◆ Jmolで見るトピックス分子（11-3） ◆

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ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や，RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため，10件ずつ表示するように変更しました（上記書庫も順次修正します）。
※旧版で表示していた一部の参考データ（PDBsumなど）は今後追加します。
※Jmol利用コンテンツはWindows 10でもInternet Explorer 11で閲覧できます。

  1. インフルエンザウイルスの増殖に関わる宿主たんぱく質を発見　～新たな抗ウイルス薬の開発に道～（JST，2014/11/21）　※記事中のルキソリチニブ（ruxolitinib）とゴルジシドA（Golgicide A）を以下に。

    ルキソリチニブ（ruxolitinib）
    ［Ruxolitinib - Wikipedia］

    		ルキソリチニブ（ruxolitinib）
    ゴルジシドA（Golgicide A；異性体あり）
    ※参考（ルキソリチニブが結合したPDBデータ）：4u5jのChain A（がん原遺伝子チロシンプロテインキナーゼC-Src；）　同PDBsumデータ4u5j_RXT$　→ Jmol別トピック
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左］「GoogleドライブとChem3D for iPad／RCSB PDB Mobileで分子を見る」によるルキソリチニブ（ruxolitinib）の表示
    ［中・右］同分子が結合した がん原遺伝子チロシンプロテインキナーゼC-Src 4u5jのPDBsumデータ

      ●アミノ色表示の凡例
      ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR　ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO
      ●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR　ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS
      ●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
      SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG　HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP　SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE
      ●有機概念図I/O値順（特性基 R）
      ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS　TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE
      ●等電点順
      ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP　VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！

  2. 忍び寄る病　～“COPD”の脅威～ - NHK　クローズアップ現代（2014/11/26放映）　※発症に関係するとされる腫瘍壊死因子TNF-αの構造例（トピックスNo.285の再掲）と気管支拡張吸入薬例チオトロピウムを以下に。

    PDBデータ 2az5のChain A・B（TNF-α〈腫瘍壊死因子α〉；阻害剤含む）
    ［Tumor necrosis factors - Wikipedia］

    		2az5のChain A・B（TNF-α；阻害剤含む）　Leu選択（消去用；C末端のLeu）　同PDBsumデータ2az5_307$
    9vveのChain A（阻害剤compound P29含むホスホジエステラーゼ4〈PDE4〉，cif→pdb変換）　同PDBsumデータ9vve_lp$
    チオトロピウム（tiotropium；臭化物がCOPD治療薬例）
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
    ヒトの必須・非必須区別
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    阻害剤が結合したTNF-α（腫瘍壊死因子α）2az5のChain A・BとPDBsumデータ


    阻害剤compound P29が結合したホスホジエステラーゼ4（PDE4）9vveのChain AとPDBsumデータ

  3. RCSB PDB 2014/11/26 新規公開データより：4rpn PcpR inducer binding domain complex with pentachlorophenol　※同日公開の4rpoには2,4,6-トリクロロフェノール結合。

    PDBデータ 4rpnのChain A（ペンタクロロフェノールが結合したPCP分解転写活性化タンパク質PcpR）

    		4rpnのChain A（PCP分解転写活性化タンパク質PcpR；ペンタクロロフェノールが結合）　同PDBsumデータ4rpn_PCI [401(D)]$
    ペンタクロロフェノール
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色

    糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    ペンタクロロフェノール（pentachlorophenol）が結合したPCP分解転写活性化タンパク質PcpR 4rpnのChain AとそのPDBsumデータ

  4. RCSB PDB 2014/11/26 新規公開データより：4u14 Structure of the M3 muscarinic acetylcholine receptor bound to the antagonist tiotropium crystallized with disulfide-stabilized T4 lysozyme (dsT4L)　※2012年ノーベル化学賞受賞のKobilkaによる。同日公開の4u15も参照。

    PDBデータ 4u14（アンタゴニストのチオトロピウムが結合したM3ムスカリン性アセチルコリン受容体；結晶化のためのT4リゾチーム融合）

    		4u14（M3ムスカリン性アセチルコリン受容体；アンタゴニストのチオトロピウムが結合）　同PDBsumデータ4u14_0HK$
    チオトロピウム（tiotropium）
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色

    糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    アンタゴニストのチオトロピウム（tiotropium）が結合したM3ムスカリン性アセチルコリン受容体4u14とそのPDBsumデータ

  5. Crystal structure of the human OX2 orexin receptor bound to the insomnia drug suvorexant（Nature，2014/12/22）　※スボレキサントが結合したオレキシン2（OX2）受容体4rnb，現在4s0vに置換

    PDBデータ 4rnb（スボレキサントが結合したオレキシン2〈OX2〉受容体）
    ［Suvorexant - Wikipedia，Orexin receptor - Wikipedia］

    		4rnb（スボレキサントが結合したオレキシン2受容体）　同PDBsumデータ4rnb_SUV$
    21ci（ボルノレキサント〈vornorexant〉が結合したオレキシン2受容体，cif→pdb変換）　同PDBsumデータ21ci_lp$
    スボレキサント（suvorexant）
    YN-1055
    TAK-861（oveporexton，オベポレクストン）　［Oveporexton - Wikipedia］
    ボルノレキサント（vornorexant）　［Vornorexant - Wikipedia］
    ダリドレキサント（daridorexant）　［Daridorexant - Wikipedia］
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
    ヒトの必須・非必須区別
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左］4rnbとスボレキサント（suvorexant）　［右］YN-1055


    YN-1055論文掲載図（上）およびそれを参考にしたスボレキサント（suvorexant）が結合したオレキシン2（OX2）受容体4rnb
    （現在4s0vに置換）のPDBsumデータとYN-1055（下）


    ボルノレキサント（vornorexant）が結合したオレキシン2（OX2）受容体21ciとPDBsumデータ

          
    左から TAK-861（oveporexton，オベポレクストン），ボルノレキサント（vornorexant），
    ダリドレキサント（daridorexant）と同分子結合オレキシン1（OX1）受容体6tp3のPDBsumデータ

  6. RCSB PDB 2014/12/03 新規公開データより：4ub6 Native structure of photosystem II (dataset-1) by a femtosecond X-ray laser　※同時公開の4ub8が“dataset-2”。

    PDBデータ 4ub6のChain A（好熱性シアノバクテリア Thermosynechococcus vulcanus の光化学系IIの構造）

    		4ub6のChain A（Thermosynechococcus vulcanusの光化学系IIの構造）
    ※参考：Mn4CaO5クラスターを含む別データ例
    3arcのChain A（Thermosynechococcus vulcanusの光化学系II；現在3arcは3wu2に更新）　同PDBsumデータ 3arc_OEX（Mn4CaO5クラスター；水4分子追加）*$ → 光合成に関係する生体分子PDB 3ARCの部分構造例
    4pj0のChain A（Thermosynechococcus elongatusの光化学系II）　同PDBsumデータ 4pj0_OEX$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
    Mn4CaO5クラスター選択　クロロフィルa（CLA）選択　水分子選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

    3wu2，4ub6，4ub8のMn4CaO5クラスターのPDBsumデータ比較

    3wu2_OEX（Mn4CaO5クラスター；3arcの更新データ）
    I'/O'＝2.1825
    タンパク質選択　Mn4CaO5クラスター選択
    空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順

    背景・黒　灰　白　紺

    4ub6_OEX（Mn4CaO5クラスター）
    I'/O'＝2.1825
    タンパク質選択　Mn4CaO5クラスター選択
    空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順

    背景・黒　灰　白　紺

    4ub8_OEX（Mn4CaO5クラスター）
    I'/O'＝2.1825
    タンパク質選択　Mn4CaO5クラスター選択
    空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順

    背景・黒　灰　白　紺


    Mn4CaO5クラスターの比較

  7. RCSB PDB 2014/12/03 新規公開データより：2mlr Membrane Bilayer complex with Matrix Metalloproteinase-12 at its Alpha-face　※他に2mlsも公開。

    PDBデータ 2mlrのModel 1（細胞膜二重層に結合したマクロファージメタロエラスターゼ12〈MMP-12〉）
    ［Matrix metallopeptidase 12 - Wikipedia］

    		2mlrのModel 1（細胞膜二重層に結合したMMP-12）　同Model 2（元データにはModel 14まであり）
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    2mlrのModel 1と2のアニメーション（元データにはModel 14まであり）

  8. 今月の分子 180: TALエフェクター（TAL Effectors）（PDBj，2014/11） ｜ Molecule of the Month（PDB）

    PDBデータ 3ugm（DNAに結合したTALエフェクターPthXo1）
    ［TAL effector - Wikipedia］

    		バックボーン　二次構造
    DNA/RNA（ATGCU，backbone）
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　
    DNA/RNA選択　同backbone選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    3ugm

  9. RCSB PDB 2014/11/26 新規公開データより：3wsp Crystal Structure of P450BM3 with N-perfluorononanoyl-L-tryptophan

    PDBデータ 3wspのChain A（“デコイ分子”としてN-パーフルオロノナノイル-L-トリプトファンが結合したP450）
    ［Cytochrome P450 - Wikipedia］

    		3wspのChain A（N-パーフルオロノナノイル-L-トリプトファンが結合したP450BM3）　　同PDBsumデータ3wsp_W09$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
    HEM（ヘム）選択　W09（N-パーフルオロノナノイル-L-トリプトファン）選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色

    糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    “デコイ分子”としてN-パーフルオロノナノイル-L-トリプトファン（空間充填表示）が結合したP450BM3の構造2az5のChain AとそのPDBsumデータ

  10. 2014年は世界結晶年！（本サイト）

    塩化ナトリウム（NaCl，食塩）と水（H2O；雪と氷）の結晶構造

    塩化ナトリウム（NaCl）の結晶構造
     
    空間充填　球棒　スティック
    　　　
    背景・黒　灰　白　紺

    水（H2O；雪と氷）の結晶構造
    水素結合着色表示
    空間充填　球棒　　スティック
    　　　
    背景・黒　灰　白　紺


    「GoogleドライブとChem3D for iPad／RCSB PDB Mobileで分子を見る」    によるNaCl結晶構造


    iycr2014 ｜ International Union of Crystallography - YouTube

「生活環境化学の部屋」ホームページ ｜ Jmol版「分子の学習帳」