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●アミノ色表示の凡例
ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
●疎水性インデックス順
ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
●有機概念図I/O値順（特性基 R）
ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
●等電点順
ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG
アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！
- Pink-beam serial crystallography（Nature Communications，2017/11/03）
- Crystals in a Pink X-ray Beam | Advanced Photon Source（2017/11/03）
- Crystals in a pink X-ray beam（Phys.Org，2017/11/03）
- 2017B期より､ 3本のビームラインの同時運転を開始 (ユーザー向けお知らせ)（理研，2017/04/14） …ピンクビームに言及
- フィコシアニン - Wikipedia ｜ フィコシアノビリン
- 光合成に関係する生体分子のSITE例（本サイト） ｜ テトラピロール - 窒素から見る生命の世界
［Phycocyanin - Wikipedia，Phycocyanobilin - Wikipedia］
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5mjqの12量体（Chain A・B×6；フィコシアノビリンが結合したC-フィコシアニン） CYC（フィコシアノビリン）選択 同PDBsumデータ5mjq_CYC[501(A)]$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左］フィコシアノビリンが結合したC-フィコシアニン5mjqの12量体（Chain A・B×6；CPK色がフィコシアノビリン，黄色はN-メチルアスパラギン） ［右］同PDBsumデータ例
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5w99（ピリジンシンターゼPbtD） A1V選択 同PDBsumデータ5w99_A1V$ ※参考：ピリジン（pyridine） バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
ピリジンシンターゼPbtD 5w99とそのPDBsumデータ（左・中），およびピリジン（右）
- Hydroxyethyl cellulose matrix applied to serial crystallography（Scientific Reports，2017/04/06）
- 低ノイズ・低粘着性・低コストのタンパク質結晶輸送媒体を発見 －生理条件に近いタンパク質の高分解能構造解析に期待－（SPring-8，2017/04/10）
- プロテイナーゼK - Wikipedia
［Proteinase K - Wikipedia］
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バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
プロテイナーゼK 5wrc
［Biodegradable Plastic - Wikipedia］
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3vzs（アセトアセチル-CoAが結合したアセトアセチル-CoA還元酵素） CAA（アセトアセチル-CoA）選択 同PDBsumデータ3vzs_CAA$ ※生分解性プラスチックの例： ポリ乳酸（ポリ-L-乳酸，PLLA） バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
アセトアセチル-CoAが結合したアセトアセチル-CoA還元酵素 3vzsとそのPDBsumデータ
- GyrI-like proteins catalyze cyclopropanoid hydrolysis to confer cellular protection（Nature Communications，2017/11/14）
- 福山透 Tohru Fukuyama | Chem-Station …(+)-ヤタケマイシンの全合成
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5x5mのChain A（(+)-ヤタケマイシンが結合したlin2189タンパク質） 7YU（(+)-ヤタケマイシン）選択 同PDBsum5x5m_7YU$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
(+)-ヤタケマイシンが結合したlin2189タンパク質 5x5mのChain AとそのPDBsumデータ
- お勧め新刊「星屑から生まれた世界 進化と元素をめぐる生命38億年史」 - Togetter
- 関連ニュースなど
- How Did Life Begin?（Nature，2018/05/09）
- 超新星爆発が「生命の元素」を拡散、DNAも可 超新星残骸カシオペア座Aの観測で詳細が判明、NASA（ナショナルジオグラフィック，2018/01/15） ※“この爆発で放出された酸素の質量は地球100万個分”など。
- p.212 ニトロゲナーゼ関連：酵素を模倣した金属-硫黄化合物により窒素還元反応を実現 ―持続可能社会に寄与するエネルギー変換に向けた第一歩―（京都大学，2022/07/07）
- Nitrogen reduction by the Fe sites of synthetic [Mo3S4Fe] cubes（Nature，2022/07/06） ※“[MoFe7S9C]”を含むPDBデータ例として5cx1を下掲，他に4tkuを別ページに。
- 書評：読書日記：今週の筆者は千葉工業大惑星探査研究センター所長・松井孝典さん 化学からみた生命史（毎日，2018/01/16）
- 書評：書評 : 星屑から生まれた世界 進化と元素をめぐる生命38億年史（Keio Astrobiology Camp - Blog，2019/12/18）
- 生命を知り生命に学ぶ（本サイト） ｜ 生体分子の構成元素 ｜ 川上モデル - 分子・結晶・リガンド模型 ｜ 原子・分子とビッグヒストリー ｜ 元素・分子が登場する本を読もう！
［左］4種類のテトラピロール
［右］ニトロゲナーゼ5cx1のPDBsumデータ（CFe7MoS9クラスター；化学同人「星屑から生まれた世界」p.212 図8.3ではMoNFe8S11クラスター） ※写真の3Dプリンタ模型ははCFe7MoS8クラスター
※Nature論文（2022/07/06），京都大学プレスリリース参照
→ 鉄硫黄クラスターを含む生体分子のSITE例 ｜ Mo化合物，W化合物を含む生体分子のSITE例 ｜ 川上モデル（分子・結晶・リガンド模型）
- Capturing an initial intermediate during the P450nor enzymatic reaction using time-resolved XFEL crystallography and caged-substrate（Nature Communications，2017/11/17）
- P450データ集メニュー（本サイト） ｜ 別トピック
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5y5kのChain A（一酸化窒素が結合したシトクロムP450nor；NADH非存在下，光照射20ms後） NO（一酸化窒素）選択 HEM（ヘム）選択 同PDBsumデータ5y5k_HEM-NO$ 5y5i（一酸化窒素が結合したシトクロムP450nor；NADH存在下，光照射20ms後）のPDBsumデータ5y5i_HEM-NO$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左・中］一酸化窒素が結合したシトクロムP450nor 5y5kのChain A（NADH非存在下，光照射20ms後）とそのPDBsumデータ〈鉄-N-O角156°〉
［右］同5y5i（NADH存在下，光照射20ms後）のPDBsumデータ〈鉄-N-O角159°〉
- Electron cryo-microscopy structure of a human TRPM4 channel（Nature，2017/12/06） ※5wp6（デカバナジン酸結合，下掲）
- 他のTRPMチャネル関連研究
- Structural and functional analyses of a GPCR-inhibited ion channel TRPM3（Neuron，2022/10/04） ※2022/11/02公開8ddq・8ddr・8dds・8ddt・8ddu・8ddv（下掲）・8ddw・8ddx・8ed7・8ed8
- Structures of the calcium-activated, non-selective cation channel TRPM4（Nature，2017/12/06） ※6bcj・6bcl・6bco（下掲）・6bcq（前2者にNa+イオン，後2者にATP結合）
- Physiological temperature drives TRPM4 ligand recognition and gating（Nature，2024/05/15 ※2024/05/15公開9b8w・9b8x・9b8y・9b8z（PDBsumデータのみ下掲）・9b90・9b91・9b92・9b93・9b94
- Structures of the calcium-activated, non-selective cation channel TRPM4（Nature，2017/12/06） ※6bcj・6bcl・6bco（下掲）・6bcq（前2者にNa+イオン，後2者にATP結合）
- Identification of a binding site for small molecule inhibitors targeting human TRPM4（Nature Communications，2025/01/19） [NEW!] ※8rcr・8rcu・8rd9（下掲）
- Structural mechanisms of TRPM7 activation and inhibition（Nature Communications，2023/05/08） ※2023/05/17公開8si2～8si8・8sia・8sib（8si5を下掲）
- Structural basis of selective TRPM7 inhibition by the anticancer agent CCT128930（Cell Reports，2024/04/13） ※2024/04/17公開8w2l（下掲）
- Mechanisms of sensory adaptation and inhibition of the cold and menthol receptor TRPM8（Science Advances，2024/08/02） ※2024/08/21公開9b6d・9b6e・9b6f・9b6g・9b6e（下掲）・9b6i・9b6j・9b6k
- Transient receptor potentialチャネル（脳科学辞典）
- 温度感受性TRPチャネル - 生化学
- TRPM - Wikipedia ｜ TRPM4 - Wikipedia
- 別トピック（TRPV関連，Piezo1・Piezo2関連；本サイト）
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8ddvのChain A・E（TRPM3チャネル） PIO選択 Chain EをChain色着色 ［TRPM3 - Wikipedia］ 5wp6（デカバナジン酸が結合したTRPM4チャネル） 同PDBsumデータ5wp6_DVT[2002(A)]$ デカバナジン酸が結合したTRPM4チャネルのPDBsumデータ9b8z_DVT$ 6bco（ATPが結合したTRPM4チャネル） 8rd9のChain A（阻害剤NBAが結合したTRPM4チャネル；cif→pdb変換） 同PDBsumデータ8rd9_lp$ 8si5のChain A（naltribenが結合したTRPM7チャネル） ZY8（naltriben）選択 同PDBsumデータ8si5A_lp[1314(A)]$ ［TRPM7 - Wikipedia，Naltriben - Wikipedia］ 8w2lのChain A（CCT128930が結合したTRPM7チャネル） M05（CCT128930）選択 同PDBsumデータ8w2l_lp[1312(A)]$ 9b6eのChain A（アンタゴニストTC-I 2014が結合したTRPM8チャネル） T14（TC-I 2014）選択 同PDBsumデータ9b6e_lp$ ［TRPM8 - Wikipedia，Naltriben - Wikipedia］ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
TRPM3チャネル8ddvのChain A・E
［左・中］デカバナジン酸（decavanadate）が結合したTRPM4チャネル 5wp6とそのPDBsumデータ例
［右］同じリガンド結合の9b8zのPDBsumデータ
阻害剤NBAが結合したTRPM4チャネル 8rd9のChain AとPDBsumデータ
naltribenが結合したTRPM7チャネル8si5のChain AとPDBsumデータ
CCT128930が結合したTRPM7チャネル8w2lのChain AとPDBsumデータ
アンタゴニストTC-I 2014が結合したTRPM8チャネル9b6eのChain AとPDBsumデータ
- Zinc-Ligand Swapping Mediated Complex Formation and Sulfur Transfer between SufS and SufU for Iron-Sulfur Cluster Biogenesis in Bacillus subtilis（JACS，2017/12/13）
- システインから無機硫黄を取り出す酵素反応の瞬間を捉える（Chem-Station，2018/01/04）
- 鉄硫黄クラスターを含む生体分子のSITE例（本サイト） ｜ 別トピック（Cys-SSH関連研究）
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5xt5（システイン脱硫酵素SufS-SufU複合体） PLP（ビタミンB6リン酸塩；ピリドキサールリン酸）選択 同PDBsumデータ5xt5_PLP$ 同5xt5_ZN$ 同5xt5_ZN+Cys41[D]$ 5wt2（システイン脱硫酵素IscS） 同PDBsumデータ5wt2_PLP$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
左からシステイン脱硫酵素SufS-SufU複合体 5xt5とシステイン脱硫酵素IscS 5wt2，およびそれぞれのPDBsumデータ（左端図についてはプレスリリース図(a)参照）