◆ Jmolで見るトピックス分子（16-5） ◆

→ No.1-10 ｜ 11-20 ｜ 151-200 ｜ 401-410 ｜ 411-420（作成中） ｜ 421-430 ｜ 431-440 ｜ 441-450 ｜ 451-460 ｜ 461-470 ｜ 471-480 ｜ 481-490 ｜ 491-500 ←
→ No.501-510 ｜ 511-520 ｜ 521-530 ｜ 531-540 ｜ 541-550 ｜ 551-560 ｜ 561-570 ｜ 571-580 ｜ 581-590 ｜ 591-600 ←
→ 601-610 ｜ 611-620 ｜ 621-630 ｜ 631-640 ｜ 641-650 ｜ 651-660 ｜ 661-670 ｜ 671-680 ｜ 681-690 ｜ 691-700 ←
→ 701-710 ｜ 711-720 ｜ 721-730 ｜ 731-740 ｜ 741-750 ｜ 751-760 ｜ 761-770 ｜ 771-780 ｜ 781-790 ←
→ Vol.1 ｜ 2 ｜ 3 ｜ 5 ｜ 6 ｜ 7 ｜ 8 ‖ データ名一覧 ←
→ 最近の本サイトコンテンツから： ネオニコチノイド系農薬問題 ｜ 2014年にエボラ出血熱感染拡大 ｜ 危険ドラッグ ←

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や，RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため，10件ずつ表示するように変更しました（上記書庫も順次修正します）。
※旧版で表示していた一部の参考データ（PDBsumなど）は今後追加します。
※Jmol利用コンテンツはWindows 10でもInternet Explorer 11で閲覧できます。

  1. Structural basis of thalidomide enantiomer binding to cereblon（Scientific Reports，2018/01/22）

    DNA部分構造の例：PDBデータ5yizのChain A（ラセミ体由来の（S）-サリドマイドが結合したセレブロン）
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
    ヒトの必須・非必須区別
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺
    		 5yizのChain A（ラセミ体由来の(S)-サリドマイドが結合したセレブロン#）　EF2（(S)-サリドマイド）選択　同PDBsumデータ5yiz_EF2[501(A)]$
    PDBsumデータ5yj0_EF2[501(A)]（(S)-サリドマイドが結合したセレブロン#）$
    PDBsumデータ5yj1_6EL[501(A)]（(R)-サリドマイドが結合したセレブロン#）$　6EL（(R)-サリドマイド）選択
    (S)-サリドマイド（(S)-thalidomide） ｜ (R)-サリドマイド（(R)-thalidomide） ｜ 両分子同時表示#
    ※以下参考データ（Nature Communications論文（2023/08/18）の引用データほか）
    PDBsumデータ7bqu_EF2（(S)-サリドマイド結合セレブロン）$　→ 別トピック
    PDBsumデータ5fqd_LVY @（(S)-レナリドミドが結合したDDB1-CRBN〈CRL4CRBN E3ユビキチンリガーゼ構成成分〉-CK1α複合体）$　※CRL4CRBNは#　→ 別トピック
    9opj @のChain B・Z（KT-474が結合したIRAK4-CRBN-DDB1複合体，cif→pdbデータ変換）　同PDBsumデータ9opj_lp$
    8rq9 @のChain A・B（PROTAC#分解剤CFT-1297が結合したCRBNmidi-BRD4BD2複合体，cif→pdbデータ変換）　H2F選択　同PDBsumデータ8rq9_lp$　→ 別トピック
    9os2 @のChain B・C（分子接着剤分解剤MRT-5702が結合したDDB1-CRBN-G3BP2複合体から @，cif→pdbデータ変換）　同PDBsumデータ9os2_lp$
    9nwtのChain B・C（分子糊分解剤メジグドミド〈mezigdomide〉が結合したDDB1dB:CRBN複合体から）　同PDBsumデータ9nwt_lp$
    12bpのChain X・Z（分解剤GT19630が結合したDDB1-CRBN-GSPT1複合体から，cif→pdbデータ変換）　同PDBsumデータ12bp_lp$
    ※上掲「現代化学」掲載分子例
    9y5zのChain B・C（分解剤BMS-986449が結合したHelios-ZF2:CRBN:DDB1複合体から，cif→pdbデータ変換）　同PDBsumデータ9y5z_lp$
    ※上掲「現代化学」掲載分子例
    オーキシン#の例（auxin；インドール-3-酢酸，indole-3-acetic acid，IAA）　→ 別トピック
    (S)-レナリドミド（(S)-lenalidomide）#
    dBET1（低分子PROTAC）#
    ※分子糊（上掲書には出ていないデータ）：
    6vcbのChain P・R（GLP-1と分子糊LSN3160440が結合したGLP-1受容体，Kobilkaらによる）　Chain P（GLP-1）選択　同PDBsumデータ6vcb_QW7$　→ GPCR
    6iqnのChain A（阻害剤が結合したトロポミオシン受容体キナーゼA〈TrkA〉）　同PDBsumデータ6iqn_AQ6[801(A)]$　→ 別トピック
    8vojのChain B・C（KBTBD4-UM171-HDAC1-CoREST複合体中のKBTBD4-B-UM171-HDAC1構造，cif→pdbデータ変換）　同PDBsumデータ8voj_lp$
    9cmkのChain A（分子糊D927が結合したPI3Kα-RAS，cif→pdbデータ変換）　同PDBsumデータ9cmk_lp$
    9q0oのChain A・F（分子接着剤6-benzylTIMPが結合したPPAT-NUDT5複合体，cif→pdbデータ変換）　同PDBsumデータ9q0o_lp$
    30yj（分子接着剤脱アセチル化フシコシン-Aが結合した14-3-3タンパク質）　同PDBsumデータ30yj_lp$
    ※PROTAC（上掲書には出ていないデータ）：
    9hynのChain C・G（PROTAC P1が結合したSMARCA2-VCB複合体から，cif→pdbデータ変換）　同PDBsumデータ9hyn_lp$
    9saiのChain B・C（セレブロン・DDB1・BRD4-BD1からなる三元PROTAC媒介複合体から，cif→pdbデータ変換）　同PDBsumデータ9sai_lp$
    9rsdのChain B・Y（接着剤分解因子ZZ1-SO2Hが結合したBRD4BD1・YPEL5-WDR26からなる複合体から，cif→pdbデータ変換）　同PDBsumデータ9rsd_lp$
    9sv3のChain D・E（PROTAC例が結合したエロンギンB・C-VHL-エストロゲン受容体ほか複合体から，cif→pdbデータ変換）　リガンド選択　同PDBsumデータ9sv3_lp$
    6h0fのChain A・E・F（ポマリドミド〈pomalidomide〉が結合したDDB1-CRBN-IKZF1(ZF2)複合体）　同PDBsumデータ6h0f_Y70$
    6bn7のChain B・C（新規PROTACのTKP-5が結合したDDB1B-BRD4）　同PDBsumデータ6bn7_RN3$ ‖ 新規PROTACが結合した研究構造（jm5c03771_si_002.pdb）　同PDBsumデータPROTAC_calc01_pdbsum$
    SK5527
    CFT8634
    ARV-471（vepdegestrant，ベプデゲストラント）


    (S)-サリドマイドと(R)-サリドマイドの同時表示

        
    左から オーキシン（auxin），(S)-レナリドミド（(S)-lenalidomide），dBET1（低分子PROTAC）


    セレブロン5yizのChain A（ラセミ体由来の(S)-サリドマイドが結合）とPDBsumデータ，
    および5yj0（(S)-サリドマイド結合）と5yj1（(R)-サリドマイド結合）のPDBsumデータ


    SALL4と5-ヒドロキシサリドマイド（5HT）結合7bqvおよびS-サリドマイド結合7bquのセレブロンのPDBsumデータ比較
    → 別トピック


    (S )-レナリドミドが結合したDDB1-CRBN（CRL4CRBN E3ユビキチンリガーゼ構成成分）-CK1α複合体5fqdのChain A-CとPDBsumデータ
    → 別トピック


    KT-474が結合したIRAK4-CRBN-DDB1複合体9opjのChain B・ZとPDBsumデータ


    分解剤GT19630が結合したDDB1-CRBN-GSPT1複合体12bpのChain X・ZとPDBsumデータ


    PROTAC分解剤CFT-1297が結合したCRBNmidi-BRD4BD2複合体8rq9のChain A・BとPDBsumデータ　→ 別トピック


    分子接着剤分解剤MRT-5702が結合したCRBN-G3BP2複合体9os2のChain B・CとPDBsumデータ


    分解剤BMS-986449が結合したHelios-ZF2:CRBN:DDB1複合体9y5zのChain B・CとPDBsumデータ


    分解剤メジグドミド（mezigdomide）が結合したDDB1dB:CRBN複合体から9nwtのChain B・CとPDBsumデータ
    　→ 参考：ジンクフィンガー


    PROTACのJQ1-AcNが結合したDDB1・BRD4-BD1複合体9saiのChain B・CとPDBsumデータ


    接着剤分解因子ZZ1-SO2Hが結合したBRD4BD1・YPEL5-WDR26複合体9rsdのChain B・YとPDBsumデータ

      
    ［左］GLP-1と分子糊LSN3160440が結合したGLP-1受容体6vcbのChain P・RとPDBsumデータ　→ GPCR
    ［右］阻害剤（分子糊として作用）が結合したトロポミオシン受容体キナーゼA（TrkA）6iqnのChain AとPDBsumデータ　→ 別トピック
    ※両データは上掲書には出ていない


    分子糊D927が結合したPI3Kα-RAS9cmkのChain AとPDBsumデータ


    分子接着剤の脱アセチル化フシコシン-Aが結合した14-3-3タンパク質30yjとPDBsumデータ


    分子接着剤6-benzylTIMPが結合したPPAT-NUDT5複合体9q0oChain A・FとPDBsumデータ

      
    分子糊UM171結合データ：
    左から KBTBD4-UM171-HDAC1-CoREST複合体中のKBTBD4-B-UM171-HDAC1構造8vojのChain B・CとPDBsumデータ，
    2:2 KBTBD4WT-HDAC2複合体9ggnのChain A・BとPDBsumデータ


    PROTAC P1が結合したSMARCA2-VCB複合体9hynのChain C・GとPDBsumデータ


    PROTAC例が結合したエロンギンB・C-エストロゲン受容体ほか複合体9sv3のChain D・EとPDBsumデータ

      
    ［左］PROTAC TKP-5が結合したDDB1B-BRD4 6bn7のChain B・CとPDBsumデータ
    ［右］新規PROTACが結合した研究構造（jm5c03771_si_002.pdb）とPDBsumデータ


    ポマリドミド（pomalidomide）が結合したDDB1-CRBN-IKZF1(ZF2)複合体6h0fのChain A・E・FとPDBsumデータ


    PROTAC例SK5527


    PROTAC例CFT8634


    PROTAC例ARV-471（vepdegestrant，ベプデゲストラント）

      ●アミノ色表示の凡例
      ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR　ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO
      ●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR　ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS
      ●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
      SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG　HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP　SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE
      ●有機概念図I/O値順（特性基 R）
      ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS　TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE
      ●等電点順
      ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP　VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG
      ●ヒトの必須・非必須区別
      ILE　LEU　VAL　PHE　MET　TRP　LYS　HIS　THR　ARG　ALA　PRO　CYS　TYR　GLY　GLU　GLN　ASP　SER　ASN


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！

  2. RCSB PDB 2018/02/28 新規公開データより：5o5e Crystal structure of human UDP-N-acetylglucosamine-dolichyl-phosphate N-acetylglucosaminephosphotransferase (DPAGT1) (V264G mutant) in complex with tunicamycin

    PDBデータ 5o5e（ツニカマイシン類が結合したDPAGT1）
    ［Tunicamycin - Wikipedia，DPAGT1 - Wikipedia］
    		5o5e（ツニカマイシン類が結合したDPAGT1）　9LH選択　同PDBsumデータ5o5e_9LH$
    6bw5のChain A（異なるツニカマイシン類が結合したDPAGT1）　TUM選択
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    異なるツニカマイシン類が結合したDPAGT1の構造 5o5eと6bw5および前者のPDBsumデータ

  3. 今月の分子 219: 液胞型ATPアーゼ（Vacuolar ATPase）（PDBj，2018/03） ｜ Molecule of the Month（PDB）

    PDBデータ 5vox（V型ATPアーゼ）
    ［V-ATPase - Wikipedia］
    		5vox（V型ATPアーゼ）
    3j9t（V型ATPアーゼ）
    3vr3（V1-ATPアーゼ；A3B3複合体）
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    V型ATPアーゼ 5voxおよび3j9t

  4. RCSB PDB 2018/03/07 新規公開データより：6b21 Crystal structure of AmtB from E. coli bound to TopFluor cardiolipin

    PDBデータ 6b21（アンモニアチャネル AmtB）
    ［Ammonia transporter - Wikipedia］
    		5o5e（アンモニアチャネル AmtB）　同PDBsumデータ6b21_C9V$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    アンモニアチャネル AmtB 6b21とそのPDBsumデータ（リガンドのI/O値はホウ素を除く）

  5. Characterization of influenza virus variants induced by treatment with the endonuclease inhibitor baloxavir marboxil（Scientific Reportsvolume，2018/06/25）　※“Coordinates and structure factors for PA-FluA WT and I38T and PA-FluB WT and I38T in complex with BXA have been deposited in the wwPDB under accession codes 6FS6, 6FS7, 6FS8 and 6FS9 respectively and 6FSB for the ligand-free PA-FluB I38T variant.”；6fs6を下掲

    バロキサビルマルボキシル
    ［Baloxavir marboxil - Wikipedia，Endonuclease - Wikipedia］
    		バロキサビルマルボキシル（baloxavir marboxil；エンドヌクレアーゼ阻害剤） ｜ バロキサビル（baloxavir； baloxavir acid）
    6fs6のChain A（バロキサビルマルボキシルの活性代謝物バロキサビルが結合したA型インフルエンザウイルスのエンドヌクレアーゼ）　同PDBsumデータ6fs6_E4Z$ ‖ 　PDBsumデータ6fs7_E4Z$ ｜ PDBsumデータ6fs8_E4Z[201(A)]$ ｜ PDBsumデータ6fs9_E4Z$
    ※他のインフルエンザ薬の例：オセルタミビル（oseltamivir） ｜ GS4071（オセルタミビル由来）　…リン酸オセルタミビルが抗インフルエンザウイルス薬（商品名タミフル；ノイラミニダーゼ阻害剤） ‖ GS4071結合PDBデータ例 3cl0（GS4071が結合したノイラミニダーゼ N1）　同PDBsumデータ3cl0_G39[301(B)]$　→ インフルエンザ情報
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

     
    バロキサビルマルボキシル（baloxavir marboxil；エンドヌクレアーゼ阻害剤）とその活性代謝物バロキサビル（baloxavir； baloxavir acid）

      
    バロキサビルが結合したA型インフルエンザウイルスのエンドヌクレアーゼ6fs6（PA-FluA WT）のChain Aおよび同PDBsumデータと他データのPDBsumデータ比較（6fs7〈PA-FluA I38T〉, 6fs8〈PA-FluB WT〉，6fs9〈PA-FluB I38T〉）

  6. 病原菌における抗菌ガス分解酵素の新機能　−キノール依存型NORは ATP合成につながる膜電位を形成する−（SPring-8，2018/02/27）　※2018/03/14新規公開データ6fwfを下掲

    PDBデータ 6fwf（キノール依存型一酸化窒素還元酵素）
    ［Nitric-oxide reductase - Wikipedia］
    		バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    キノール依存型一酸化窒素還元酵素 6fwf

  7. A DHODH inhibitor increases p53 synthesis and enhances tumor cell killing by p53 degradation blockage（Nature Communications，2018/03/16）　※2018/03/28公開6et4（下掲）

    PDBデータ 6et4（テトラヒドロインダゾール系阻害剤HZ00が結合したジヒドロオロト酸デヒドロゲナーゼ）
    ［Dihydroorotate dehydrogenase - Wikipedia］
    		6et4（テトラヒドロインダゾール系阻害剤HZ00が結合したジヒドロオロト酸デヒドロゲナーゼ）　SDV（HZ00）選択　同PDBsumデータ6et4_SDV
    1uuo（ブレキナールが結合したDHODH；クマネズミ由来）　BRF（ブレキナール）選択　同PDBsumデータ1uuo_BRF$ ｜ ブレキナール（brequinar）
    9vpwのChain A（還元型フラビンモノヌクレオチドが結合したDHODH〈C131A変異体〉；トリパノソーマ・ブルーセイ由来）　Ala131選択　FNR（還元型フラビンモノヌクレオチド）選択　同PDBsumデータ9vpw_lp$
    9mqb（オステオカルシン〈osteocalcin〉とビタミンK1ヒドロキノンが結合したビタミンK依存性γ-カルボキシラーゼ，cif→pdb変換）　A1A（ビタミンK1ヒドロキノン）選択　同PDBsumデータ9mqb_lp　［Osteocalcin - Wikipedia］
    コエンザイムQ10（coenzyme Q10，CoQ10）
    ビタミンK1〈フィロキノン，phylloquinone〉 ｜ ビタミンK2〈メナキノン-4，menaquinone-4〉　ビタミンK2〈メナキノン-6，menaquinone-6〉
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
    ヒトの必須・非必須区別
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    テトラヒドロインダゾール系阻害剤HZ00が結合したジヒドロオロト酸デヒドロゲナーゼ（DHODH） 6et4とそのPDBsumデータ


    ブレキナール（brequinar）が結合したDHODH 1uuoとPDBsumデータ


    還元型フラビンモノヌクレオチドが結合したDHODH 9vpwのChain AとPDBsumデータ


    参考データ（フェロトーシス関連）：共有結合阻害剤ML162が結合したグルタチオンペルオキシダーゼ 4（GPX4）の構造例6hkqとそのPDBsumデータ
    → 別トピック


    オステオカルシン（osteocalcin）とビタミンK1ヒドロキノンが結合したビタミンK依存性γ-カルボキシラーゼ9mqbとPDBsumデータ

      
    ［左］ブレキナール（brequinar）　［右］コエンザイムQ10（coenzyme Q10，CoQ10）

  8. 書籍紹介： 塚崎朝子，「世界を救った日本の薬　画期的新薬はいかにして生まれたのか？」，講談社ブルーバックス(2018)

    PDBデータ 5ggq（ニボルマブのFabフラグメント）
    		p.16ほか　エフェドリン：エフェドリン（(-)-ephedrine）　→ 危険ドラッグ
    p.19ほか　ペニシリン：ペニシリンG（penicillin G）　→ 抗生物質分子データ集
    p.21ほか　イベルメクチン／p.40　エバーメクチン：イベルメクチンB1a（ivermectin B1a） ｜ エバーメクチンB1a（アベルメクチンB1a，avermectin B1a） ｜ エバーメクチンB1aとイベルメクチンB1aの同時表示 ‖ ※参考（イベルメクチンが結合したPDBデータ例）： 3rif　同PDBsumデータ 3rif_IVM[A]$　IVM（イベルメクチン）選択　→ 今月の分子 No.191（PDBj，2015/11） ｜ 3rhw　同PDBsumデータ 3rhw_IVM[B]$　IVM（イベルメクチン）選択　→ 別トピック｜新型コロナウイルス（SARS-CoV-2｜COVID-19）情報
    p.26　フェブキソスタット：フェブキソスタット（febuxostat）
    p.47　スタウロスポリン：スタウロスポリン（staurosporine）　→ 別トピック
    p.57　ファビピラビル：ファビピラビル（favipiravir，T-705；商品名アビガン Avigan）　→ 新型コロナウイルス（SARS-CoV-2｜COVID-19）情報
    p.68ほか　ニボルマブ：5ggq（ニボルマブのFab） ｜ 5ggrのChain A・B・Y（ニボルマブのFabが結合したPD-1〈p.69ほか〉）　Chain Y（PD-1））選択　→ 別トピック[1]｜[2]（本庶佑さん2018年ノーベル医学生理学賞受賞）
    p.69ほか　PD-1／p.80　PD-L1：3bik（PD-1/PD-L1複合体）　Chain C（PD-1））選択
    p.136　HTLV-1：参考（HTLV-1由来PDBデータ例）2b7f*（HTLV-1プロテアーゼ）　同Chain A・B・I　→ HTLV-1情報
    p.220ほか　アリピプラゾール：アリピプラゾール（aripiprazole）
    　（今後も追加します）
    バックボーン　二次構造
    DNA/RNA（ATGCU，backbone）
    全選択　タンパク質選択　DNA/RNA選択　同backbone選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    ［左］エバーメクチンB1aとイベルメクチンB1a（←部分が異なる；p.41参）　［右］3rhw（イベルメクチンが結合したグルタミン酸作動性クロライドチャネル）


    ［左］ファビピラビル（favipiravir，T-705；商品名アビガン Avigan）　［中］ファビピラビル三リン酸体T-705RTP（活性体）
    ［右］ファビピラビル活性体例が阻害作用を示す様子の4kn6（ヒトのヒポキサンチン-グアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ）のPDBsumデータ　→ 新型コロナウイルス（SARS-CoV-2｜COVID-19）情報

      
    ［左］5ggr（ニボルマブ〈商品名 オプジーボ〉のFabが結合したPD-1）　［右］3bik（PD-L1が結合したPD-1）　→ 別トピック[1]｜[2]（本庶佑さん2018年ノーベル医学生理学賞受賞）

  9. 今月の分子 220: 脱ハロゲン酵素（Dehalogenases）（PDBj，2018/04） ｜ Molecule of the Month（PDB）

    PDBデータ 4ur0（トリクロロエチレンが結合した還元性脱ハロゲン酵素；トリクロロエチレンは構造A・BのうちA）
    ［Dehalogenase - Wikipedia］
    		4ur0（トリクロロエチレンが結合した還元性脱ハロゲン酵素）　TCV（トリクロロエチレン）選択　BVQ（ノルシュードB12）選択　SF4（鉄硫黄クラスター）選択　同PDBsumデータ4ur0_TCV$
    トリクロロエチレン（trichloroethylene）
    ビタミンB12（vitamin B12）　→ 水溶性ビタミンと脂溶性ビタミン
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    トリクロロエチレンが結合した還元性脱ハロゲン酵素 4ur0とそのPDBsumデータ

  10. 光合成細菌光捕集タンパク質複合体の正確な三次元原子構造を解明　−光エネルギーの高効率利用に前進−（SPring-8，2018/04/05）　※下掲5y5s（2018/04/11公開データ）

    PDBデータ 5y5s（光捕集タンパク質複合体LH1-RC）
    ［Photosynthetic reaction centre - Wikipedia］
    		5y5s（光捕集タンパク質複合体LH1-RC）
    ※他のLH1-RC構造例： 3wmm
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
    Chain C・L・M・H（反応中心）選択
    BCL選択　BPH選択　HEM選択　
    HB選択（$印のみ）
    空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    光捕集タンパク質複合体LH1-RC 5y5s

「生活環境化学の部屋」ホームページ ｜ Jmol版「分子の学習帳」