◆ Jmolで見るトピックス分子（10-3） ◆

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ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や，RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため，10件ずつ表示するように変更しました（上記書庫も順次修正します）。
※旧版で表示していた一部の参考データ（PDBsumなど）は今後追加します。
※Javaバージョンの関係でJmol分子が表示されない場合はこちらを参考にアップデートファイルを削除すれば表示されます（この方法は自己責任でお願いします）。

  1. 今月の分子 No.175: 微小管（Microtubules）（PDBj，2014/07） ｜ Molecule of the Month（PDB）

    PDBデータ 3j2u（チューブリンのヘテロ2量体；キネシン様タンパク質Klp10Aが結合）
    ［Microtubule - Wikipedia］

    		3j2u（チューブリン-キネシン様タンパク質Klp10A複合体；Chain ACがα-チューブリン，BDがβ-チューブリン，KがKlp10A）　K鎖選択
    1jff（チューブリン；パクリタキセル〈商品名 タキソール Taxol〉結合）　同PDBsumデータ 1jff_TA1$
    1jff（チューブリン；パクリタキセル〈商品名 タキソール Taxol〉結合）　同PDBsumデータ 1jff_TA1$
    6qexのChain A（パクリタキセルが結合したP糖タンパク質ABCB1）　TA1（パクリタキセル）選択　同PDBsumデータ 6qex_TA1$　［P-glycoprotein - Wikipedia］ ｜ パクリタキセル（paclitaxel；商品名 タキソール Taxol）
    8y6hのChain A（エラクリダール〈elacridar〉）が結合したP糖タンパク質）　同PDBsumデータ 8y6h_lp[1603(A)]$
    9ctc（ABCB1；ゾスキダル〈zosuquidar〉結合）　ZQU（ゾスキダル）選択　同PDBsumデータ 9ctc_ZQU[1302(A)]$
    8zpz（ABCB1；ブラシノリド〈brassinolide〉結合）　同PDBsumデータ 8zpz_BLD$　［Brassinolide - Wikipedia］
    9w9i（KAP3とAPCが結合したキネシン-2のテイルドメイン）　Tyr602・Met605・Tyr609・Tyr626選択
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
    ヒトの必須・非必須区別
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

        
    ［左・中］パクリタキセル（paclitaxel，商品名 タキソール Taxol）を含むチューブリン-キネシン複合体3edlの165量体（Chain ABDFG×33；α炭素のみ）
    ［右］パクリタキセル（商品名 タキソール Taxol）が結合したチューブリン1jffのPDBsumデータ

      
    ［左］パクリタキセル（paclitaxel，商品名 タキソール Taxol）
    ［中・右］（パクリタキセルが結合したP糖タンパク質ABCB1 6qexのChain AとPDBsumデータ

      
    左から エラクリダール（elacridar）が結合したABCB1 8y6hのChain AとPDBsumデータ，
    ゾスキダル（zosuquidar）が結合したABCB1 9ctcとPDBsumデータ


    ブラシノリド（brassinolide）が結合したABCB1 8zpzとPDBsumデータ


    KAP3とAPCが結合したキネシン-2のテイルドメイン9w9i


    参考動画：キネシンほか細胞内の各種タンパク質の運動

      ●アミノ色表示の凡例
      ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR　ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO
      ●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR　ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS
      ●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
      SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG　HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP　SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE
      ●有機概念図I/O値順（特性基 R）
      ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS　TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE
      ●等電点順
      ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP　VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！

  2. RCSB PDB 2014/07/01 新規公開データより：4tll Crystal structure of GluN1/GluN2B NMDA receptor, structure 1

    PDBデータ 4tll#（GluN1/GluN2B NMDA受容体）
    ［NMDA receptor - Wikipedia］

    		4tll（GluN1/GluN2B NMDA受容体）　QEM（Ro25-6981）選択　JEG（t-ACBD）選択　1AC（ACPC）選択　同PDBsumデータ4tll_QEM [901(B)]$　同PDBsumデータ4tll_JEG$　同PDBsumデータ4tll_1AC$
    ※別研究より
    7eu7のChain D（GluN1-GluN2A NMDA受容体；(S)-ケタミンが結合）　同PDBsumデータ7eu7_JC9$ ｜ PDBsumデータ7eu8_JC9（GluN1-GluN2B）$
    9gj1のChain B（NMDA 1；compound 42dが結合，cif→pdb変換）　同PDBsumデータ9gj1_lp$
    9oouのChain A（NMDA 1；EU 1622-240が結合，cif→pdb変換）　EU 1622-240選択　同PDBsumデータ9oou_lp$
    ※参考（ケタミン関連）：(S)-ケタミン（(S)-ketamine） ｜ (R)-ケタミン　→ 抗うつ剤と神経伝達物質（本サイト）｜危険ドラッグ｜別トピック
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     糖鎖別着色： Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
    水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    S-ケタミン（S-ketamine）とR-ケタミン（R-ketamine）


    GluN1/GluN2B NMDA受容体4tllとPDBsumデータ（リガンドは左からRo25-6981，t-ACBD，ACPC）


    EU 1622-240が結合したGluN1a-2B NMDA受容体9oouのChain AとPDBsumデータ


    (S)-ケタミンが結合したGluN1-GluN2A NMDA受容体7eu7のChain DとPDBsumデータ（GluN1-GluN2Bの7eu8との比較）


    compound 42dが結合したNMDA 1 9gj1のChain BとPDBsumデータ

  3. 耐性ウイルス抑える物質開発　京大、ヘルペスで有効性（京都新聞，2014/07/09）

    FIT-039
    ［Cyclin-dependent kinase 9 - Wikipedia］

    		FIT-039
    ※参考（CDK9構造例；上掲JCI誌論文に記載の3TN8, 3BLQ, 3BLRから）：3tn8（CDK9/サイクリンT複合体；阻害剤CAN508が結合） *　　A鎖（CDK9）選択　F18（CAN508）選択　同PDBsumデータ 3tn8_F18$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    [左]FIT-039（FIT039）　［右］阻害剤CAN508が結合したCDK9/サイクリンT複合体3tn8のPDBsumデータ

  4. RCSB PDB 2014/07/08 新規公開データより：4tnh RT XFEL structure of Photosystem II in the dark state at 4.9 A resolution　※他に4tni，4tnj，，4tnkよりMn4CaO5クラスターの構造比較

    Mn4CaO5クラスターの構造比較（4tnh，4tni，4tnj，4tnk）
    ［Photosystem II - Wikipedia］

    4tnh
    （dark state）
    空間充填　球棒　スティック
    　　　
    背景・黒　灰　白　紺

    4tnj
    （500 ms after the 2nd illumination）
    空間充填　球棒　スティック
    　　　
    背景・黒　灰　白　紺

    4tnk
    （250 μs after the third illumination）
    空間充填　球棒　スティック
    　　　
    背景・黒　灰　白　紺

    4tni
    （500 ms after the third illumination）
    空間充填　球棒　スティック
    　　　
    背景・黒　灰　白　紺


    3arc
    （参考データ：別ページ参照）
    空間充填　球棒　スティック
    　　　
    背景・黒　灰　白　紺

  5. RCSB PDB 2014/07/15 新規公開データより：4pbu Serial Time-resolved crystallography of Photosystem II using a femtosecond X-ray laser The S1 state　※他に4q54よりMn4CaO5クラスターの構造比較

    Mn4CaO5クラスターの構造比較（4pbu，4q54）
    ［Photosystem II - Wikipedia］

    4pbu
    （S1 state）
    空間充填　球棒　スティック
    　　　
    背景・黒　灰　白　紺

    4q54
    （S state after two flashes(S3)）
    空間充填　球棒　スティック
    　　　
    背景・黒　灰　白　紺

  6. RCSB PDB 2014/07/15 新規公開データより：4m4a Human Hemoglobin Nitromethane Modified　※ニトロソメタン結合ヘモグロビンのPDBsumデータを以下に（酸素結合，一酸化炭素結合のものと比較）

    ニトロソメタン結合ヘモグロビンのPDBsumデータ4m4a_HEM-NSM（酸素結合，一酸化炭素結合のものと比較）

    4m4a_HEM-NSM
    （ニトロソメタン結合；A鎖）
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　消去
    CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順
    ｜ 背景・黒　灰　白　紺

    参考：1hho_HEM-OXY
    （酸素結合；A鎖）
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　消去
    CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順
    ｜ 背景・黒　灰　白　紺

    参考：1aj9_HEM-CMO
    （一酸化炭素結合；A鎖）
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　消去
    CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順
    ｜ 背景・黒　灰　白　紺

  7. 池袋暴走事件、脱法ドラッグ中に新種の合成カンナビノイド（BLOGOS，2014/07/12）

    脱法ドラッグの5F-AMBとAB-CHMINACAの同時表示

    		5F-AMBとAB-CHMINACAの同時表示
    5F-AMB
    AB-CHMINACA
    JWH-018
    参考（MDMA結合PDBsumデータ例）：同PDBsumデータ 3gm0_B41$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    MDMAが結合した抗メタンフェタミン単鎖Fv 3gm0のPDBsumデータ

  8. "認知症800万人"時代　認知症をくい止めろ　〜ここまで来た！世界の最前線〜（NHKスペシャル，2014/07/20放映）　※紹介されたシロスタゾール（cilostazol）とインスリン構造例を以下に。

    シロスタゾール（cilostazol）およびインスリン構造例
    ［Cilostazol - Wikipedia，Insulin - Wikipedia］

    		シロスタゾール（cilostazol）
    1trz*（インスリンの構造例）　同Chain A・B
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    「GoogleドライブとChem3D for iPadで分子を見る」    によるシロスタゾール（cilostazol）の表示

  9. エボラ出血熱、ナイジェリアでも死者 4か国目（AFPBB News，2014/07/26）　→ 最新情報・資料は2014年にエボラ出血熱感染拡大へ!!

    PDBデータ 4ibb（エボラウイルスのVP35タンパク質）
    ［Ebola virus disease - Wikipedia］

    		4ibb（エボラウイルスのVP35タンパク質）　同PDBsumデータ 4ibb_1DK$
    3csy#（エボラウイルス糖タンパク質3量体；ヒト由来抗体結合）
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
    空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     糖鎖別着色： Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
    水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    上掲Cover Story掲載のNature表紙と当該データ3csy（ヒト由来抗体が結合したエボラウイルス糖タンパク質3量体；画像クリックで拡大）

  10. RCSB PDB 2014/07/29 新規公開データより：4qn7 Crystal structure of neuramnidase N7 complexed with Oseltamivir

    PDBデータ 4qn7（インフルエンザウイルスのN7ノイラミニダーゼ；オセルタミビル〈GS4071〉が結合）

    		バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
    G39（GS4071）選択
    空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     糖鎖別着色： Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
    水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    3cl0_G39（N1）
    I'/O'＝1.811
    CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順
    背景・黒　灰　白　紺

    4qn7_G39（N7）
    I'/O'＝1.845
    CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順
    背景・黒　灰　白　紺
    → その他のGS4071（オセルタミビル代謝物）を含むPDBsumデータ


    オセルタミビル（oseltamivir；商品名タミフル）の代謝活性体GS4071が結合したインフルエンザウイルスのノイラミニダーゼ3cl0（N1）と4qn7（N7）のPDBsumデータ

「生活環境化学の部屋」ホームページ ｜ Jmol版「分子の学習帳」