◆ ヘモグロビン ◆
《 旧タイトル：ヘモグロビンとヘモグロビンS 》
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〔左〕3Dプリンタによるデオキシヘモグロビン2HHB（4量体）の分子模型
※新分子模型Kawakami Modelに関する資料はこちらをご覧ください。
★本分子模型（他に2点保有）を使った出張講座・土曜講座の受け付けをしています。


〔左〕ヘモグロビンS2hbs B鎖，〔右〕ヘモグロビン4hhb B鎖

ヘモグロビン
※初期表示はデオキシヘモグロビンの2HHB；4量体

オキシヘモグロビンとデオキシヘモグロビン
オキシヘモグロビン
1HHO A鎖　同4量体（A・B鎖×2）
PDBsum1hho_HEM-OXY(A鎖) $　同1hho_HEM-OXY(B鎖) $
デオキシヘモグロビン
4HHB A鎖　2HHB（4量体）
PDBsum2hhb_HEM(A鎖) $　同2hhb_HEM(B鎖) $
ヘモグロビンSとヘモグロビン
ヘモグロビンSの2HBS B鎖（初期表示）　Val6選択
ヘモグロビンの4HHB B鎖　Glu6選択
その他のヘモグロビンデータ
3D7O*（ヒト，亜硝酸イオン NO2-結合）
チューブワーム由来ヘモグロビンとヒトヘモグロビンの大きさ比べ
チューブワーム由来1YHU（左）とヒトヘモグロビン1HHO（4量体；右）
　　→ チューブワーム関連データのSITE例
マシコヒゲムシ由来ヘモグロビン [NEW!]
マシコヒゲムシ由来2D2N（24量体；A-D鎖×6）　同（4量体；A-D鎖）
PDBsum2d2n_MMC(メチル水銀，A鎖；A-D鎖で近傍アミノ酸に違い) $
　　→ SPring-8プレスリリース（2005/10/04）
バックボーン　二次構造
全選択　タンパク質選択
リガンド選択　ヘム選択　Fe選択　酸素選択
（*印のみ）　HB選択（$印のみ）
Chain A選択 B C D
 空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
アミノ色　Chain色　CPK色　｜　Jmol色　Rasmol色
濃赤　濃青　緑
酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別　疎水性インデックス順
I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
 水素結合表示　S-S結合表示　
　　
背景・黒　灰　白　紺


オキシヘモグロビン1HHO A鎖


同4量体（A・B鎖×2）


同4量体のPyMOLによる表示例


デオキシヘモグロビン2HHBの4量体


デオキシヘモグロビン2HHB Chain Bのヘム（HEM）近傍


デオキシヘモグロビン2HHBのPDBsumデータ（HEM）


参考：The flyer What is a Protein? (RCSB PDB) [PDF]
※数研出版「フォトサイエンス生物図録」，同「チャート式 新化学」，講談社ブルーバックス「動く分子事典」p.256なども参照。


★水素原子は省略

消去　針金[2]　スティック[3]　球棒[4]　空間充填[5]
Jmol色[1]　原子球白色表示
｜ ｜
背景・黒　灰　白　紺

★ [ ] の番号順にボタンをクリックしてみましょう！
あとは以下をいろいろ押してみよう。

鍵と鍵穴区別表示1（1次構造；下の“鍵穴構成部品色別表示1”も押して）
鍵と鍵穴区別表示2（2次構造）
全選択　鍵穴を選択　鍵を選択
 鍵穴構成部品色別表示1　2　3
 鍵穴構造を維持する結合表示
タンパク質の1次構造〜3次構造を知るために（4HHB B鎖を例に；4次構造は冒頭の“4量体”が例）。
→ 分子とは？から順にたどってみよう。


※注：本アニメgif中の2次構造画像にはα-ヘリックスのみでβ-シートは含まれていません。他のJmolコンテンツをご参照ください。

【重要】ヘモグロビンとヘモグロビンS
4hhbと2hbsのアミノ酸配列の違い（FASTA Sequence，何れもB鎖について）
※赤字が最初の共通開始部分トップのMet

※以下にこの配列について，１文字アミノ酸配列から各種HTMLデータを作成する秀丸マクロ により処理したデータを示す。

4HHB（アミノ酸別着色）

Val His Leu Thr Pro Glu Glu Lys Ser Ala Val Thr Ala Leu Trp Gly Lys Val Asn Val Asp Glu Val Gly Gly Glu Ala Leu Gly Arg Leu Leu Val Val Tyr Pro Trp Thr Gln Arg Phe Phe Glu Ser Phe Gly Asp Leu Ser Thr
Pro Asp Ala Val Met Gly Asn Pro Lys Val Lys Ala His Gly Lys Lys Val Leu Gly Ala Phe Ser Asp Gly Leu Ala His Leu Asp Asn Leu Lys Gly Thr Phe Ala Thr Leu Ser Glu Leu His Cys Asp Lys Leu His Val Asp Pro
Glu Asn Phe Arg Leu Leu Gly Asn Val Leu Val Cys Val Leu Ala His His Phe Gly Lys Glu Phe Thr Pro Pro Val Gln Ala Ala Tyr Gln Lys Val Val Ala Gly Val Ala Asn Ala Leu Ala His Lys Tyr His
2HBS（アミノ酸別着色）
Val His Leu Thr Pro Val Glu Lys Ser Ala Val Thr Ala Leu Trp Gly Lys Val Asn Val Asp Glu Val Gly Gly Glu Ala Leu Gly Arg Leu Leu Val Val Tyr Pro Trp Thr Gln Arg Phe Phe Glu Ser Phe Gly Asp Leu Ser Thr
Pro Asp Ala Val Met Gly Asn Pro Lys Val Lys Ala His Gly Lys Lys Val Leu Gly Ala Phe Ser Asp Gly Leu Ala His Leu Asp Asn Leu Lys Gly Thr Phe Ala Thr Leu Ser Glu Leu His Cys Asp Lys Leu His Val Asp Pro
Glu Asn Phe Arg Leu Leu Gly Asn Val Leu Val Cys Val Leu Ala His His Phe Gly Lys Glu Phe Thr Pro Pro Val Gln Ala Ala Tyr Gln Lys Val Val Ala Gly Val Ala Asn Ala Leu Ala His Lys Tyr His
4HHB（極性・非極性別）
Val His Leu Thr Pro Glu Glu Lys Ser Ala Val Thr Ala Leu Trp Gly Lys Val Asn Val Asp Glu Val Gly Gly Glu Ala Leu Gly Arg Leu Leu Val Val Tyr Pro Trp Thr Gln Arg Phe Phe Glu Ser Phe Gly Asp Leu Ser Thr
Pro Asp Ala Val Met Gly Asn Pro Lys Val Lys Ala His Gly Lys Lys Val Leu Gly Ala Phe Ser Asp Gly Leu Ala His Leu Asp Asn Leu Lys Gly Thr Phe Ala Thr Leu Ser Glu Leu His Cys Asp Lys Leu His Val Asp Pro
Glu Asn Phe Arg Leu Leu Gly Asn Val Leu Val Cys Val Leu Ala His His Phe Gly Lys Glu Phe Thr Pro Pro Val Gln Ala Ala Tyr Gln Lys Val Val Ala Gly Val Ala Asn Ala Leu Ala His Lys Tyr His
2HBS（極性・非極性別）
Val His Leu Thr Pro Val Glu Lys Ser Ala Val Thr Ala Leu Trp Gly Lys Val Asn Val Asp Glu Val Gly Gly Glu Ala Leu Gly Arg Leu Leu Val Val Tyr Pro Trp Thr Gln Arg Phe Phe Glu Ser Phe Gly Asp Leu Ser Thr
Pro Asp Ala Val Met Gly Asn Pro Lys Val Lys Ala His Gly Lys Lys Val Leu Gly Ala Phe Ser Asp Gly Leu Ala His Leu Asp Asn Leu Lys Gly Thr Phe Ala Thr Leu Ser Glu Leu His Cys Asp Lys Leu His Val Asp Pro
Glu Asn Phe Arg Leu Leu Gly Asn Val Leu Val Cys Val Leu Ala His His Phe Gly Lys Glu Phe Thr Pro Pro Val Gln Ala Ala Tyr Gln Lys Val Val Ala Gly Val Ala Asn Ala Leu Ala His Lys Tyr His

《話題》 オキシヘモグロビン・デオキシヘモグロビンとfMRI
　fMRI（機能的磁気共鳴画像）は脳の活動を調べる神経活動計測法の一つであるが，その測定原理となっているのが，オキシヘモグロビンとデオキシヘモグロビンの磁性体としての性質の差である。
　デオキシヘモグロビンの方が常磁性体としての性質をもつので，MRIの強い磁場の中において磁場を乱してMRI信号を減弱させる（Blood oxygen level dependent効果，BOLD効果）。ところが脳の活動が活発化して，網細血管にオキシヘモグロビンが流入するとMRI信号を弱めていたデオキシヘモグロビンが押し出されて信号強度が回復する。この現象による局所的なシグナルの強弱を測定して脳の活動状態を調べるのである。

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