◆ Jmolで見るトピックス分子（10-5） ◆

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ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や，RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため，10件ずつ表示するように変更しました（上記書庫も順次修正します）。
※旧版で表示していた一部の参考データ（PDBsumなど）は今後追加します。
※本ページの分子モデルはMicrosoft EdgeのではInternet Explorerモードで参照できます。
※PDBsumデータでファイル名*_lpであるものはLigPlot+ v.2.2で取得したものです。

  1. 構造生物学： 糖尿病治療薬の標的であるGPR40の構造（Nature ハイライト，2014/09/04）

    PDBデータ 4phu（GPCR；アゴニストTAK-875が結合したヒトGPR40）

    		4phu（ヒトGPR40；アゴニストTAK-875が結合）　2YB（TAK-875）選択　同PDBsumデータ 4phu_2YB$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    アゴニストTAK-875が結合したヒトGPR40のPDBデータ例4phuとPDBsumデータ

      ●アミノ色表示の凡例
      ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR　ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO
      ●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR　ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS
      ●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
      SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG　HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP　SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE
      ●有機概念図I/O値順（特性基 R）
      ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS　TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE
      ●等電点順
      ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP　VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！

  2. 今月の分子 No.177: アポトソーム（Apoptosomes）（PDBj，2014/09） ｜ Molecule of the Month（PDB）

    PDBデータ 3j2t（ヒトのアポトソーム）
    ［Apoptosome - Wikipedia］

    		バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    ヒトのアポトソームのPDBデータ例3j2t

  3. くも膜下出血の薬が水俣病に有効か（佐賀新聞，2014/09/08）　※ROCK（Rho関連キナーゼ）阻害剤の例2種とそれらを含むPDBデータ例を以下に

    Y-27632（ROCK阻害剤）
    ［Rho-associated protein kinase - Wikipedia，Y-27632 - Wikipedia，Fasudil - Wikipedia］

    		Y-27632（ROCK阻害剤）
    ファスジル（fasudil；ROCK阻害剤）
    参考（Y-27632結合Rho関連キナーゼ2の例）：2h9v　同PDBsumデータ 2h9v_Y27$
    参考（ファスジル結合Rho関連キナーゼ2の例）：2f2u　同PDBsumデータ 2f2u_M77$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    Rho関連キナーゼ2の例 2h9v（Y-27632結合）と2f2u（ファスジル〈fasudil〉結合）のPDBsumデータ

  4. RCSB PDB 2014/09/10 新規公開データより：4prq CRYSTAL STRUCTURE OF HEN EGG-WHITE LYSOZYME IN COMPLEX WITH SCLX4 AT 1.72 A RESOLUTION　※同日公開の4n0kもSCLX4（スルホナートカリックス[4]アレーン）結合。

    PDBデータ 4prq（卵白リゾチーム；スルホナートカリックス[4]アレーンが結合）
    ［Calixarene - Wikipedia］

    		4prq（スルホナートカリックス[4]アレーン〈SCLX4〉が結合した卵白リゾチーム）　T3Y（SCLX4）選択　同PDBsumデータ4prq_T3Y[202(A)]$
    8c9y（スルホナートカリックス[8]アレーンが結合したレクチン）　同PDBsumデータ8c9y_lp[101(A)]$
    8q6b（スルホナートカリックス[8]アレーンが結合したRSLタンパク質の3量体；Chain A×3）　同PDBsumデータ8q6b_EVB[101(A)]$
    9hbd（ホスホナートカリックス[6]アレーンが結合したRSLタンパク質）のChain A　同PDBsumデータ9hbd_lp[101(A)]$
    カリックス[4]アレーン（calix[4]arene） ｜ カリックス[4]アレーン ＋ C60　※空孔が小さいために包接されていない。
    カリックス[6]アレーン（calix[6]arene） ｜ カリックス[6]アレーン ＋ C60
    チアカリックス[4]アレーン（thiacalix[4]arene） ｜ チアカリックス[4]アレーン ＋ 1,2-ジクロロエタン
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    4prq_T3Y(201)　I'/O'＝1.150
    リガンド選択　T3Y（SCLX4）選択
    球棒　スティック　
    CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順
    背景・黒　灰　白　紺

    4prq_T3Y(202)　I'/O'＝1.459
    リガンド選択　T3Y（SCLX4）選択
    球棒　スティック　
    CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順
    背景・黒　灰　白　紺

    4prq_T3Y(203)　I'/O'＝2.068
    リガンド選択　T3Y（SCLX4）選択
    球棒　スティック　
    CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順
    背景・黒　灰　白　紺


    スルホナートカリックス[4]アレーンが結合した卵白リゾチーム4prqのPDBsumデータ

      
    スルホナートカリックス[8]アレーンが結合したレクチン8c9yとPDBsumデータ

      
    スルホナートカリックス[8]アレーンが結合したRSLタンパク質8q6bの3量体（Chain A×3）とPDBsumデータ

      
    ホスホナートカリックス[6]アレーンが結合したRSLタンパク質9hbdのChain AとPDBsumデータ


    カリックス[n]アレーン（左）とチアカリックス[n]アレーン（右；SをSO2やSOにする場合もある）．R はtert- ブチル基またはtert- オクチル基など．

      
    ［左］カリックス[6]アレーン ＋ C60　… カリックスアレーンとチアカリックスアレーン（Chime版）で作成
    ［右］同3Dクリスタル（作：元 函館高専・長尾輝夫先生 → 参考情報）

  5. 坂井直樹・田中 勲，『物質科学を変えた結晶学(8) タンパク質結晶学と創薬』，現代化学，2014年9月号　※抗HCV（C型肝炎ウイルス）薬の例とPDBデータ例を以下に

    PDBデータ 3sudのChain A（C型肝炎ウイルス〈HCV〉由来のプロテアーゼNS3/4A；阻害剤MK-5172が結合）
    ［Hepatitis C virus - Wikipedia］

    		3sudのChain A（阻害剤MK-5172が結合したHCV由来のプロテアーゼNS3/4A）　SUE（MK-5172）選択　同PDBsumデータ 3sud_SUE$
    テラプレビル（telaprevir；NS3/4Aプロテアーゼ阻害剤）
    ソフォスブビル（sofosbuvir；NS5Bポリメラーゼ阻害剤）
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    阻害剤MK-5172が結合したC型肝炎ウイルス（HCV）由来のプロテアーゼNS3/4A 3sudのPDBsumデータ

  6. Glycopedia ｜ 記事例：Three-Dimensional Structural Aspects of Protein-Polysaccharide Interactions（2014/03/14）　※画像該当データ3wbdを以下に

    PDBデータ 3wbd（抗ポリシアル酸抗体の単鎖FvフラグメントmAb735；オクタシアル酸結合）

    		3wbd　同PDBsumデータ 3wbd_SIA(8mer)$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     糖鎖別着色： Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
    水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

  7. RCSB PDB 2014/09/17 新規公開データより：4u5j C-Src in complex with Ruxolitinib

    PDBデータ 4u5jのChain A（ルキソリチニブ〈ruxolitinib〉が結合した がん原遺伝子チロシンプロテインキナーゼC-Src）
    ［Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src - Wikipedia，Ruxolitinib - Wikipedia］

    		4u5jのChain A（がん原遺伝子チロシンプロテインキナーゼC-Src；ルキソリチニブ〈ruxolitinib〉が結合）　同PDBsumデータ4u5j_RXT$ ｜ ルキソリチニブ（ruxolitinib）
    8ba4のChain A（チロシンプロテインキナーゼJAK2；ベムセンチニブ〈bemcentinib〉が結合）　同PDBsumデータ8ba4A_lp$　［Bemcentinib - Wikipedia］
    8bxh（JAK2；モメロチニブ〈momelotinib〉が結合）　同PDBsumデータ8bxh_lp$　［Momelotinib - Wikipedia］
    9t23のChain C（compound 5が結合したブルトン型チロシンキナーゼ〈BTK〉，cif→pdb変換）　同PDBsumデータ9t23_lp$　［Bruton's tyrosine kinase - Wikipedia］
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
    ヒトの必須・非必須区別
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    ルキソリチニブ（ruxolitinib）が結合した がん原遺伝子チロシンプロテインキナーゼC-Src 4u5jのPDBsumデータ


    ベムセンチニブ（bemcentinib）が結合したチロシンプロテインキナーゼJAK2 8ba4のChain AとPDBsumデータ


    モメロチニブ（momelotinib）が結合したJAK2 8bxhとPDBsumデータ


    compound 5が結合したブルトン型チロシンキナーゼ（BTK）9t23のChain CとPDBsumデータ

  8. スタチンが軟骨無形成症の病態を回復　〜疾患特異的iPS細胞モデルによるドラッグ・リポジショニングの可能性〜（京都大学 iPS細胞研究所 CiRA，2014/09/18）

    ロスバスタチン（rosuvastatin）
    ［Statin - Wikipedia，Rosuvastatin - Wikipedia］

    		ロスバスタチン（rosuvastatin） ｜ ロバスタチン（lovastatin） ｜ アトルバスタチン，プラバスタチン，メバスタチン，ロスバスタチン，ロバスタチンの同時表示（上から順に）
    参考：コレステロール
    参考（ロスバスタチンが結合したPDBデータ）：1hwl（HMG-CoAレダクターゼ ）　FBI（ロスバスタチン）選択　同PDBsumデータ1hwl_FBI$（ 2(A)，4(C)，3(D)のうち 2(A) → こちらにに 2(A)・3(D) を並べて表示）
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    アトルバスタチン，プラバスタチン，メバスタチン，ロスバスタチン，ロバスタチンの同時表示（上から順に）


    スタチン類結合のPDBsumデータ例；1hwk（アトルバスタチン結合），1hw9（シンバスタチン結合），3hlf（同），1hw8（メバスタチン結合），1hwl（ロスバスタチン結合），1cqp（ロバスタチン結合）

  9. まつ毛フサフサ？国内初の薬　緑内障治療薬で「副作用」（朝日，2014/09/21）　※ビマトプロスト（bimatoprost；製品名「グラッシュビスタ」）を以下に

    ビマトプロスト（bimatoprost）
    ［Bimatoprost - Wikipedia］

    		ビマトプロスト（bimatoprost）
    参考（ビマトプロスト結合PDBデータ例）：2f38（プロスタグランジンF合成酵素）　同PDBsumデータ 2f38_15M（NADP結合）$　15M（ビマトプロスト）選択
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

  10. Facebookタイムライン画像（PDBe，2014/09/21） → Acetylcholinesterase: A gorge-ous enzyme（PDBe）

    PDBデータ 1w6r（阻害剤ガランタミン〈galantamine，galanthamine〉が結合したアセチルコリンエステラーゼ）
    ［Acetylcholinesterase - Wikipedia，Acetylcholinesterase inhibitor - Wikipedia］

    		大量破壊兵器
    サリン（sarin） ‖ 2y2vのChain A#（マウスのアセチルコリンエステラーゼ；サリンが結合）　SGB選択
    医薬（アルツハイマー病治療薬など）
    フプリンX（huprine X） ‖ 1e66#（ゴマフシビレエイのアセチルコリンエステラーゼ；フプリンXが結合）　HUX（フプリンX）選択　同PDBsumデータ1e66_HUX$
    ヒューペルジンA（フペルジンA，huperzine A） ‖ 1vot（ゴマフシビレエイのアセチルコリンエステラーゼ；フプリンXが結合）　同PDBsumデータ1vot_HUP$
    ガランタミン（galantamine，galanthamine） ‖ 1w6r#（ゴマフシビレエイのアセチルコリンエステラーゼ；ガランタミンが結合）　GNT（ガランタミン）選択　同PDBsumデータ1w6r_GNT$
    （今後適宜追加；アルツハイマー病治療薬も参照）
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     糖鎖別着色： Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
    水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺
「生活環境化学の部屋」ホームページ ｜ Jmol版「分子の学習帳」