◆ Jmolで見るトピックス分子（16-2） ◆

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ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や，RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため，10件ずつ表示するように変更しました（上記書庫も順次修正します）。
※旧版で表示していた一部の参考データ（PDBsumなど）は今後追加します。
※Jmol利用コンテンツはWindows 10でもInternet Explorer 11で閲覧できます。

  1. RCSB PDB 2017/08/23新規公開データより：5gtg Crystal structure of onion lachrymatory factor synthase (LFS) containing 1,2-propanediol　※他に5gte・5gtf

    PDBデータ 5gtgのChain A・B（S-1,2-プロパンジオールが結合したタマネギの催涙因子合成酵素LFS）
    		5gtgのChain A・B（S-1,2-プロパンジオールが結合したタマネギの催涙因子合成酵素LFS）　PGO（S-1,2-プロパンジオール）選択
    ※参考（タマネギの催涙成分）： syn-プロパンチアール-S-オキシド（syn-propanethial S-oxide）　［Syn-Propanethial S-oxide - Wikipedia］
    ※参考（タマネギやニンニクに含まれるにおい成分）： アリシン（allicin） ｜ アリイン（alliin；アリシンの前駆体）
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左］S-1,2-プロパンジオールが結合したタマネギの催涙因子合成酵素（LFS）5gtgのChain A・B　［右］タマネギの催涙成分 syn-プロパンチアール-S-オキシド

      ●アミノ色表示の凡例
      ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR　ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO
      ●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR　ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS
      ●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
      SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG　HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP　SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE
      ●有機概念図I/O値順（特性基 R）
      ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS　TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE
      ●等電点順
      ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP　VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！

  2. 今月の分子 213: サーチュイン（Sirtuins）（PDBj，2017/09） ｜ Molecule of the Month（PDB）　※5btrを以下に

    PDBデータ 5btrのChain A・D（レスベラトロールが結合したサーチュイン1〈SIRT1〉）
    ［Sirtuin - Wikipedia］
    		5btrのChain A・D（レスベラトロールが結合したSIRT1）　STL（1-レスベラトロール）選択　Chain D選択　同PDBsumデータ5btr_STL[702(A)]$
    レスベラトロール（resveratrol）　→ 別トピック[1]・[2]
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    レスベラトロールが結合したサーチュイン1（SIRT1） 5btrのChain D（左）とそのPDBsumデータ（右）

  3. An Unusual Dimeric Inhibitor of Acetylcholinesterase: Cooperative Binding of Crystal Violet（Molecules，2017/08/30）　※2017/09/06公開5ov9

    PDBデータ 5ov9のChain A（クリスタルバイオレットが結合したアセチルコリンエステラーゼ）
    ［Acetylcholinesterase - Wikipedia，Crystal violet - Wikipedia］
    		5ov9のChain A#（クリスタルバイオレットが結合したアセチルコリンエステラーゼ）　CVI（クリスタルバイオレット）選択　同PDBsumデータ5ov9_CVI[608(A)]$ ｜ クリスタルバイオレット（crystal violet）
    9i5q（compound 102が結合したブチリルコリンエステラーゼ，cif→pdbデータ変換）　同PDBsumデータ9i5q_lp$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
    ヒトの必須・非必須区別
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    クリスタルバイオレットが結合したアセチルコリンエステラーゼ 5ov9のChain AとPDBsumデータ


    compound 102が結合したブチリルコリンエステラーゼ（BChE）9i5qとPDBsumデータ

  4. iPS創薬、京大が初の治験承認　筋肉に骨できる難病で（朝日，2017/09/07）

    ラパマイシン（rapamycin）
    		ラパマイシン（rapamycin）
    ※参考（ラパマイシンが結合したタンパク質例）： 5gpg（ラパマイシンが結合したペプチジルプロリルシストランスイソメラーゼFKBP25と哺乳類ラパマイシン標的タンパク質〈mTOR〉のFRBドメイン）　同PDBsumデータ5gpg_RAP$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ラパマイシンおよびそれを含む参考PDBデータ5gpg（ラパマイシンが結合したペプチジルプロリルシストランスイソメラーゼFKBP25とmTOR）と同PDBsumデータ

  5. RCSB PDB 2017/09/20 新規公開データより：5tv4 3D cryo-EM reconstruction of nucleotide-free MsbA in lipid nanodisc　※他に5ttp

    PDBデータ 5tv4（フリッパーゼMsbA）
    ［Flippase - Wikipedia，ATP-binding cassette transporter - Wikipedia］
    		バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    ABC輸送体（フリッパーゼ）MsbA 5tv4

  6. The Nobel Prize in Chemistry 2017（Nobelprize.org，2017/10/09）　※受賞者の1人Joachim Frankによる最近のPDBデータ例5vhzを以下に（Neuron論文）

    PDBデータ 5vhz（キスカル酸が結合したAMPA型グルタミン酸受容体）
    ［Glutamate receptor - Wikipedia，AMPA receptor - Wikipedia，Quisqualic acid - Wikipedia］
    		5vhz（キスカル酸が結合したAMPA型グルタミン酸受容体）　QUS（キスカル酸）選択　同PDBsumデータ5vhz_QUS$
    ※参考（クライオ電子顕微鏡によるZikaウイルスの構造例）　→ Jmolで見るジカウイルス
    5h37の720量体（Chain ABCDEFGHIKLM×60〈α炭素とHETATMのみ〉；Fab C10と構造タンパク質Mが結合したジカウイルスの構造）　構造タンパク質M（Chain D・E・F）選択　C10 IgG重鎖（Chain G・I・K）選択　C10 IgG軽鎖（Chain H・L・M）選択　※同時公開に5h30・5h32，オリジナルデータ（gz形式）
    5ireの60量体（Chain A-F×10〈α炭素とHETATMのみ〉；ジカウイルスの構造）　※オリジナルデータ（gz形式）
    5iz7の360量体（Chain A-F×60〈α炭素とHETATMのみ〉；ジカウイルスの構造）　※オリジナルデータ（gz形式）
    5u4wの360量体（Chain A-F×60〈α炭素とHETATMのみ〉；未成熟なジカウイルスの構造）　※オリジナルデータ（gz形式）
    ※参考（クライオ電子顕微鏡によるその他の構造例）： 5xnlのChain A（光化学系IIのアンテナ色素タンパク質複合体LHCIIの部分構造）　OEX（Mn4CaO5クラスター）選択　PL9（プラストキノン-9）選択　同PDBsumデータ5xnl_OEX$　→ 光合成 光化学系IIの部分構造例（“歪んだ椅子”）
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    2017年ノーベル化学賞受賞者の1人J. FrankによるPDBデータ例5vhz（キスカル酸が結合したAMPA型グルタミン酸受容体）とそのPDBsumデータ

        
    クライオ電子顕微鏡によるZikaウイルスの構造例：5ire（左）　5iz7（中）　5u4w（右；未成熟なジカウイルス）　※いずれも360量体（Chain A-F×60；α炭素とリガンドのみ）

      
    クライオ電子顕微鏡による光化学系IIのアンテナ色素タンパク質複合体LHCIIの部分構造例5xnlのChain AとPDBsumデータ（Mn4CaO5クラスター）
    → RCSB PDBニュース，2017/10/30 ｜ 光合成 光化学系IIの部分構造例（“歪んだ椅子”）

  7. RCSB PDB 2017/10/11 新規公開データより：5tv4 a novel 13-ring macrocyclic HIV-1 protease inhibitors involving the P1'-P2' ligands

    PDBデータ 5wlo（新規大環状阻害剤が結合したHIV-1プロテアーゼ）
    ［HIV-1 protease］
    		5wlo（新規大環状阻害剤が結合したHIV-1プロテアーゼ）　GR7（環状阻害剤）選択　同PDBsumデータ5wlo_GR7$
    ※参考（他の阻害剤が結合したHIV-1プロテアーゼ例）： 1ohr（ネルフィナビル〈メシル酸ネルフィナビル〉が結合したHIV-1プロテアーゼ）　同PDBsumデータ1ohr_1UN$ ｜ ネルフィナビル（nelfinavir，NFV）
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    新規大環状阻害剤が結合したHIV-1プロテアーゼ5wloおよびそのPDBsumデータ

  8. 世界初：哺乳類における「硫黄呼吸」を発見 - 酸素に依存しないエネルギー代謝のメカニズムを解明 -（東北大学，2017/10/30）

    PDBデータ 1li5AのChain A（システイニルtRNA合成酵素）
    		1li5AのChain A（システイニルtRNA合成酵素）　Cys28・Cys209・His234・Glu238（Zn近傍アミノ酸）選択　同PDBsumデータ1li5_ZN$
    システインパースルフィド（システインペルスルフィド；cysteine persulfide；Cys-SSH） ｜ システインとシステインパースルフィドの同時表示
    ※参考： 硫化水素 ｜ アリシン → 悪臭の正体
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    システイニルtRNA合成酵素1li5およびそのPDBsumデータ（●はアミノ酸中のS原子）


    システインとシステインパースルフィド（システインペルスルフィド；cysteine persulfide；Cys-SSH）

  9. 今月の分子 215: アスパラギン酸カルバモイル転移酵素（Aspartate Transcarbamoylase, ATCアーゼ）（PDBj，2017/11） ｜ Molecule of the Month（PDB）　※5at1を以下に

    PDBデータ 5at1の12量体（Chain A-D×3；アスパラギン酸カルバモイル転移酵素）
    ［Aspartate carbamoyltransferase - Wikipedia］
    		5at1の12量体（Chain A-D×3；アスパラギン酸カルバモイル転移酵素）　同PDBsumデータ5at1_CTP$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    アスパラギン酸カルバモイル転移酵素5at1の12量体（Chain A-D×3） 5at1~12

  10. RCSB PDB 2017/11/08 新規公開データより：5h52 Structure of Titanium-bound human serum transferrin

    PDBデータ 5h52（Tiイオンが結合したトランスフェリン）
    ［Transferrin - Wikipedia］
    ※タンパク質の一部がバックボーンや二次構造表示できません。
    		5h52（Tiイオンが結合したトランスフェリン）　同PDBsumデータ5h52_4TI[702(A)]$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    Tiイオンが結合したトランスフェリン5h52およびそのPDBsumデータ

「生活環境化学の部屋」ホームページ ｜ Jmol版「分子の学習帳」