◆ Jmolで見るトピックス分子（9-4） ◆

→ No.401-410 ｜ 411-420（作成中） ｜ No.421-430 ｜ 441- ←
→ Vol.1 ｜ 2 ｜ 3 ｜ 4 ｜ 5 ｜ 6 ｜ 7 ｜ 8 ‖ データ名一覧 ←

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や，RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため，10件ずつ表示するように変更しました（上記書庫も順次修正します）。
※旧版で表示していた一部の参考データ（PDBsumなど）は今後追加します。

  1. 本サイト主宰など『化学サイト“生活環境化学の部屋”と科学イベントの運営』の業績で化学コミュニケーション賞2013を受賞致しました。　→ 報告と最新情報はこちらに追記します。

      
    ［左］ヘモグロビン（本サイト）　［右］化学コミュニケーション賞2013募集ポスター（日本化学連合）

    PDBデータ 4hhbのChain B（ecosci.jp内Jmolコンテンツ例として；ヘモグロビン〈タンパク質の1次構造〜3次構造を知るために〉）
    → 分子とは？から順にたどってみてください。

    		★水素原子は省略

    消去　針金[2]　スティック[3]　球棒[4]　空間充填[5]
    Jmol色[1]　原子球白色表示
    ｜ ｜
    背景・黒　灰　白　紺

    ★ [ ] の番号順にボタンをクリックしてみましょう！
    あとは以下をいろいろ押してみよう。

    鍵と鍵穴区別表示1（1次構造；下の“鍵穴構成部品色別表示1”も押して）
    鍵と鍵穴区別表示2（2次構造）
    全選択　鍵穴を選択　鍵穴の一部を選択　鍵を選択
     鍵穴構成部品色別表示1　2　3
     鍵穴構造を維持する結合表示

      ●アミノ色表示の凡例
      ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR　ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO
      ●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR　ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS
      ●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
      SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG　HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP　SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE
      ●有機概念図I/O値順（特性基 R）
      ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS　TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE
      ●等電点順
      ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP　VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！

  2. Viroporins : SBKB（2014/03）

    PDBデータ 2m6xのModel 1（C型肝炎ウイルス由来のp7チャネル〈viroporin〉）

    		バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

  3. 成人T細胞白血病:宮崎大　抑制効果のある遺伝子を特定（毎日，2014/02/27）

    PDBデータ 2xmrのChain A（NDRG2タンパク質）
    ［NDRG2 - Wikipedia］

    		バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

  4. NHKサイエンスZERO「冷凍革命！　水を凍らせない？ 謎の物質」（2014/02/23放映）

    PDBデータ 4ke2（冬ヒラメの不凍タンパク質）
    ［Antifreeze protein - Wikipedia］
    ※番組で別に紹介されたキシロマンナン部分構造例も表示可（代表的な高分子参照）

    		4ke2（冬ヒラメの不凍タンパク質）
    キシロマンナン（xylomannan；部分構造例）
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

  5. 今月の分子 No.171: 神経伝達物質輸送体（Neurotransmitter Transporters）（PDBj，2014/03） ｜ Molecule of the Month（PDB）

    PDBデータ 4m48のChain A*（神経伝達物質輸送体；ノルトリプチリンが結合）
    ［Neurotransmitter transporter - Wikipedia］

    		4m48のChain A*（神経伝達物質輸送体；ノルトリプチリンが結合）
    ノルトリプチリン（nortriptyline）
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    4m48_21B（ノルトリプチリン）
    I'/O'＝0.857
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　消去
    CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

    4m48_NA701（Naイオン；2個のうちの一方，HOH 809追加）
    I'/O'＝4.167（HOHを除いて）
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　消去
    CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

    4m48_CL（Clイオン）
    I'/O'＝2.146
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　消去
    CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    ノルトリプチリン（nortriptyline）が結合した神経伝達物質輸送体4m48のPDBsumデータ

  6. iCeMS教授ら、ヒト多能性幹細胞を光らせる化合物を発見（京都大学，2014/03/07）

    KP-1（Kyoto Probe 1）

    空間充填　球棒　スティック
    　　　
    背景・黒　灰　白　紺

  7. RCSB PDB 2014/03/04 新規公開データより：2mh5 Structure and NMR assignments of lantibiotic NAI-107 in DPC micelles

    PDBデータ 2mh5のModel 1（DPCミセル中のランチビオティックNAI-107；放線菌Microbispora属由来）
    ［Lantibiotics - Wikipedia］

    		PDBデータ 2mh5のModel 1（DPCミセル中のランチビオティックNAI-107）
    同PDBsumデータ 2mh5_DPV111$（65個のDPCの中の11番目；DPV 111(A)）
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

  8. RCSB PDB 2014/02/05 新規公開データより：3wb2 HcgB from Methanocaldococcus jannaschii in complex with the guanylyl-pyridinol product in a model reaction of [Fe]-hydrogenase cofactor biosynthesis

    PDBデータ 3wb2（HcgB酵素；生成物グアニリルピリジノールが結合）
    ［Lantibiotics - Wikipedia］

    		PDBデータ 3wb2（HcgB酵素）
    同PDBsumデータ 3wb2_YGP$（A鎖；他にC鎖に2件）
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    リガンドYGPが結合したHcgB酵素3wb2のPDBsumデータ

  9. 新型インフルエンザ用の新薬:「アビガン錠」厚労省が承認（毎日，2014/03/24）　※ファビピラビル（favipiravir，T-705，商品名アビガン；RNAポリメラーゼ阻害剤）と関連データを以下に再掲。

    ファビピラビル（favipiravir，T-705，商品名アビガン；RNAポリメラーゼ阻害剤）
    ［Favipiravir - Wikipedia，Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase - Wikipedia］

    		ファビピラビル（favipiravir）
    PDBデータ 4kn6（ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ；T-705-リボース-5'-一リン酸が結合〈T-705は活性体の三リン酸体に変換されて阻害作用〉）
    同PDBsumデータ 4kn6_1RP$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

  10. 検出困難「薬効かぬ菌」西日本で拡大か　大阪の院内感染（朝日，2014/03/31）　※肺炎桿菌由来のメタロ-β-ラクタマーゼ構造例を以下に再掲。　→ 別トピック

    PDBデータ 3q6xのChain A（肺炎桿菌由来のメタロ-β-ラクタマーゼ，NDM-1；加水分解したアンピシリンが結合）
    ［Beta-lactamase - Wikipedia，Carbapenem resistant enterobacteriaceae - Wikipedia（CRE）］

    		PDBデータ 3q6xのChain A（メタロ-β-ラクタマーゼ）
    同PDBsumデータ 3q6x_ZZ7$（Znイオン2個含む）
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    加水分解したアンピシリンとZnイオンが結合した肺炎桿菌由来のメタロ-β-ラクタマーゼ，NDM-1 3q6xのPDBsumデータ

「生活環境化学の部屋」ホームページ ｜ Jmol版「分子の学習帳」