◆ Jmolで見るトピックス分子（11-4） ◆

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ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や，RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため，10件ずつ表示するように変更しました（上記書庫も順次修正します）。
※旧版で表示していた一部の参考データ（PDBsumなど）は今後追加します。
※Jmol利用コンテンツはWindows 10でもInternet Explorer 11で閲覧できます。

  1. 東大、新規作用機序を有する抗生物質ライソシンを発見（日経，2014/12/09）

    ライソシンE（lysocin E）

    		ライソシンE（lysocin E）
    参考：メチシリン（methicillin）
    参考：
    メナキノン-6 （menaquinone 6；メナキノン〈ビタミンK2〉の例）
    参考（MRSA関連PDBデータ）：2iwd*（メチシリン耐性黄色ブドウ球菌〈MRSA〉の細胞外センサードメインMecR1の構造例）
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド（SOY）選択　
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    ライソシンE（lysocin E）

      ●アミノ色表示の凡例
      ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR　ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO
      ●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR　ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS
      ●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
      SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG　HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP　SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE
      ●有機概念図I/O値順（特性基 R）
      ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS　TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE
      ●等電点順
      ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP　VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！

  2. RCSB PDB 2014/12/10 新規公開データより：4d1e THE CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN MUSCLE ALPHA-ACTININ-2

    PDBデータ 4d1e（ヒトのαアクチニン-2）
    ［Actinin - Wikipedia，Actinin, alpha 2 - Wikipedia］

    		バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    4d1e

  3. 妊婦のプラスチック化学物質への暴露、子どもの知能指数低下と関連か（AFPBB News，2014/12/12）

    フタル酸ジブチル（DBP，DnBP）とフタル酸ジイソブチル（DIBP，DiBP）の同時表示
    ［Dibutyl phthalate - Wikipedia，Diisobutyl phthalate - Wikipedia］

    		フタル酸ジブチル（DBP，DnBP）
    フタル酸ジイソブチル（DIBP，DiBP）
    DBPとDIBPの同時表示
    ※参考（DBPが結合したPDBデータ）：4g5i（ブタ膵臓のホスホリパーゼA2〈PLA2〉；フタル酸ジブチルが結合）　同PDBsumデータ4g5i_DB7$　［ホスホリパーゼA2 - Wikipedia］
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左］「GoogleドライブとChem3D for iPad／RCSB PDB Mobileで分子を見る」によるフタル酸ジブチルとフタル酸ジイソブチルの同時表示
    ［右］4g5iのPDBsumデータ（AFPBB News記事，PLOS ONE論文とは直接関係ありません）

  4. 世界結晶年2014が終わるのを前に：衣料に用いる繊維の結晶構造例として絹のフィブロイン構造関連データ例を以下に。　※セルロース構造例を追記

    PDBデータ 3ua0の4量体（Chain A・B×2；カイコのフィブロイン構造例）
    ［Fibroin - Wikipedia］

    		3ua0の4量体（Chain A・B×2；カイコのフィブロイン構造例）　Gly・Ala・Ser選択
    セルロース ｜ グルコース環×4〔セロビオース単位（繰り返し単位）×2〕
    ※参考データ（セルロース形成の例として）：7d5kのChain A・D・E（β-セロビオースが結合したセルロース合成酵素）　同PDBsumデータ7d5k_BGC-BGC（β-セロビオース；Chain D・Eを繋いで）$ ｜ 6wlbのChain A（セルロース合成酵素）　同PDBsmデータ6wlb_BGC~5（β-セロペンタオース）$　→ 別トピック
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
    ヒトの必須・非必須区別
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    3ua0の4量体（アミノ色表示；球表示はフィブロインに多いGly・Ala・Ser）

    【参考】 羊毛ケラチンと絹フィブロインに含まれるアミノ酸の例（mol％）
    　アミノ酸　 羊毛ケラチン 絹フィブロイン
    グリシン 10.12 44.46
    アラニン 5.40 30.24
    セリン 11.91 11.41
    グルタミン酸 11.55 0.93
    シスチン 11.59 −
    ※データ引用：森昇・中嶋哲生，「被服材料学」，さんえい出版(1986)


    模式的に描いたフィブロインの平行β鎖構造（CAMD-I plusほか旧プログラムによる）

        
    左から アミロースとセルロースの川上モデル，
    β-セロビオースが結合したセルロース合成酵素7d5kのChain A・D・EとPDBsumデータ，
    セルロース合成酵素6wlbのChain AとPDBsumデータ

  5. RCSB PDB 2014/12/17 新規公開データより：3wo4 Crystal structure of the IL-18 signaling ternary complex　※他に3wo2（以下にChain A），3wo3。

    PDBデータ 3wo4（受容体に結合したインターロイキン18〈IL-18〉）
    ［Interleukin 18 - Wikipedia，Interleukin-18 receptor - Wikipedia］

    		3wo4$（受容体に結合したインターロイキン18）
    3wo2のChain A（インターロイキン18）
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
    A鎖（IL-18）選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    3wo4

  6. 羊のプリオン病、人にも感染可能性　国際研究チーム（朝日，2014/12/17）

    PDBデータ 1xyuのModel 1（ヒツジのプリオンタンパク質例）
    ［http://en.wikipedia.org/wiki/Prion - Wikipedia，Scrapie - Wikipedia］

    		1xyuのModel 1（ヒツジのプリオンタンパク質例）
    1qlzのModel 1（ヒトのプリオンタンパク質例）　… 2002年ノーベル化学賞受賞のWuthrichらによる。 → 2002年度ノーベル化学賞
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    ヒトの正常プリオンタンパク質例と異常プリオンタンパク質（データ詳細不詳）の比較

  7. バクテリアの抗生物質耐性を予測する新手法を開発　−少数遺伝子の発現量変化から高精度に抗生物質への耐性を予測−（理研，2014/12/19）　※記事中の抗生物質を以下に。

    セフィキシム（cefixime）
    ［Cefixime - Wikipedia］

    		セフィキシム（cefixime）
    エノキサシン（enoxacin）
    シプロフロキサシン（ciprofloxacin）
    クロラムフェニコール（chloramphenicol）
    ネオマイシンの例としてネオマイシンB（neomycin B）
    ※参考（セフィキシムが結合したPDBデータ）：4kou（セフィキシムが結合したアセチルトランスフェラーゼ）　同PDBsumデータ4kou_C04$（硫酸イオン含む）　C04（セフィキシム）選択
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左］セフィキシム（cefixime）　［右］セフィキシムが結合したアセチルトランスフェラーゼ 4kouとそのPDBsumデータ

  8. RCSB PDB 2014/12/17 新規公開データより：4v30 Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with Lenalidomide　※サリドマイド誘導体のレナリドミド結合データ。他にサリドマイド結合の4v2yほか。

    PDBデータ 3wo4のChain A（(S )-レナリドミドが結合したセレブロン）
    ［Lenalidomide - Wikipedia，Thalidomide - Wikipedia，Cereblon - Wikipedia］

    		4v30（(S )-レナリドミドが結合したセレブロン）　同PDBsumデータ4v30_LVY [151(A)]$
    PDBsumデータ4v2y_EF2$（(S )-サリドマイドが結合したセレブロン）
    (S )-サリドマイド ｜ (R )-サリドマイド ｜ 両分子同時表示
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
    A鎖（IL-18）選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    セレブロン4v30（S-レナリドミド結合）と4v2y（S-サリドマイド結合）のPDBsumデータ

  9. RCSB PDB 2014/12/31 新規公開データより：3wwr Crystal structure of the human vitamin D receptor ligand binding domain complexed with 1-((((1S,2R,6R,Z)-2,6-dihydroxy-4-((E)-2-((1R,3aS,7aR)-1-((R)-6-hydroxy-6-methylheptan-2-yl)-7a-methylhexahydro-1H-inden-4(2H)-ylidene)ethylidene)-3-methylenecyclohexyl)oxy)methyl)cyclopropanecarbonitrile

    PDBデータ 3wwr（ビタミンD3誘導体が結合したビタミンD3受容体）
    ［Lenalidomide - Wikipedia，Vitamin D - Wikipedia，Calcitriol receptor - Wikipedia］

    		3wwr（ビタミンD3誘導体が結合したビタミンD3受容体）　同PDBsumデータ3wwr_3AJ$
    ※参考（活性型ビタミンD3が結合したビタミンD3受容体）：1ie9　同PDBsumデータ1ie9_VDX [151(A)]$
    ビタミンD2（カルシフェロール，エルゴカルシフェロール） ｜ ビタミンD3｛コレカルシフェロール｝　活性型ビタミンD3
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
    A鎖（IL-18）選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    ビタミンD3受容体1ie9（活性型ビタミンD3結合）と同3wwr（ビタミンD3誘導体が結合）のPDBsumデータ

  10. 朝日賞のみなさん（朝日，2015/01/01）　※4名の受賞者から『エイズ治療薬を安価に　熊本大学大学院教授・満屋裕明さん』の記事中のAZT，ダルナビルを以下に。他の受賞者に『抗寄生虫薬、途上国救う　北里大学特別栄誉教授・大村智さん』（エバーメクチン，イベルメクチンなど）も。

    ダルナビル（darunabir，TMC-114；プロテアーゼ阻害薬）
    ［Darunavir - Wikipedia］

    		ダルナビル（darunabir；プロテアーゼ阻害薬）
    AZT（ジドブジン，zidovudine；核酸系逆転写酵素阻害薬）　［Zidovudine - Wikipedia］
    ※参考（ダルナビルが結合したPDBデータ例）：3cyw（HIV-1プロテアーゼ）　同PDBsumデータ3cyw_017$
    ※参考（AZTの活性体AZT3リン酸が結合したPDBデータ例）：3v4iのChain A・B・P・T（HIV-1逆転写酵素とDNA）　同PDBsumデータ3v4i_AZT（AZT1リン酸，Mgが結合）$　AZT選択
    バックボーン　二次構造
    DNA/RNA（ATGCU，backbone）
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
    DNA/RNA選択　同backbone選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    AZTの活性体AZT3リン酸が結合したHIV-1逆転写酵素とDNAのPDBsumデータ3v4i_AZT（AZT1リン酸，Mgが結合）

「生活環境化学の部屋」ホームページ ｜ Jmol版「分子の学習帳」