ウミホタルルシフェリン（cypridina luciferin）とホタルルシフェリン（firefly luciferin）

  
［左］SARS-CoV-2のスパイク糖タンパク質構造例6vsb
［右］同Chain B；L546・D571・P589・F592・S975・N978空間充填表示（ACS Central Science誌論文Figure S7b 参照）

  
左から NP3-562が結合したNLRP3 8ri2とPDBsumデータ，およびNP3-742結合NLRP3 9sfg

PDBリガンドIDが5文字の例A1H02

アンブレイン（ambrein）

1,25-ジヒドロキシビタミンD₃が結合したビタミンD受容体1db1とそのPDBsumデータ

初期表示はネペタラクトール

p.32・46・206ほか DNA：1d66のChain D・E（DNAの部分構造例） ｜ A-Tx2_G-Cx2　A-T_G-C（mol形式）　→ DNAとRNAのいろいろな姿 p.44 ネペタラクトール：cis-trans-ネペタラクトール（cis-trans-nepetalactol）　→ 別トピック p.59・150 アンモニア：アンモニア（ammmonia）　→ 悪臭の正体 p.64ほか 二酸化炭素：二酸化炭素（carbon dioxide） p.118 トウガラシを「辛い！」と感じる時に働くたんぱく質：5is0（トウガラシ辛み成分カプサイシン類似体のカプサゼピン〈capsazepine〉が結合したカプサイシン受容体TRPV1；2021年ノーベル生理学医学賞受賞のJuliusらによる）　同PDBsmデータ5is0_6ET$ ｜ カプサイシン（capsaicin；トウガラシ辛み成分）　→ 別トピック（2021年ノーベル生理学医学賞） p.151 チクロンB（ツィクロンB）：シアン化水素（hydrogen cyanide；チクロンB〈ツィクロンB〉の主成分） p.187 オキシトシン：オキシトシン（oxytocin）　→ オキシトシン バックボーン　二次構造　DNA/RNA（ATGCU，backbone） 全選択　タンパク質選択　DNA/RNA選択　同backbone選択　DNA/RNA（ATGCU，backbone）　リガンド選択　（*印のみ） GADV仮説4アミノ酸（Val・Ala・Gly・Asp）選択 空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去 アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別 疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 　 　　 背景・黒　灰　白　紺

    
左から cis-trans-ネペタラクトール（cis-trans-nepetalactol），シアン化水素（hydrogen cyanide），オキシトシン（oxytocin）

  
［左・中］トウガラシ辛み成分カプサイシン類似体のカプサゼピン（capsazepine）が結合したカプサイシン受容体TRPV1 5is0と同PDBsumデータ
…2021年ノーベル生理学医学賞受賞のJuliusらによる
［右］カプサイシン（capsaicin）　→ 辛さと熱さ／カプサイシン

ハーバー・ボッシュ法（アンモニアの生成）

  
［左］ホスフェニトイン（fosphenytoin）
［右］水痘帯状疱疹ウイルス（VZV）のプロテアーゼ1vzv；球表示のHis52・Lys54・Ser120・His139は
PNAS論文Figure 4のVZV該当4残基（触媒部分と目される）

  
［左］帯状疱疹後神経痛に有効とされるクリスガバリン（crisugabalin）
［中・右］クリスガバリンが結合したCACNA2D1 9vlgとPDBsumデータ

  
［左・中］レセルピンが結合した神経伝達物質輸送体の小胞モノアミントランスポーター2（VMAT2）8jtcとそのPDBsumデータ
［右］レセルピン（reserpine）

テトラベナジン（tetrabenazine）が結合した小胞モノアミントランスポーター2（VMAT2）8wvgのChain AとPDBsumデータ

  
［左・中］ハチ毒のヒアルロニダーゼ1fcvとそのPDBsumデータ　→ Structure誌論文（2000/10/01）
［右］ヒアルロン酸（hyaluronic acid，繰り返し単位）

  
［左・中］濃縮型ヌクレオシドトランスポーター3（CNT3）8tz1のChain AとそのPDBsumデータ　［右］リバビリン（ribavirin）

フェドラチニブ（fedratinib）が結合したSLC19A3 8xv9と8z7u，およびそれぞれのPDBsumデータの比較

      
左から プベルル酸（puberulic acid），ヒノキチオール（hinokitiol），シトリニン（citrinin），アンカフラビン（ankaflavin）

AlphaFill構造 Q9QXN5（myo-イノシトール結合イノシトールオキシゲナーゼ2huoに該当）とPDBsumデータ