM21 - Wikipedia］

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    		PZM21
    ※参考
    モルヒネ／モルフィン（morphine）
    μオピオイド受容体の例： 5c1m　同PDBsumデータ5c1m_4VO$　4VO（アゴニストBU72）選択　→ GPCR - 2012年ノーベル化学賞　→ Nature論文（2015/08/15）　［μ-opioid receptor - Wikipedia］
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　Pb選択　
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左］PZM21　［右］参考データ：アゴニストBU72が結合したμオピオイド受容体5c1mのPDBsumデータ

「生活環境化学の部屋」ホームページ ｜ Jmol版「分子の学習帳」