◆ Jmolで見るトピックス分子（23-3） ◆

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ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や，RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため，10件ずつ表示するように変更しました（上記書庫も順次修正します）。
※旧版で表示していた一部の参考データ（PDBsumなど）は今後追加します。
※本ページの分子モデルはInternet Explorerで参照できます。Microsoft EdgeではInternet Explorerモードにして。
※PDBsumデータでファイル名*_lpであるものはLigPlot+ v.2.2で取得したものです。
★旧Jmolトピックへの追記　→ No.571（環境ホルモン） ｜ No.979（カプサイシン受容体） ｜ No.1046（ディールス・アルドラーゼ）

  1. Structural anatomy of Protein Kinase C C1 domain interactions with diacylglycerol and other agonists（Nature Communications，2022/05/16）　※2022/05/04公開7l92・7leo・7lf3・7knj・7lcb・7ko6（下掲）

    インゲノール 3-アンゲラートが結合したプロテインキナーゼC（PKC）7ko6
    ［Protein kinase C - Wikipedia，Ingenol mebutate - Wikipedia］
    		7ko6（プロテインキナーゼC）　同PDBsumデータ7ko6_lp$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    インゲノール 3-アンゲラートが結合したプロテインキナーゼC（PKC）7ko6とそのPDBsumデータ

      ●アミノ色表示の凡例
      ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR　ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO
      ●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR　ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS
      ●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
      SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG　HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP　SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE
      ●有機概念図I/O値順（特性基 R）
      ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS　TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE
      ●等電点順
      ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP　VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！

  2. Functional and Structural Insights into Human PPARα/δ/γ Subtype Selectivity of Bezafibrate, Fenofibric Acid, and Pemafibrate（International Journal of Molecular Sciences，2022/04/25）　※2022/05/25公開7wgl・7wgn・7wgo・7wgp・7wgq（下掲）

    ペマフィブラート（pemafibrate）が結合したPPARγ7wgq
    ［Peroxisome proliferator-activated receptor - Wikipedia，Pemafibrate - Wikipedia］
    		7wgq（ペマフィブラート〈pemafibrate〉が結合したPPARγ）　同PDBsumデータ7wgq_lp$
    8hum（アゴニストのラニフィブラノール〈lanifibranor〉が結合したPPARγ）　同PDBsumデータ8hum_lp$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    ペマフィブラート（pemafibrate）が結合したPPARγ7wgqとそのPDBsumデータ


    アゴニストのラニフィブラノール（lanifibranor）が結合したPPARγ8humとそのPDBsumデータ

  3. 生化学：プライマーゼ-ポリメラーゼによるプライマー合成の機構（Nature ハイライト，2022/05/26）　※2022/05/04公開データ7nqd・7nqe・7nqf・7p9j・7qaz（下掲）

    プライマーゼ-ポリメラーゼとDNA鎖の複合体7qazのChain B・D
    ［Primase - Wikipedia，DNA polymerase - Wikipedia］
    		7qazのChain B・D（プライマーゼ-ポリメラーゼとDNA鎖の複合体）　DZ4（ligand DZ4）選択　同PDBsumデータ7qazB_DZ4_lp$
    バックボーン　二次構造　DNA/RNA（ATGCU，backbone）
    全選択　タンパク質選択　DNA/RNA選択　同backbone選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    プライマーゼ-ポリメラーゼとDNA鎖の複合体7qazのChain B・DとそのPDBsumデータ

  4. Molecular architecture of the human caveolin-1 complex（Science Advances，2022/05/11）　※2022/05/25公開7sc0（下掲）

    カベオリン1（Cav1）7sc0
    ［Caveolin - Wikipedia］
    		7sc0（カベオリン1）-サイトカイン受容体複合体）　残基番号54・71・72・73・74・79・85・112・116・120・128空間充填／α炭素ラベル表示
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    カベオリン1（Cav1）7sc0；右の拡大図はScience Advances誌論文・Fig. 3BのR54・V71・I72・A73（Fig. 3のA72は間違い）・E54・E74・H79・W85・A112・G116・A120・W128を球表示

  5. Design and Synthesis of Tranylcypromine-Derived LSD1 Inhibitors with Improved hERG and Microsomal Stability Profiles（ACS Medicinal Chemistry Letters，2022/04/29）　※2022/06/01公開7vqs・7vqt・7vqu（下掲）

    リジン特異的ヒストン脱メチル化酵素1A（LSD1 / KDM1A）7vqu
    ［KDM1A - Wikipedia］
    		7vqu（リジン特異的ヒストン脱メチル化酵素1A）　7UQ選択　同PDBsumデータ7vqu_lp$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    リジン特異的ヒストン脱メチル化酵素1A（LSD1 / KDM1A）7vquとそのPDBsumデータ

  6. 今月の分子 270: ピルビン酸キナーゼM2（Pyruvate Kinase M2）（PDBj，2022/06） ｜ Molecule of the Month（PDB）

    ピルビン酸キナーゼM2 4fxfのChain A・D
    ［Pyruvate kinase - Wikipedia，PKM2 - Wikipedia］
    		4fxfのChain A・D（乳がん治療薬のモノクローナル抗体トラスツズマブが結合したHER2）　ATP選択　OXL（シュウ酸イオン）選択　FBP（フルクトース二リン酸）選択
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    ピルビン酸キナーゼM2 4fxfのChain A・D

  7. Structural basis of GABA reuptake inhibition（Nature，2022/06/08）　※邦題『構造生物学：GABA再取り込み阻害の構造基盤』（Nature v606 n7915），2022/06/08公開7sk2（下掲）

    チアガビン（tiagabine）が結合したGABAトランスポーター1（GAT1）7sk2
    ［GABA transporter type 1 - Wikipedia，Tiagabine - Wikipedia］
    		7sk2（チアガビンが結合したGABAトランスポーター1〈GAT1〉）　　同PDBsumデータ7sk2_lp$
    ※参考：　→ 20種類のアミノ酸
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    チアガビン（tiagabine）が結合したGABAトランスポーター1（GAT1）7sk2とそのPDBsumデータ

  8. アンモニア・トリメチルアミンに応答するヒトの鼻にある受容体を同定　― 消臭作用のある香料も数種発見 ―（エステー，2022/06/10）

    トリメチルアミン（trimethylamine）
    ［Trimethylamine - Wikipedia］
    		アンモニア（ammonia；し尿のような臭い）
    トリメチルアミン（trimethylamine；腐った魚のような臭い）
    ※参考：トレースアミン関連受容体-1（TAAR1）のAlphaFold構造例：Q96RJ0_TAAR1（トレースアミン関連受容体-1〈TAAR1〉のAlphaFold構造例；UniProt accession Q96RJ0）　→ PDBsumサイトで入手　［TAAR1 - Wikipedia］
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左］トリメチルアミン（trimethylamine；腐った魚のような臭い）
    ［右］トレースアミン関連受容体-1（TAAR1）のAlphaFold構造例；UniProt accession Q96RJ0

  9. 沖縄のサンゴ礁にすむ海洋生物から強力な細胞増殖阻害物質を発見　−抗がん剤への応用が期待−（弘前大学，2022/06/13）

    イエゾシド（iezoside）
    		イエゾシド（iezoside）
    ※参考：Ca2+-ATPアーゼ（SERCA）構造例：3nal（タプシガルギン誘導体が結合したSERCA）　同PDBsumデータ3nal_DBK$　［SERCA - Wikipedia，Thapsigargin - Wikipedia］
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左］イエゾシド（iezoside）
    ［中・右］タプシガルギン誘導体が結合したCa2+-ATPアーゼ（SERCA）3nalとそのPDBsumデータ

  10. Mechanism of mitoribosomal small subunit biogenesis and preinitiation（Nature，2022/06/08）　※2022/06/15公開7pnt（下掲）・7pnu・7pnv・7pnw・7pny・7pnz・7po0・7po1・7po2・7po3・7po4；他に7bog・6rw4・6zm5ほか引用

    ミトリボソームの部分構造7pntのChain E・P
    ［Mitochondrial ribosome - Wikipedia - Wikipedia］
    		7pntのChain E・P（ミトリボソームの部分構造）　　同PDBsumデータ7pntEP_lp$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    ミトリボソームの部分構造例7pntとそのPDBsumデータ（鉄硫黄クラスター）；Nature論文 Extended Data Fig. 6参照

「生活環境化学の部屋」ホームページ ｜ Jmol版「分子の学習帳」