光駆動ナトリウムポンプKR2の構造例6xyt（100KにおけるO-state；Nature Communications論文中のアミノ酸残基S70・L74・R109・N112・W113・D116・D251をスティック表示）と同PDBsumデータ

化合物 #466が結合したRNAトリホスファターゼ6l7yとそのPDBsumデータ（化合物 #951結合6l7xとの比較）

グレカプレビル（glecaprevir）が結合したHCV NS3/4Aプロテアーゼ6p6lおよびそのPDBsumデータ（6p6s，6p6t，6p6vとの比較）

阻害剤ルカパリブ（rucaparib）が結合したポリ［ADP-リボース］ポリメラーゼ1（PARP-1）6vkkのChain AとそのPDBsumデータ（阻害剤EB-47結合の6vkqとの比較）

阻害剤BAY 1000493が結合したTASKチャネル6rv3のChain A（BAY 1000493はA・B座標重ね表示）とそのPDBsumデータ（A座標；BAY 2341237結合の6rv4との比較）

  
［左］biot^C4-1コファクターが結合したストレプトアビジン6y2t
［右］ビオチンが結合したストレプトアビジン7efcの4量体（Chain A×4）そのPDBsumデータ（7efdとの比較）

ligand MT6が結合したストレプトアビジン8y2aのChain A

ミエリン関連糖タンパク質5lf5の2量体（Chain A×2）

転移RNA構造例PDBデータ 1g59（tRNA^Glu）のChain B

バックボーン　二次構造 DNA/RNA（ATGCU，backbone） 全選択　タンパク質選択　DNA/RNA選択　同backbone選択　リガンド選択　（*印のみ） 空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去 アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別　疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順　コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示　　 　　 背景・黒　灰　白　紺

p.3ほか　DNA／p.4ほか　二重螺旋／p.19ほか　RNA：（以下はDNA部分構造例）　→ DNAとRNAのいろいろな姿 1gt0のChain A・B（Oct4・Sox2・DNA 複合体；DNAのみ） ｜ 1gt0全体*　C鎖（Oct1）選択　D鎖（Sox2）選択　→ Oct1/Sox2/DNA 複合体 p.12・21・112ほか　セントラルドグマ／p.32ほか　コドン／p.112　RNAワールド仮説：　→ コドンと遺伝暗号表 DNA部分構造例（mol形式データは塩基色表示ができません）　H原子消去 A-Tx2_G-Cx2　　A-T_G-C（mol形式；以下の2データの同時表示） A-T　同mol形式 G-C　同mol形式 p.17ほか　ウラシル(U)：UUUUUUUUUUUUの構造例　→ コドンと遺伝暗号表 p.27　岡崎フラグメント：1gtcのModel 1（岡崎フラグメント構造例） p.33ほか　転移RNA（tRNA）：1g59のChain B（tRNA構造例；tRNAGlu）　同Chain A・B（tRNAGluとGluRSの複合体） p.35・142ほか　ヘモグロビン：　→ ヘモグロビン p.37・202ほか ヒストン／p.204　ヌクレオソーム：PDBデータ 1aoi（ヒストンを含むヌクレオソームの構造例）　ヒストンH2A選択　H2B選択　H3選択　H4選択　［Histone - Wikipedia，Nucleosome - Wikipedia］ いろな姿 p.48ほか　ロバスト：　→ DNAの脆弱性と強靭性 p.57・96ほか　イントロン・エキソン／p.96ほか　スプライシング：1u6b（スプライシング時の投げ縄状構造例）Chain B（イントロン）選択　Chain C（エキソン）選択 p.72　iPS細胞：　→ Oct1/Sox2/DNA 複合体 - iPS細胞の山中因子から p.75ほか　RNAi法：　→ 2006年ノーベル生理学医学賞：RNA干渉 p.80　RNAポリメラーゼ：6j4y（DNA/RNAが結合したRNAポリメラーゼの構造例）　→ Science誌論文｜別トピック　［RNA polymerase - Wikipedia］ p.100ほか　クリスパー：　→ CRISPR関連生体分子データ - ゲノム編集を考える p.100ほか　ウイルス：　→ 本サイト“ウイルス”Google検索結果 p.107　二〇種類のアミノ酸／p.121ほか　アミノ酸：アミノ酸20種全表示（有機概念図I/O値順，pdb形式） ｜ 　→ アミノ酸 p.109　食塩：塩化ナトリウム（NaCl）の結晶構造 p.109ほか　水：水（water） p.111ほか　RNAワールド仮説：　→ コドンと遺伝暗号表 p.116ほか　タンパクの構造は一次から四次までの構造／p.116ほか　αヘリックス・βシート：　→ ヘモグロビン（一次構造〜四次構造の例として） p.125ほか　受容体：　→ 本サイト“受容体 OR レセプター”Google検索結果｜GPCR（多彩な受容体例） p.129・131ほか　光受容体：　→ モノはなぜ見える p.135ほか　抗体：　→ 本サイト“抗体”Google検索結果 p.137　ハブ毒：1bj3（ハブ毒構造例；血液凝固因子IXサブユニットAおよびB]） p.140　薬とは何か?：　→ 日本発の医薬品 p.145・193ほか　オプジーボ（物質名ニボルマブ）／p.146　PD-L1／p.147　PD-1：5ggrのChain A・B・Y（ニボルマブのFabが結合したPD-1）　Chain Y（PD-1）選択　3bik（PD-1/PD-L1複合体）　Chain C（PD-1）選択　…本庶らによるPDBデータ（他にPD-L1のみの3bis）　→ 分子モデルで見るノーベル賞｜別トピック p.159　光合成：　→ 光合成に関係する生体分子のSITE例 p.159　呼吸鎖：　→ 別トピック p.159ほか　グルコース：α-グルコース（α-glucose）　β-グルコース（β-glucose）　→ 甘味物質の秘密 p.164ほか　がん：　→ 話題の制がん剤・抗がん剤｜抗がん剤開発と標的タンパク質 p.183ほか　エピジェネティックス／p.185・192ほか　DNAのメチル化：　→ 別トピック p.208　概日リズム：　→ 別トピック p.208　ドーパミン：ドーパミン／ドパミン（dopamine）　→ 抗うつ剤と神経伝達物質 p.213　環境ホルモン：　→ 環境ホルモン情報｜環境ホルモンとして疑われている化合物例

    
［左］DNA（p.3）の3Dプリンタ模型　［中］転移RNA（tRNA）1g59（tRNA^Glu）のChain B（p.33）　［右］DNA/RNAが結合したRNAポリメラーゼ6j4y（p.80）

    
［左］スプライシング時の投げ縄状構造例1u6b（B鎖：イントロン　C鎖：エキソン；p.96）　［中］20種類のアミノ酸（p.107）　［右］タンパク質の一次構造〜四次構造の例としてヘモグロビン4hhb（p.117）

  
［左］ニボルマブ（商品名 オプジーボ）のFabが結合したPD-1 5ggr（p.145）　［右］PD-L1が結合したPD-1 3bik（p.147）

  
［左］呼吸鎖複合体I 4heaのChain 1-HとFMN（フラビンモノヌクレオチド）（p.159）　［右］ヒストンを含むヌクレオソームの構造例1aoi（p.202）

  
［左］レンボレキサント（lemborexant）
［中・右］レンボレキサントが結合したオレキシン1（OX₁）受容体6totのChain AとPDBsumデータ

  
［左］ダリドレキサント（daridorexant）
［中・右］ダリドレキサントが結合したオレキシン1（OX₁）受容体6tp3のChain AとPDBsumデータ

    
［左］スボレキサント（suvorexant）
［中・右］スボレキサント結合の6to7（OX₁受容体）と6tpj（OX₂受容体，どちらもChain A）とそれらのPDBsumデータ（後者はスボレキサントのH原子付加）

  
［左］ラメルテオン（ramelteon）
［中・右］ラメルテオンが結合したメラトニン受容体MT₁ 7db6のChain DとPDBsumデータ

参考データ：オレキシン例のオレキシンA構造例1r02

1r02のアミノ酸配列（特性基 R のI/O値順）

Gln

Pro

Leu

Pro

Asp

Cys

Cys

Arg

Gln

Lys

Thr

Cys

Ser

Cys

Arg

Leu

Tyr

Glu

Leu

Leu

His

Gly

Ala

Gly

Asn

His

Ala

Ala

Gly

Ile

Leu

Thr

Leu

  
［左・中］アミロイドβが結合したアデュカヌマブ（aducanumab）の構造例6co3とそのPDBsumデータ
［右］他のアミロイドβ構造例2naoのModel 1（残基番号1-42）；球表示は残基番号2-7（ALA-GLU-PHE-ARG-HIS-ASP）

第95回サイエンスカフェにいがた（2016/10/16）でaducanumab紹介（紹介論文(2016)，会場写真参照）