◆ Jmolで見るトピックス分子(26-3) ◆

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ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※本ページの分子モデルはMicrosoft EdgeでInternet Explorerモードにして参照できます。
※分子モデルが表示されない場合は分子表示窓右の別データ表示ボタンを押してみてください。
※PDBsumデータでファイル名*_lpであるものはLigPlot+ v.2.2で取得したものです。
★旧Jmolトピックへの追記 → No.571(環境ホルモン) | No.979(カプサイシン受容体) | No.1046(ディールス・アルドラーゼ)


  1. Enhanced Production of Rebaudioside D and Rebaudioside M through V155T Substitution in the Glycosyltransferase UGT91D2 from Stevia rebaudiana(Journal of Agricultural and Food Chemistry,2025/01/09) ※引用7es1下掲

    イネ由来の糖転移酵素 OsUGT91C1 7es1
    [Glycosyltransferase - Wikipedia]
    7es1(イネ由来の糖転移酵素 OsUGT91C1;ステビオール-19-O-グルコシドが結合) 同PDBsumデータ7es1_JDF$
    ステビオール-19-O-グルコシド(steviol-19-O-glucoside)
    ステビオサイド(stevioside;ステビア甘味成分の例) [Stevioside - Wikipedia]

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    糖鎖別着色(#印のみ):Gal,α-Glc,β-Glc,Man,Fuc,Xyl,Sia,GalNAc,GlcNAc,GlcA
    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド)
    ヒトの必須・非必須区別
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 紺

      
    ステビオール-19-O-グルコシド(steviol-19-O-glucoside)とステビオサイド(stevioside;ステビア甘味成分の例)

      
    ステビオール-19-O-グルコシドが結合したイネ由来の糖転移酵素 OsUGT91C1 7es1とPDBsumデータ


      ●アミノ色表示の凡例
      ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
      ●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
      ●極性〈酸性・塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
      SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
      ●有機概念図I/O値順(特性基 R)
      ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
      ●等電点順
      ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG
      ●ヒトの必須・非必須区別
      ILE LEU VAL PHE MET TRP LYS HIS THR ARG ALA PRO CYS TYR GLY GLU GLN ASP SER ASN


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 | Log Pをポケットに!


  2. A claudin5-binding peptide enhances the permeability of the blood-brain barrier in vitro(Science Advances,2025/01/10) ※引用PDBデータ4p79・5b2g(下掲)

    クローディン4とエンテロトキシンC-CPEの複合体5b2gのChain A・B
    [Claudin - Wikipedia,Enterotoxin - Wikipedia]
    5b2gのChain A・B(クローディン4とエンテロトキシンC-CPEの複合体) 
    8ie7(プテロスチルベンが結合した細胞死関連プロテインキナーゼ1〈DAPK1〉) 同PDBsumデータ8ie7_3RL$ [DAPK1 - Wikipedia,Pterostilbene - Wikipedia]
    プテロスチルベン(pterostilbene)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド)
    ヒトの必須・非必須区別
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 紺


    クローディン4とエンテロトキシンC-CPEの複合体5b2gのChain A・B

      
    左から プテロスチルベン(pterostilbene),同分子結合データ例の細胞死関連プロテインキナーゼ1(DAPK1)8ie7とPDBsumデータ


  3. De novo designed proteins neutralize lethal snake venom toxins(Nature,2025/01/15) ※2024/10/09公開9bk7・9bk5(下掲)・9bk6

    LNGタンパク質とコブラ毒素α-コブラトキシンの複合体9bk5
    [Three-finger toxin - Wikipedia,Cobratoxin - Wikipedia]
    9bk5(LNGタンパク質とコブラ毒素α-コブラトキシンの複合体) Chain B(α-コブラトキシン)選択 S原子(Chain B中)空間充填
    1yi5(α-コブラトキシンが結合したニコチン性アセチルコリン受容体) Chain F・G・H・I・J(α-コブラトキシン)選択 S原子(Chain F・G・H・I・J中)空間充填

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    糖鎖別着色(#印のみ):Gal,α-Glc,β-Glc,Man,Fuc,Xyl,Sia,GalNAc,GlcNAc,GlcA
    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド)
    ヒトの必須・非必須区別
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 紺

      
    [左]LNGタンパク質とコブラ毒素α-コブラトキシンの複合体9bk5
    [右]α-コブラトキシンが結合したニコチン性アセチルコリン受容体1yi5
    ※何れも黄色球表示はα-コブラトキシン中のS原子


    参考図:ニコチンが結合したヒトα3β4ニコチン性アセチルコリン受容体6pv7のChain A-Eと
    そのPDBsumデータ(AT-1001結合の6pv8との比較)
    → 別トピック


  4. U6 snRNA特異的ウリジル化酵素によるRNA認識機構の解明―複数ドメインからなる酵素がU6 snRNAを抱きかかえる―(東京大学,2025/01/20) ※2025/01/01公開9j8p(下掲)

    U6 snRNAとTUT1の複合体9j8p
    [U6 spliceosomal RNA - Wikipedia]
    バックボーン 二次構造 DNA/RNA(ATGCU,backbone)
    全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 DNA/RNA(ATGCU,backbone) リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド)
    ヒトの必須・非必須区別
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 紺


    U6 snRNAとTUT1の複合体9j8p


  5. ガバペンチン使用による高齢者の転倒リスク、他の代替薬と比べて高くない?−米研究(QLifePro 医療ニュース,2025/01/23)

    ガバペンチン(gabapentin)
    I = 230, O = 180, I/O = 1.278
    [Gabapentin - Wikipedia]
    ガバペンチン(gabapentin)
    2coiのChain A(ガバペンチンが結合した分岐鎖アミノ酸アミノトランスフェラーゼ1〈BCAT1〉) GBN(ガバペンチン)選択 同PDBsumデータ2coi_GBN$
    分岐鎖アミノ酸(BCAA;Ile,Leu,Val)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド)
    ヒトの必須・非必須区別
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 紺

      
    [左]ガバペンチン(gabapentin)
    [中・右]同分子が結合した分岐鎖アミノ酸アミノトランスフェラーゼ1(BCAT1)2coiのChain AとPDBsumデータ


  6. Scaffold-enabled high-resolution cryo-EM structure determination of RNA(Nature Communications,2025/01/21) ※2024/12/04公開9c6i・9c6j・9c6k(下掲)

    チアミンピロリン酸(TPP)リボスイッチアプタマードメイン(RNA)9c6k
    [Riboswitch - Wikipedia]
    9c6k(TPPリボスイッチアプタマードメイン) 同PDBsumデータ9c6k_TPP$

    バックボーン 二次構造 DNA/RNA(ATGCU,backbone)
    全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 DNA/RNA(ATGCU,backbone) リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド)
    ヒトの必須・非必須区別
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 紺


    TPPリボスイッチアプタマードメイン(RNA)9c6kとPDBsumデータ


  7. FDA、Vertexの急性疼痛に対する初の非オピオイド鎮痛薬を承認(Investing.com,2025/01/31) ※“末梢神経系のナトリウムチャネルを含む疼痛シグナル経路を標的とし…”。

    スゼトリギン(suzetrigine)
    I = 575, O = 445, I/O = 1.292
    [Suzetrigine - Wikipedia]
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    CPK色 Jmol色 Rasmol色
     
    背景・黒 灰 白 紺

      
    スゼトリギン(suzetrigine)


    参考図(ナトリウムチャネル構造例):カンナビジオール(cannabidiol,CBD)結合電位依存性ナトリウムチャネル
    Nav1.7 8g1aのChain AとPDBsumデータ
    → 危険ドラッグ


  8. 書籍紹介:藤井一至,「土と生命の46億年史 土と進化の謎に迫る」,講談社ブルーバックス(2024) ※一部化合物等の分子モデルを以下に。


    講談社作成動画


    地学関連書籍を並べて:左隣は「藍を継ぐ海」,右隣は「みんなの高校地学」

    初期表示はイチゴの香り物質 (R)-(+)-フラネオール((R)-(+)-furaneol);上掲書p.245
    (IUPAC名:4-ヒドロキシ-2,5-ジメチルl-3-フラノン,4-hydroxy-2,5-dimethyl-3-furanone〈HDMF〉)

    p.3ほか 水/p.23ほか 二酸化炭素/p.211 メタン:氷構造の例(n=28) 水,メタン,二酸化炭素の同時表示 → メタン,アンモニア,水
    p.22ほか ダイヤモンド/黒鉛:炭素(C)の同素体:ダイヤモンド,黒鉛(グラファイト),フラーレン(C60),カーボンナノチューブ(アームチェア型の例) → 2014年は世界結晶年!
    p.25 シリコーン:シリコーン樹脂・シリコーンゴムの部分構造例(ポリジメチルシロキサン;PDMS) → 代表的な高分子
    p.26 二酸化ケイ素/p.55 石英:左水晶 右水晶 → 二酸化ケイ素の結晶構造
    p.48ほか アミノ酸:アミノ酸20種全表示 → 20種類のアミノ酸
    p.56ほか アデノシン三リン酸(ATP):アデノシン三リン酸(adenosine triphosphate,ATP) → 生体分子の構成元素
    p.70 ニトロゲナーゼ/モリブデン/根粒菌:6h73の6量体(Chain A・B×3;窒素固定菌アゾトバクター・ヴィネランディのモリブデン貯蔵タンパク質) FUQ(Mo5クラスター)選択 GUH(Mo6クラスター)選択 同PDBsumデータ6h73_FUQ$ 同PDBsumデータ6h73_GUH$ → モリブデン化合物,タングステン化合物を含む生体分子のSITE例
    p.98 ストリゴラクトン:ソルゴラクトン(sorgolactone;ストリゴラクトンの例)
    p.100 クロロゲン酸:クロロゲン酸(chlorogenic acid)
    p.100 コーヒー酸:コーヒー酸(caffeic acid)
    p.101 セルロース:セルロース(cellulose) 同(セロビオース単位(繰り返し単位)×2) → 代表的な高分子
    p.101 グルコース:β-グルコース(β-glucose;重合してセルロース) α-グルコース(α-glucose;重合してアミロース) → 別トピック
    p.101 66ナイロン:66ナイロン 6ナイロン → 代表的な高分子
    p.101ほか セルラーゼ:セルラーゼ構造例 1g0c(アルカリセルラーゼ;セロビオース結合) 同PDBsumデータ1g0c_BGC-BGC$ → 別トピック
    p.106 ジャスモン酸:ジャスモン酸(jasmonic acid;異性体あり)
    p.112 ストレプトマイシン:ストレプトマイシン(streptomycin) → 抗生物質分子データ集
    p.113 ペニシリン:ペニシリンG(penicillin G)
    p.114 イベルメクチン:イベルメクチンB1a(ivermectin B1a) → 別トピック
    p.201 亜酸化窒素:亜酸化窒素(nitrous oxide) → 別トピック
    p.245 フラネオール:(R)-(+)-フラネオール((R)-(+)-furaneol)
    (今後も追加します)

    バックボーン 二次構造 DNA/RNA(ATGCU,backbone)
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 DNA/RNA選択 同backbone選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド)
    ヒトの必須・非必須区別
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 紺


    炭素(C)の同素体
    ダイヤモンド,黒鉛(グラファイト),フラーレン(C60),カーボンナノチューブ(アームチェア型の例)


    左水晶と右水晶

      
    モリブデン貯蔵タンパク質6h73 6量体(Chain A・B×3)のMo5クラスターとMo6クラスター部分の拡大およびそれぞれのPDBsumデータ


    ;セロビオースが結合したアルカリセルラーゼ1g0cとPDBsumデータ


    (R)-(+)-フラネオール((R)-(+)-furaneol) → 別トピック
    (IUPAC名:4-ヒドロキシ-2,5-ジメチルl-3-フラノン,4-hydroxy-2,5-dimethyl-3-furanone〈HDMF〉)
    ※フラネオール参考記事例:Periodic Graphics: The Chemistry of Strawberries(Chemical & Engineering News, 2015/06/15)


  9. Crosslinking intermodular condensation in non-ribosomal peptide biosynthesi(Nature,2024/12/11) ※2024/10/09公開9bfd・9bfe・9bff(下掲)・9bfg

    非リボソームペプチド合成酵素9bff
    9bff(非リボソームペプチド合成酵素,cif→pdb変換) 同PDBsumデータ9bff_lp$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    糖鎖別着色(#印のみ):Gal,α-Glc,β-Glc,Man,Fuc,Xyl,Sia,GalNAc,GlcNAc,GlcA
    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド)
    ヒトの必須・非必須区別
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 紺


    非リボソームペプチド合成酵素9bffとPDBsumデータ


  10. An allosteric inhibitor of RhoGAP class-IX myosins suppresses the metastatic features of cancer cells(Nature Communications,2024/11/16) ※2021/06/09公開6z2s(下掲;アドヒビン類縁体結合)

    アドヒビン(adhibin)
    I = 230, O = 380, I/O = 0.605
    アドヒビン(adhibin)
    6z2s(アドヒビン類縁体が結合したRhoGAPクラスIXミオシン) 同PDBsumデータ6z2s_Q5Q$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド)
    ヒトの必須・非必須区別
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 紺

      
    左から アドヒビン(adhibin),アドヒビン類縁体結合のRhoGAPクラスIXミオシン6z2sとPDBsumデータ


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