◆ Jmolで見るトピックス分子（28-2） ◆

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ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や，RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため，10件ずつ表示するように変更しました（上記書庫も順次修正します）。
※旧版で表示していた一部の参考データ（PDBsumなど）は今後追加します。
※本ページの分子モデルはMicrosoft EdgeでInternet Explorerモードにして参照できます。
※分子モデルが表示されない場合は分子表示窓右の別データ表示ボタンを押してみてください。
※PDBsumデータでファイル名*_lpであるものはLigPlot+ v.2.2で取得したものです。

  1. Sanofiのacoziborole、睡眠病治療でEU委員会の支持を獲得（Investing.com，2026/02/27） [NEW!]

    アコジボロール（acoziborole）
    I = 440, O = 360, I/O = 1.222　　※B（ホウ素）は I = 60, O = 0 で計算
    空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    CPK色　Jmol色　Rasmol色
    　
    背景・黒　灰　白　紺


    アコジボロール（acoziborole）


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！

  2. Computational redesign of the heme acquisition protein HasA for enhanced thermostability while retaining its ability to bind synthetic metalloporphyrins（Chemistry Letters，2025/12/16） [NEW!]　※2026/03/04公開9xoh

    鉄テトラフェニルポルフィリンが結合したヘム獲得タンパク質HasA 9xohのChain A
    		9xohのChain A（鉄テトラフェニルポルフィリンが結合したヘム獲得タンパク質HasA）　同PDBsumデータ9xoh_MQP$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
    ヒトの必須・非必須区別
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    鉄テトラフェニルポルフィリン（Fe-TTP）が結合したヘム獲得タンパク質HasA 9xohのChain AとPDBsumデータ

  3. 使われるはずがない「ビンクリスチン」検出　埼玉県立小児医療センターの抗がん剤注射で1人死亡2人重体（東京新聞，2026/03/11） [NEW!]　※ニュース多数

    ビンクリスチン（vincristine）
    I = 837, O = 920, I/O = 0.910
    ［vincristine - Wikipedia］
    		ビンクリスチン（vincristine）　I/O = 0.910
    ※参考（ビンクリスチン結合タンパク質例）：8zbs（MRP4〈ABCC4〉）　同PDBsumデータ8zbs_R1Q$　［ABCC4 - Wikipedia］
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
    ヒトの必須・非必須区別
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    左から　ビンクリスチン（vincristine），
    同分子結合タンパク質例MRP4（ABCC4）8zbsとPDBsumデータ

  4. An AI-based approach accelerates the discovery of protein-protein interaction modulators targeting NCS-1（European Journal of Medicinal Chemistry，2026/03/05） [NEW!]　※2026/03/11公開9t0h（下掲）

    ジピリダモール（dipyridamoe；FDA承認薬）が結合したNCS-1 9t0h
    ［Neuronal calcium sensor-1 - Wikipedia］
    		9t0h（ジピリダモール〈dipyridamole；FDA承認薬〉が結合したNCS-1）　同PDBsumデータ9t0h_H9F$
    ※参考データ（“Compound-protein interaction (CPI)”言及論文から）：1bcu（プロフラビン〈proflavin〉が結合したα-トロンビン〈α-thrombin〉）　同PDBsumデータ1bcu_PRL$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
    ヒトの必須・非必須区別
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    ジピリダモール（dipyridamole；FDA承認薬）結合タンパク質例NCS-1 9t0hとPDBsumデータ


    ※参考（“Compound-protein interaction (CPI)”言及論文から）：
    プロフラビン（proflavin）結合α-トロンビン（α-thrombin）1bcu

  5. Structures of ALG3/9/12 reveal the assembly logic of the N-glycan oligomannose core（Nature Chemical Biology，2026/03/10） [NEW!]　※2026/03/18公開9s6r・9s6s・9s6t（下掲）・9s6u

    Dol25-PP-GlcNAc2が結合したマンノシルトランスフェラーゼ 9s6tのChain A（cif→pdb変換）
    ［Mannosyltransferase - Wikipedia］
    		9s6tのChain A（Dol25-PP-GlcNAc2が結合したマンノシルトランスフェラーゼ）　同PDBsumデータ9s6t_lp$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
    ヒトの必須・非必須区別
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    Dol25-PP-GlcNAc2が結合したマンノシルトランスフェラーゼ9s6tのChain AとPDBsumデータ

  6. Hexaraphane as a potential therapeutic strategy for tauopathies（Redox Biology，2026/03/02） [NEW!]

    ヘキサラファン（hexaraphane，6-MSITC）
    I = 215, O = 270, I/O = 0.796
    空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    CPK色　Jmol色　Rasmol色
    　
    背景・黒　灰　白　紺


    ヘキサラファン（hexaraphane，6-MSITC）

  7. A μ-opioid receptor superagonist analgesic with minimal adverse effects（Nature，2026/04/01） [NEW!]

    DFNZ
    I = 380, O = 475, I/O = 0.800
    		DFNZ　I/O = 0.800
    ※参考（DFNZ類縁体FNZ結合のタンパク質，cif→pdb変換）：9o36のChain R　同PDBsumデータ9o36_lp$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
    ヒトの必須・非必須区別
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    左から　DFNZ，DFNZ類縁体FNZ結合のμ-オピオイド受容体9o36（リガンドはA・B座標重ね合わせ）のChain RとPDBsumデータ（A座標）
    ※FNZはDFNZに比しエチル基（〇印）が多い。

  8. Pharmacological enhancement of glymphatic function in humans increases the clearance of Alzheimer’s disease-related proteins（medRxiv，2026/03/12） [NEW!]

    ACX-02（ミドドリン〈midodrine〉とデクスメデトミジン〈dexmedetomidine〉の同時表示）　※Winmostarフリー版により2分子を一緒にし，一方をY軸方向に移動
    		 ACX-02　ミドドリン選択
    ミドドリン（midodrine）
    デクスメデトミジン（dexmedetomidine）
    ※参考（デクスメデトミジン結合タンパク質）：6k41のChain R（アデノシンA2B受容体；デクスメデトミジン結合，Kobilkaらによる）　同PDBsumデータ6k41_CZX$　→ GPCR - 2012年ノーベル化学賞
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
    ヒトの必須・非必須区別
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    左から　ACX-02（ミドドリン＋デクスメデトミジン），
    デクスメデトミジン（dexmedetomidine）結合のアデノシンA2B受容体6k41のChain RとPDBsumデータ

  9. 致死性脳炎を引き起こすボルナ病ウイルス1型の基本構造を解明―近縁の病原性ウイルスの理解にも繋がる発見―（京都大学，2026/04/13） [NEW!]

    ボルナ病ウイルス1型9jzlの6量体（Chain A-C・R × 6）
    		バックボーン　二次構造　DNA/RNA（ATGCU，backbone）
    全選択　タンパク質選択　DNA/RNA選択　同backbone選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
    ヒトの必須・非必須区別
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    ボルナ病ウイルス1型9jzlの6量体（Chain A-C・R × 6）

  10. The molecular glue CLEO4-88 inhibits the ACAA1 thiolase by induced binding to GID4（Nature Chemical Biology，2026/04/09） [NEW!]　※2026/02/15公開9ok4（下掲）

    分子接着剤CLEO4-88結合したACAA1（アセチルCoAアシル基転移酵素1）-GID4複合体 9ok4のChain A・C
    ［ACAA1 - Wikipedia］
    		9ok4のChain A・C（分子接着剤CLEO4-88結合したACAA1-GID4複合体）　同PDBsumデータ9ok4_lp$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
    ヒトの必須・非必須区別
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    分子接着剤CLEO4-88結合したACAA1-GID4複合体9ok4のChain A・C

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