◆ Jmolで見るトピックス分子（21-1） ◆

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→ 最近の本サイトコンテンツから： 新型コロナウイルス（SARS-CoV-2｜COVID-19）情報 ｜ 川上モデル「鍵と鍵穴」模型 ｜ 元素・分子が登場する本を読もう！ ←

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や，RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため，10件ずつ表示するように変更しました（上記書庫も順次修正します）。
※旧版で表示していた一部の参考データ（PDBsumなど）は今後追加します。
※本ページの分子モデルはInternet Explorerで参照できます。Microsoft EdgeではInternet Explorerモードにして。

  1. 「3Dプリンタで見るタンパク質と分子の“鍵と鍵穴の関係”」（ecosci.jp，2020/11）ロングバージョン - YouTube　…動画下（スライドも並べて）

    新型コロナウイルスSARS-CoV-2のプロテアーゼ6lu7の4量体（Chain A・C×2）
    赤時間は「3Dプリンタで見るタンパク質と分子の“鍵と鍵穴の関係”」（動画下）の経過時間
    		 0'48''　クルクミン（カレーの色素）：クルクミン（curcumin）；中・酸性［黄色］　同；アルカリ性［赤色］　→ カレーの色素・クルクミン｜クルクミン - Wikipedia
    1'12''・10'20''　ヘモグロビン： 関連PDBデータ例 1hho（ヒトのオキシヘモグロビン構造例）　→ ヘモグロビン
    2'29''　DNA： （以下はDNA部分構造例）　→ DNAとRNAのいろいろな姿
    1gt0のChain A・B（Oct4・Sox2・DNA 複合体；DNAのみ）　1gt0全体　→ Oct1/Sox2/DNA 複合体
    3'04''・9'16''・12'26''　鍵と鍵穴の関係　→ 川上モデル｜鍵と鍵穴模型（3'34''　オキシヘモグロビン，3'54''　ビスフェノールAが結合したエストロゲン受容体γ，4'16''　PFAS例のPFOSを含む血清アルブミン，12'07''　ペニシリンGが結合したヒドロラーゼ，12'07''　GPCR，プロスタグランジンE2が結合したプロスタグランジン受容体，12'17''　17β-エストラジオールが結合したエストロゲン受容体／テストステロンが結合したアンドロゲン受容体／ビスフェノールAが結合したエストロゲン受容体γ，14'27''　生命誕生，光合成 …“星屑” から）
    5'03''〜　パワポ資料： 　→ slideshare（上掲）
    6'52''　有機概念図簡易計算アプリ／11'30'　有機概念図：　→ 有機概念図簡易計算アプリ｜有機概念図（Excel版）
    9'11''　ペニシリン：ペニシリンG（penicillin G）　→ 抗生物質分子データ集
    9'16''　20種類のアミノ酸： 　→ タンパク質中の20種類のアミノ酸
    9'16''　鍵と鍵穴の関係：　→ 川上 勝『3Dプリンターを用いたタンパク質分子模型の製作とその利用』（「生物物理」掲載解説 [PDF]）
    11'30''　有機概念図発祥の地＝熊本大学薬学部 　→ Web資料有機概念図パネル - 熊薬ミュージアム｜熊本大学薬学部「改訂 熊薬ものがたり」(2014/3/27) - Amazon
    11'49''　有機概念図：　→ 有機概念図（Excel版）｜甲田善生・佐藤四郎・本間善夫「新版有機概念図-基礎と応用」(2008)
    12'07''　GPCR：　→ GPCR - 2012年ノーベル化学賞
    12'07''　“元素・分子が登場する本を読もう！”：　→ 元素・分子が登場する本を読もう！
    12'17''　「鍵と鍵穴」模型（17β-エストラジオールが結合したエストロゲン受容体／テストステロンが結合したアンドロゲン受容体／ビスフェノールAが結合したエストロゲン受容体γ）：　→ 川上モデル｜鍵と鍵穴模型｜性ホルモン - ステロイドホルモンの生合成と代謝
    12'17''　PFAS：　→ PFAS汚染問題｜新規POPs有害物質リスト
    13'07''　新型コロナウイルス治療薬候補： 関連PDBデータ例 6lu7の4量体（Chain A・C×2；新型コロナウイルスSARS-CoV-2のプロテアーゼ）　→ 新型コロナウイルス（SARS-CoV-2｜COVID-19）情報
    13'07''　C型肝炎ウイルス（2020年ノーベル生理学医学賞）：　→ JmolトピックNo.981
    13'07''　ノビチョク：　→ アセチルコリンエステラーゼのSITE比較

    14'08''　ゲノム編集（2020年ノーベル化学賞）： 関連PDBデータ例 4ogc（Cas9タンパク質；2020年ノーベル化学賞受賞のJ.A.Doudnaらによる）　→ CRISPR関連生体分子データ《ゲノム編集を考える》｜同ページ内 2020年ノーベル化学賞情報
    14'30''　生体分子の美しさと「鍵と鍵穴」のルール よろしければお読みく ださい！：　→ 「化学と工業」2012年2月号掲載 [PDF]｜雑誌特生物と環境』総論 [PDF]
    バックボーン　二次構造
    DNA/RNA（ATGCU，backbone）
    全選択　タンパク質選択　DNA/RNA選択　同backbone選択　リガンド選択　（*印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別　疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順　コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示　　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      ●アミノ色表示の凡例
      ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR　ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO
      ●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR　ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS
      ●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
      SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG　HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP　SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE
      ●有機概念図I/O値順（特性基 R）
      ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS　TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE
      ●等電点順
      ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP　VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！

  2. 翻訳阻害抗がん剤の二つ目の標的を同定　−増殖抑制効果のより高いがん細胞の予測が可能に−（理研，2020/12/10）　※“抗がん作用を持つ植物由来の翻訳阻害剤「ロカグラミドA」の標的タンパク質として、翻訳開始因子[1]「DDX3[2]」を新たに同定”，“ロカグラミドAは、新型コロナウイルス感染症（COVID-19）の原因ウイルスであるSARS-CoV-2に対する抗ウイルス作用（ウイルス増殖抑制効果）も持つことが明らかになりつつあります”。

    ロカグラミドA（rocaglamide A）
    ［Rocaglamide - Wikipedia］
    		ロカグラミドA（rocaglamide A）
    ※ロカグラミドA結合データ例（2018年研究）：5zc9（RNAとロカグラミドAが結合した翻訳開始因子eIF4A）　同PDBsumデータ 5zc9_RCG（ロカグラミドA）$
    ※翻訳開始因子DDX3データ例（別研究グループによる）：5e7m（AMP-PNPが結合した翻訳開始因子DDX3；Journal of Biological Chemistry論文参照）
    バックボーン　二次構造　DNA/RNA（ATGCU，backbone）
    全選択　タンパク質選択　DNA/RNA選択　同backbone選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左］ロカグラミドA（rocaglamide A）　［中・右］RNAとロカグラミドAが結合した翻訳開始因子eIF4A 5zc9とそのPDBsumデータ


    AMP-PNPが結合した翻訳開始因子DDX3 5e7m

  3. Cas4 nuclease protein structure（NIH，2020/12/19）　※2013/01/16公開PDBデータ4ic1を下掲

    Cas4タンパク質 4IC1
    		4ic1（Cas4タンパク質）　SF4選択　同PDBsumデータ4ic1_SF4$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

        
    ［左・中］Cas4タンパク質 4ic1とNIH画像　［右］同PDBsumデータ

  4. 2021年カレンダー（PDB設立50周年記念） - PDBj　※カレンダー4月の5l1fを以下で初期表示

    抗てんかん薬ペランパネルが結合したイオンチャネル型グルタミン酸受容体（AMPA受容体） 5l1f
    ［今月の分子 235: AMPA受容体（AMPA Receptor）（PDBj，2019/07）］
    		4月：5l1f（抗てんかん薬ペランパネルが結合したイオンチャネル型グルタミン酸受容体〈AMPA受容体〉）　6ZP（perampanel）選択　同PDBsumデータ5l1f_6ZP$　→ 別トピック
    5月：5ireの360量体（Chain A-F×60〈α炭素とHETATMのみ〉；ジカウイルスの構造）　→ Jmolで見るジカウイルス
    9月：2zw3（ヒト由来ギャップ結合チャネル） 　→ 別トピック[1]・[2]
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    抗てんかん薬ペランパネルが結合したイオンチャネル型グルタミン酸受容体（AMPA受容体） 5l1fとそのPDBsumデータ

      
    ［左］ジカウイルスの構造 5ireの360量体（Chain A-F×60）　［右］ヒト由来ギャップ結合チャネル 2zw3

  5. 分子生物学：ミトコンドリアDNAの転写の阻害剤（Nature ハイライト，2020/12/24）　※2020/12/30公開PDBデータ7a8pを下掲

    転写阻害剤が結合したヒトミトコンドリアRNAポリメラーゼ（POLRMT） 7a8p
    		7a8p（転写阻害剤が結合したヒトミトコンドリアRNAポリメラーゼ〈POLRMT〉）　同PDBsumデータ7a8p_R4Q$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    転写阻害剤が結合したヒトミトコンドリアRNAポリメラーゼ（POLRMT） 7a8pとそのPDBsumデータ

  6. 微生物学：マイコバクテリアATP合成酵素へのベダキリン結合の分子基盤（Nature ハイライト，2021/01/07）

    PDBデータ 7jg9（抗結核薬ベダキリン〈bedaquiline〉が結合したマイコバクテリアATP合成酵素；α炭素のみ）
    ［Bedaquiline - Wikipedia］
    		7jg9（抗結核薬ベダキリン〈bedaquiline〉が結合したマイコバクテリアATP合成酵素；α炭素のみ）　同PDBsumデータ7jg9_BQ1$ ｜ PDBsumデータ7jgc_BQ1$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
    空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    抗結核薬ベダキリン（bedaquiline）が結合したマイコバクテリアATP合成酵素7jg9とそのPDBsumデータ（7jgcとの比較）

  7. Stepwise Post-glycosylation Modification of Sugar Moieties in Kanamycin Biosynthesis（ChemBioChem，2021/01/05）　※2021/01/13公開データ7cl2〜7cl6（7cl3を下掲）

    PDBデータ 7cl3のChain A（カナマイシンB〈ベカナマイシン〉が結合したカナマイシンBジオキシゲナーゼ KanJ）
    ［Bekanamycin - Wikipedia，Dioxygenase - Wikipedia］
    		7cl3のChain A（カナマイシンB〈ベカナマイシン〉が結合したカナマイシンBジオキシゲナーゼ KanJ）　同PDBsumデータ 7cl3_9CS$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    カナマイシンB（ベカナマイシン）が結合したカナマイシンBジオキシゲナーゼ KanJ 7cl3のChain AとそのPDBsumデータ

  8. High-resolution structures of multiple 5-HT3AR-setron complexes reveal a novel mechanism of competitive inhibition（Elife，2021/01/08）　※2021/01/13公開データ6w1j・6w1m・6w1y（下掲）［Alosetron - Wikipedia，Ondansetron - Wikipedia，Palonosetron - Wikipedia］

    PDBデータ 6w1yのChain A （パロノセトロン〈palonosetron〉が結合した5-HT3A受容体）
    ［5-HT3 receptor - Wikipedia］
    		6w1yのChain A（パロノセトロン〈palonosetron〉が結合した5-HT3A受容体）　同PDBsumデータ 6w1y_O7B[508(A)]$ ｜ PDBsumデータ 6w1j_S7Y[508(A)]$　PDBsumデータ 6w1m_S87[508(A)]$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    パロノセトロン（palonosetron）が結合した5-HT3A受容体 6w1yのChain AとそのPDBsumデータ（アロセトロン結合の6w1jとオンダンセトロン結合の6w1mとの比較）

  9. 生化学：光によって起こる一瞬の動きを捉える（Nature ハイライト，2021/01/14）　※2020/12/09公開データ6zhw・6zi4・6zid・6zi6・6zi5・6zi9（下掲）・6zia（他に5o4c・5nj4・5cne・5cmv紹介）

    PDBデータ 6zi9（光合成反応中心）
    		6zi9（光合成反応中心）　BCB（bacteriochlorophyll b）選択　MQ7（menaquinone-7）選択　HEC（heme C）選択　同PDBsumデータ6zi9_BCB[301(L)]$　同PDBsumデータ6zi9_MQ7$　同PDBsumデータ6zi9_HEC[401(C)]$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    光合成反応中心 6zi9とそのPDBsumデータ

  10. 蚊の匂い受容体で呼気診断!?　〜蚊の嗅覚受容体を用いたセンサにより0.5ppbレベルの匂いの検出に成功〜（東京大学，2021/01/14）　※“呼気に混合した0.5 ppbの微量のガンマーカー（1-octen-3-ol：オクテノール）を匂いセンサによって検出することに成功”。

    (S)-1-オクテン-3-オール（(S)-1-octen-3-ol；(S)-マツタケオール）
    ［1-Octen-3-ol - Wikipedia］
    		(S)-1-オクテン-3-オール（(S)-1-octen-3-ol；上掲研究で用いたのはこちら）　(R)-1-オクテン-3-オール（(R)-1-octen-3-ol；上掲研究で用いたのはこちら）
    ※参考：嗅覚受容体構造例（オプシンを用いたホモロジーモデリング）： 4j4q#（オクチル-β-D-グルコシドが結合したオプシン；嗅覚受容体のホモロジーモデリング）　BOG_405A選択　同PDBsumデータ4j4q_BOG[405(A)]$　→ Angewandte Chemie International Edition誌論文(2013)　［Olfactory receptor - Wikipedia］
    8v3dのChain D（2,4,5-トリメチルチアゾールが結合した嗅覚受容体OR28；cif→pdb変換）　同PDBsumデータ8v3d_lp$
    8z9aのChain A・D（酢酸ゲラニルが結合した嗅覚受容体OR5とOrcoの複合体）　SOU（酢酸ゲラニル）選択　同PDBsumデータ8z9a_SOU$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左］(S)-1-オクテン-3-オール（(S)-1-octen-3-ol；(S)-マツタケオール）
    ［中・右］参考図：オクチル-β-D-グルコシドが結合したオプシン（嗅覚受容体のホモロジーモデリング） 4j4qとそのPDBsumデータ

      
    ［左］2,4,5-トリメチルチアゾールが結合した嗅覚受容体OR28 8v3dのChain D（蚊由来，除いたChain A-Cはハチ由来のOrco）とそのPDBsumデータ
    ［右］酢酸ゲラニルが結合したアブラムシの嗅覚受容体OR5とOrcoの複合体8z9aのChain A・DとそのPDBsumデータ

「生活環境化学の部屋」ホームページ ｜ Jmol版「分子の学習帳」