◆ Jmolで見るトピックス分子（15-1） ◆

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ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や，RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため，10件ずつ表示するように変更しました（上記書庫も順次修正します）。
※旧版で表示していた一部の参考データ（PDBsumなど）は今後追加します。
※Jmol利用コンテンツはWindows 10でもInternet Explorer 11およびFirefox（バージョン51以前）で閲覧できます。
★一時Jmolコンテンツが表示できなくなりましたが，Jmol 14.4.0 2015-10-20版に更新して表示可能になりました。

  1. RCSB PDB 2016/10/12 新規公開データより：5l4j Crystal Structure of Human Transthyretin in Complex with 4,4'-Dihydroxydiphenyl sulfone (Bisphenol S, BPS)　※他に2016/10/05公開の5jid・5jimを下掲

    PDBデータ 5l4jのChain A（ビスフェノールSが結合したトランスサイレチン）
    ［Transthyretin - Wikipedia，Bisphenol S - Wikipedia］

    		5l4jのChain A（ビスフェノールSが結合したトランスサイレチン）　同PDBsumデータ5l4j_6JD$ ｜ ビスフェノールS（bisphenol S）
    5jidのChain A（PFOAが結合したトランスサイレチン）　同PDBsumデータ5jid_8PF$ ｜ PFOA（パーフルオロオクタン酸）　［Perfluorooctanoic acid - Wikipedia］
    5jimのChain A（PFOSが結合したトランスサイレチン）　同PDBsumデータ5jim_P8S$ ｜ PFOS（パーフルオロオクタンスルホン酸）　［Perfluorooctanesulfonic acid - Wikipedia］
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左］ビスフェノールSが結合したトランスサイレチン5l4jのChain A　［右］5l4j・5jid（PFOA結合トランスサイレチン）・5jim（PFOS結合トランスサイレチン）のPDBsumデータ

      ●アミノ色表示の凡例
      ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR　ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO
      ●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR　ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS
      ●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
      SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG　HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP　SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE
      ●有機概念図I/O値順（特性基 R）
      ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS　TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE
      ●等電点順
      ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP　VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！

  2. RCSB PDB 2016/10/19 新規公開データより：5guh Crystal structure of silkworm PIWI-clade Argonaute Siwi bound to piRNA

    PDBデータ 5guh（piRNAが結合したカイコ由来のPIWIタンパク質Siwi）
    ［Piwi - Wikipedia，Piwi-interacting RNA - Wikipedia］

    		バックボーン　二次構造　DNA/RNA（ATGCU，backbone）
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　DNA/RNA選択　同backbone選択
     空間充填　球棒　球30％　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    piRNAが結合したカイコ由来のPIWIタンパク質Siwi5guh

  3. RCSB PDB 2016/10/26 新規公開データより：5fst LYSOZYME SOAK-AND-FREEZE UNDER 100BAR KRYPTON　※他にKrが結合した5fsp（サーモリシン）・5fss（同），O2が結合した5fsj（同）・5frc（尿酸オキシダーゼ）

    PDBデータ 5fst（Kr，Na，Clが結合したリゾチーム）
    ［Lysozyme - Wikipedia，Krypton - Wikipedia］

    		バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球30％　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    Kr，Na，Clが結合したリゾチーム5fst

  4. RCSB PDB 2016/11/02 新規公開データより：5tgz Crystal Structure of the Human Cannabinoid Receptor CB1

    PDBデータ 5tgz（AM6538が結合したカンナビノイド受容体CB1）
    ［Cannabinoid receptor - Wikipedia］

    		5tgz（AM6538が結合したカンナビノイド受容体CB1）　ZDG（AM6538）選択　同PDBsumデータ5tgz_ZDG$
    5u09（カンナビノイド受容体CB1）　7DY（taranabant）選択　同PDBsumデータ5u09_7DY$　→ Nature ハイライト（2016/12/21）
    9erxのChain R（カンナビノイド受容体CB1；HU-210が結合，cif→pdb変換）　同PDBsumデータ9erx_lp$
    テトラヒドロカンナビノール〔tetrahydrocannabinol〕／Δ9-THC（幻覚作用） ｜ JWH-018（naphthoylindole誘導体）

    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左］5tgz（AM6538が結合したカンナビノイド受容体CB1）とそのPDBsumデータ　［右］5u09（taranabantが結合したCB1）とそのPDBsumデータ

      
    ［左］9erx（THCアナログのHU-210が結合したカンナビノイド受容体CB1）のChain RとそのPDBsumデータ
    ［右］Δ9THC（テトラヒドロカンナビノール）ほか様々な危険ドラッグ

  5. RCSB PDB 2016/11/09 新規公開データより：5ggr PD-1 in complex with nivolumab Fab　※他に5ggqも下掲

    PDBデータ 5ggrのChain A・B・Y（ニボルマブ〈商品名 オプジーボ〉のFabが結合したPD-1）
    ［Nivolumab - Wikipedia，Programmed cell death protein 1 - Wikipedia］

    		5ggrのChain A・B・Y（ニボルマブのFabが結合したPD-1）　Chain Y（PD-1））選択
    5ggq（ニボルマブのFab）
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    5ggr（ニボルマブのFabが結合したPD-1）　→ 別トピック（本庶佑さん2018年ノーベル医学生理学賞受賞）

  6. 規制されないまま途上国で深刻化するオピオイド危機　歯止めかからない「トラマドール」のまん延（WSJ，2016/10/24）

    (1R,2R)-トラマドールと(1S,2S)-トラマドールの同時表示
    ［Tramadol - Wikipedia］

    		(1R,2R)-トラマドールと(1S,2S)-トラマドールの同時表示
    (1R,2R)-トラマドール
    (1S,2S)-トラマドール
    オキシコドン（oxycodone） → Jmolトピック
    フェンタニル（fentanyl）
    メトデスニタゼン（metodesnitazene；nitazenes基本骨格のニトロ基は含まない）　nitazenes基本骨格以外の分子を黄色で表示（基本骨格のニトロ基は含まない） ［Nitazenes - Wikipedia，Metodesnitazene - Wikipedia］
    空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    (1R,2R)-トラマドール
    空間充填　球棒　スティック
    　　　
    背景・黒　灰　白　紺

    (1S,2S)-トラマドール
    空間充填　球棒　スティック
    　　　
    背景・黒　灰　白　紺
    ※回転がずれている時は再読み込みをしてください。


    (1R,2R)-トラマドールと(1S,2S)-トラマドール（アニメgif）


    ニタゼン（nitazenes）例のメトデスニタゼン（metodesnitazene）

  7. 今月の分子 203: アミノペプチダーゼ1とオートファジー（Aminopeptidase 1 and Autophagy）（PDBj，2016/11） ｜ Molecule of the Month（PDB）

    PDBデータ 5jh9の12量体（Chain A-D×3；アミノペプチダーゼ1）
    ［Aminopeptidase - Wikipedia，Autophagy - Wikipedia］
    		バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    5jh9の12量体（Chain A-D×3；アミノペプチダーゼ1））

  8. RCSB PDB 2016/11/16 新規公開データより：5b57 Inward-facing conformation of ABC heme importer BhuUV from Burkholderia cenocepacia

    PDBデータ 5b57（ヘムトランスポーター）

    		バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    5b57（ヘムトランスポーター）

  9. 南アフリカ共和国：祖母の愛と結核新薬デラマニドに救われた命――シネゼンバ・クセさん（MSF，2016/10/28）

    デラマニド
    ［Delamanid - Wikipedia］

    		デラマニド（delamanid）
    ※参考（上掲記事に出てくる他の抗生物質例）：リファンピシン（rifampicin） ｜ イソニアジド（isoniazid）
    プレトマニド（pretomanid）
    JNJ-6640
    8uv9のChain A（GSK1570606Aが結合した結核菌のCTPシンターゼ）　同PDBsumデータ8uv9_Q2N$
    9c1vのChain A（CMX410が結合した結核菌のポリケチドシンターゼPks13，cif→pdb変換）　同PDBsumデータ9c1v_lp$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
    ヒトの必須・非必須区別
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

        
    結核治療薬の例：左から デラマニド（delamanid），プレトマニド（pretomanid），リード化合物候補 JNJ-6640


    GSK1570606Aが結合した結核菌のCTPシンターゼ8uv9のChain AとPDBsumデータ


    CMX410が結合した結核菌のポリケチドシンターゼPks13 9c1vのChain AとPDBsumデータ

  10. 「洗濯絵表示が変わる」12月から適用される全41種類を解説（Fashionsnap.com，2016/11/14）


    洗濯表示（消費者庁）    よりドライクリーニング処理の記号

    テトラクロロエチレン（パークロロエチレン，パークレン，PCE）
    ［Tetrachloroethylene - Wikipedia］

    		テトラクロロエチレン（tetrachloroethylene）
    ※参考（石油系溶剤の成分例）：n-ノナン ｜ n-デカン ｜ n-ウンデカン　→ 有機化合物の名前・基礎の基礎
    空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    テトラクロロエチレン（tetrachloroethylene）

「生活環境化学の部屋」ホームページ ｜ Jmol版「分子の学習帳」