◆ Jmolで見るトピックス分子(24-5) ◆

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ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※本ページの分子モデルはInternet Explorerで参照できます。Microsoft EdgeではInternet Explorerモードにして。
※PDBsumデータでファイル名*_lpであるものはLigPlot+ v.2.2で取得したものです。
★旧Jmolトピックへの追記 → No.571(環境ホルモン) | No.979(カプサイシン受容体) | No.1046(ディールス・アルドラーゼ)


  1. 今月の分子 284: ATMキナーゼとATRキナーゼ(ATM and ATR Kinases)(PDBj,2023/08) | Molecule of the Month(PDB)

    ATMキナーゼ 5np0
    [ATM serine/threonine kinase - Wikipedia,ATM serine/threonine kinase - Wikipedia]
    5np0(ATMキナーゼ) アミノ酸残基2618〜3056(キナーゼドメイン)選択

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド)
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 紺


    ATMキナーゼ 5np0


      ●アミノ色表示の凡例
      ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
      ●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
      ●極性〈酸性・塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
      SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
      ●有機概念図I/O値順(特性基 R)
      ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
      ●等電点順
      ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 | Log Pをポケットに!


  2. すべてのがん腫瘍細胞を殺せる画期的な分子「AOH1996」の前臨床試験に成功、ヒトを対象にした臨床試験も進行中(GIGAZINE,2023/08/03) ※“AOH1996はがん細胞のDNA複製において重要な役割を持っているPCNAを標的にする薬剤であり、がん腫瘍細胞を全滅させられる可能性があると期待されています”。

    がん治療薬候補 AOH1996
    [AOH1996 - Wikipedia]
    AOH1996
    AOH1996誘導体結合タンパク質:8gla(増殖細胞核抗原,PCNA) 同PDBsumデータ8gla_ZQZ(AOH1996-1LE)[301(A)]$ | PDBsumデータ8gl9_ZQW(AOH1160-1LE)[303(A)]$ [Proliferating cell nuclear antigen - Wikipedia]

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド)
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 紺

      
    [左]がん治療薬候補 AOH1996
    [中・右]AOH1996誘導体のAOH1996-1LEが結合した増殖細胞核抗原(PCNA)8glaとそのPDBsumデータ(AOH1160-1LE結合の8gl9との比較)


  3. 途切れることのない必須医薬品の供給に向けて ――セファゾリンナトリウムの連続生産――(東京大学,2023/08/07)

    セファゾリンナトリウム(cefazolin sodium)
    セファゾリンナトリウム(cefazolin sodium)
    セファゾリン(cefazolin) [Cefazolin - Wikipedia]
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    Jmol色 Rasmol色
     
    背景・黒 灰 白 紺

      
    [右]セファゾリンナトリウム(cefazolin sodium) [右]セファゾリン(cefazolin)


  4. ハブ毒から得た酵素によりアミロイド β を分解 〜アルツハイマー病治療法開発への貢献に期待〜(東北大学,2023/08/31) ※“特に、クサリヘビ科では、主要な毒成分であり、出血毒や炎症などを引き起こすことがあります”。

    阻害剤イロマスタット(ilomastat;GM6001)が結合した蛇毒メタロプロテアーゼ(SVMP)2dw0
    [Metalloproteinase - Wikipedia,Snake venom - Wikipedia,Ilomastat - Wikipedia]
    2dw0(阻害剤GM6001が結合した蛇毒メタロプロテアーゼ) 同PDBsumデータ2dw0_GM6$
    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    糖鎖別着色(#印のみ):Gal,α-Glc,β-Glc,Man,Fuc,Xyl,Sia,GalNAc,GlcNAc,GlcA
    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド)
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 紺


    阻害剤イロマスタット(ilomastat;GM6001)が結合した蛇毒メタロプロテアーゼ(SVMP)2dw0とそのPDBsumデータ


  5. 新刊:たくさんのふしぎ 2023年10月号「いろいろ色のはじまり」

    紅花色素のカルタミン(カーサミン,carthamin)
    p.2イラスト タマネギの皮:タマネギの皮の色素ケルセチン(quercetin)
    p.3イラスト 水晶:左水晶(left-handed quartz crystal) | 右水晶(right-handed quartz crystal) → 分子の科学|二酸化ケイ素の結晶構造
    p.11・26 金:金の結晶構造 → 川上モデル|分子・結晶・リガンド模型 | 2014年は世界結晶年!
    p.15 硫化鉄鉱:黄鉄鉱(pyrite;硫化鉄鉱の例)の結晶構造 → 川上モデル|分子・結晶・リガンド模型
    p.24ほか 染料/合成染料: → 染料の種類
    p.26・37・ポスター インジゴ:インジゴ(indigo;C.I.Vat Blue 1,水不溶) | 参考 インジゴホワイト(indigo white;C.I.Reduced Vat Blue 1,水溶性) → 染料の種類
    p.28・ポスター 貝紫:チリアンパープル(tyrian purple;6,6'-dibromoindigo)
    p.30ほか・ポスター 紅花:カルタミン(カーサミン,carthamin) → 紅花の色素カルタミン
    p.34・36ほか・ポスター アカネ/アリザリン:アカネの色素成分例アリザリン(alizarin;C.I.Mordant Red 11) → 染料の種類
    ポスター モーブ:モーブ(モーベイン;mauve,mauveine;C.I.50245) モーベインA(mauveine A) | モーベインB(mauveine B) → 染料の種類
    ポスター ウコン:ウコンの色素クルクミン(curcumin) → カレーの色素・クルクミン

    (今後追加します)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド)
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 紺

        
    左から タマネギの皮の色素ケルセチン(quercetin),水晶(左水晶と右水晶),金(結晶構造)

        
    左から 黄鉄鉱(pyrite;硫化鉄鉱の例)結晶の例とその構造,インジゴとインジゴホワイト,チリアンパープル(tyrian purple)

        
    左から カルタミン(カーサミン,carthamin),アカネの色素成分例アリザリン(alizarin),モーベインA(mauveine A)とモーベインB(mauveine B)

      

    ウコンの色素クルクミン(curcumin)

      
    合成染料関連参考図:[左]酸性染料Orange II(酸性染料C.I. Acid Orange7)の合成ページから
    [右]染料分子を含むPDBsumデータ例 → PDBsumのLigand-SITE情報と有機性・無機性


  6. 「エスプレッソ」がアルツハイマー病の原因物質の蓄積を解消してくれることが判明(GIGAZINE,2023/09/09) ※“カフェイン 、トリゴネリン、ゲニステイン、テオブロミン”

    トリゴネリン(trigonelline)
    [Trigonelline - Wikipedia]
    トリゴネリン(trigonelline)
    カフェイン(caffeine) | ※参考(カフェイン結合タンパク質のPDBsumデータ例):3rfm_CFF(カフェインが結合したアデノシンA2A受容体)$ → 爆薬、医薬品 世界史を変えた17の化学物質」を読むために | 別トピック
    テオブロミン(theobromine) [Theobromine - Wikipedia]
    ゲニステイン(genistein) | ※参考(ゲニステイン結合タンパク質のPDBsumデータ例):1x7r_GEN(ゲニステインが結合したエストロゲンレセプターα)$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド)
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 紺

          
    左から トリゴネリン(trigonelline),カフェイン(caffeine),テオブロミン(theobromine),ゲニステイン(genistein)

      
    ※参考図 [左]カフェインが結合したアデノシンA2A受容体3rfmのPDBsumデータ
    [右]ゲニステインが結合したエストロゲンレセプターα1x7rのPDBsumデータ


  7. Substrate binding and inhibition of the anion exchanger 1 transporter(Nature Structural & Molecular Biology,2023/09/07) ※2023/09/13公開7ty4・7ty7・8t6v・7ty6・7tya・8t6u(下掲)・7ty8

    ジピリダモール(dipyridamole)が結合したアニオン交換輸送体1(AE1) 8t6uのChain A
    [Band 3 anion transport protein - Wikipedia]
    8t6uのChain A(ジピリダモールが結合したアニオン交換輸送体1) H9F選択 同PDBsumデータ8t6u_H9F$
    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    糖鎖別着色(#印のみ):Gal,α-Glc,β-Glc,Man,Fuc,Xyl,Sia,GalNAc,GlcNAc,GlcA
    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド)
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 紺


    ジピリダモール(dipyridamole)が結合したアニオン交換輸送体1(AE1)8t6uのChain AとそのPDBsumデータ


  8. Design and Preclinical Characterization Program toward Asundexian (BAY 2433334), an Oral Factor XIa Inhibitor for the Prevention and Treatment of Thromboembolic Disorders(Journal of Medicinal Chemistry,2023/09/05) ※2023/09/13公開8bo3(下掲)・8bo4・8bo5・8bo6・8bo7

    阻害剤asundexianが結合した凝固XI因子8bo3(PDBj変換サービスでcif→pdb変換)
    [Factor XI - Wikipedia]
    8bo3(阻害剤asundexianが結合した凝固XI因子) 同PDBsumデータ8bo3_lp$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド)
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 紺


    阻害剤asundexianが結合した凝固XI因子8bo3とそのPDBsumデータ


  9. 「ムスクの香り」を網羅的に認識する嗅覚受容体の発見 〜化学構造からムスク香料の高精度な予測が可能に〜(花王,2023/09/13)


  10. 温度による酵素の構造変化を分子動画撮影 様々な生体高分子のダイナミクスを決定する新たな方法論(SPring-8,2023/09/19) ※PDBデータ8cvu・8cvv・8cvw・8cw0・8cw1・8cw3・8cw5・8cw6・8cw7・8cw8・8cwb・8cwc・8cwd・8cwe・8cwf・8cwg・8cwh(下掲)

    阻害剤N,N'-ジアセチルキトビオース(N,N'-diacetylchitobiose)が結合したリゾチーム 8cwh
    8cwh(阻害剤N,N'-ジアセチルキトビオースが結合したリゾチーム) 同PDBsumデータ8cwh_NDG-NAG$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    糖鎖別着色(#印のみ):Gal,α-Glc,β-Glc,Man,Fuc,Xyl,Sia,GalNAc,GlcNAc,GlcA
    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド)
    天然タンパク質におけるアミノ酸使用のルール(東京大学プレスリリース図3を参考に着色)
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 紺


    阻害剤N,N'-ジアセチルキトビオース(N,N'-diacetylchitobiose)が結合したリゾチーム8cwhとそのPDBsumデータ


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