◆ Jmolで見るトピックス分子（26-4） ◆

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ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や，RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため，10件ずつ表示するように変更しました（上記書庫も順次修正します）。
※旧版で表示していた一部の参考データ（PDBsumなど）は今後追加します。
※本ページの分子モデルはMicrosoft EdgeでInternet Explorerモードにして参照できます。
※分子モデルが表示されない場合は分子表示窓右の別データ表示ボタンを押してみてください。
※PDBsumデータでファイル名*_lpであるものはLigPlot+ v.2.2で取得したものです。
★旧Jmolトピックへの追記　→ No.571（環境ホルモン） ｜ No.979（カプサイシン受容体） ｜ No.1046（ディールス・アルドラーゼ）

  1. ランバート・イートン筋無力症候群に初の治療薬（日経メディカル，2025/01/10） [NEW!]

    アミファンプリジン（amifampridine）
    I = 225, O = 100, I/O = 2.250
    ［Amifampridine - Wikipedia］
    		アミファンプリジン（amifampridine）
    5now（アミファンプリジンが結合したシクロフィリンA）　同PDBsumデータ5now_L89$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
    ヒトの必須・非必須区別
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左］アミファンプリジン（amifampridine）
    ［中・右］参考図：アミファンプリジン結合のシクロフィリンA 5nowとPDBsumデータ

      ●アミノ色表示の凡例
      ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR　ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO
      ●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR　ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS
      ●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
      SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG　HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP　SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE
      ●有機概念図I/O値順（特性基 R）
      ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS　TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE
      ●等電点順
      ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP　VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG
      ●ヒトの必須・非必須区別
      ILE　LEU　VAL　PHE　MET　TRP　LYS　HIS　THR　ARG　ALA　PRO　CYS　TYR　GLY　GLU　GLN　ASP　SER　ASN


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！

  2. Structural basis for human NKCC1 inhibition by loop diuretic drugs（EMBO Journal，2025/01/28） [NEW!]　※2025/02/12公開9c0e（下掲）・9c0g・9c0h

    フロセミド（furosemide）が結合したNa-K-Cl共輸送体NKCC1 9c0eのChain A
    ［Na-K-Cl cotransporter - Wikipedia，Furosemide - Wikipedia］
    		9c0eのChain A（フロセミド〈furosemide〉が結合したNKCC1）　同PDBsumデータ9c0e_FUN$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
    ヒトの必須・非必須区別
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    フロセミド（furosemide）が結合したNa-K-Cl共輸送体NKCC1 9c0eのChain AとPDBsumデータ

  3. FDAが治癒切除不能な叢状神経線維腫を有する2歳以上の神経線維腫症1型に対してMEK阻害薬mirdametinibを承認（日経メディカル，2025/02/14） [NEW!]

    ミルダメチニブ（mirdametinib）
    I = 545, O = 415, I/O = 1.313
    		ミルダメチニブ（mirdametinib）
    7jv0のChain C（ミルダメチニブが結合したマイトジェン活性化プロテインキナーゼキナーゼ1〈MEK1〉）　4BM（ミルダメチニブ）選択　同PDBsumデータ7jv0_4BM$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
    ヒトの必須・非必須区別
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左］ミルダメチニブ（mirdametinib）
    ［中・右］同分子が結合したマイトジェン活性化プロテインキナーゼキナーゼ1（MEK1）7jv0のChain CとPDBsumデータ

  4. Nature誌が発表！！2025年注目の7つの技術！！（Chem-Station，2025/02/18） [NEW!]　※7件中にある“バイオレメディエーション技術：生物を利用した環境修復技術 (Bioremediation technologies)”関連分子（図中のものも一部含む）を以下に。

    初期表示：mutilin（ムチリン）
    		γ-HCH：γ-HCH（リンデン，リンダン，lindane，γ-BHC）　→ 新規POPs
    PFAS：パーフルオロオクタンスルホン酸（perfluorooctanesulfonic acid，PFOS）　パーフルオロオクタン酸（perfluorooctanoic acid，PFOA）　→ PFAS汚染問題
    PET：ポリエチレンテレフタレート（PET，ポリエステルの例）： ポリエチレンテレフタレート（ポリエチレンテレフタラート）　→ 代表的な高分子
    PET分解酵素：8braのChain B（テレフタル酸とMg2+が結合したポリエチレンテレフタラート加水分解酵素例）　
    select (63 or 131 or 132 or 156 or 177 or 179 or 209); spacefill off; wireframe 80; spacefill 30%;",""); F63・A131・M132・W156・D177・I179・H209球棒表示／α炭素ラベル表示（論文 Fig. 2参照）　同PDBsumデータ8bra_UB7$　→ 別トピック ‖ 5xjh（PET分解酵素；上掲論文で引用）
    マイクロプラスチック：　→ マイクロプラスチック問題
    mutilin：mutilin（ムチリン）
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
    ヒトの必須・非必須区別
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    バイオレメディエーション参考図：PCBの骨格であるビフェニルの上流代謝系と各酵素のサブユニットの結晶構造
    → バイオレメディエーションとファイトレメディエーション


    γ-HCH（γ-BHC，リンデン，リンダン，lindane）


    PFASの例：PFHxA，PFOA，PFDA，PFUnA，PFTrDA（Cは炭素数）　　→ PFAS汚染問題


    テレフタル酸が結合したポリエチレンテレフタラート加水分解酵素（PETase）8braのChain BとPDBsumデータ
    ※F63・A131・M132・W156・D177・I179・H209 はNature Communications誌論文 Fig. 2参照


    PET分解酵素5xjh


    mutilin（ムチリン）

  5. Crystal structure of the plasmid-encoded R67 dihydrofolate reductase complexed with Congo red an amyloid binding dye（Scientific Reports，2025/02/12） [NEW!]　※2025/02/19公開9cum

    コンゴーレッドが結合したジヒドロ葉酸レダクターゼ（DHFR）9cum
    		コンゴーレッド（コンゴレッド，Congo red；C.I.Direct Red 28）
    9cum（コンゴーレッドが結合したジヒドロ葉酸レダクターゼ〈DHFR〉）　同PDBsumデータ9cum_CGO$
    2lbuのModel 1（コンゴーレッドが結合したHET-sアミロイド）　同PDBsumデータ2lbu_CGO$
    8x7m（コンゴーレッドが結合したα-シヌクレイン）　同PDBsumデータ8x7m_CGO[201(F)]$　→ アルツハイマー病治療薬
    7ep0のChain A（コンゴーレッドが結合したZYG11B）　同PDBsumデータ7ep0_CGO$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
    ヒトの必須・非必須区別
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    コンゴーレッドが結合したジヒドロ葉酸レダクターゼ（DHFR）9cumとPDBsumデータ


    コンゴーレッドが結合したHET-sアミロイド2lbuのModel 1とPDBsumデータ


    コンゴーレッドが結合したα-シヌクレイン8x7mとPDBsumデータ
    → アルツハイマー病治療薬


    コンゴーレッドが結合したZYG11B 7ep0のChain AとPDBsumデータ


    コンゴーレッド（コンゴレッド，Congo red；C.I.Direct Red 28）


    参考図：コンゴーレッド（直接染料）−セルロースの結合模式図；自作N88プログラムによる作図
    → 染料の種類

  6. Structural requirements of KAI2 ligands for activation of signal transduction（PNAS，2025/01/15） [NEW!]　※2025/02/19公開8zvo・8zvn（下掲）

    KAI2-(+)-6'-carba-dMGer複合体8zvn
    ［Karrikin - Wikipedia］
    		8zvn（KAI2-(+)-6'-carba-dMGer複合体；cif→pdb変換）　同PDBsumデータ8zvn_lp$
    ※参考：アブシシン酸（abscisic acid，ABA）　［Abscisic acid - Wikipedia］
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
    ヒトの必須・非必須区別
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    KAI2-(+)-6'-carba-dMGer複合体8zvnとPDBsumデータ
    ※PDBsum図の紫四角はPNAS論文の“Phe26, Ser95, Tyr124, and His246”


    参考：アブシシン酸（abscisic acid，ABA）

  7. Discovery of DS44470011: An oral hypoxia-inducible factor prolyl hydroxylase inhibitor for the treatment of renal anemia（Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters，2024/08/01）　※2025/02/26公開8z31・8z32・8z33・8z35（下掲）

    DS44470011が結合した低酸素誘導因子プロリンヒドロキシラーゼ2（HIF-PHD2）8z35
    ［EGLN1 - Wikipedia …PHD2］
    		8z35（DS44470011が結合した低酸素誘導因子プロリンヒドロキシラーゼ2〈HIF-PHD2〉；cif→pdb変換）　同PDBsumデータ8z35_lp$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
    ヒトの必須・非必須区別
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    DS44470011が結合した低酸素誘導因子プロリンヒドロキシラーゼ2（HIF-PHD2）8z35とPDBsumデータ

  8. 今月の分子 303: エノイルCoAカルボキシラーゼ/還元酵素（Enoyl-CoA Carboxylases/Reductases）（PDBj，2025/03） ｜ Molecule of the Month（PDB） [NEW!]

    エノイルCoAカルボキシラーゼ/還元酵素6oweのChain A
    		6oweのChain A（ポリケチド合成酵素）　N9V（エノイル-CoA）選択　同PDBsumデータ6owe_NDP（NADPH）$　同PDBsumデータ6owe_N9V（エノイル-CoA）$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
    ヒトの必須・非必須区別
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    NADPHとエノイル-CoAが結合したエノイルCoAカルボキシラーゼ/還元酵素6oweのChain AとPDBsumデータ

  9. ティブソボ（イボシデニブ）の作用機序【AML】（新薬情報オンライン，2025/02/28） [NEW!]　※“2025年2月27日、薬事審議会・医薬品第二部会にて、「IDH1遺伝子変異陽性の急性骨髄性白血病」を対象疾患とするティブソボ錠（イボシデニブ）の承認が了承されました！”

    イボシデニブ（ivosidenib）
    I = 835, O = 635, I/O = 1.315
    ［Ivosidenib - Wikipedia］
    		イボシデニブ（ivosidenib）
    イボシデニブ結合PDBデータ： 8t7oのChain A（イソクエン酸デヒドロゲナーゼ1〈IDH1〉）　同PDBsumデータ8t7o_IV3$［Isocitrate dehydrogenase - Wikipedia］
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
    ヒトの必須・非必須区別
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左］イボシデニブ（ivosidenib）
    ［中・右］イボシデニブが結合したイソクエン酸デヒドロゲナーゼ1（IDH1） 8t7oのChain AとPDBsumデータ

  10. Inhibitors of SAMHD1 Obtained from Chemical Tethering to the Guanine Antiviral Acyclovir（Primary Citation of Related Structures，2025/02/24） [NEW!]　※2025/03/12公開9ec2（下掲）

    アシクロビル（acyclovir）誘導体が結合したSAMHD1 9ec2のChain A・C；cif→pdb変換
    ［SAMHD1 - Wikipedia，Aciclovir - Wikipedia］
    		9ec2のChain A・C（アシクロビル〈acyclovir〉誘導体が結合したSAMHD1）　同PDBsumデータ9ec2_lp$
    アシクロビル（acyclovir）
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
    ヒトの必須・非必須区別
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左・中］アシクロビル誘導体が結合したSAMHD1 9ec2のChain A・CとPDBsumデータ
    ［右］アシクロビル（acyclovir；抗ヘルペスウイルス薬）

「生活環境化学の部屋」ホームページ ｜ Jmol版「分子の学習帳」