- 「生物の科学 遺伝」2018年1月発刊号（Vol.72 No.1）
- 日本海への誘い - 『日本海の生物と環境』特集掲載誌発刊を機に - Togetter （2017/12/23）
- 生命を知り生命に学ぶ（本サイト） ｜ 川上モデル - 分子・結晶・リガンド模型
★本間執筆特集総論PDF（テキスト・画像コピー不可）は右画像クリックで表示・ダウンロードできます。
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●アミノ色表示の凡例
ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
●疎水性インデックス順
ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
●有機概念図I/O値順（特性基 R）
ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
●等電点順
ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG
アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！
- Multiple substitutions lead to increased loop flexibility and expanded specificity in Acinetobacter baumannii carbapenemase OXA-239（Biochem. J.，2017/12/11）
- β-ラクタマーゼ - Wikipedia
- KEGG DRUG: セフォタキシム ｜ ドリペネム ｜ イミペネム水和物
- 抗生物質データ集メニュー（本サイト） ｜ 抗生物質を含むPDBデータ
［Beta-lactamase - Wikipedia；OXA (oxacillinase) group of β-lactamases (Class D)参照］
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5wi3のChain A（セフォタキシムに結合したカルバペネマーゼOXA-239） 同PDBsumデータ5wi3_PCZ[301(B)]$ PDBsumデータ5wi7_4J6（ドリペネム結合OXA-239）$ PDBsumデータ5wib_ID1（イミペネム結合OXA-239）$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
セフォタキシムに結合したカルバペネマーゼOXA-239 5wi3のChain A，および同データ・5wi3・5wi7（ドリペネム結合）・5wib（イミペネム結合）のPDBsumデータ（リガンドは何れもopen form）
［Opioid receptor - Wikipedia］
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4dkl*（μオピオイド受容体） リガンドBF0（アンタゴニスト）選択 同PDBsumデータ4dkl_BF0$ ［μ-opioid receptor - Wikipedia］ 4djh*%（κオピオイド受容体） 同Chain A リガンドJDC（JDTic）選択 同PDBsumデータ4djh_JDC$ ［κ-opioid receptor - Wikipedia］ 4ej4（δオピオイド受容体） リガンドEJ4（ナルトリンドール）選択 同PDBsumデータ4ej4_EJ4$ ［δ-opioid receptor - Wikipedia］ 4ea3*%（ノシセプチン/オルファニンFQ（N/OFQ）受容体；nociception opioid (NOP) receptor） 同Chain A リガンド0NN選択 PDBsumデータ（0NN，A鎖）$ ［Nociceptin receptor - Wikipedia］ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
オピオイド受容体の主要なクラス例μ 4dkl，κ 4djh，δ 4ej4，および関連するノシセプチンオピオイド受容体（NOP） 4ea3
- CODH-IV: A High-Efficiency CO-Scavenging CO Dehydrogenase with Resistance to O2（Angew. Chem. Int. Ed. Engl.，2017/11/02）
- 鉄硫黄クラスターを含む生体分子（本サイト）
［Carbon monoxide dehydrogenase - Wikipedia］
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6elqのChain B（一酸化炭素デヒドロゲナーゼ） 同PDBsumデータ6elq_BF8[702(X)]$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
[Fe4NiOS4]クラスターと[Fe4S4]クラスターを有する一酸化炭素デヒドロゲナーゼ6elqのChain Bおよび同PDBsumデータ（[Fe4NiOS4]クラスター；Chain X）
- アルツハイマー病病因物質を低減させる既存薬カクテルの同定 －患者由来iPS細胞を用いた化合物スクリーニングとin vitroトライアル－（京都大学 iPS細胞研究所，2017/11/22）
- 京都大学、アルツハイマー病治療薬のスクリーニング系を構築（認知症ねっと，2017/11/30）
- アルツハイマー、3薬併用で効果 京大が基礎研究（日経，2017/11/22）
- アルツハイマーの新薬治験 京都大、iPS研究基に（日経，2020/06/04） ※“候補薬はパーキンソン病の薬「ブロモクリプチン」”。
- その後の進展
- 家族性アルツハイマー病患者さんを対象とした医師主導治験 （結果速報）（京都大学 iPS細胞研究所，2022/06/30） [NEW!] ※“プレセニリン１遺伝子変異を持つ家族性アルツハイマー病”，“有効性解析では、ブロモクリプチンの投与期間に予め設定した２つの主要評価項目において、実薬群ではプラセボ群に比べて、認知機能及び行動・心理症状の病状進行が抑制される傾向を見出しました”。
- アルツハイマー病治療薬（本サイト）
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ブロモクリプチン（bromocriptine） ［Bromocriptine - Wikipedia］ ∥ ※ブロモクリプチン結合PDBデータ例： 5vcg（シトクロムP450 3A4） 08Y（ブロモクリプチン）選択 同PDBsumデータ5vcg_08Y$ ｜ 6vmsのChain R（ドーパミンD2受容体） 同PDBsumデータ6vms_08Y$ → GPCR - 2012年ノーベル化学賞 クロモリン（cromolyn） ［Cromoglicic acid - Wikipedia］ トピラマート（topiramate） ［Topiramate - Wikipedia］ ∥ ※トピラマート結合PDBデータ例： 5jnaのChain A（炭酸脱水酵素IV） TOR（トピラマート）選択 同PDBsumデータ5jna_TOR$ ブロモクリプチン，クロモリン，トピラマートの同時表示 バックボーン 二次構造 DNA/RNA（ATGCU，backbone） 全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左］ブロモクリプチン（bromocriptine） ［右］ブロモクリプチン（bromocriptine），クロモリン（cromolyn），トピラマート（topiramate）の同時表示
ブロモクリプチン結合5vcg（シトクロムP450 3A4）とトピラマート結合5jna（Chain A，炭酸脱水酵素IV），および各PDBsumデータ
ブロモクリプチンが結合したドーパミンD2受容体6vmsのChain RとそのPDBsumデータ
- Acid-Tolerant Monomeric GFP from Olindias formosa（Cell Chemical Biology，2017/12/28）
- 阪大，耐酸性緑色蛍光タンパク質を開発（オプトロニクスオンライン，2018/01/10）
- 緑色蛍光を発するタンパク質／GFP（本サイト）
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5y00（ハナガサクラゲの緑色の蛍光タンパク質Gamillus；fluorescence (ON) state） CRQ（蛍光団；Gln-Tyr-Gly）選択 ※オワンクラゲのGFPの例： 1hcjのChain A（GFP） 蛍光発生部分の色分け（赤：発色団，青：Phe，緑：Val，水色：Gln） 同原子団の選択 発色団共役二重結合をピンク表示 → 緑色蛍光を発するタンパク質／GFP バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左］ハナガサクラゲの緑色の蛍光タンパク質Gamillus 5y00（fluorescence (ON) state） ［右］オワンクラゲのGFPの例 1hcjのChain A
- Structure function and engineering of multifunctional non-heme iron dependent oxygenases in fungal meroterpenoid biosynthesis（Nature Communications，2018/01/09）
- 鉄硫黄クラスターを含む生体分子（本サイト）
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5yboのChain B（プレアウスチノイドA1が結合した非ヘム鉄Fe(II)/α‐ケトグルタル酸依存性ジオキシゲナーゼPrhA） 同PDBsumデータ5ybo_8SX$ 8SX（プレアウスチノイドA1）選択 PDBsumデータ5ybp_8SX$（プレアウスチノイドA1が結合したPrhA） PDBsumデータ5ybq_8T0$（プレアウスチノイドA2が結合したPrhA） 8T0（プレアウスチノイドA2）選択 PDBsumデータ5ybr_8T9$（プレアウスチノイドA3が結合したPrhA） 8T9（プレアウスチノイドA3）選択 PDBsumデータ5ybs_8TC$（berkeleyone Aが結合したPrhA） 8TC（berkeleyone A）選択 PDBsumデータ5ybt_8TC$（同上） バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左］プレアウスチノイドA1が結合した非ヘム鉄Fe(II)/α‐ケトグルタル酸依存性ジオキシゲナーゼPrhA 5yboのChain B
［右］5ybo・5ybp（preaustinoid A1結合），5ybq（preaustinoid A2結合），5ybr（preaustinoid A3結合），5ybs・5ybt（berkeleyone A結合）のPDBsumデータ
- EPSP合成酵素（EPSPS）研究例
- Evolving dual-trait EPSP synthase variants using a synthetic yeast selection system（PNAS，2024/08/19） [NEW!] ※ ※2024/08/28公開8umj・8umk・8uml・8umm・8umn（下掲）
- 3-ホスホシキミ酸-1-カルボキシビニルトランスフェラーゼ - Wikipedia ｜ ラウンドアップ
- 5-エノイルピルビニルシキミ酸-3-リン酸シンターゼ - meddic
- 農薬分子データ集（本サイト） ｜ 環境ホルモンとして疑われている化合物例
［EPSP synthase - Wikipedia，Glyphosate - Wikipedia］
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2gga（グリホサートが結合したEPSP合成酵素〈EPSPS〉） GPJ（グリホサート）選択 同PDBsumデータ2gga_GPJ$ 8umnのChain A（グリホサートが結合したEPSP合成酵素〈EPSPS〉；P126S・K296R変異体） 残基番号126・296を球30％表示／α炭素ラベル表示 GPJ（グリホサート）選択 同PDBsumデータ8umn_lp$ グリホサート（glyphosate） 2,4-D バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
グリホサート（glyphosate）
グリホサートが結合したEPSP合成酵素（EPSPS）2ggaとそのPDBsumデータ
グリホサートとシキミ酸-3-リン酸が結合したEPSP合成酵素（EPSPS）8umn（P126S・K296R変異体）のChain AとそのPDBsumデータ
- Scientists crack structure of enzyme complex linked to cancer（Science Daily，2018/02/07）
- DNAメチル化とは？ | 国立がん研究センター 研究所
- 日本エピジェネティクス研究会 ｜ 役に立つリンク集
- DNAメチル化 - Wikipedia ｜ エピジェネティクス - Wikipedia
- 仲野 徹，「エピジェネティクス ―新しい生命像をえがく」，岩波新書(2014)
- 田嶋正二 編，「エピジェネティクス その分子機構から高次生命機能まで」，化学同人(2013)
- 太田邦史，「エピゲノムと生命」，講談社ブルーバックス(2013)
- 構造生物学： DNAメチルトランスフェラーゼの自己阻害と活性化（Nature ハイライト，2015/01/29） ※PDBデータ4u7p・4u7t。
- DNAメチル化が細胞分裂を経ても維持される仕組みを解明（Nature 特集記事，2014/07/24）
- 今月の分子 007: ヌクレオソーム（Nucleosome）（PDBj，2000/07） ｜ 139: DNAメチルトランスフェラーゼ（DNA Methyltransferase, DNAメチル基転移酵素）（2011/07）
- DNAメチル化阻害剤アザシチジン（本サイト） ｜ 別トピック
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5yx2（2つのCpGサイトを含むDNAとDNMT3A-DNMT3Lの複合体） SAH（S-アデノシルホモシステイン）選択 PYO（RNAリンキング）選択 バックボーン 二次構造 DNA/RNA（ATGCU；塩基のみ） DNA/RNA（ATGCU，backbone） 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 DNA/RNA選択 DNA選択 DNA/RNA塩基選択 DNA/RNA backbone選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
2つのCpGサイトを含むDNAとDNMT3A-DNMT3Lの複合体 5yx2
- Structures of the prefusion form of measles virus fusion protein in complex with inhibitors（PNAS，2018/02/20）
- 麻疹（はしか）ウイルスに対する感染阻害剤の作用メカニズムを解明 －治療薬開発に新知見－速（九州大学，2018/02/21）
- はしか感染の構造解明 九大などの研究グループ 抗ウイルス薬開発を加速（西日本新聞，2018/02/20）
- 今月の分子 231: 麻疹ウイルスタンパク質（Measles Virus Proteins）（PDBj，2019/03） ｜ Molecule of the Month（PDB）
- 麻疹ウイルス - Wikipedia
- 鳥インフルエンザ＆新型インフルエンザ情報（本サイト）
［Measles morbillivirus - Wikipedia］
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5yzc（阻害化合物AS-48が結合した麻疹ウイルス融合タンパク質のプレ融合型構造） 95C（AS-48）選択 同PDBsumデータ5yzc_95C$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 糖鎖別着色（Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左］阻害化合物AS-48が結合した麻疹ウイルス融合タンパク質のプレ融合型構造 5yzcとそのPDBsumデータ
［右］麻疹ヘマグルチニンのPDBデータ例3alwの4量体（Chain A×4；，Form I）