◆ Jmolで見るトピックス分子（9-5） ◆

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ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や，RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため，10件ずつ表示するように変更しました（上記書庫も順次修正します）。
※旧版で表示していた一部の参考データ（PDBsumなど）は今後追加します。

  1. 今月の分子 No.172: RecAとRad51 （RecA and Rad51）（PDBj，2014/04） ｜ Molecule of the Month（PDB）

    PDBデータ 3cmx（損傷DNAを修復する相同組換えに関わるRecA-ssDNA/dsDNA複合体）
    ［RecA - Wikipedia，Homologous recombination - Wikipedia］

    		バックボーン　二次構造　DNA/RNA（ATGCU，backbone）
    全選択　タンパク質選択　DNA/RNA選択　同backbone選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      ●アミノ色表示の凡例
      ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR　ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO
      ●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR　ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS
      ●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
      SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG　HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP　SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE
      ●有機概念図I/O値順（特性基 R）
      ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS　TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE
      ●等電点順
      ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP　VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！

  2. RCSB PDB 2014/03/26 新規公開データより：4ntj Structure of the human P2Y12 receptor in complex with an antithrombotic drug

    PDBデータ 4ntj（P2Y受容体；抗血栓剤が結合）
    ［P2Y receptor - Wikipedia］

    		PDBデータ 4ntj*（P2Y受容体；抗血栓剤が結合）
    同PDBsumデータ 4ntj_AZJ$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　AZJ選択
    HB選択（$印のみ）　
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    P2Y12受容体構造例4ntjと4pxz，およびそのPDBsumデータ

  3. 光合成反応中心と集光アンテナタンパク質との複合体の結晶構造を解明（SPring-8，2014/03/27）

    PDBデータ 3wmm（光合成反応中心と集光アンテナタンパク質との複合体）
    ※上掲研究で3wmmがC2結晶，3wmn・3wmoがP21結晶

    		バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
    C・L・M・H鎖（反応中心）選択
    BCL選択　BPH選択　HEM選択　
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    BCL・BPH・HEMのみ表示

  4. RCSB PDB 2014/04/23 新規公開データより：2mg8 Molecular Binding of TFF1 Estrogen Response Element by a DNA Bis-intercalating Anticancer Drug XR5944

    PDBデータ 2mg8のModel 1（DNA；エストロゲン応答配列に抗がん剤XR5944が結合）

    		バックボーン　二次構造　DNA/RNA（ATGCU，backbone）
    全選択　タンパク質選択　DNA/RNA選択　同backbone選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

  5. 今月の分子 No.173: アクアポリン（Aquaporin）（PDBj，2014/05） ｜ Molecule of the Month（PDB）

    PDBデータ 3zojの4量体（Chain A×4；アクアポリン）
    ［Aquaporin - Wikipedia］

    		3zojの4量体（Chain A×4；アクアポリン）*
    同 単量体*
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

  6. SACLAが、放射線損傷のない正確な結晶構造の決定に、タンパク質で初めて成功−世界結晶年2014年、レーザーX線が拓く次の世紀へのマイルストーン−（SPring-8，2014/05/12）

    PDBデータ 3wg7（チトクロム〔シトクロム〕酸化酵素）
    ［Cytochrome c oxidase - Wikipedia; Redirected from Cytochrome oxidase］

    		3wg7
    同PDBsumデータ 3wg7_PER（過酸化物イオン）$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
    PER（過酸化物イオン）選択　HEA（ヘムa）選択

     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

  7. RCSB PDB 2014/05/14 新規公開データより（PDB登録データ100,000件突破！）：4nug Crystal structure of HIV-1 broadly neutralizing antibody PGT151

    PDBデータ 4nug（HIV-1ウイルスの広域中和抗体PGT151）

    		バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

  8. 健康食品が変わる　規制改革の波紋 - NHK　クローズアップ現代（2014/05/13放映）

    参考（上記番組で取り上げられたEPA関連）：PDBsumデータ 1igx_EPA
    （EPAが結合したプロスタグランジンエンドペルオキシド合成酵素）

    1igx_EPA　I'/O'＝0.606
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　消去
    CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順

    ｜ 背景・黒　灰　白　紺


    EPAが結合したプロスタグランジンエンドペルオキシド合成酵素1igxのPDBsumデータ

  9. TMDUなど、「PQBP1」遺伝子の変異による知的障害の発症メカニズムを解明（マイナビニュース，2014/05/01）　※“PQBP1”，PDBデータ4BWQ・4BWS・4CDO。

    PDBデータ 4bwsのChain A・B・C*（PQBP1，U5-15kD，U5-52Kの複合体）
    ※上掲研究で他に，4bwqがPQBP1・U5-15kDの複合体，4cdoがスプライセオソーマルU5-15kDに結合するPQBP1

    		バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　
    A鎖（U5-15kD）選択　B鎖（PQBP1）選択　C鎖（U5-52K）選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

  10. NHKニュース7で当院の原発性アルドステロン症に対する取り組みが紹介されました（東北大学病院，2014/05/18）

    アルドステロン（aldosterone）
    ［Aldosterone - Wikipedia］

    		アルドステロン（aldosterone）
    参考（アルドステロンを含むPDBデータ例）： 2aa2（ミネラルコルチコイド受容体；アルドステロンが結合）　同PDBsumデータ 2aa2_AS4$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
    AS4（アルドステロン）選択

     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    アルドステロン（aldosterone）と同分子結合PDBデータ例ミネラルコルチコイド受容体2aa2のPDBsumデータ

「生活環境化学の部屋」ホームページ ｜ Jmol版「分子の学習帳」