◆ Jmolで見るトピックス分子（17-1） ◆

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ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や，RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため，10件ずつ表示するように変更しました（上記書庫も順次修正します）。
※旧版で表示していた一部の参考データ（PDBsumなど）は今後追加します。
※Jmol利用コンテンツはWindows 10でもInternet Explorer 11で閲覧できます。

  1. 世界初！胃酸分泌を担う胃プロトンポンプの構造を解明　―胃酸抑制剤結合構造と強酸に対してプロトンを吐き出す仕組み―（日本医療研究開発機構，2018/04/05）　※下掲5ylu・5ylv（2018/04/11公開データ）

    PDBデータ 5ylu（ボノプラザンが結合した胃プロトンポンプ）
    ［Proton-pump inhibitor - Wikipedia，Vonoprazan - Wikipedia］
    		5ylu（ボノプラザンが結合した胃プロトンポンプ）　HKT（ボノプラザン）選択　同PDBsumデータ5ylu_HKT$
    5ylv（SCH28080が結合した胃プロトンポンプ）　8WX（SCH28080）選択　同PDBsumデータ5ylv_8WX$
    ※別研究から：7w47のChain A（テゴプラザンが結合した胃プロトンポンプのα-サブユニット）　8BN（テゴプラザン）選択　同PDBsumデータ7w47_8BN$ ｜ PDBsumデータ7w49_8CE（ソラプラザン）$　PDBsumデータ7w48_8BZ（PF-03716556）$　PDBsumデータ7w4a_8CK（レバプラザン）$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
    空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左］ボノプラザン（vonoprazan）が結合した胃プロトンポンプ 5ylu　［右］同PDBsumデータと5ylv（SCH28080結合）のPDBsumデータ

      
    テゴプラザンが結合した胃プロトンポンプのα-サブユニット7w47のChain AとそのPDBsumデータ（ソラプラザン結合の7w49・PF-03716556結合の7w48・レバプラザン結合の7w4aとの比較）

      ●アミノ色表示の凡例
      ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR　ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO
      ●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR　ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS
      ●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
      SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG　HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP　SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE
      ●有機概念図I/O値順（特性基 R）
      ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS　TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE
      ●等電点順
      ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP　VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！

  2. Characterization and engineering of a plastic-degrading aromatic polyesterase（PNAS，2018/04/18）　※2018/04/25公開6eqe（下掲）・6eqd・6eqf・6eqg・6eqh

    PDBデータ 6eqe（ポリエチレンテレフタラート加水分解酵素）
    ［PETase - Wikipedia，Polyethylene terephthalate - Wikipedia］
    		6eqe（ポリエチレンテレフタラート加水分解酵素）
    8braのChain B（テレフタル酸とMg2+が結合したポリエチレンテレフタラート加水分解酵素）　F63・A131・M132・W156・D177・I179・H209球棒表示／α炭素ラベル表示（論文 Fig. 2参照）　同PDBsumデータ8bra_UB7$
    8z2gのChain A（ポリエチレンテレフタラート分解酵素クチナーゼCut190，S176A変異体）　Ala176球棒表示／α炭素ラベル表示　同PDBsumデータ8z2g_C9C$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    ポリエチレンテレフタラート加水分解酵素6eqe（活性部位はPNAS論文参照）


    テレフタル酸が結合したポリエチレンテレフタラート加水分解酵素（PETase）8braのChain BとPDBsumデータ
    ※F63・A131・M132・W156・D177・I179・H209 はNature Communications誌論文 Fig. 2参照


    ポリエチレンテレフタラート分解酵素クチナーゼCut190（S176A変異体）8z2gのChain AとPDBsumデータ

  3. 構造生物学： NMDA受容体の働きを遮断する（Nature ハイライト，2018/04/26）　※下掲5un1

    PDBデータ 5un1のChain A-D（MK-801〈ジゾシルピン〉が結合したNMDA受容体）
    ［NMDA receptor - Wikipedia，Dizocilpine - Wikipedia］
    		5un1のChain A-D（MK-801〈ジゾシルピン〉が結合したNMDA受容体）　BMK（MK-801）選択　同PDBsumデータ5un1_BMK[1003(B)]$　同PDBsumデータ5un1_BMK[1005(G)]$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    糖鎖別着色：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左］MK-801（ジゾシルピン）が結合したNMDA受容体 5un1のChain A-D　［右］同データのChain BおよびGにおけるMK-801のPDBsumデータ

  4. RCSB PDB 2018/05/02 新規公開データより：6bwj Crystal structure of the TRPV2 ion channel in complex with RTx　※他に6bwm

    PDBデータ 6bwjの4量体（Chain A・B×2；レシニフェラトキシンが結合したTRPV2イオンチャネル）
    ［TRPV2 - Wikipedia，Resiniferatoxin - Wikipedia］
    		6bwjの4量体（Chain A・B×2；レシニフェラトキシンが結合したTRPV2）　同PDBsumデータ6bwj_6EU$
    レシニフェラトキシン（resiniferatoxin）
    ※参考： カプサイシン（capsaicin）　→ 辛さと熱さ／カプサイシン
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

        
    ［左］レシニフェラトキシンが結合したTRPV2イオンチャネル 6bwjの4量体（Chain A・B×2）
    ［中］同PDBsumデータ（I/O = 0.661 ，I'/O' = 1.128）
    ［右］レシニフェラトキシン（resiniferatoxin，RTX）

  5. 今月の分子 221: ヒトパピローマウイルスとワクチン（Human Papillomavirus and Vaccines）（PDBj，2018/05） ｜ Molecule of the Month（PDB）

    PDBデータ 5w1o（ヒトパピローマウイルスHPV16のL1カプソメア）
    ［Human papillomavirus infection - Wikipedia，HPV vaccines - Wikipedia］
    		5w1o（ヒトパピローマウイルスHPV16のL1カプソメア）
    ※他のHPV関連PDBデータ例
    2f8bのModel 1（パピローマウイルスE7タンパク質，HPV45）
    2fk4のModel 1（パピローマウイルスE6タンパク質，HPV16）
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    ヒトパピローマウイルスHPV16のL1カプソメア 5w1o

  6. RCSB PDB 2018/05/09 新規公開データより：6f0k Alternative complex III

    PDBデータ 6f0k（オルタナティブ複合体III）
    		6f0k（オルタナティブ複合体III）　Chain B選択　同PDBsumデータ6f0k_F3S1101B-SF41102B~1104B（鉄硫黄クラスター4つの結合構造）$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左］オルタナティブ複合体IIIの構造 6f0k　［右］その4つの鉄硫黄クラスターのPDBsumデータ結合構造と当該論文のFig.7

  7. Fragment-derived inhibitors of human N-myristoyltransferase block capsid assembly and replication of the common cold virus（Nature Chemistry，2018/05/14）　※5mu6（IMP-1088が結合したN-ミリストイル転移酵素；2018/02/14公開データ）および別研究グループによる5v0wを下掲

    PDBデータ 5mu6のChain A（IMP-1088が結合したN-ミリストイル転移酵素）
    ［IMP-1088 - Wikipedia，N-myristoyltransferase 1 - Wikipedia］
    		5mu6のChain A（IMP-1088が結合したN-ミリストイル転移酵素）　KFK（IMP-1088）選択　同PDBsumデータ5mu6_KFK$
    5v0wのChain A（同上）　同PDBsumデータ5v0w_KFK$
    IMP-1088
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左］IMP-1088　［中］IMP-1088が結合したN-ミリストイル転移酵素5mu6のChain A　［右］同データおよび5v0wのPDBsumデータ

  8. RCSB PDB 2018/05/23 新規公開データより：6fx0 Structure-based design of Trifarotene (CD5789), a potent and selective RAR gamma agonist for the treatment of acne

    PDBデータ 6fx0（trifarotene〈トリファロテン〉が結合したレチノイン酸受容体γ）
    ［Retinoic acid receptor - Wikipedia，Retinoic acid receptor gamma - Wikipedia］
    		6fx0（trifaroteneが結合したレチノイン酸受容体γ）　E9T（trifarotene）選択
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    trifarotene（トリファロテン）が結合したレチノイン酸受容体γ 6fx0

  9. 書籍紹介： 鈴木貴之，「100年後の世界　SF映画から考えるテクノロジーと社会の未来」，化学同人(2018)

    初期表示はメチルフェニデート（methylphenidate；塩酸塩がリタリン〈Ritalin〉）
    		p.26ほか　iPS細胞：1gt0*（Oct4・Sox2・DNA 複合体の例；山中4因子はOct3/4・Sox2・Klf4・c-Myc）　C鎖（Oct1）選択　D鎖（Sox2）選択 ｜ 同Chain A・B（DNAのみ）　→ Oct1/Sox2/DNA 複合体 - iPS細胞の山中因子から
    p.69ほか　塩酸メチルフェニデート（商品名：リタリン）：メチルフェニデート（methylphenidate；塩酸塩がリタリン〈Ritalin〉）　→ ADHD薬 ｜ 抗うつ剤と神経伝達物質
    p.71　ドネペジル：ドネペジル（donepezil，塩酸ドネペジルが商品名アリセプト〈Aricept〉）　→ アルツハイマー病治療薬
    p.71　モダフィニル：(R)-モダフィニル（(R)-modafinil）　※別に(S)-体　→ 別トピック
    p.73ほか　ステロイド／ホルモン：テストステロン（testosterone；男性ホルモンの例）　17β-エストラジオール（17β-estradiol；女性ホルモンの例）　→ 性ホルモン - ステロイドホルモンの生合成と代謝
    p.75　エリスロポエチン：1eer（エリスロポエチン〈erythropoietin〉と受容体）　A鎖（エリスロポエチン）選択　［Erythropoietin - Wikipedia，Erythropoietin receptor - Wikipedia］　→ 別トピック
    p.103　テロメア：2a5rのModel 1（テロメア関連構造例）　→ DNAのG-四重らせん構造の例
    p.105　ラパマイシン：ラパマイシン（rapamycin）　→ 2009年10大分子
    p.105　レスベラトロール：レスベラトロール（resveratrol）　→ 別トピック
    p.105　サーチュイン：5btrのChain A・D（レスベラトロールが結合したサーチュイン1〈SIRT1〉）　→ 別トピック
    p.107　アミロイド：2naoのModel 1（アルツハイマー病に関連する42残基のアミロイドβ繊維；残基番号1-42）　→ アルツハイマー病治療薬
    p.182ほか　フルオキセチン／プロザック：フルオキセチン（fluoxetine，塩酸フルオキセチンが商品名プロザック〈Prozac〉）　→ 抗うつ剤と神経伝達物質（p.184 三環系抗うつ薬も記載）
    p.184　セロトニン：セロトニン（serotonin）　→ 抗うつ剤と神経伝達物質
    p.186　パキシル：パロキセチン（paroxetine，パロキセチン塩酸塩水和物が商品名パキシル〈Paxil〉）　→ 抗うつ剤と神経伝達物質
    p.189　オキシトシン：1npoのChain B（オキシトシン〈oxytocin〉）　→ オキシトシン
    p.189　L-ドーパ：L-ドーパ（L-DOPA）　→ 分子モデルで見るノーベル賞
    バックボーン　二次構造
    DNA/RNA（ATGCU，backbone）
    全選択　タンパク質選択　DNA/RNA選択　同backbone選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

        
    左から　メチルフェニデート（p.69ほか），セロトニン（p.184），L-ドーパ（p.189）
    ※ピンクは「亀-C-C-N」構造　→ 「亀-C-C-N」構造をもつ脳内物質のSITE例

        
    左から　iPS細胞関連 1gt0（p.26ほか），アミロイド関連 2nao（p.107），オキシトシン関連 1npo（p.189）


    レスベラトロールが結合したサーチュイン1（SIRT1） 5btrのChain DとそのPDBsumデータ（p.105）

    （今後も画像を追加します）

  10. 世界初の水チャンネル蛋白・アクアポリン４促進化合物を開発しました（日本の研究.com，2018/06/04）　※“TGN-073”，“アルツハイマー病、パーキンソン病など脳に異常蛋白が蓄積する疾患や、生命を脅かす脳のむくみ（脳浮腫）への新たな治療法開発が期待できる”。

    TGN-073

    		TGN-073
    ※アクアポリン0の構造例：8sjxの8量体（Chain A×8；アクアポリン）　［Lens fiber major intrinsic protein - Wikipedia］
    ※アクアポリン1の構造例：3zojの4量体（Chain A×4；アクアポリン）*　同 単量体*　［Aquaporin - Wikipedia］
    ※アクアポリン3の構造例：8y8r（アクアポリン；n-ドデシル-β-D-マルトシド 〈n-dodecyl-beta-D-maltoside〉が結合）　同PDBsumデータ8y8r_LMT$
    ※同：9qsx（アクアポリン；fluorinated fos-choline-8が結合，cif→pdbデータ変換）　同PDBsumデータ9qsx_A-D_lp（LigPlot+計算結果のChain A・Bの結果にChain C・Dのアミノ酸残基追加）$
    ※アクアポリン4の構造例：2d57の4量体（Chain A×4；アクアポリン）
    ※アクアポリン7の構造例：8c9hのChain A　同PDBsumデータ8c9h_T60$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　
    空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
    ヒトの必須・非必須区別
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    水晶体を形成するアクアポリン0の構造例8sjxの8量体（Chain A×8）


    n-ドデシル-β-D-マルトシド （n-dodecyl-beta-D-maltoside）が結合したアクアポリン3の構造8y8rとPDBsumデータ


    fluorinated fos-choline-8 [F300F]が結合したアクアポリン3の構造9qsxとPDBsumデータ
    ※LigPlot+計算結果のChain A・Bの結果にChain C・Dのアミノ酸残基（□印）追加

      
    TGN-073（左）とアクアポリン4の構造例2d57の4量体（Chain A×4，右）


    アクアポリン7の構造8c9hのChain AとPDBsumデータ

「生活環境化学の部屋」ホームページ ｜ Jmol版「分子の学習帳」