- Crystal structures of the gastric proton pump（Nature，2018/04/04）
- 構造生物学： 胃の酸性化の秘密（Nature ハイライト，2018/04/12）
- 強い酸性の胃液、作られる仕組み解明 新薬開発に期待（朝日，2018/04/05）
- 胃プロトンポンプの構造を原子レベルで解明、名古屋大学の研究（財経新聞，2018/04/09）
- 同じ研究グループによる別研究
- 世界初！胃酸分泌を担う胃プロトンポンプの構造を解明 ―胃酸抑制剤結合構造と強酸に対してプロトンを吐き出す仕組み―（日本医療研究開発機構，2018/04/05） ※下掲5ylu・5ylv（2018/04/11公開データ）
- プロトンポンプ阻害薬 - Wikipedia ｜ ボノプラザン
［Proton-pump inhibitor - Wikipedia，Vonoprazan - Wikipedia］
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5ylu（ボノプラザンが結合した胃プロトンポンプ） HKT（ボノプラザン）選択 同PDBsumデータ5ylu_HKT$ 5ylv（SCH28080が結合した胃プロトンポンプ） 8WX（SCH28080）選択 同PDBsumデータ5ylv_8WX$ ※別研究から：7w47のChain A（テゴプラザンが結合した胃プロトンポンプのα-サブユニット） 8BN（テゴプラザン）選択 同PDBsumデータ7w47_8BN$ ｜ PDBsumデータ7w49_8CE（ソラプラザン）$ PDBsumデータ7w48_8BZ（PF-03716556）$ PDBsumデータ7w4a_8CK（レバプラザン）$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左］ボノプラザン（vonoprazan）が結合した胃プロトンポンプ 5ylu ［右］同PDBsumデータと5ylv（SCH28080結合）のPDBsumデータ
テゴプラザンが結合した胃プロトンポンプのα-サブユニット7w47のChain AとそのPDBsumデータ（ソラプラザン結合の7w49・PF-03716556結合の7w48・レバプラザン結合の7w4aとの比較）
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●アミノ色表示の凡例
ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
●疎水性インデックス順
ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
●有機概念図I/O値順（特性基 R）
ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
●等電点順
ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG
アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！
- Characterization and engineering of a plastic-degrading aromatic polyesterase（PNAS，2018/04/17）
- プラスチックを消化分解する酵素、研究過程で偶然作製 米英チーム（AFPBB News，2018/04/17）
- 英米チームがプラスチック分解酵素を偶然製造、環境対策に期待（ロイター，2018/04/18）
- プラスチックを「食べる」酵素、研究室で偶然作成（ナショナル ジオグラフィック日本版，2018/04/24）
- PET分解酵素の立体構造解明で、プラスチックゴミ問題に光（NEWS SALT，2018/04/23）
- PET分解酵素の別研究例
- Structure and function of the metagenomic plastic-degrading polyester hydrolase PHL7 bound to its product（Nature Communications，2023/04/05） ※2023/04/19公開8bra（下掲）・8brb
- Structural dynamics of the Ca2+-regulated cutinase towards structure-based improvement of PET degradation activity（International Journal of Biological Macromolecules，2024/11） ※2024/11/06公開8Z2G（下掲）・8Z2H・8Z2I・8Z2J・8Z2K
- ポリエチレンテレフタレート（ポリエチレンテレフタレート（PET）を分解して栄養源とする細菌を発見 －ペットボトルなどのPET製品のバイオリサイクルに繋がる成果－ （慶應義塾大学，2016/03/11） [PDF]
- ペットボトルを分解する細菌、慶大など発見 リサイクル実現へ（ITmedia，2016/03/11）
- PETase - Wikipedia
- 別トピック（本サイト） ｜ バイオレメディエーション ｜ 代表的な高分子
［PETase - Wikipedia，Polyethylene terephthalate - Wikipedia］
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6eqe（ポリエチレンテレフタラート加水分解酵素） 8braのChain B（テレフタル酸とMg2+が結合したポリエチレンテレフタラート加水分解酵素） F63・A131・M132・W156・D177・I179・H209球棒表示／α炭素ラベル表示（論文 Fig. 2参照） 同PDBsumデータ8bra_UB7$ 8z2gのChain A（ポリエチレンテレフタラート分解酵素クチナーゼCut190，S176A変異体） Ala176球棒表示／α炭素ラベル表示 同PDBsumデータ8z2g_C9C$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
ポリエチレンテレフタラート加水分解酵素6eqe（活性部位はPNAS論文参照）
テレフタル酸が結合したポリエチレンテレフタラート加水分解酵素（PETase）8braのChain BとPDBsumデータ
※F63・A131・M132・W156・D177・I179・H209 はNature Communications誌論文 Fig. 2参照
ポリエチレンテレフタラート分解酵素クチナーゼCut190（S176A変異体）8z2gのChain AとPDBsumデータ
- Mechanism of NMDA receptor channel block by MK-801 and memantine（Nature，2018/04/18）
- NMDA型グルタミン酸受容体 - Wikipedia ｜ MK-801 ｜ メマンチン
- KEGG DGROUP: NMDA受容体拮抗薬
- 抗うつ剤と神経伝達物質 ｜ アルツハイマー病治療薬 ｜ 別トピック
［NMDA receptor - Wikipedia，Dizocilpine - Wikipedia］
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5un1のChain A-D（MK-801〈ジゾシルピン〉が結合したNMDA受容体） BMK（MK-801）選択 同PDBsumデータ5un1_BMK[1003(B)]$ 同PDBsumデータ5un1_BMK[1005(G)]$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 糖鎖別着色：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左］MK-801（ジゾシルピン）が結合したNMDA受容体 5un1のChain A-D ［右］同データのChain BおよびGにおけるMK-801のPDBsumデータ
- Conformational plasticity in the selectivity filter of the TRPV2 ion channel（Nature Structural & Molecular Biology，2018/04/30）
- 褐色脂肪細胞においてエネルギー消費を促す新たなメカニズムを発見 －からだの熱産生に褐色脂肪細胞のTRPV2チャネルが関与－（京都大学，2016/02/22）
- 構造生物学： TRPイオンチャネルの開構造と閉構造（Nature ハイライト，2013/12/05）
- 恐ろしいほど「辛い」成分が、末期がん患者を痛みから救う？ 植物由来の新しい鎮痛剤の威力（WIRED.jp，2018/11/24）
- レシニフェラトキシン - Wikipedia
- 別トピック（TRPV関連ほか；本サイト） ｜ 辛さと熱さ／カプサイシン
［TRPV2 - Wikipedia，Resiniferatoxin - Wikipedia］
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6bwjの4量体（Chain A・B×2；レシニフェラトキシンが結合したTRPV2） 同PDBsumデータ6bwj_6EU$ レシニフェラトキシン（resiniferatoxin） ※参考： カプサイシン（capsaicin） → 辛さと熱さ／カプサイシン バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左］レシニフェラトキシンが結合したTRPV2イオンチャネル 6bwjの4量体（Chain A・B×2）
［中］同PDBsumデータ（I/O = 0.661 ，I'/O' = 1.128）
［右］レシニフェラトキシン（resiniferatoxin，RTX）
- ヒトパピローマウイルス - Wikipedia ｜ ヒトパピローマウイルスワクチン
- The Nobel Prize in Physiology or Medicine 2008 - Nobelprize.org
- 分子モデルで見るノーベル賞（本サイト） ※2008年ノーベル生理学医学賞はHPV研究およびHIV研究に
［Human papillomavirus infection - Wikipedia，HPV vaccines - Wikipedia］
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5w1o（ヒトパピローマウイルスHPV16のL1カプソメア） ※他のHPV関連PDBデータ例 2f8bのModel 1（パピローマウイルスE7タンパク質，HPV45） 2fk4のModel 1（パピローマウイルスE6タンパク質，HPV16） バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
ヒトパピローマウイルスHPV16のL1カプソメア 5w1o
- Structural basis for energy transduction by respiratory alternative complex III（Nature Communications，2018/04/30）
- 構造生物学： シトクロムオキシダーゼと超複合体を形成したオルタナティブ複合体IIIの構造（Nature Japan，2018/05/03）
- Alternative Complex III - ACIII ─ ITQB
- 鉄硫黄クラスターを含む生体分子のSITE例（本サイト） ｜ 光合成に関係する生体分子のSITE例
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6f0k（オルタナティブ複合体III） Chain B選択 同PDBsumデータ6f0k_F3S1101B-SF41102B~1104B（鉄硫黄クラスター4つの結合構造）$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左］オルタナティブ複合体IIIの構造 6f0k ［右］その4つの鉄硫黄クラスターのPDBsumデータ結合構造と当該論文のFig.7
- 【歴史的朗報】ついに風邪の特効薬「IMP-1088」が開発される!? くるぞノーベル賞… 風邪以外にも効果アリ、今後の実験に注目！（ニコニコニュース，2018/05/18）
- IMP-1088: Finally, Progress Toward A Cure For The Common Cold?（Science 2.0，2018/05/15）
- Agent stops common cold virus replication（C&EN，2018/05/17）
- 期待の風邪薬候補IMP-1088 - Togetter
［IMP-1088 - Wikipedia，N-myristoyltransferase 1 - Wikipedia］
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5mu6のChain A（IMP-1088が結合したN-ミリストイル転移酵素） KFK（IMP-1088）選択 同PDBsumデータ5mu6_KFK$ 5v0wのChain A（同上） 同PDBsumデータ5v0w_KFK$ IMP-1088 バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左］IMP-1088 ［中］IMP-1088が結合したN-ミリストイル転移酵素5mu6のChain A ［右］同データおよび5v0wのPDBsumデータ
- Structure-based design of Trifarotene (CD5789), a potent and selective RARγ agonist for the treatment of acne（Bioorg. Med. Chem. Lett.，2018/06/01）
- 尋常性ざ瘡 - Wikipedia
- にきび（ざ瘡） - 17. 皮膚の病気 - MSDマニュアル家庭版
［Retinoic acid receptor - Wikipedia，Retinoic acid receptor gamma - Wikipedia］
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6fx0（trifaroteneが結合したレチノイン酸受容体γ） E9T（trifarotene）選択 バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
trifarotene（トリファロテン）が結合したレチノイン酸受容体γ 6fx0
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p.26ほか iPS細胞：1gt0*（Oct4・Sox2・DNA 複合体の例；山中4因子はOct3/4・Sox2・Klf4・c-Myc） C鎖（Oct1）選択 D鎖（Sox2）選択 ｜ 同Chain A・B（DNAのみ） → Oct1/Sox2/DNA 複合体 - iPS細胞の山中因子から p.69ほか 塩酸メチルフェニデート（商品名：リタリン）：メチルフェニデート（methylphenidate；塩酸塩がリタリン〈Ritalin〉） → ADHD薬 ｜ 抗うつ剤と神経伝達物質 p.71 ドネペジル：ドネペジル（donepezil，塩酸ドネペジルが商品名アリセプト〈Aricept〉） → アルツハイマー病治療薬 p.71 モダフィニル：(R)-モダフィニル（(R)-modafinil） ※別に(S)-体 → 別トピック p.73ほか ステロイド／ホルモン：テストステロン（testosterone；男性ホルモンの例） 17β-エストラジオール（17β-estradiol；女性ホルモンの例） → 性ホルモン - ステロイドホルモンの生合成と代謝 p.75 エリスロポエチン：1eer（エリスロポエチン〈erythropoietin〉と受容体） A鎖（エリスロポエチン）選択 ［Erythropoietin - Wikipedia，Erythropoietin receptor - Wikipedia］ → 別トピック p.103 テロメア：2a5rのModel 1（テロメア関連構造例） → DNAのG-四重らせん構造の例 p.105 ラパマイシン：ラパマイシン（rapamycin） → 2009年10大分子 p.105 レスベラトロール：レスベラトロール（resveratrol） → 別トピック p.105 サーチュイン：5btrのChain A・D（レスベラトロールが結合したサーチュイン1〈SIRT1〉） → 別トピック p.107 アミロイド：2naoのModel 1（アルツハイマー病に関連する42残基のアミロイドβ繊維；残基番号1-42） → アルツハイマー病治療薬 p.182ほか フルオキセチン／プロザック：フルオキセチン（fluoxetine，塩酸フルオキセチンが商品名プロザック〈Prozac〉） → 抗うつ剤と神経伝達物質（p.184 三環系抗うつ薬も記載） p.184 セロトニン：セロトニン（serotonin） → 抗うつ剤と神経伝達物質 p.186 パキシル：パロキセチン（paroxetine，パロキセチン塩酸塩水和物が商品名パキシル〈Paxil〉） → 抗うつ剤と神経伝達物質 p.189 オキシトシン：1npoのChain B（オキシトシン〈oxytocin〉） → オキシトシン p.189 L-ドーパ：L-ドーパ（L-DOPA） → 分子モデルで見るノーベル賞 バックボーン 二次構造 DNA/RNA（ATGCU，backbone） 全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
左から メチルフェニデート（p.69ほか），セロトニン（p.184），L-ドーパ（p.189）
※ピンクは「亀-C-C-N」構造 → 「亀-C-C-N」構造をもつ脳内物質のSITE例
左から iPS細胞関連 1gt0（p.26ほか），アミロイド関連 2nao（p.107），オキシトシン関連 1npo（p.189）
レスベラトロールが結合したサーチュイン1（SIRT1） 5btrのChain DとそのPDBsumデータ（p.105）
（今後も画像を追加します）
- Aquaporin-4 facilitator TGN-073 promotes interstitial fluid circulation within the blood－brain barrier: [17O]H2O JJVCPE MRI study（NeuroReport，2018/06/13）
- 世界初の水チャンネル蛋白・アクアポリン4促進化合物を開発しました（新潟大学，2018/06/04）
- 脳疾患薬の候補物質開発 新潟大、老廃物の排出促す（日経，2018/06/05）
- 脳疾患を改善する新たな薬剤候補「TGN-073」の開発に成功（m3.com，2018/06/06）
- アクアポリン別研究例
- Molecular basis for human aquaporin inhibition（PNAS，2024/02/08） ※2024/01/31公開8c9h（下掲）
- Structure of aquaporin-0 arrays in sphingomyelin/cholesterol membranes and implications for lipid rafts（bioRxiv，2023/08/02） ※2024/04/24公開8sjx（下掲）・8sjy
- Narrowed pore conformations of aquaglyceroporins AQP3 and GlpF（Nature Communications，2025/03/20） [NEW!] ※2025/03/19公開8y8n・8y8o・8y8s・8y8p・8y8q・8y8r（下掲）・8y8v・8y8w・8y8x
- 今月の分子 No.173: アクアポリン（Aquaporin）（PDBj，2014/05） ｜ Molecule of the Month（PDB）
- 佐々木成 編，「みずみずしい体のしくみ 水の通り道「アクアポリン」の働きと病気」，クバプロ(2005)
- 佐々木成 編，「水とアクアポリンの生物学」，中山書店(2008)
- アクアポリン - Wikipedia
- 爆問学問で脳と水分子とアクアポリンの話題（こども省，2009/03/05）
- 膜タンパク質データ集（本サイト） ｜ 別トピック
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TGN-073 ※アクアポリン1の構造例：3zojの4量体（Chain A×4；アクアポリン）* 同 単量体* ［Aquaporin - Wikipedia］ ※アクアポリン3の構造例：8y8r（アクアポリン；n-ドデシル-β-D-マルトシド 〈n-dodecyl-beta-D-maltoside〉が結合） 同PDBsumデータ8y8r_LMT$ ※アクアポリン4の構造例：2d57の4量体（Chain A×4；アクアポリン） ※アクアポリン7の構造例：8c9hのChain A 同PDBsumデータ8c9h_T60$ ※アクアポリン0の構造例：8sjxの8量体（Chain A×8；アクアポリン） ［Lens fiber major intrinsic protein - Wikipedia］ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
TGN-073（左）とアクアポリン4の構造例2d57の4量体（Chain A×4，右）
n-ドデシル-β-D-マルトシド （n-dodecyl-beta-D-maltoside）が結合したアクアポリン3の構造8y8rとPDBsumデータ
アクアポリン7の構造8c9hのChain AとPDBsumデータ
水晶体を形成するアクアポリン0の構造例8sjxの8量体（Chain A×8）