◆ Jmolで見るトピックス分子（10-2） ◆

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ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や，RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため，10件ずつ表示するように変更しました（上記書庫も順次修正します）。
※旧版で表示していた一部の参考データ（PDBsumなど）は今後追加します。

  1. 大腸がん抑える生理物質PGD2を発見（マイナビニュース，2014/06/05）

    プロスタグランジンD2（PGD2）
    ［Prostaglandin - Wikipedia］

    		PGD2
    ※参考（PGD2が結合したタンパク質例から）：1ry0のChain A（PGF合成酵素）　同PDBsumデータ 1ry0_PG2$（NAPとそのHB削除）
    ※参考（PGE2が結合したタンパク質例から）：6ak3_P2E（GPCR，プロスタグランジンE2が結合したプロスタグランジン受容体）　→ 川上モデル｜鍵と鍵穴模型 ｜ 7d7m_P2E（同）
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左］PGD2　［右］参考：PGD2結合タンパク質例（PGF合成酵素）1ry0のPDBsumデータ


    参考：PGE2結合タンパク質例（プロスタグランジン受容体）6ak3のPDBsumデータ　→ 川上モデル｜鍵と鍵穴模型

      ●アミノ色表示の凡例
      ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR　ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO
      ●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR　ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS
      ●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
      SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG　HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP　SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE
      ●有機概念図I/O値順（特性基 R）
      ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS　TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE
      ●等電点順
      ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP　VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！

  2. NHKサイエンスZERO「心と体を支配する！　神秘の物質ホルモン(1)　〜性ホルモン〜」（2014/06/09放送）　※番組で紹介されたジヒドロテストステロン（DHT）が結合したタンパク質例を以下に。 ｜ 「(2)　〜オキシトシン〜」（2014/06/15放送予定）

    PDBデータ 1d2s*（ジヒドロテストステロンが結合した性ホルモン結合グロブリン）
    ［Dihydrotestosterone - Wikipedia］

    		性ホルモン関連
    1ereのChain A*（17β-エストラジオールが結合したエストロゲン受容体）　同PDBsumデータ 1ere_EST$
    2q7j*（テストステロンが結合したアンドロゲン受容体）　同PDBsumデータ 2q7j_TES$
    1d2s*（ジヒドロテストステロンが結合した性ホルモン結合グロブリン）　同PDBsumデータ 1d2s_DHT$
    オキシトシン関連
    オキシトシン
    リポオキシトシン-1（lipo-oxytocin-1，LOT-1）
    1npo（オキシトシンを含むタンパク質例）　B鎖（オキシトシン）選択　同PDBsumデータ 1npo_oxytocin$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　
    空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色
    緑　ピンク　濃ピンク　橙　紫

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左］LOT-1（lipo-oxytocin-1）　［右］オキシトシン（oxytocin）

      
    オキシトシン結合タンパク質例1npo（ウシのニューロフィジンII）のPDBsumデータ　→ オキシトシン

  3. RCSB PDB 2014/06/10 新規公開データより：4qdh Crystal Structure of the C-terminal Domain of Mouse TLR9

    PDBデータ 4qdh#（Toll様受容体 TLR9）
    ［Toll-like receptor - Wikipedia］

    		バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
    Leu選択　BCAA球表示（Leu Ile Val）
    空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色
    緑　ピンク　濃ピンク　橙　紫

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     糖鎖別着色： Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
    水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

  4. 違った性質の攻撃行動には異なる遺伝子が関与する（国立遺伝学研究所，2014/06/13）

    セロトニン
    ［Serotonin - Wikipedia，Tryptophan hydroxylase - Wikipedia］

    		セロトニン
    1mlw（セロトニン合成酵素トリプトファンヒドロキシラーゼ；上掲論文のTph2でなくTph1）　同PDBsumデータ 1mlw_HBI$
    ※参考（セロトニン結合タンパク質例）：2ymd（5-HT3受容体）
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
    空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    7,8-ジヒドロ-L-ビオプテリンが結合したセロトニン合成酵素トリプトファンヒドロキシラーゼ1mlwのPDBsumデータ

  5. RCSB PDB 2014/06/17 新規公開データより：4p99 Ca2+-stabilized adhesin helps an Antarctic bacterium reach out and bind ice

    PDBデータ 4p99*（アドヘシン）
    ［Bacterial adhesin - Wikipedia］

    		バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
    水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

  6. ハチの餌集める能力低下　ネオニコ系農薬で実験　日本でも広く使用のイミダクロプリド（47NEWS，2014/06/09）　※ネオニコチノイド系農薬イミダクロプリドおよび同分子結合アセチルコリン結合タンパク質（AChBP）を以下に（書庫4・7から再掲）。ネオニコチノイド系農薬には他にクロチアニジン，チアメトキサム。　→ ネオニコチノイド系農薬問題にまとめ直しました（更新情報はこちらへ）

    PDBデータ 3c79*（アセチルコリン結合タンパク質；ネオニコチノイド系農薬のイミダクロプリドが結合）
    ［Neonicotinoid - Wikipedia，Imidacloprid - Wikipedia］

    		PDBデータ 3c79*（アセチルコリン結合タンパク質；イミダクロプリドが結合）　同PDBsumデータ 3c79_IM4$
    イミダクロプリド（imidacloprid；ネオニコチノイド系農薬）
    クロチアニジン（clothianidin；同）
    チアメトキサム（thiamethoxam；同）
    ジノテフラン（dinotefuran；同，異性体あり）
    参考：ニコチン（nicotine） ‖ ニコチン（最上段）とネオニコチノイド系農薬4種（イミダクロプリド，クロチアニジン，チアメトキサム，ジノテフラン；中段左から時計回りで）の同時表示
    参考（ネオニコチノイド系以前の農薬例）：DDT（有機塩素系 → 新規POPs有害物質リスト） ｜ マラチオン（malathion；有機リン系 → 環境ホルモンとして疑われている化合物の例） ‖ DDT，マラチオン，クロチアニジンの同時表示
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　
    空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色
    緑　ピンク　濃ピンク　橙　紫

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ニコチンとネオニコチノイド系農薬4種の同時表示
    （データ上掲；右は「GoogleドライブとChem3D for iPadで分子を見る」による）


    アセチルコリン結合タンパク質1uw6（ニコチン結合）・3c79（イミダクロプリド結合）・3wti（クロチアニジン結合）のPDBsumデータ

  7. FacebookでのPDBe投稿（2014/06/24）より：PDB 4idc　※イチゴのフレーバー成分HDMF（4-hydroxy-2,5-dimethyl-3-furanone）とその生成タンパク質を以下に。

    PDBデータ 4idc（イチゴのエノン酸化還元酵素； HDMFとNADPHが結合）
    ［Furaneol - Wikipedia］

    		PDBデータ 4idc（イチゴのエノン酸化還元酵素； HDMFとNADPHが結合）　同PDBsumデータ 4idc_1XX（NADPH含む）$　HDMF選択
    HDMF（4-hydroxy-2,5-dimethyl-3-furanone；異性体あり）
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　
    空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色
    緑　ピンク　濃ピンク　橙　紫

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    4-ヒドロキシ-2,5-ジメチルl-3-フラノン（4-hydroxy-2,5-dimethyl-3-furanone〈HDMF，(R)-(+)-furaneol〉）と同分子結合4idc
    → 別トピック

  8. Cover Story： 耐性と闘うやつ：長く使われてきたβ-ラクタム系抗生物質の作用を助けるコウジカビ属真菌由来天然物（Nature，2014/06/26）

    アスペルギロマラスミンA（aspergillomarasmine A；AMA）

    空間充填　球棒　スティック
    　　　
    背景・黒　灰　白　紺


    「GoogleドライブとChem3D for iPadで分子を見る」    によるアスペルギロマラスミンA（aspergillomarasmine A）の表示

  9. 「禁忌薬」約40％の病院が使用（NHK，2014/06/30）

    プロポフォール（propofol；ディプリバン，Diprivan）
    ［Propofol - Wikipedia］

    		プロポフォール（propofol）
    ※プロポフォール結合タンパク質例
    8uc7のChain A（プロポフォール〈propofol〉が結合したHCNチャネルHCN1）　同PDBsumデータ 8uc7_PFL[701(D)]$　［HCN channel - Wikipedia］
    3p50*（リガンド開口型イオンチャネル）　同PDBsumデータ 3p50_PFL$（PLC含む）　PFL（プロポフォール）選択
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
    空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    プロポフォール（propofol；商品名ディプリバン，Diprivan）


    プロポフォール（propofol）が結合した野生型HCNチャネルHCN1 8uc7のChain AとそのPDBsumデータ
    （他にM305L変異型の9bc6あり）

  10. （科学の扉）狙い定めてゲノム編集　「はさみ」でDNAを切断（朝日，2014/06/30）　※“CRISPR/Cas9”に関係するデータ例を以下に。
    PDBデータ 4oo8のChain A・B・C（Cas9タンパク質-ガイド鎖RNA-標的DNAの複合体）
    ［Genome editing - Wikipedia］

    		バックボーン　二次構造
    DNA/RNA（ATGCU，backbone）
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　
    DNA/RNA選択　同backbone選択
    B鎖（RNA）選択　C鎖（DNA）選択
    空間充填　球棒　球30％　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

「生活環境化学の部屋」ホームページ ｜ Jmol版「分子の学習帳」