◆ Jmolで見るトピックス分子（17-2） ◆

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ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や，RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため，10件ずつ表示するように変更しました（上記書庫も順次修正します）。
※旧版で表示していた一部の参考データ（PDBsumなど）は今後追加します。
※Jmol利用コンテンツはWindows 10でもInternet Explorer 11で閲覧できます。

  1. 今月の分子 222: タンパク質とナノ粒子（Proteins and Nanoparticles）（PDBj，2018/06） ｜ Molecule of the Month（PDB）

    PDBデータ 5et3の4量体（Chain A・B×2；フラーレン（C60）結合デノボデザインペプチド；別トピックの再掲）
    ［Fullerene - Wikipedia，Calixarene - Wikipedia，Protein design - Wikipedia］

    		5et3の4量体（Chain A・B×2；フラーレン（C60）結合デノボデザインペプチド）　同PDBsumデータ5et3_60C [101(A)]$ ｜ 5hknのPDBsumデータ5hkn_60C [101(B)]$ ｜ 5hkrのPDBsumデータ5hkr_60C [101(B)]$
    4prq（スルホナートカリックス[4]アレーン〈SCLX4〉が結合した卵白リゾチーム）　T3Y（SCLX4）選択　同PDBsumデータ4prq_T3Y [202(A)]
    $ フラーレン（C60）
    ※カリックスアレーンの例： 4-tert-ブチルカリックス[4]アレーン（4-tert-butylcalix[4]arene） ｜ 6-tert-ブチルカリックス[6]アレーン（6-tert-butylcalix[6]arene） ｜ 6-tert-ブチルカリックス[6]アレーン ＋ C60　6-tert-ブチルカリックス[6]アレーン選択
    ※その他のアレーン例：9i1o（スルファト-テルフェン[3]アレーンが結合したフコース結合レクチンタンパク質，cif→pdb変換）　同PDBsumデータ9i1o_lp$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左］フラーレン（C60）結合デノボデザインペプチド5et3の4量体（Chain A・B×2）　［右］同PDBsumデータ


    5et3・5hkn・5hkrのPDBsumデータ；I'/O'値については20種類のアミノ酸参照


    スルホナートカリックス[4]アレーンが結合した卵白リゾチーム4prqとPDBsumデータ


    スルファト-テルフェン[3]アレーンが結合したフコース結合レクチンタンパク質9i1oとPDBsumデータ

      ●アミノ色表示の凡例
      ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR　ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO
      ●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR　ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS
      ●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
      SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG　HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP　SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE
      ●有機概念図I/O値順（特性基 R）
      ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS　TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE
      ●等電点順
      ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP　VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！

  2. 私が処方された医薬から：プレドニゾロン - Wikipedia

    プレドニゾロン（prednisolone）
    ［Prednisolone - Wikipedia］
    		プレドニゾロン（prednisolone）
    ※参考（ステロイドの代表例）： コレステロール（cholesterol）
    ※参考（免疫抑制剤の例）： タクロリムス（tacrolimus） ｜ タクロリムス結合タンパク質例： 1bkf　同PDBsumデータ1bkf_FK5$　→ アトピー新薬／タクロリムス
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
    ヒトの必須・非必須区別
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    プレドニゾロン（prednisolone）

  3. 雑誌特集『微生物と人類の闘いと共存』，「生物の科学 遺伝」2018年7月発刊号　※一部化合物の分子モデルを以下に。

    初期表示はmalacidin A（マラシジンA）
    ［Metformin - Wikipedia］

    		p.363 アルテミシニン：アルテミシニン（artemisinin）
      ※上掲記事中でアルテミシニンとともに紹介の分子：メフロキン（mefloquine；異性体あり）　［Mefloquine - Wikipedia］
    p.371 ペニシリン：ペニシリンG（penicillin G）　→ 抗生物質を含むPDBデータ
    p.374 malacidin：malacidin A
    p.378 グアニン4重鎖（G4）構造：　DNAのG-四重らせん構造の例 2a5rのModel 1（ポルフィリン含む）　→ DNAのG-四重らせん構造の例
    p.383 ヘモグロビン：　ヘモグロビン構造の例 2hhb（ヒトのデオキシヘモグロビン）　→ ヘモグロビン
    p.390 アジスロマイシン：アジスロマイシン（azithromycin）　→ 抗生物質を含むPDBデータ
    p.390 オゾン（O3）：オゾン（ozone）
    ※マラリア治療薬別研究例から：
    9v5uのChain A（SHOK344が結合したマラリア原虫の酵素PfDXR，cif→pdb変換）　同PDBsumデータ9v5u_lp$
    FPSA
    8dsrのChain A（プラスメプシンX〈plasmepsin X〉の構造例；阻害剤UCB7362が結合）　同PDBsumデータ8dsr_lp$
    バックボーン　二次構造　DNA/RNA（ATGCU，backbone）
    全選択　タンパク質選択　DNA/RNA選択　同backbone選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
    ヒトの必須・非必須区別
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

          
    左から　アルテミシニン（artemisinin），メフロキン（mefloquine；異性体あり），FPSA，malacidin A（マラシジンA）


    阻害剤UCB7362が結合したプラスメプシンX（plasmepsin X）8dsrのChain AとそのPDBsumデータ


    SHOK344が結合したマラリア原虫の酵素PfDXR 9v5uのChain AとそのPDBsumデータ

  4. 新刊：桜井 弘，「宮沢賢治の元素図鑑　作品を彩る元素と鉱物」，化学同人(2018)　※一部の分子・結晶構造を以下に。

    初期表示は黄鉄鉱（pyrite）の結晶構造

    		p.30 C ダイヤモンド：ダイヤモンド（diamond） ｜ ダイヤモンド，グラファイト，フラーレン（C60），カーボンナノチューブの同時表示
    p.30 C フラーレン：フラーレン（fullerene，C60）　→ フラーレン
    p.30ほか C ATP：ATP
    p.31 C グラファイト：グラファイト（graphite）
    p.32 N 窒素：窒素分子（nitrogen gas，N2）　→ 窒素から見る生命の世界
    p.32 N ニトログリセリン：ニトログリセリン（nitroglycerin）
    p.34 O α-ピネン：α-ピネン（α-pinene）
    p.34 O β-ピネン：β-ピネン（β-pinene）
    p.34 O リモネン：d-リモネン（d-limonene）
    p.34 O オゾン（O3）：オゾン（ozone）
    p.42 Na 塩化ナトリウム：塩化ナトリウム（sodium chloride，NaCl）　→ 2014年は世界結晶年！
    p.48 Si シリコーン：シリコーン（silicone）の部分構造例　→ 代表的な高分子
    p49. Si 石英／水晶：石英（水晶，quartz，SiO2）の部分構造例　→ 2014年は世界結晶年！｜二酸化ケイ素の結晶構造 左水晶と右水晶
    p.52ほか S 硫化水素：硫化水素（hydrogen sulfide，H2S）　→ 悪臭の正体
    p.69 Mn スーパーオキシドジスムターゼ（マンガンを含む酵素の例）：　スーパーオキシドジスムターゼ構造の例 2adp　→ 生体分子の構成元素
    p.70 Fe ヘモグロビン：　ヘモグロビン構造の例 2hhb（ヒトのデオキシヘモグロビン）　→ ヘモグロビン
    p.70 Fe 鉄：鉄（iron）の面心立方格子構造例　→ 2014年は世界結晶年！
    p.71 Fe 黄鉄鉱：黄鉄鉱（pyrite）の結晶構造　→ 川上モデル - 分子・結晶・リガンド模型
    p.84 Mo ニトロゲナーゼ：　ニトロゲナーゼ構造の例 1n2c（ニトロゲナーゼ）　→ モリブデン化合物，タングステン化合物を含む生体分子のSITE例
    p.84 Mo キサンチンオキシダーゼ：　キサンチンオキシダーゼ構造の例 1fiq（キサンチンオキシダーゼ）　→ モリブデン化合物，タングステン化合物を含む生体分子のSITE例
    p94. I 甲状腺ホルモン：　甲状腺ホルモンとその受容体構造例 1y0x（チロキシン〈thyroxine，甲状腺ホルモン T4〉 と受容体の構造例） ｜ 1xzx（3,5,3'-トリヨードチロニン〈3,5,3'-triiodothyronine，甲状腺ホルモン T3〉 と受容体の構造例） ｜ ●I　　●As　→ 甲状腺ホルモンと受容体
    p.107 Au 金：金（gold）の結晶構造例 ｜ 金（Au）・銀（Ag）・銅（Cu）の結晶構造同時表示　→ 2014年は世界結晶年！
    p.112 Bi ビスマス化合物：ビスマス化合物の例 次サリチル酸ビスマス（bismuth subsalicylate）　→ Jmolトピック
    バックボーン　二次構造
    DNA/RNA（ATGCU，backbone）
    全選択　タンパク質選択　DNA/RNA選択　同backbone選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

        


    Jmol colors ｜ 一家に1枚シリーズ（周期表，鉱物ほか）

  5. RCSB PDB 2018/06/27 新規公開データより：5xvd [NiFe]-hydrogenase 2 from Citrobacter sp. S-77 in an air-oxidized condition　※他に5xvb・5xvc

    PDBデータ 5xvd（Fe4-S4-Oクラスターほかを含むニッケル-鉄ヒドロゲナーゼ）
    ［NiFe hydrogenase - Wikipedia］
    		5xvd（鉄硫黄クラスター・Ni-Fe活性中心ほかを含むニッケル-鉄ヒドロゲナーゼ）　同PDBsumデータ5xvd_8JU（Fe4-S4-Oクラスター）$　　同PDBsumデータ5xvd_8JU-SF4-F3S-NFV-MG（3つの鉄硫黄クラスター〈1つはFe4-S4-O〉・Ni-Fe活性中心・Mgイオン）$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左］ニッケル-鉄ヒドロゲナーゼ5xvd　［中］同Fe4-S4-OクラスターについてのPDBsumデータ　［右］3つの鉄硫黄クラスター・Ni-Fe活性中心・MgイオンについてのPDBsumデータ（NiFe hydrogenase - Wikipedia中の図と並べて）

  6. 今月の分子 223: ピエゾ1機械受容チャネル （Piezo1 Mechanosensitive Channel）（PDBj，2018/07） ｜ Molecule of the Month（PDB）　→ 別トピック（ノーベル生理学医学賞2021）

    PDBデータ 6bpz（ピエゾ1機械受容チャネル）
    ［Mechanosensitive channels - Wikipedia，PIEZO1 - Wikipedia］
    		バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    ピエゾ1機械受容チャネル6bpz

  7. NATURE VIDEO活用事例： 抗凝血薬「ワルファリン」はこうして生まれた（Nature Japan，2018/07/01）

    R-ワルファリン（R-warfarin）とS-ワルファリン（S-warfarin）の同時表示
    ［Warfarin - Wikipedia］
    		R-ワルファリン（R-warfarin）とS-ワルファリン（S-warfarin）の同時表示　R-ワルファリン（R-warfarin）　S-ワルファリン（S-warfarin）
    ※参考（R-ワルファリン結合タンパク質例）： 2bxdのChain A（R-ワルファリンが結合した血清アルブミン）　同PDBsumデータ2bxd_RWF$
    ※参考（ワルファリン作用機序〈Wikipedia記事〉と関連するビタミンKの例）： ビタミンK2（メナキノン〈menaquinone〉の例であるメナキノン-6）　→ 水溶性ビタミンと脂溶性ビタミン　［ビタミンK - Wikipedia］
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左］R-ワルファリン（R-warfarin）　［右］同分子が結合した血清アルブミン構造例2bxdのChain AとそのPDBsumデータ

  8. Cover Story： ジアゼパムの標的：GABAA受容体の構造から抗不安薬の結合部位が明らかになった（Nature Japan，2018/07/05）

    PDBデータ 6d6t（GABAとフルマゼニルが結合したGABAA受容体）
    ［GABAA receptor - Wikipedia，gamma-Aminobutyric acid - Wikipedia，Flumazenil - Wikipedia］
    		6d6t（GABAとフルマゼニルが結合したGABAA受容体）　ABU（GABA）選択　FYP（フルマゼニル）選択　同PDBsumデータ6d6t_ABU$　同PDBsumデータ6d6t_FYP$ ‖ PDBsumデータ6d6u_ABU$　PDBsumデータ6d6u_FYP$
    ジアゼパム（diazepam）　→ 危険ドラッグ
    GABA（γ-アミノ酪酸，γ-aminobutanoic acid，4-aminobutanoic acid）
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    GABAとフルマゼニルが結合したGABAA受容体6d6tとそのPDBsumデータ（6d6uとの比較）

  9. Interspecies Variation between Fish and Human Transthyretins in Their Binding of Thyroid-Disrupting Chemicals（Environ. Sci. Technol.，2018/09/18）　※2018/07/11公開データ6gno (TBBPA結合，下掲）・6gnm（BP2結合）・6gnp（TC2P結合）・6gnr（clonixin結合）・6gnw（2,4,5-T結合）・6gon（PFOA結合）・6goo（同）・6gr7（2,4,5-T結合）・6grp（TC2P結合）

    PDBデータ 6gnoのChain A（テトラブロモビスフェノールA〈TBBPA〉が結合したトランスサイレチン）
    ［Tetrabromobisphenol A - Wikipedia，Transthyretin - Wikipedia］
    		6gnoのChain A（テトラブロモビスフェノールA〈TBBPA〉が結合したトランスサイレチン）　同PDBsumデータ6gno_XDI$ ‖ 　PDBsumデータ6gnm_27M [201(B)；記載なしは何れも 201(A)]（bis(2,4-dihydroxyphenyl)methanone結合）$　PDBsumデータ6gnr_6J3（clonixin結合）$　PDBsumデータ6gnw_F52（2,4,5-T結合）$　PDBsumデータ6gon_8PF（PFOA結合）$　PDBsumデータ6grp_F4Z [202(A)]（TC2P結合）$
    5hjg（同上；同じ研究グループによる別データ）　同PDBsumデータ5hjg_XDI$
    8wguのChain A（compound 20が結合したトランスサイレチン）　同PDBsumデータ8wgu_WH0$
    TBBPA（テトラブロモビスフェノールA，tetrabromobisphenol A）
    ※参考（その他のTBBPA結合PDBデータ例）：3oswのChain A（TBBPAが結合したペルオキシソーム増殖剤活性化受容体γ）　同PDBsumデータ3osw_XDI$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    ［上］テトラブロモビスフェノールA（TBBPA）が結合したトランスサイレチン6gnoのChain A
    ［下］種々のリガンドが結合したトランスサイレチンのPDBsumデータ


    compound 20が結合したトランスサイレチン8wguのChain AとそのPDBsumデータ

  10. RCSB PDB 2018/07/18 新規公開データより：5ztn The crystal structure of human DYRK2 in complex with Curcumin

    PDBデータ 5ztnのChain A（エノール型クルクミンが結合したDYRK2〈二重特異性チロシンリン酸化調節キナーゼ2〉）
    ［DYRK2 - Wikipedia，Curcumin - Wikipedia］
    		5ztnのChain A（クルクミンが結合したDYRK2）　CUR（クルクミン）選択　同PDBsumデータ5ztn_CUR$
    クルクミン（curcumin；エノール型） ｜ クルクミン（curcumin；ケト型）
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    エノール型クルクミンが結合したDYRK2（二重特異性チロシンリン酸化調節キナーゼ2）5ztnのChain AとそのPDBsumデータ

「生活環境化学の部屋」ホームページ ｜ Jmol版「分子の学習帳」