◆ Jmolで見るトピックス分子（15-5） ◆

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ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や，RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため，10件ずつ表示するように変更しました（上記書庫も順次修正します）。
※旧版で表示していた一部の参考データ（PDBsumなど）は今後追加します。
※本ページの分子モデルはInternet Explorerで参照できます。Microsoft EdgeではInternet Explorerモードにして。
※PDBsumデータでファイル名*_lpであるものはLigPlot+ v.2.2で取得したものです。

  1. 夢の筒状炭素分子「カーボンナノベルト」の合成に成功　〜単一構造のカーボンナノチューブの実現に道を拓く〜（JST，2017/04/14）

    カーボンナノベルト（carbon nanobelt；CNB）の構造例（還数12；分子ツールによるPM3計算構造）

    		カーボンナノベルト（carbon nanobelt）の構造例（還数12）
    カーボンナノチューブ（アームチェア型の例）　→ フラーレン
    ※参考（CNBの部分構造例としてアントラセンまたはフェナントレン，および関連構造フラーレンを含むPDBデータ例；ただしアントラセンとフェナントレンは平板構造）
    2hmm（アントラセン〈anthracene〉が結合したナフタレン-1,2-ジオキシゲナーゼ）　AN3（アントラセン）選択　FES（Fe2S2クラスター）選択　同PDBsumデータ 2hmm_AN3$　［Naphthalene 1,2-dioxygenase - Wikipedia］
    2hmk（フェナントレン〈phenanthrene〉が結合したナフタレン-1,2-ジオキシゲナーゼ）　PEY（フェナントレン）選択　同PDBsumデータ 2hmk_PEY$
    5et3の4量体（Chain A・B×2；フラーレン（fullerene，C60）結合デノボデザインペプチド）　同PDBsumデータ5et3_60C [101(A)] ｜ 5hknのPDBsumデータ5hkn_60C [101(B)] ｜ 5hkrのPDBsumデータ5hkr_60C [101(B)]　→ 別トピック
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    カーボンナノベルト（carbon nanobelt，CNB；還数12）の計算構造例

        
    ［左］アントラセンが結合したナフタレン-1,2-ジオキシゲナーゼ2hmm　［中］参考PDBsumデータ　［右］フラーレン結合デノボデザインペプチド5et3のPDBsumデータ

      ●アミノ色表示の凡例
      ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR　ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO
      ●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR　ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS
      ●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
      SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG　HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP　SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE
      ●有機概念図I/O値順（特性基 R）
      ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS　TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE
      ●等電点順
      ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP　VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！

  2. RCSB PDB 2017/05/03 新規公開データより：5b4e Enzyme Veg136 protein in complex with ligand　※他に5gha（5b4f未公開）

    PDBデータ 5b4e（鉄硫黄クラスタータンパク質TtuA）
    		5b4e（鉄硫黄クラスタータンパク質TtuA）　SF4（Fe4S4クラスター）選択　同PDBsumデータ 5b4e_SF4$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    鉄硫黄クラスタータンパク質TtuA 5b4eとそのPDBsumデータ（他のFe4S4クラスターとの比較参照）

  3. RCSB PDB 2017/05/10 新規公開データより：5x7e Crystal structure of vitamin D hydroxylase cytochrome P450 105A1 (R84A mutant) in complex with 1,25-dihydroxyvitamin D2

    PDBデータ 5x7e（1α,25-ジヒドロキシビタミンD2が結合したシトクロムP450）
    ［Cytochrome P450 - Wikipedia，Ergocalciferol - Wikipedia］
    		5x7e（1α,25-ジヒドロキシビタミンD2が結合したシトクロムP450）　7ZU（1α,25-ジヒドロキシビタミンD2）選択　同PDBsumデータ 5x7e_7ZU$
    ビタミンD2（エルゴカルシフェロール，ergocalciferol） ‖ ビタミンD3（コレカルシフェロール，cholecalciferol） ｜ 同 活性型（カルシトリオール，calcitriol）
    ※参考（他のビタミンD類が結合したP450構造例）：
    3czhのChain A（ビタミンD2が結合したP450）　同PDBsumデータ 3czh_D2V$
    3c6gのChain B（ビタミンD3が結合したP450）　同PDBsumデータ 3c6g_VD3$
    2zbz（1α,25-ジヒドロキシビタミンD3が結合したP450）　同PDBsumデータ 2zbz_VDX$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左］1α,25-ジヒドロキシビタミンD2が結合したシトクロムP450 5x7e
    ［右］ビタミンD類が結合したP450のPDBsumデータ例

  4. RCSB PDB 2017/05/17 新規公開データより：5xa8 Complete structure factors and an atomic model of the calcium pump (SERCA1A) and associated phospholipids in the E1-ALF4-ADP-2CA2+ crystals　※他に5xa7・5xa9・5xaa・5xab

    PDBデータ 5xa8（リン脂質，AlF4-，ADP，Ca2+が結合したカルシウムポンプ）
    ［Calcium pump - Wikipedia，Calcium ATPase - Wikipedia］
    		5xa8（リン脂質，AlF4-，ADP，Ca2+が結合したカルシウムポンプ）　PCW（リン脂質）選択　同PDBsumデータ5xa8_PCW[1017(A)]　同PDBsumデータ5xa8_ALF（AlF4-）
    5xa7（リン脂質，Ca2+が結合したカルシウムポンプ）
    ※他のカルシウムポンプ構造例
    1su4（Ca2+が結合したカルシウムポンプ）
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　Lys・Arg（リシン・アルギニン）選択　Trp（トリプトファン）選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

        
    左からリン脂質，AlF4-，ADP，Ca2+が結合したカルシウムポンプ5xa8とそのリン脂質部分の例（Lys，Argのドット表面表示），およびPDBsumデータ（リン脂質とAlF4-）
    ※中央の図の右側はSPring-8プレスリリース（2017/05/04）参照

  5. RCSB PDB 2017/05/24 新規公開データより：5x2m Crystal structure of the medaka fish taste receptor T1r2a-T1r3 ligand binding domains in complex with L-glutamine　※他に5x2n（アラニン結合）・5x2o（アルギニン結合）・5x2p（グルタミン酸結合）・5x2q（グリシン結合）

    PDBデータ 5x2mのChain A・B（グルタミンが結合した味覚受容体T1r2-T1r3ヘテロ二量体）
    ［Taste receptor - Wikipedia，TAS1R2 - Wikipedia］
    		5x2mのChain A・B（グルタミンが結合した味覚受容体T1r2-T1r3ヘテロ二量体）　GLN（リガンドのグルタミン）選択　同PDBsumデータ5x2m_GLN[951(A)]$　同PDBsumデータ5x2m_GLN[951(B)]$　同PDBsumデータ5x2m_GLN[951(D)]$　同PDBsumデータ5x2m_CL_elife[971(B)]$（eLife論文 Figure 2 D 中のP45，T105，G146，P147，Q148，S149，S150を配置）　Chain Bの残基番号45・105・146・147・148・149・150球棒表示／α炭素ラベル表示　Chain AのSer142・Gly163・Ser165球棒表示／α炭素ラベル表示（JCCJ論文参照）　同PDBsumデータ5x2m_CL_lp[971(B)]$
    5x2n（アラニンが結合した味覚受容体T1r2-T1r3ヘテロ二量体）のPDBsumデータ5x2n_ALA[951(A)]$　同PDBsumデータ5x2n_ALA[951(B)]$　ALA（リガンドのアラニン）選択
    5x2o（アルギニンが結合した味覚受容体T1r2-T1r3ヘテロ二量体）のPDBsumデータ5x2o_ARG[951(A)]$　同PDBsumデータ5x2o_ARG[951(B)]$　ARG（リガンドのアルギニン）選択
    5x2p（グルタミン酸が結合した味覚受容体T1r2-T1r3ヘテロ二量体）のPDBsumデータ5x2p_GLU[951(A)]$　同PDBsumデータ5x2p_GLU[951(B)]$　同PDBsumデータ5x2p_GLU[951(D)]$　GLU（リガンドのグルタミン酸）選択
    5x2q（グリシンが結合した味覚受容体T1r2-T1r3ヘテロ二量体）のPDBsumデータ5x2q_GLY[951(A)]$　同PDBsumデータ5x2q_GLY[951(B)]$　GLY（リガンドのグリシン）選択
    9w0qのChain R（苦味物質タンゲレチン〈tangeretin〉が結合した苦味受容体T2R14，cif→pdb変換）　同PDBsumデータ9w0q_lp$
    9oxbのChain R（苦味物質アリストロキア酸I〈aristolochic acid I〉が結合した苦味受容体TAS2R43）　同PDBsumデータ9oxb_GOQ$
    8eis（タコの感覚受容器；走化性受容体CRT1）　同PDBsumデータ8eis_DU0[405(A)]$
    8eiz（デナトニウム〈denatonium〉が結合したイカの化学触覚受容体CRT1，cif→pdbデータ変換）　同PDBsumデータ8eiz_ctp_lp[401(A)]$　→ 別トピック
    9e6dのChain A（ルミクローム〈ルミクロム，lumichrome〉が結合したタコの化学触覚受容体CRT1　同PDBsumデータ9e6d_LUM$
    8uvuのChain A（カイコの味覚受容体BmGr9；リガンドをD-フルクトフラノースのみに〈重なりのD-フルクトピラノース削除〉）　8uvuA_FRU_lp同PDBsumデータ8uvuA_FRU_lp$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
    ヒトの必須・非必須区別
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

        
    グルタミンと塩化物イオンが結合した味覚受容体T1r2-T1r3ヘテロ二量体5x2mのChain A・Bとその塩化物イオン周辺アミノ酸残基強調表示（eLife論文より），
    およびそのPDBsumデータ（塩化物イオン；以下は他のリガンドについてのChain A・B・Dの比較）






    味覚受容体T1r2-T1r3ヘテロ二量体のPDBsumデータ（上から）；5x2q（グリシン結合），5x2n（アラニン結合），5x2o（アルギニン結合），5x2m（グルタミン結合），5x2p（グルタミン酸結合）

      
    苦味受容体研究2件から（何れもChain RとPDBsumデータ）
    ［左］苦味物質タンゲレチン（tangeretin）が結合した苦味受容体T2R14
    ［右］苦味物質アリストロキア酸I（aristolochic acid I）が結合した苦味受容体TAS2R43


    メダカの味覚受容体T1r 5x2mのChain A・BのeLife論文およびJCCJ論文で言及されているアミノ酸残基の球棒・着色表示

      
    タコの走化性受容体CRT1 8eisとイカの化学触覚受容体CRT1 8eiz（cif→pdbデータ変換），およびそれぞれのPDBsumデータ


    ルミクローム（ルミクロム，lumichrome）が結合したタコの化学触覚受容体CRT1 9e6dのChain AとPDBsumデータ


    D-フルクトフラノース（重なりのD-フルクトピラノース削除）が結合したカイコの味覚受容体BmGr9 8uvuのChain AとそのPDBsumデータ

  6. RCSB PDB 2017/05/31 新規公開データより：5m2l Structure of DNA tetrameric AGCGA-quadruplex adopted by 15-mer d(GCGAGGGAGCGAGGG), VK34, oligonucleotide found in regulatory region of the PLEKHG3 human gene　※他に5m1l

    PDBデータ 5m2lのModel 1（AGCGAリッチのDNA四重鎖）
    		5m2lのModel 1（AGCGAリッチのDNA四重鎖）
    5m1lのModel 1（同上）
    バックボーン　二次構造
    DNA/RNA（ATGCU，backbone）
    全選択　DNA/RNA選択　同backbone選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    AGCGAリッチのDNA四重鎖構造例 5m2l

  7. 今月の分子 210: アデニンリボスイッチの動き（Adenine Riboswitch in Action）（PDBj，2017/06） ｜ Molecule of the Month（PDB）　※5sweを以下に

    PDBデータ 5swe（アデニンが結合したアデニンリボスイッチアプタマードメイン）
    ［Riboswitch - Wikipedia，Aptamer - Wikipedia］
    		5swe（アデニンが結合したアデニンリボスイッチアプタマードメイン）　同PDBsumデータ5swe_ADE$
    5swdのPDBsumデータ5swd_ADE$（アデニン結合途中のアデニンリボスイッチアプタマードメイン）
    バックボーン　二次構造
    DNA/RNA（ATGCU，backbone）
    全選択　DNA/RNA選択　同backbone選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左］アデニンが結合したアデニンリボスイッチアプタマードメイン5swe　［右］5swd（アデニン結合途中）と5sweのPDBsumデータ

  8. 新抗生物質「シュードウリジマイシン」、耐性菌に高い効果（AFPBB News，2017/06/18）　※シュードウリジマイシン（pseudouridimycin，PUM），リファンピシン（rifampicin；リファンピン，rifampin），シュードウリジマイシン結合PDBデータ5x21を以下に。

    シュードウリジマイシン（pseudouridimycin，PUM）
    		シュードウリジマイシン（pseudouridimycin，PUM） ｜ リファンピシン（rifampicin；リファンピン，rifampin）　［Rifampicin - Wikipedia］
    5x21（シュードウリジマイシンが結合したRNAポリメラーゼ）　PUM（シュードウリジマイシン）選択　同PDBsumデータ5x21_PUM$
    ※参考（リファンピシンが結合したPDBデータ例）：5uhg（リファンピシンが結合したRNAポリメラーゼ）　RFP（リファンピシン）選択　同PDBsumデータ5uhg_RFP$
    バックボーン　二次構造
    DNA/RNA（ATGCU，backbone）
    全選択　タンパク質選択　DNA/RNA選択　同backbone選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

        
    左からシュードウリジマイシン（pseudouridimycin，PUM）と同分子が結合したRNAポリメラーゼ5x21および同PDBsumデータ（アミノ酸残基・核酸塩基それぞれのI・O加算してI''/O''値算出）


    リファンピシン（リファンピン）が結合したRNAポリメラーゼ5uhgとそのPDBsumデータ

  9. Engineering protein stability with atomic precision in a monomeric miniprotein（Nature Chemical Biology，2017/05/22）　※5lo2・5lo3・5lo4（前2者を以下に）

    PDBデータ 5lo2のModel 1（設計された構造タンパク質）
    		5lo2のModel 1（設計された構造タンパク質）
    5lo3のModel 1（設計された構造タンパク質）　0A1（L-peptide linking）選択
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　Pro（プロリン）選択　Tyr（チロシン）選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    設計された構造タンパク質5lo2のModel 1（上）と5lo3のModel 1（下）

  10. RCSB PDB 2017/06/28 新規公開データより：5nbw Crystal structure of the Fab fragment 22F12 in complex with 3-hydroxybenzo[a]pyrene

    PDBデータ 5nbwのChain L・H（3-ヒドロキシベンゾ[a]ピレンが結合したFabフラグメント22F12）
    ［Benzo(a)pyren - Wikipedia］
    		5nbwのChain L・H（3-ヒドロキシベンゾ[a]ピレン〈ベンゾ[a]ピレン-3-オール〉が結合したFabフラグメント22F12）　同PDBsumデータ 5nbw_8SK$
    ベンゾ[a]ピレン（benzo[a]pyrene）
    ※参考（他のベンゾ[a]ピレン誘導体・代謝物が結合したPDBsumデータ例）： PDBsumデータ1em4_BPL$ ｜ PDBsumデータ1dxa_BAP$
    バックボーン　二次構造　DNA/RNA（ATGCU，backbone）
    全選択　タンパク質選択　DNA/RNA選択　同backbone選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左］3-ヒドロキシベンゾ[a]ピレンが結合したFabフラグメント22F12 5nbwのChain L・H
    ［右］5nbw，1em4，1dxaのPDBsumデータ比較

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