◆ Jmolで見るトピックス分子（23-1） ◆

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ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や，RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため，10件ずつ表示するように変更しました（上記書庫も順次修正します）。
※旧版で表示していた一部の参考データ（PDBsumなど）は今後追加します。
※本ページの分子モデルはInternet Explorerで参照できます。Microsoft EdgeではInternet Explorerモードにして。
★旧Jmolトピックへの追記　→ No.571（環境ホルモン） ｜ No.979（カプサイシン受容体） ｜ No.1046（ディールス・アルドラーゼ）

  1. 致死的な出血熱を引き起こすマールブルグウイルスの増殖機構を解明 −エボラ・マールブルグウイルスの創薬に期待−（京都大学，2022/03/07）　※2022/03/09公開7f1m（下掲）

    マールブルグウイルス核タンパク質-RNA複合体 7f1mの6量体（Chain A・B×3＋RNA）
    		バックボーン　二次構造　DNA/RNA（ATGCU，backbone）
    全選択　タンパク質選択　DNA/RNA選択　同backbone選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    マールブルグウイルス核タンパク質-RNA複合体7f1mの6量体（Chain A・B×3＋RNA）；らせん構造の一部

      ●アミノ色表示の凡例
      ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR　ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO
      ●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR　ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS
      ●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
      SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG　HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP　SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE
      ●有機概念図I/O値順（特性基 R）
      ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS　TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE
      ●等電点順
      ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP　VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！

  2. Architecture and antigenicity of the Nipah virus attachment glycoprotein（Science，2022/03/03）　※2022/03/09公開7txz・7ty0（下掲）

    中和抗体Fabフラグメントが結合したニパウイルス付着糖タンパク質 7ty0
    ［Nipah virus - Wikipedia］
    		7ty0（中和抗体Fabフラグメントが結合したニパウイルス付着糖タンパク質）　Chain A-D（ニパウイルス付着糖タンパク質）選択
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    中和抗体Fabフラグメントが結合したニパウイルス付着糖タンパク質7ty0（ドット表面表示のChain A-Dがニパウイルス由来）

  3. 農薬耐性イネいもち病菌の防除化合物　−理研独自の化合物アレイ技術で探索−（理研，2022/03/11）

    メラビオスチン（melabiostin）
    ［melabiostin - Wikipedia，Janus kinase inhibitor - Wikipedia，Janus kinase 3 - Wikipedia］
    		メラビオスチン（melabiostin）
    カルプロパミド（carpropamid）
    ※参考：カルプロパミド結合タンパク質例：2std（カルプロパミドが結合したシタロンデヒドラターゼ）　同PDBsumデータ2std_CRP$　Val75選択　［Scytalone dehydratase - Wikipedia］　→ Biochemistry誌論文（上掲論文と同じ研究グループによる）
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

        
    メラビオスチン（melabiostin）とカルプロパミド（carpropamid）および両者の有機概念図上の位置


    参考：カルプロパミド（carpropamid）が結合したシタロンデヒドラターゼ2stdとそのPDBsumデータ
    ※上掲理研プレスリリースの“MBI-D耐性菌の発生は標的酵素であるシタロン脱水酵素（SDH1/RSY1）の75番目のバリン（V）がメチオニン（M）に置換されるV75M変異によることを報告”のVal75を球棒表示
    （同じ研究グループによるBioscience, Biotechnology, and Biochemistry誌論文参照）

  4. Structure of a Janus kinase cytokine receptor complex reveals the basis for dimeric activation（Science，2022/03/10）　※2022/03/16公開7t6f（下掲）

    ヤヌスキナーゼ1（JAK1）-サイトカイン受容体複合体7t6f
    ［Janus kinase - Wikipedia，Cytokine receptor - Wikipedia］
    		7t6f（ヤヌスキナーゼ1〈JAK1〉）-サイトカイン受容体複合体）　Chain C・D（インターフェロン-λ レセプター1）選択
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    ヤヌスキナーゼ1（JAK1）-サイトカイン受容体複合体7t6f

  5. Oxetane Promise Delivered: Discovery of Long-Acting IDO1 Inhibitors Suitable for Q3W Oral or Parenteral Dosing（Journal of Medicinal Chemistry，2022/03/03）　※2022/03/16公開7rrb（下掲）・7rrc（他に未公開7rrd）

    インドールアミン-2,3-ジオキシゲナーゼ1（IDO1）7rrbのChain A
    ［Indoleamine 2,3-dioxygenase - Wikipedia］
    		7rrbのChain A（インドールアミン-2,3-ジオキシゲナーゼ1）　同PDBsumデータ7rrb_6ZI$ ｜ 同PDBsumデータ7rrc_6RI$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    compound 9が結合したインドールアミン-2,3-ジオキシゲナーゼ1（IDO1）7rrbのChain AとそのPDBsumデータ（compound 結合の7rrcとの比較）

  6. 初期地球におけるRNAとタンパク質の相互作用を実験室で再現　40億年以上前から存在するタンパク質がアミノ酸の種類を変化させながら脈々と進化してきた可能性を示唆（東京工業大学，2022/03/22）　※“初期地球に存在していたであろう10種類のアミノ酸だけから成る原始タンパク質とRNAとの相互作用について網羅的に検討”。

    リボソームタンパク質uL11（CL11）-58rRNA複合体 1hc8のChain A・C
    		1hc8のChain A・C（リボソームタンパク質uL11〈CL11〉-58rRNA複合体）
    アミノ酸20種全表示（有機概念図I/O値順，pdb形式）@　 “初期地球に存在していたであろう10種類のアミノ酸”（Gly, Ala, Asp, Glu, Val, Ser, Ile, Leu, Pro, Thr）選択
    バックボーン　二次構造　DNA/RNA（ATGCU，backbone）
    全選択　タンパク質選択　DNA/RNA選択　同backbone選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　
    　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    論文引用PDBデータ：リボソームタンパク質uL11（CL11）-58rRNA複合体1hc8のChain A・Cとその拡大部分（東京工業大学プレスリリース図3右の該当部分）
    ※右図ではタンパク質のα炭素とRNA中の糖の酸素OP1をラベル表示

      
    20種類のアミノ酸中の“初期地球に存在していたであろう10種類のアミノ酸”（Gly, Ala, Asp, Glu, Val, Ser, Ile, Leu, Pro, Thr）強調表示

  7. Structure-activity relationship for the folding intermediate-selective inhibition of DYRK1A（European Journal of Medicinal Chemistry，2022/01/05）　※2022/03/23公開7fhs・7fht（下掲）

    リン酸化酵素DYRK1A 7fhtのChain A
    ［melabiostin - Wikipedia，DYRK1A - Wikipedia］
    		リン酸化酵素DYRK1A 7fhtのChain A　同PDBsumデータ7fht_4WD$ ｜　PDBsumデータ7fhs_4VZ$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    リガンド4WD結合のリン酸化酵素DYRK1A 7fht のChain AとそのPDBsumデータ（リガンド4VZ結合の7fhsとの比較）

  8. 今月の分子 268: HER2/neuとトラスツズマブ（HER2/neu and Trastuzumab）（PDBj，2022/04） ｜ Molecule of the Month（PDB）

    乳がん治療薬のモノクローナル抗体トラスツズマブ（商品名 ハーセプチン）が結合したHER2 1n8z
    ［HER2/neu - Wikipedia，Trastuzumab - Wikipedia］
    		1n8z（乳がん治療薬のモノクローナル抗体トラスツズマブが結合したHER2）　Chain C（HER2）選択
    1s78のChain A・C・D（ペルツズマブが結合したHER2）　Chain A（HER2）選択　［Pertuzumab - Wikipedia］
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    乳がん治療薬のモノクローナル抗体トラスツズマブ（商品名ハーセプチン）が結合したHER2 1n8zおよびペルツズマブ（商品名パージェタ）結合の1s78のChain A・C・D

  9. A kinase-cGAS cascade to synthesize a therapeutic STING activator（Nature，2022/03/16）　※2022/04/06公開データ7mhc（下掲）

    アゴニストMK-1454が結合したインターフェロン遺伝子刺激因子（STING）7mhc
    ［Stimulator of interferon genes - Wikipedia，cGAS-STING cytosolic DNA sensing pathway - Wikipedia］
    		7mhc（アゴニストMK-1454が結合したインターフェロン遺伝子刺激因子）　同PDBsumデータ7mhc_lp$
    ※別研究から：
    7unaのChain A（TIR-STINGフィラメント複合体）　同PDBsumデータ7una_4BW[401(A)]（3',3'-cGAMP）$
    8p01（BI 7446が結合したSTING）　同PDBsumデータ8p01_lp（BI 7446）$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    アゴニストMK-1454が結合したインターフェロン遺伝子刺激因子（STING）7mhcとそのPDBsumデータ


    3',3'-cGAMPが結合したTIR-STINGフィラメント複合体7unaのChain AとそのPDBsumデータ


    BI 7446が結合したSTING 8p01とそのPDBsumデータ

  10. 構造生物学：ヒアルロン酸合成の構造学的基盤（Nature ハイライト，2022/04/07）　※2022/04/07公開7sp7・7sp6・7sp8（下掲）・7sp9・7spa

    ウリジン二リン酸-N-アセチルグルコサミン（UDP-GlcNAc）が結合したヒアルロン酸シンターゼ7sp8のChain A
    ［Hyaluronan synthase - Wikipedia］
    		7sp8のChain A（ヒアルロン酸シンターゼ）　UD1（ウリジン二リン酸-N-アセチルグルコサミン〈UDP-GlcNAc〉）選択　同PDBsumデータ7sp8A_lp$
    ヒアルロン酸（繰り返し単位）
    ※参考（ヒアルロン酸PDBデータ例）：3hyaヒアルロン酸 8量体
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左・中］ウリジン二リン酸-N-アセチルグルコサミン（UDP-GlcNAc）が結合したヒアルロン酸シンターゼ7sp8のChain AとそのPDBsumデータ　［右］ヒアルロン酸（繰り返し単位）

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