◆ Jmolで見るトピックス分子（11-1） ◆

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ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や，RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため，10件ずつ表示するように変更しました（上記書庫も順次修正します）。
※旧版で表示していた一部の参考データ（PDBsumなど）は今後追加します。
※Javaバージョンの関係でJmol分子が表示されない場合はこちらで最新版をインストールしてください。

  1. RCSB PDB 2014/09/24 新規公開データより：4twf X-ray structure of a pentameric ligand gated ion channel from Erwinia chrysanthemi (ELIC) in complex with bromomemantine　※同日公開の4twdにはメマンチン結合。

    PDBデータ 4twfのChain A-E（ブロモメマンチンが結合した黒脚病菌のリガンド開口型イオンチャネル）
    ［Memantine - Wikipedia］

    		4twfのChain A-E（黒脚病菌のリガンド開口型イオンチャネル；ブロモメマンチンが結合）　同PDBsumデータ 4twf_BR7$（401(A)；他に402(A)・401(H)・401(I)）
    4twdのChain A-E（同上；メマンチンが結合）　同PDBsumデータ 4twd_377$（401(A)；他に402(A)）
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    アゴニストTAK-875が結合したヒトGPR40のPDBデータ例4phu


    黒脚病菌のリガンド開口型イオンチャネル4twd（メマンチン結合）と4twf（ブロモメマンチン結合）のPDBsumデータ（何れも401(A)）

      ●アミノ色表示の凡例
      ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR　ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO
      ●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR　ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS
      ●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
      SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG　HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP　SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE
      ●有機概念図I/O値順（特性基 R）
      ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS　TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE
      ●等電点順
      ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP　VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！

  2. おなかいっぱい食べたい 〜緊急調査・子どもの貧困〜 - NHK　クローズアップ現代（NHK，2014/09/25放送）

    コルチゾール（cortisol）
    ［Cortisol - Wikipedia，Serotonin - Wikipedia］

    		コルチゾール（cortisol）
    セロトニン（serotonin）
    ロピバカイン（ropivacaine）　［Ropivacaine - Wikipedia］
    参考（セロビオースを含むタンパク質例）：4p6xのChain A・B（コルチゾールが結合したグルココルチコイド受容体）　同PDBsumデータ 4p6x_HCY$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　
    空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    コルチゾールが結合したグルココルチコイド受容体4p6xのPDBsumデータ


    ロピバカイン（ropivacaine）

  3. RCSB PDB 2014/10/01 新規公開データより：3wvs Crystal Structure of Cytochrome P450revI

    PDBデータ 3wvs（リベロマイシンA類縁体が結合したシトクロムP450revI）
    ［Cytochrome P450 - Wikipedia］

    		3wvs（シトクロムP450revI；リベロマイシンA類縁体が結合）　同PDBsumデータ 3wvs_RRM-HEM$（リベロマイシンA類縁体＋ヘム）　RRM（リベロマイシンA類縁体）選択
    リベロマイシンA（reveromycin A）
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

  4. RCSB PDB 2014/09/03 新規公開データより：3woq Crystal structure of the DAP BII hexapeptide complex III　※3woi〜3worが下記研究によるデータ。

    PDBデータ 3woq（ヘキサペプチドが結合したファミリーS46ペプチダーゼDAP BII）

    		 3woq（ファミリーS46ペプチダーゼDAP BII；ヘキサペプチドが結合）　C・D鎖（ヘキサペプチド）選択　同PDBsumデータ 3woq_VYIHPF（C鎖のVAL-TYR-ILE-HIS-PRO-PHEを囲むA鎖のアミノ残基）$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    ヘキサペプチド（Val-Tyr-Ile-His-Pro-Phe）が結合したファミリーS46ペプチダーゼDAP BII 3woqのPDBsumデータ

  5. 米国でヘロインの過剰摂取による死者が倍増、2010〜12年（AFPBB News，2014/10/03）　※CDC。“ヘロイン使用者の4人中3人までが以前に「バイコディン（Vicodin）」「パーコセット（Percocet）」「オキシコンチン（OxyContin）」などの処方鎮痛薬依存に陥ったと話している”。ヘロインとOxyContin有効成分オキシコドンを以下に。

    ヘロイン（heroin）

    ヘロイン（heroin）　［Heroin - Wikipedia，Opioid - Wikipedia］
    オキシコドン（oxycodone）　［Oxycodone - Wikipedia］
    ヘロインとオキシコドンの同時表示
    空間充填　球棒　スティック
    　　　
    背景・黒　灰　白　紺


    ヘロイン（heroin）とオキシコドン（oxycodone）の同時表示

  6. 英NICE最終ガイダンス案　減酒薬ナルメフェンを推奨（ミクスOnline，2014/10/08）

    ナルメフェン（nalmefene）
    ［Nalmefene - Wikipedia］

    		ナルメフェン（nalmefene）
    ジスルフィラム（disulfiram）
    ナルトレキソン（naltrexone）　→ 新型コロナウイルス情報
    アカンプロサート（acamprosate）
    ※参考：エタノール（oxycodone）
    空間充填　球棒　スティック
    　　　
    背景・黒　灰　白　紺

          
    左から ナルメフェン（nalmefene），ジスルフィラム（disulfiram），ナルトレキソン（naltrexone），アカンプロサート（acamprosate）

  7. 今月の分子 178: エボラウイルスたんぱく質（Ebola Virus Proteins）（PDBj，2014/10） ｜ Molecule of the Month（PDB）

    PDBデータ 4lddの6量体（Chain A-C×2；エボラウイルスのVP40タンパク質）

    		4lddの6量体（Chain A-C×2；エボラウイルスのVP40タンパク質）
    4lddの8量体リング（Chain A×8；同上）
    （その他のエボラウイルス由来データは2014年にエボラ出血熱感染拡大参照）
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

  8. RCSB PDB 2014/10/14 新規公開データより：3wj4 Crystal structure of PPARgamma ligand binding domain in complex with tributyltin

    PDBデータ 3wj4のChain A（トリブチルスズが結合したペルオキシソーム増殖剤活性化レセプターγ〈PPARγ〉）
    ［Peroxisome proliferator-activated receptor gamma - Wikipedia］

    		3wj4のChain A（ペルオキシソーム増殖剤活性化レセプターγ；トリブチルスズが結合）　同PDBsumデータ 3wj4_TBY$
    9l3tのChain A（ピペリン〈piperine〉が結合したPPARγリガンド結合ドメイン）　同PDBsumデータ 9l3t_lp$
    トリフェニルスズが結合したPPARγ3wj5のPDBsumデータ 3wj5_T9T$
    塩化トリブチルスズ（TBTC）
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    ペルオキシソーム増殖剤活性化レセプターγ（PPARγ）3wj4（トリブチルスズ結合）と3wj5（トリフェニルスズ結合）のPDBsumデータ（黄色球はS）


    ピペリン（piperine）が結合したPPARγリガンド結合ドメイン9l3tのChain AとPDBsumデータ

  9. RCSB PDB 2014/10/21 新規公開データより：4pj0 Structure of T.elongatus Photosystem II, rows of dimers crystal packing

    PDBデータ 4pj0のChain A（好熱性シアノバクテリア Thermosynechococcus elongatusの光化学系IIの構造）

    		4pj0のChain A（好熱性シアノバクテリア Thermosynechococcus elongatusの光化学系IIの構造）　同PDBsumデータ 4pj0_OEX$
    Mn4CaO5クラスターを含む別データ例：3arcのChain A（好熱性シアノバクテリア Thermosynechococcus vulcanusの光化学系II；現在3arcは3wu2に更新）　同PDBsumデータ 3arc_OEX（Mn4CaO5クラスター；水4分子追加）*$ → 光合成に関係する生体分子PDB 3ARCの部分構造例
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
    Mn4CaO5クラスター選択　クロロフィルa（CLA）選択　水分子選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    PDBデータ4pj0と3arcのChain Aの比較（空間充填がMn4CaO5クラスター，60％球表示がクロロフィルa）

  10. 手作りのエボラ対応マスク、無償提供　アフリカの3国に（朝日，2014/10/17）　※“殺菌効果のある「4級アンモニウム塩」”の例を以下に。

    塩化ベンゼトニウム（benzethonium chloride）

    塩化ベンゼトニウム（benzethonium chloride）　［Benzethonium chloride - Wikipedia］
    塩化ベンザルコニウム（benzalkonium chloride；直鎖疎水基の炭素数12を例に）　［Benzalkonium chloride - Wikipedia］
    空間充填　球棒　スティック
    　　　
    背景・黒　灰　白　紺


    塩化ベンゼトニウム

「生活環境化学の部屋」ホームページ ｜ Jmol版「分子の学習帳」