◆ Jmolで見るトピックス分子（15-4） ◆

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ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や，RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため，10件ずつ表示するように変更しました（上記書庫も順次修正します）。
※旧版で表示していた一部の参考データ（PDBsumなど）は今後追加します。
※Jmol利用コンテンツはWindows 10でもInternet Explorer 11およびFirefox（バージョン51以前）で閲覧できます。

  1. RCSB PDB 2017/03/22 新規公開データより：5tdu Toluene 4-monooxygenase (T4moHD) bound to product after turnover in crystal　※他に5tdt（こちらも以下に）・5tdv・5tdw


    『一家に1枚 生きものすべては細胞から』    から

    PDBデータ 5tdu（p-クレゾールが結合したトルエン-4-モノオキシゲナーゼ）

    		5tdu（p-クレゾールが結合したトルエン-4-モノオキシゲナーゼ）　同PDBsumデータ 5tdu_PCR$
    5tdtのChain A・B・C・E（トルエンが結合したトルエン-4-モノオキシゲナーゼ）　同PDBsumデータ 5tdt_MBN$
    ※その他のバイオレメディエーション関連PDBデータ例
    5tl4のChain A（アリールO-デメチラーゼ LigM） ［Demethylase - Wikipedia］
    1t0s（4-ブロモフェノールが結合したトルエン/o-キシレン モノオキシゲナーゼ）　BML（4-ブロモフェノール）選択　同PDBsumデータ 1t0s_BML[503(A)]$
    1g5f（1,2-ジクロロエタンが結合した1,3,4,6-テトラクロロ-1,4-シクロヘキサジエン ヒドロラーゼ）　DCE（1,2-ジクロロエタン）選択　同PDBsumデータ 1g5f_DCE$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左］p-クレゾールが結合したトルエン-4-モノオキシゲナーゼ5tdu　［右］アリールO-デメチラーゼ LigM 5tl4のChain A（Materials Science記事参照）

      
    ［左］トルエン結合5tdtとp-クレゾール結合5tduのPDBsumデータ　［右］4-ブロモフェノールが結合した1t0sと1,2-ジクロロエタンが結合した1g5f

      ●アミノ色表示の凡例
      ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR　ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO
      ●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR　ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS
      ●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
      SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG　HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP　SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE
      ●有機概念図I/O値順（特性基 R）
      ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS　TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE
      ●等電点順
      ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP　VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！

  2. RCSB PDB 2017/03/29 新規公開データより：5gu2 Crystal structure of Au(M).CL-apo-E45C/R52C-rHLFr　※他に5gu0・5gu1・5gu3

    PDBデータ 5gu2の24量体（Chain X×24；金イオンを内包したフェリチン）
    ［Ferritin - Wikipedia］

    		5gu2の24量体（Chain X×24；金イオンを内包したフェリチン）　同PDBsumデータ 5gu2_AU [AU 206(X)]$ ‖ 5gu2の3量体（Chain名をM・Q・Uに変更）　金（Au）選択　Auのみ球60％表示（他は消去）　同 中心のAu12原子　同PDBsumデータ 5gu2_AU [AU 202(Q)を元にChain M・Uデータ追加]
    9kkp（ナイルレッド〈Nile red〉が結合したフェリチン，cif→pdb変換）　同PDBsumデータ9kkp_lp ［Nile red - Wikipedia］
    ※参考： 金（Au）の結晶構造　→ 2014年は世界結晶年！ ‖ 同結晶と上掲5gu23量体（Chain名 M・Q・U）中の中心Au12原子の同時表示
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

        
    ［左］金イオンを内包したフェリチン5gu2の24量体（Chain X×24）　［中］同3量体（Chain名をM・Q・Uに変更）とそのPDBsumデータ　［右］金の結晶構造と5gu2中Au12原子の同時表示


    ナイルレッド（Nile red）が結合したフェリチン9kkp（Chain Aのみ）とPDBsumデータ

  3. 今月の分子 208: グルコース輸送体（Glucose Transporters）（PDBj，2017/04） ｜ Molecule of the Month（PDB）　※4pypを以下に

    PDBデータ 4pyp（グルコース輸送体GLUT1；β-ノニルグルコシドが結合）
    ［Glucose transporter - Wikipedia］
    		4pyp（β-ノニルグルコシドが結合したグルコース輸送体GLUT1）　同PDBsumデータ4pyp_BNG$
    4zwcのChain A（α-マルトースが結合したグルコース輸送体GLUT3）　GLC選択（GLC-GLCがα-マルトース）　同PDBsumデータ4zwc_GLC-GLC$　 ｜ α-マルトース（α-maltose）
    8zxm（尿酸が結合した尿酸輸送体GLUT6）　同PDBsumデータ8zxm_lp$
    ※参考（糖共輸送体の例）： 3dh4のChain A（ガラクトースが結合したNa+/糖共輸送体）　　同PDBsumデータ3dh4_GAL$　同PDBsumデータ3dh4_NA$　→ 別トピック
    バックボーン　二次構造
    糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    β-ノニルグルコシドが結合したグルコース輸送体GLUT1 4pypとPDBsumデータ


    α-マルトースが結合したグルコース輸送体GLUT3 4zwcのChain AとPDBsumデータ


    尿酸が結合した尿酸輸送体GLUT6 8zxmとPDBsumデータ

  4. RCSB PDB 2017/04/05 新規公開データより：5mt9 Human insulin in complex with serotonin and arginine　※他に5mam・5mt3

    PDBデータ 5mt9のChain F-P（セロトニンとアルギニンが結合したインスリン）
    ［Insulin - Wikipedia］
    		5mt9Chain F-P（セロトニンとアルギニンが結合したインスリン）　SRO（セロトニン）選択　リガンドのARG（アルギニン）選択 ｜ セロトニン　アルギニン　→ アミノ酸
    ※他のインスリン構造例： 1trz*（インスリン）　同Chain A・B
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    セロトニン（大きい球表示）とアルギニン（小さい球表示）が結合したインスリン5mt9のChain F-P

  5. 小児期ADHDの適応で「インチュニブ錠」の製造販売承認を取得−塩野義とシャイアー（QLifePro 医療ニュース，2017/04/03）　※“一般名：グアンファシン塩酸塩”，“ADHD治療薬として初めての作用機序である選択的α2Aアドレナリン受容体作動薬”。

    グアンファシン（guanfacine）
    ［Guanfacine - Wikipedia］

    空間充填　球棒　球30％　球60％　スティック　針金
    　
    背景・黒　灰　白　紺
    		 グアンファシン（guanfacine）
    ※参考（他のADHD薬の例）： メチルフェニデート（methylphenidate）　※塩酸塩がリタリン


    グアンファシン（guanfacine）

  6. 脳内の老廃物蓄積を抑制する物質が判明　アルツハイマー病の新規治療薬開発へ（国立循環器病研究センター，2017/04/04）　※“タキシフォリン群において脳内のAβオリゴマー量は大幅に減少し、脳血流量や認知機能も正常に近い状態まで回復することが明らかになりました”のタキシフォリンを以下に。

    タキシフォリン（taxifolin；(+)-taxifolin）
    ［Taxifolin - Wikipedia］

    空間充填　球棒　球30％　球60％　スティック　針金
    　
    背景・黒　灰　白　紺
    		 タキシフォリン（taxifolin；(+)-taxifolin）
    ※参考（他のポリフェノール例）：
    レスベラトロール（resveratrol）　→ 別トピック
    没食子酸エピガロカテキン（epigallocatechin gallate；EGCG）　→ 別トピック


    タキシフォリン（taxifolin；(+)-taxifolin）

  7. RCSB PDB 2017/04/19 新規公開データより：5ng5 multi-drug efflux; membrane transport; RND superfamily; Drug resistance　※他に5v5s；2017/04/12公開の5nc5と初期表示を差し替え。

    PDBデータ 5ng5（多剤排出ポンプAcrA・AcrBおよび外膜タンパク質TolC複合体）
    ［Efflux (microbiology) - Wikipedia，Puromycin - Wikipedia］
    		5ng5（薬剤が結合した多剤排出ポンプAcrA・AcrBおよび外膜タンパク質TolC複合体）　同PDBsumデータ5ng5_5QF$
    5nc5（ピューロマイシン〈puromycin〉が結合した多剤排出ポンプAcrBZ）　PUY（ピューロマイシン）選択　同PDBsumデータ5nc5_PUY_lp
    ピューロマイシン（puromycin；アミノヌクレオシド系抗生物質）
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左］多剤排出ポンプAcrA・AcrBおよび外膜タンパク質TolC複合体5ng5とそのPDBsumデータ
    ［右］アミノヌクレオシド系抗生物質ピューロマイシン（puromycin）が結合した多剤排出ポンプAcrBZ 5nc5とそのPDBsumデータ　→ 抗生物質を含むPDBデータ（本サイト）

  8. 書籍紹介： ニック・レーン 著，斉藤隆央 訳，「生命、エネルギー、進化」，みすず書房(2016)　★訳者の斉藤さんをゲストに迎えて2017/09/10に第100回サイエンスカフェにいがた『科学書を翻訳するという仕事』を開催しました！

    PDBデータ 4heaのChain 1-H（呼吸鎖の複合体I）
    		p.79 図8　呼吸鎖の複合体I：4heaのChain 1-H（呼吸鎖の複合体I）　同リガンドのみ　FMN（フラビンモノヌクレオチド）選択　FMN・鉄硫黄クラスター選択　同PDBsumデータ4hea_FMN$　同4hea_SF4 [501(1)]$
    ※参考（呼吸鎖複合体Iとの比較を示した研究例から）：5xf9のChain A-D（NAD+還元[NiFe]ヒドロゲナーゼ；air-oxidized state）　同リガンドのみ　同5xf9_Ni$ ｜ 5xfaのChain A-D（NAD+還元[NiFe]ヒドロゲナーゼ；H2-reduced state）　同リガンドのみ　同5xfa_Ni$
    p.85 図10　ATP合成酵素：1e79（ATP合成酵素；F1部分）　同PDBsumデータ1e79_ATP$　同PDBsumデータ1e79_ADP$
    p.121 図11　鉄硫黄鉱物と鉄硫黄クラスター：Fe2S2・Fe4S4・Fe3S4（以上2wqyより），Fe8S7（3minより），黄鉄鉱（pyrite）部分構造の同時表示
    p.225 図26　核膜孔：5ijoの208量体（Chain A-Z×8，α炭素のみ；核膜孔複合体 ）
    p.233 図27　スプライソソーム：5mqf（スプライソソーム）
    p.275 図31　呼吸鎖の複合体III：5gupのChain u-9（呼吸鎖の複合体III）　鉄硫黄クラスター（FESのみ）選択
    ※呼吸鎖複合体IIの構造例：1zoy
    p.45 ほか多数　NADH：NADH
    p.43 ほか　ピルビン酸：ピルビン酸（pyruvic acid）
    p.78 ほか　ルビスコ（Rubisco）：1gehルビスコの例（古細菌ルビスコ）　→ 別トピック
    バックボーン　二次構造　DNA/RNA（ATGCU，backbone）
    全選択　タンパク質選択　DNA/RNA選択　同backbone選択　DNA/RNA（ATGCU，backbone）　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
    ヒトの必須・非必須区別
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

        
    ［左・中］呼吸鎖複合体I 4heaのChain 1-HとFMN（フラビンモノヌクレオチド）・鉄硫黄クラスター部分の構造，およびFMNのPDBsumデータ
    ［右］呼吸鎖複合体III 5gupのChain u-9

        
    ※参考（呼吸鎖複合体Iとの比較を示した研究例から）：
    ［左・中］NAD+還元[NiFe]ヒドロゲナーゼ 5xf9（酸化型）のChain A-Dおよび同NiのPDBsumデータ（還元型5xfaとの比較）
    ［右］NAD+還元[NiFe]ヒドロゲナーゼ 5xf9（Chain A-D）のリガンドのみ

      
    ［左］ATP合成酵素1qo1　［右］鉄硫黄鉱物と鉄硫黄クラスター


    5mqf（RNAに結合したスプライソソーム）

      
    5ijoの208量体（Chain A-Z×8，α炭素のみ；核膜孔複合体）


    呼吸鎖複合体IIの構造例1zoy


    p.34 ほか　グルコースの燃焼〈p.25 ほか　光合成 の逆反応〉

      
    ［左］p.45 ほか　NADH　［右］p.43 ほか　ピルビン酸（pyruvic acid）


    p.78 ほか　ルビスコ（Rubisco）　古細菌ルビスコ構造例1geh　→ 別トピック

  9. RCSB PDB 2017/04/19 新規公開データより：5xa1 Crystal structure of inositol 1,4,5-trisphosphate receptor cytosolic domain with inositol 1,4,5-trisphosphate　※他に5x9z，5xa0（5gug未公開）

    PDBデータ 5xa1のChain A（IP3が結合したIP3受容体）
    ［Inositol trisphosphate receptor - Wikipedia，Second messenger system - Wikipedia］
    		5xa1のChain A（IP3が結合したIP3受容体）　同PDBsumデータ5xa1_I3P$
    IP3 ‖ 他のセカンドメッセンジャーの例： cAMP （cyclic AMP） ｜ cGMP （cyclic GMP） ｜ ADPR （ADP-ribose）
    ※他のIP3結合タンパク質の例
    1mai　同PDBsumデータ1mai_I3P$
    1n4k　同PDBsumデータ1n4k_I3P$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    IP3とIP3受容体5xa1


    IP3受容体5xa1および他のIP3結合タンパク質1mai・1n4kのPDBsumデータ

  10. New Method Produces Record-breaking 860 PDB Structures（RCSB PDB，2017/04/24）　※“75 ligand-bound structures”の中から5pwcを以下に

    PDBデータ 5pwcのChain A（E48115bが結合した核自己抗原Sp100）
    ［Sp100 nuclear antigen - Wikipedia］
    		5pwcのChain A（E48115bが結合した核自己抗原Sp100）　同PDBsumデータ5pwc_W77（W77にH原子追加）$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    PanDDA法で構造決定されたE48115bが結合した核自己抗原Sp100 5pwcのChain AとそのPDBsumデータ（リガンドにH原子追加）

「生活環境化学の部屋」ホームページ ｜ Jmol版「分子の学習帳」