◆ Jmolで見るトピックス分子（9-1） ◆

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ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や，RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため，10件ずつ表示するように変更しました（上記書庫も順次修正します）。
※旧版で表示していた一部の参考データ（PDBsumなど）は今後追加します。

  1. エリアレビュー・大腸癌（セツキシマブ）　切除不能大腸癌の臨床概念を変える最新知見（日経メディカル，2013/12/24）


    上皮増殖因子受容体に結合したセツキシマブ 1yy9

    PDBデータ 1yy9#（上皮増殖因子受容体に結合したセツキシマブ）

    		バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
    空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     糖鎖別着色：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
    水素結合表示
    　
    　
    背景・黒　灰　白　紺

      ●アミノ色表示の凡例
      ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR　ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO
      ●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR　ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS
      ●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
      SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG　HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP　SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE
      ●有機概念図I/O値順（特性基 R）
      ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS　TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE
      ●等電点順
      ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP　VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！

  2. Annual Report Published（RCSB PDB，2013/12/24）


    RCSB PDB“Annual Report 2013”表紙とその中のPDBデータ例4g1q（表紙上右；HIV-1ウイルスの逆転写酵素）および同PDBsumデータ

    PDBデータ 4g1q（HIV-1ウイルスの逆転写酵素；非核酸系逆転写酵素阻害剤リルピビリン〈リルピヴィリン／rilpivirine／TMC-278〉が結合）

    		4g1q（非核酸系逆転写酵素阻害剤リルピビリン〈リルピヴィリン〉が結合したHIV-1ウイルスの逆転写酵素）　同PDBsumデータ4g1q_T27$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
    空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

  3. 米コロラド州で大麻販売を解禁、医療目的以外で全米初（ロイター，2014/01/02）


    テトラヒドロカンナビノール

    テトラヒドロカンナビノール（tetrahydrocannabinol，Δ9-THC）
    ［Tetrahydrocannabinol - Wikipedia］

    空間充填　球棒　スティック
    　　　
    背景・黒　灰　白　紺

  4. タミフル耐性ウイルス 感染相次ぐ（NHK，2014/01/06）　※ラニナミビル（イナビルの一般名）関連データを以下に


    ラニナミビルオクタン酸エステル水和物（左）とラニナミビルが結合したH1N1インフルエンザウイルスのイラミニダーゼのPDBsumデータ例3ti3_LNV（右）

    PDBデータ 3ti3のChain A#（H1N1インフルエンザウイルスのイラミニダーゼ〈N1〉；ラニナミビルが結合）

    		バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
    空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     糖鎖別着色：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
    水素結合表示
    　
    　
    背景・黒　灰　白　紺

    ラニナミビルオクタン酸エステル水和物（CS-8958；ラニナミビルのプロドラッグ）
    ［Laninamivir - Wikipedia］

    空間充填　球棒　スティック
    　　　
    背景・黒　灰　白　紺

  5. 今月の分子 No.169: HIV外被糖たんぱく質（HIV Envelope Glycoprotein）（PDBj，2014/01） ｜ Molecule of the Month（PDB）


    HIV外被糖タンパク質のPDBデータ例4ncoのChain A・B・E・F・I・J（緑がgp120，橙がgp41，他は糖鎖）

    PDBデータ 4ncoのChain A・B・E・F・I・J#（HIV外被糖タンパク質）

    		バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　gp120（A・E・I鎖）選択　リガンド選択
    空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     糖鎖別着色：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
    水素結合表示
    　
    　
    背景・黒　灰　白　紺

  6. 新しい抗うつ薬として期待されるケタミンはセロトニン神経系に作用　−即効性と持続性を持つ抗うつ薬のメカニズムの一端を解明−（理研，2014/01/08）　※ケタミン関連データを以下に


    (S)-ケタミン（左）と(R)-ケタミンが結合したGLICタンパク質のPDBsumデータ4f8h_RKE（右；理研研究とは無関係）

    ［左］(S)-ケタミン（(S)-ketamine）　［右］ (R)-ケタミン

    空間充填　球棒　スティック
    　　　
    背景・黒　灰　白　紺

    空間充填　球棒　スティック
    　　　
    背景・黒　灰　白　紺

    参考：(R)-ケタミンを含むPDBデータ4f8h*（リガンド開口型イオンチャネル〈GLIC〉）

    		バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
    空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　
    背景・黒　灰　白　紺

  7. 栗栖源嗣，『タンパク質結晶構造に基づく生命機能の理解　─ 生体高分子構造解析の最前線 』，日本化学会「化学と工業」，2014年1号（特集：世界結晶年（IYCr2014）によせて）　※p.23図3該当データを以下に


    高電位鉄イオウタンパク質（HiPIP）のPDBsumデータ3a38_SF4（H原子追加）

    PDBデータ 3a38*（高電位鉄イオウタンパク質〈HiPIP〉）

    		バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
    Arg28およびTrp74選択
    空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　
    背景・黒　灰　白　紺

  8. アミノ酸命名法を標準化します（PDBj，2014/01/10）
    ［左］ピロリジン（pyrrolysine，PYL）　［右］セレノシステイン（selenocysteine，SEC）

    空間充填　球棒　スティック
    　　　
    背景・黒　灰　白　紺

    空間充填　球棒　スティック
    　　　
    背景・黒　灰　白　紺

  9. サイエンスZERO｜国際宇宙ステーション大特集(2)　ゼログラビティーがひらく科学の未来 後編（NHK，2014/01/12放送）　※デュシェンヌ型筋ジストロフィー薬開発の鍵となるタンパク質構造例を以下に


    阻害剤HQL-79（空間充填表示）が結合した造血器型プロスタグランジンD合成酵素のPDBデータ例2cvdのChain A・D

    PDBデータ 2cvdのChain A・D（造血器型プロスタグランジンD合成酵素；阻害剤HQL-79結合）
    ［PGDS - Wikipedia］

    		バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
    HQL（阻害剤HQL-79）選択

    空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　
    背景・黒　灰　白　紺

  10. エーザイ 12歳以上の抗てんかん剤ペランパネルを米国で発売（QLifePro医療ニュース，2014/01/14）

    ペランパネル（perampanel）
    ［Perampanel - Wikipedia］

    空間充填　球棒　スティック
    　　　
    背景・黒　灰　白　紺

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