DNAポリメラーゼD - 増殖細胞核抗原（PCNA）- DNA 複合体6knb

アンタゴニストGW9662と作動薬フェノフィブリン酸（fenofibric acid）が結合したペルオキシソーム増殖剤活性化レセプターα（PPARα）6l36のChain AとPDBsumデータ

ligand A1LZ9が結合したペルオキシソーム増殖剤活性化レセプターα（PPARα）8ywuのChain AとPDBsumデータ

蛍光プローブが結合したペルオキシソーム増殖剤活性化レセプターγ（PPARγ）7efqのChain AとPDBsumデータ（H原子付加）

  
［左］DNAとカンプトテシン（camptothecin）が結合したDNAトポイソメラーゼI 1t8iとそのPDBsumデータ　［右］トリプタントリン（tryptanthrin）

  
［左］インジゴ（indigo）とインジゴホワイト（indigo white；ロイコ化合物，アルカリ水溶液に可溶）　※参考：藍染め - Wikipedia
［右］各種染料の染色性（染料の種類参照）

ダルババンシン（dalbavancin；空間充填表示）が結合したヒト血清アルブミン6m5eChain A・F

ミコフェノール酸（mycophenolic acid）とアリピプラゾール（aripiprazole）が結合したヒト血清アルブミン7wkzのChain AとそのPDBsumデータ

セフトリアキソン（ceftriaxone）が結合したヒト血清アルブミン8yxbのChain AとそのPDBsumデータ

  
左から ナテグリニド（nateglinide），同分子結合ヒト血清アルブミン9updのChain AとそのPDBsumデータ

パーフルオロオクタンスルホン酸（PFOS）が結合したヒト血清アルブミン4e99
→ PFAS汚染問題

PDBデータ 7d7qのChain A（ロドプシンホスホジエステラーゼ）

7d7qのChain A（ロドプシンホスホジエステラーゼ）　RET（レチナール）選択　同PDBsumデータ 7d7q_RET[401(A)]$ バックボーン　二次構造 全選択　タンパク質選択　リガンド選択 空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去 アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別 疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 　 　　 背景・黒　灰　白　紺

ロドプシンホスホジエステラーゼ7d7qのChain A（TM0は追加の膜貫通ヘリックス）とそのPDBsumデータ

参考：通例のロドプシンのPDBsumデータ例

「化学」2020年12月号 p.39図5のベンゾ[b]チオフェンカルボン酸誘導体2種の同時表示（文献[1]も参照）

ベンゾ[b]チオフェンカルボン酸誘導体2種の同時表示 dcypt〈(3,4-ビス(ジシクロヘキシルホスフィノ)チオフェン；3,4-bis(dicyclohexylphosphino)thiophene〉 空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去 Jmol色　Rasmol色 　　 背景・黒　灰　白　紺

    
［左］「化学」2020年12月号 p.39図5のベンゾ[b]チオフェンカルボン酸誘導体2種の同時表示
［中］文献[1] Fig. 2より
［右］触媒例のdcypt〈(3,4-ビス(ジシクロヘキシルホスフィノ)チオフェン；3,4-bis(dicyclohexylphosphino)thiophene〉

人工核酸 L-threoninol nucleic acid（L-aTNA；トレオニノール核酸）とRNAの複合体 7bpf

イオンチャネルPIEZO2タンパク質 6kg7（α炭素とリガンドのみ）

    
左から DLSAが結合したホタルルシフェラーゼ6k4cと同PDBsumデータ（D-ルシフェリン結合6k4dとの比較），ホタルルシフェリン（firefly luciferin）

  
※参考データ： ［左］ゲンジボタルルシフェラーゼ（野生型〈黄緑色型〉，DLSA結合） 2d1s
［右］同PDBsumデータと2d1t（ゲンジボタルルシフェラーゼ；S286N変異体〈赤色型〉，DLSA結合）のPDBsumデータ比較

抗CRISPRタンパク質AcrID1が結合したCas10dタンパク質6thh