ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※本ページの分子モデルはInternet Explorerで参照できます。Microsoft EdgeではInternet Explorerモードにして。
※PDBsumデータでファイル名*_lpであるものはLigPlot+ v.2.2で取得したものです。
★旧Jmolトピックへの追記 → No.571(環境ホルモン) | No.979(カプサイシン受容体) | No.1046(ディールス・アルドラーゼ)
フィトクロモビリン(phytochromobilin;PΦB)が結合したシロイヌナズナのフィトクロムB 7rzwのChain AとそのPDBsumデータ
黄色ブドウ球菌の薬物排出ポンプNorA 7lo8のChain Z(NorA)と結合しているFab36 CDRH3ループ(軽鎖Chain L中)
[Fidaxomicin - Wikipedia]
フィダキソマイシン(fidaxomicin)が結合したディフィシレ菌のRNAポリメラーゼ7l7bのChain DとそのPDBsumデータ
[Histone acetyltransferaser - Wikipedia,p300-CBP coactivator family - Wikipedia]
DS17701585が結合したヒストンアセチルトランスフェラーゼp300(EP300/CBPファミリー)7vi0のChain AとそのPDBsumデータ
DS-9300類縁体が結合したヒストンアセチルトランスフェラーゼp300(EP300/CBPファミリー)8gzcのChain AとそのPDBsumデータ
[Photolyase - Wikipedia]
DNA光回復酵素(DNAフォトリアーゼ)7vj1とそのPDBsumデータ(7vj0との比較),“Arg378, Asn403 and Asp409”は論文参照
[Ionotropic glutamate receptor - Wikipedia,Cyclothiazide - Wikipedia]
[左]血圧降下薬・利尿薬シクロチアジドが結合したイオンチャネル型グルタミン酸受容体(iGluR)7tnpのChain A
[中・右]別研究のiGluR(AMPA受容体;抗てんかん薬ペランパネル結合) 5l1fとそのPDBsumデータ
オピオイド受容体の主要なクラス例μ 4dkl,κ 4djh,δ 4ej4,および関連するノシセプチンオピオイド受容体(NOP) 4ea3 → GPCR - 2012年ノーベル化学賞
スボレキサント結合の6to7(OX1受容体)と6tpj(OX2受容体,どちらもChain A)とそれらのPDBsumデータ(後者はスボレキサントのH原子付加)
レンボレキサント結合のOX1受容体6totとそのPDBsumデータ
EMPA結合のOX2受容体5ws3とそのPDBsumデータ
[左]ナルフラフィン(nalfurafine) [中・右]ナルフラフィンが結合したκオピオイド受容体7yitのChain AとそのPDBsumデータ(JmolデータはGPCRに)
アゴニストMP1104とナノボディが結合したκオピオイド受容体6b73のChain A・DとそのPDBsumデータ
参考(オレキシン構造例):オレキシンA 1r02
超好熱性アーキアのtRNA 7vnvのChain A(空間充填表示がリン酸化ウリジンUp47,小さい球表示がその他のヘテロ原子)
[Hexazine - Wikipedia]
ヘキサジン(hexazine)
[cGMP-specific phosphodiesterase type 5 - Wikipedia]
ホスホジエステラーゼ5(PDE5)7faqとそのPDBsumデータ