◆ Jmolで見るトピックス分子（19-2） ◆

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ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や，RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため，10件ずつ表示するように変更しました（上記書庫も順次修正します）。
※旧版で表示していた一部の参考データ（PDBsumなど）は今後追加します。
※Jmol利用コンテンツはWindows 10でもInternet Explorer 11で閲覧できます。

  1. 金属タンパク質の活性発現に必要な一酸化炭素を生合成する仕組み（SPring-8，2019/11/07）

    PDBデータ 6j1j（[NiFe]型ヒドロゲナーゼが利用しているCOの生合成に関わる酵素 HypX）
    		6j1j（[NiFe]型ヒドロゲナーゼが利用しているCOの生合成に関わる酵素 HypX）　COA（補酵素A）選択　THG（(6S)-5,6,7,8-テトラヒドロ葉酸）選択　同PDBsumデータ6j1j_COA$
    ※参考（[NiFe]型ヒドロゲナーゼの酵素活性中心構造例）：5xvd（鉄硫黄クラスター・NiFe活性中心ほかを含むニッケル-鉄ヒドロゲナーゼ）のPDBsumデータ5xvd_NFV（C3FeN2NiO2）$　同PDBsumデータ5xvd_8JU-SF4-F3S-NFV-MG（3つの鉄硫黄クラスター〈1つはFe4-S4-O〉・NiFe活性中心・Mgイオン）$　→ 全体構造
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左・中］[NiFe]型ヒドロゲナーゼが利用しているCOの生合成に関わる酵素HypX 6j1jとそのPDBsumデータ
    ［右］[NiFe]型ヒドロゲナーゼの酵素活性中心構造例；5xvdのPDBsumデータ（黄色球はCysのS原子）

      ●アミノ色表示の凡例
      ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR　ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO
      ●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR　ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS
      ●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
      SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG　HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP　SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE
      ●有機概念図I/O値順（特性基 R）
      ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS　TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE
      ●等電点順
      ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP　VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！

  2. 作物の耐乾性を付与する分子の開発に成功　-化合物の投与で様々な植物の耐乾性と節水性の制御が可能に-（宇都宮大学，2019/10/25）

    オパバクチン（opabactin）
    		オパバクチン（opabactin）
    アブシシン酸（アブシシン酸，abscisic acid）　［Abscisic acid - Wikipedia］
    ※参考
    アブシシン酸（アブシシン酸）結合プロテインホスファターゼ構造例：アブシシン酸を含むPDBデータ 3jrq（アブシシン酸受容体PYL1とプロテインホスファターゼ2Cの複合体）　同Chime B（アブシシン酸受容体）　同PDBsumデータ 3jrq_A8S$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    オパバクチン（opabactin）とアブシシン酸（アブシシン酸，abscisic acid）

        
    左から アブシシン酸受容体PYL1とプロテインホスファターゼ2Cの複合体3jrq，
    同Chain B（アブシシン酸受容体），およびPDBsumデータ

  3. RCSB PDB 2019/11/13新規公開データより：6mp4 Human liver FABP1 bound to tetrahydrocannabinol

    PDBデータ 6mp4のChain A（テトラヒドロカンナビノールが結合したヒト肝臓の脂肪酸結合タンパク質1）
    ［Fatty acid-binding protein - Wikipedia，Tetrahydrocannabinol - Wikipedia］
    		6mp4のChain A（テトラヒドロカンナビノールが結合した脂肪酸結合タンパク質1）　同PDBsumデータ6mp4_TCI$
    テトラヒドロカンナビノール（tetrahydrocannabinol，Δ9-THC）
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    テトラヒドロカンナビノールが結合したヒト肝臓の脂肪酸結合タンパク質1 6mp4のChain AとそのPDBsumデータ

  4. RCSB PDB 2019/11/20新規公開データより：6jqr Crystal structure of FLT3 in complex with gilteritinib

    PDBデータ 6jqr（ギルテリチニブが結合した受容体型チロシンキナーゼFLT3）
    ［CD135 - Wikipedia，Gilteritinib - Wikipedia］
    		6jqr（ギルテリチニブが結合した受容体型チロシンキナーゼFLT3）　C6F（ギルテリチニブ）選択　同PDBsumデータ6jqr_C6F$
    ギルテリチニブ（gilteritinib）
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左・中］ギルテリチニブが結合した受容体型チロシンキナーゼFLT3 6jqrとそのPDBsumデータ　［右］ギルテリチニブ（gilteritinib）

  5. RCSB PDB 2019/11/27新規公開データより：6s4t LXRbeta ligand binding domain in comlpex with small molecule inhibitors　※他に6s4u・6s4n・6s5k（これのみ2019/12/18未公開）

    PDBデータ 6s4t（阻害剤WAY-254011が結合した肝臓X受容体β）
    ［Liver X receptor - Wikipedia］
    		6s4t（阻害剤WAY-254011が結合した肝臓X受容体β）　同PDBsumデータ6s4t_KVB[501(A)]$
    ※他の肝臓X受容体βの構造例：1p8dのChain A・C　→ J.Biol.Chem.誌論文
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    阻害剤WAY-254011が結合した肝臓X受容体β6s4tとそのPDBsumデータ

  6. 武田薬品 抗うつ薬トリンテリックスを発売 ルンドベックは日本で営業活動開始（ミクスOnline，2019/11/28）　※“一般名：ボルチオキセチン臭化水素酸塩”，“トリンテリックスはセロトニン再取り込み阻害作用ならびにセロトニン受容体調節作用(セロトニン３受容体、セロトニン７受容体及びセロトニン1D受容体のアンタゴニスト作用、セロトニン1B受容体部分アゴニスト作用、セロトニン1A受容体アゴニスト作用)を有し…”。

    ボルチオキセチン（vortioxetine）
    ［Vortioxetine - Wikipedia］
    		ボルチオキセチン（vortioxetine）
    8aw2（ボルチオキセチン〈vortioxetine〉が結合した5-HT3受容体）8aw2　VTX（ボルチオキセチン）選択　同PDBsumデータ8aw2_VTX$　［5-HT3 receptor - Wikipedia］
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    ボルチオキセチン（vortioxetine）；ボルチオキセチン臭化水素酸塩が国内では2019年11月発売の新規抗うつ薬


    ボルチオキセチン（vortioxetine）が結合した5-HT3受容体8aw2とそのPDBsumデータ

  7. 元気なのに足切断　悪夢の耐性菌、脅威広げる「運び屋」（朝日，2019/12/25）　※“副作用の強いコリスチンぐらいしかなかった。カルバペネムなどと一緒に使ったが、症状は抑えられず…”。

    コリスチン（colistin；ポリミキシンE，polymyxin E）
    ［Colistin - Wikipedia，Antimicrobial resistance - Wikipedia］
    		コリスチン（colistin；ポリミキシンE，polymyxin E）
    ※カルバペネム系抗生物質の例：イミペネム（imipenem）・パニペネム（panipenem）・メロペネム（meropenem）の同時表示（上から）　→ 個別には 抗生物質分子データ集
    ※コリスチン結合PDBデータ例：5l3g（コリスチンが結合したLSD1-CoREST1結合体）　Chain C（コリスチン）選択　→ Science Advances誌論文
    ※多剤排出ポンプBpeB構造例：7wls（ウンデシルマルトシドが結合した多剤排出ポンプBpeB）　UMQ（ウンデシルマルトシド）選択　同PDBsumデータ7wls_lp[1101(B)]$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左］コリスチン（colistin；ポリミキシンE，polymyxin E）　［右］コリスチンが結合したLSD1-CoREST1結合体5l3g


    ウンデシルマルトシドが結合した多剤排出ポンプBpeBの構造7wlsとそのPDBsumデータ

  8. RCSB PDB 2019/12/18新規公開データより：6st8 Crystal structure of the strawberry pathogenesis-related 10 (PR-10) Fra a 1.02 protein　※他に変異体の6st9（D48R）・6sta（E46A）・6stb（Q64W）

    PDBデータ 6st8のChain A（イチゴのアレルゲンタンパク質Fra a 1.02）
    ［Oral allergy syndrome - Wikipedia，Strawberry #Allergy - Wikipedia］
    		6st8のChain A（イチゴのアレルゲンタンパク質Fra a 1.02）　Asp48・Glu46・Gln64（3種の変異体6st9（D48R）・6sta（E46A）・6stb（Q64W）の変異部分）選択
    ※他のアレルゲンタンパク質例：1pxzのChain A（スギ花粉のアレルゲンタンパク質例Jun a 1）
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左］イチゴのアレルゲンタンパク質Fra a 1.02 6st8のChain A　［右］スギ花粉のアレルゲンタンパク質例Jun a 1 1pxz     のChain A

  9. Ancestral-sequence reconstruction unveils the structural basis of function in mammalian FMOs（Nature Structural & Molecular Biology，2019/12/23）　※2019/12/25公開6sek（下掲）・6sem・6sf0・6se3

    PDBデータ 6sekのChain A（先祖のフラビン含有モノオキシゲナーゼ5）
    ［Flavin-containing monooxygenase - Wikipedia，FMO5 - Wikipedia］
    		6sekのChain A（先祖のフラビン含有モノオキシゲナーゼ5）　FAD（フラビンアデニンジヌクレオチド）選択　NAP（ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸〈NADP〉）選択　同PDBsumデータ6sek_NAP$ ｜ PDBsumデータ6sf0_NAP$ ｜ PDBsumデータ6se3_NAP$
    13dz（ビリベルジンIXb還元酵素BLVRB，cif→pdb変換）　NAP（NADP）選択　同PDBsumデータ13dz_lp$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    先祖のフラビン含有モノオキシゲナーゼ5（AncFMO5）6sekのChain Aおよび同PDBsumデータ（AncFMO2 6sf0，AncFMO3-6 6se3との比較）


    NADPと阻害剤BCT2104が結合したビリベルジンIXb還元酵素BLVRB 13dzとPDBsumデータ

  10. RCSB PDB 2020/01/01新規公開データより：6uz0 Cardiac sodium channel with flecainide

    PDBデータ 6uz0（フレカイニドが結合した心臓ナトリウムチャネル）
    ［Sodium channel - Wikipedia，Flecainide - Wikipedia］
    		6uz0（フレカイニドが結合した心臓ナトリウムチャネル）　K4D（フレカイニド）選択　同PDBsumデータ6uz0_K4D$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    抗不整脈薬フレカイニド（flecainide）が結合した心臓ナトリウムチャネル6uz0および同PDBsumデータ

「生活環境化学の部屋」ホームページ ｜ Jmol版「分子の学習帳」