◆ Jmolで見るトピックス分子（22-4） ◆

→ No.1-10 ｜ 11-20 ｜ 151-200 ｜ 401-410 ｜ 411-420（作成中） ｜ 421-430 ｜ 431-440 ｜ 441-450 ｜ 451-460 ｜ 461-470 ｜ 471-480 ｜ 481-490 ｜ 491-500 ←
→ No.501-510 ｜ 511-520 ｜ 521-530 ｜ 531-540 ｜ 541-550 ｜ 551-560 ｜ 561-570 ｜ 571-580 ｜ 581-590 ｜ 591-600 ←
→ 601-610 ｜ 611-620 ｜ 621-630 ｜ 631-640 ｜ 641-650 ｜ 651-660 ｜ 661-670 ｜ 671-680 ｜ 681-690 ｜ 691-700 ←
→ 701-710 ｜ 711-720 ｜ 721-730 ｜ 731-740 ｜ 741-750 ｜ 751-760 ｜ 761-770 ｜ 771-780 ｜ 781-790 ｜ 791-800 ←
→ 801-810 ｜ 811-820 ｜ 821-830 ｜ 831-840 ｜ 841-850 ｜ 851-860 ｜ 861-870 ｜ 871-880 ｜ 861-870 ｜ 881-890 ｜ 891-900 ←
→ 901-910 ｜ 911-920 ｜ 921-930 ｜ 931-940 ｜ 941-950 ｜ 951-960 ｜ 961-970 ｜ 971-980 ｜ 981-990 ｜ 991-1000 ←
→ 1001-1010 ｜ 1011-1020 ｜ 1021-1030 ｜ 1031-1040 ｜ 1041-1050 ｜ 1051-1060 ｜ 1061-1070 ｜ 1071-1080 ←
→ Vol.1 ｜ 2 ｜ 3 ｜ 5 ｜ 6 ｜ 7 ｜ 8 ‖ データ名一覧 ←
→ 最近の本サイトコンテンツから： 新型コロナウイルス（SARS-CoV-2｜COVID-19）情報 ｜ 川上モデル「鍵と鍵穴」模型 ｜ 元素・分子が登場する本を読もう！ ←

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や，RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため，10件ずつ表示するように変更しました（上記書庫も順次修正します）。
※旧版で表示していた一部の参考データ（PDBsumなど）は今後追加します。
※本ページの分子モデルはMicrosoft EdgeのInternet Explorerモードで参照できます。
★旧Jmolトピックへの追記　→ No.472（NMDA受容体） ｜ No.571（環境ホルモン） ｜ No.979（カプサイシン受容体） ｜ No.1046（ディールス・アルドラーゼ）

  1. 新型コロナウイルスに殺傷効果を持つ記憶免疫キラーT細胞　−体内に存在するもう一つの防御部隊−（理研，2021/12/08）　※2022/01/26公開7EJL（下掲）・7EJM・7EJN（他に2BCK・3I6L〈下掲〉・3VXM・4F7M引用）　※“SARS-CoV-2のSタンパク質領域に存在するエピトープに着目…Pep#3（QYIペプチド：QYIKWPWYI）を同定”

    ヒト白血球型抗原HLA-A*2402（SARS-CoV-2由来ペプチドが結合） 7ejl
    ［Human leukocyte antigen - Wikipedia］
    		7ejl（SARS-CoV-2由来Nタンパク質ペプチドが結合したヒト白血球型抗原HLA-A*2402）　Chain C（SARS-CoV-2由来エピトープ；QYIKWPWYI）のα炭素ラベル表示　同Chain C ｜ 7ejmのChain C（季節性コロナウイルスCoV-229E由来，エピトープTYIKWPWWV）　7ejnのChain C（季節性コロナウイルスCoV-HKU1由来，エピトープMYVKWPWYV）
    ※参考：3i6l（SARS-CoV-1由来Nタンパク質ペプチドが結合したヒト白血球型抗原HLA-A*2402）　Chain F（SARS-CoV-1由来エピトープ；QFKDNVILL）のα炭素ラベル表示
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左］SARS-CoV-2由来ペプチドが結合したヒト白血球型抗原HLA-A*2402 7ejl
    ［右］同Chain C（エピトープQYIKWPWYI；最初の3つがQYIペプチドであることを示す），CoV-229E由来7ejmのChain C（エピトープTYIKWPWWV），CoV-HKU1由来7ejnのChain C（エピトープMYVKWPWYV）の比較


    参考データ：SARS-CoV-1由来Nタンパク質ペプチドが結合したヒト白血球型抗原HLA-A*2402 3i6l

      ●アミノ色表示の凡例
      ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR　ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO
      ●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR　ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS
      ●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
      SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG　HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP　SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE
      ●有機概念図I/O値順（特性基 R）
      ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS　TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE
      ●等電点順
      ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP　VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！

  2. Roles of the hy-droxy group of tyrosine in crystal structures of Sulfurisphaera tokodaii O6-methylguanine-DNA methyltransferase（Acta Crystallographica Section F，2021/11/11）　※2020/12/15公開7dqq（下掲）・7dqr・7dqt・7e1p

    O6-メチルデオキシグアノシンが結合したO6-メチルグアニン-DNAメチルトランスフェラーゼ（MGMT） 7dqq
    ［O-6-methylguanine-DNA methyltransferase - Wikipedia］
    		7dqq（O6-メチルデオキシグアノシンが結合したO6-メチルグアニン-DNAメチルトランスフェラーゼ）　同PDBsumデータ7dqq_J03$ ｜ PDBsumデータ7e1p_J03$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    O6-メチルデオキシグアノシンが結合したO6-メチルグアニン-DNAメチルトランスフェラーゼ（MGMT） 7dqqとそのPDBsumデータ（7e1pとの比較）

  3. 構造生物学：聴覚の分子基盤（Nature ハイライト，2021/12/16）　※2021/11/03公開7s8x・7s9a・7s9b・7s9c・7s9d・7s9e（下掲）

    サリチル酸が結合したイルカのプレスチン（prestin） 7s9eのChain A
    ［Prestin - Wikipedia］
    		7s9eのChain A（サリチル酸が結合したイルカのプレスチン）　同PDBsumデータ7s9e_SAL$ ｜ PDBsumデータ7s9a_SAL$
    7usw（膜貫通チャネル様タンパク質TMC-1・カルシウム結合タンパク質CALM-1・膜貫通内耳タンパク質TMIEの複合体）
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    サリチル酸が結合したイルカのプレスチン（prestin）7s9eのChain AとそのPDBsumデータ（7s9aとの比較）


    膜貫通チャネル様タンパク質TMC-1・カルシウム結合タンパク質CALM-1・膜貫通内耳タンパク質TMIEの複合体7usw

  4. Cryo-EM of CcsBA reveals the basis for cytochrome c biogenesis and heme transport（Nature Chemical Biology，2020/12/20）　※2020/12/12公開データ7s9y・7s9z（下掲）

    ヘム輸送タンパク質CcsBA 7s9z
    		 7s9z（CcsBA）　HEB（heme b/c）選択
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    ヘム輸送タンパク質CcsBAの構造 7s9z

  5. 細胞内へのポリアミン輸送メカニズムの解明（東京大学，2021/11/19）　※2021/12/30公開データ7vpi・7vpj・7vpk（下掲）・7vpl

    スペルミンが結合したE2P状態のヒトATP13A2 7vpk
    ［ATP13A2 - Wikipedia，Spermine - Wikipedia］
    		7vpk（スペルミンが結合したE2P状態のヒトATP13A2）　同PDBsumデータ7vpk_SPM$ ｜ PDBsumデータ7vpl_SPM$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    スペルミンが結合したE2P状態のヒトATP13A2 7vpkとそのPDBsumデータ（E2Pi状態の7vplとの比較）

  6. 今月の分子 265: ゴルジ体カゼインキナーゼ（Golgi Casein Kinase）（PDBj，2022/01） ｜ Molecule of the Month（PDB）

    ゴルジ体カゼインキナーゼ 5yh2のChain A・C
    		5yh2Chain A・C（ゴルジ体カゼインキナーゼ）　同PDBsumデータ5yh2_ATP$
    7x4h（阻害剤AG1112が結合したヒトのカゼインキナーゼCK2α1）　同PDBsumデータ7x4h_lp[407(A)]$
    バックボーン　二次構造
    全選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    ゴルジ体カゼインキナーゼ5yh2のChain A・CとそのPDBsumデータ


    阻害剤AG1112が結合したヒトのカゼインキナーゼCK2α1 7x4hとそのPDBsumデータ

  7. 神経変性：ALSのTDP-43繊維の構造（Nature ハイライト，2022/01/06）　※2021/12/15公開7py2（下掲）

    ALSのTDP-43繊維7py2
    ［TAR DNA-binding protein 43 - Wikipedia］
    		7py2（ALSのTDP-43繊維）　残基番号333-343（SWGMMGMLASQセグメント）選択／α炭素ラベル表示
    ※アルツハイマー病関連TDP-43構造例
    6cfhの20量体（Chain A・B×10；TDP-43のSWGMMGMLASQセグメント）
    8cg3（A型FTLD-TDP患者のRNA結合タンパク質TDP-43繊維）　残基番号343-360選択／α炭素ラベル表示（Nature論文 Fig. 4参照）
    8ons〔前頭側頭葉変性症（FTLD-FET）患者からのTAF15アミロイドフィラメント〕
    8s6j〔リルゾール（riluzole）が結合した電位依存性ナトリウムチャネルNavMs〕　同PDBsumデータ8s6j_657$ ｜ リルゾール（riluzole） ［Riluzole - Wikipedia］
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　ヘム選択　Fe選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左］ALSのTDP-43繊維7py2（残基番号333-343のSWGMMGMLASQセグメントを球棒表示）
    ［右］参考図：アルツハイマー病関連TDP-43のSWGMMGMLASQセグメント 6cfhの20量体（Chain A・B×10）


    A型FTLD-TDP患者のRNA結合タンパク質TDP-43繊維8cg3（残基番号272-360，途中の球棒表示はQ343-Q360；Nature論文 Fig. 4参照）


    前頭側頭葉変性症（FTLD-FET）患者からのTAF15アミロイドフィラメント8ons
    （残基番号7-99 → Nature論文）

        
    左から リルゾール（riluzole），同分子が結合した電位依存性ナトリウムチャネルNavMs 8s6jとそのPDBsumデータ

  8. 生化学：構造から分かったグルコース輸送体阻害剤の作用機構（Nature ハイライト，2022/01/13）　※2021/12/15公開データ7vsi（7fenから置換，下掲）

    糖尿病治療薬エンパグリフロジン（empagliflozin）が結合したナトリウム/グルコース共輸送体2（SGLT2） 7vsi
    ［Sodium/glucose cotransporter 2 - Wikipedia，Empagliflozin - Wikipedia］
    		7vsi（糖尿病治療薬エンパグリフロジンが結合したナトリウム/グルコース共輸送体2〈SGLT2〉）　同PDBsumデータ7vsi_7R3$
    8hb0（阻害剤TA-1887が結合したナトリウム/グルコース共輸送体2〈SGLT2〉）　同PDBsumデータ8hb0_lp$
    7wmv（阻害剤LX2761が結合したナトリウム/グルコース共輸送体1〈SGLT1〉）　同PDBsumデータ7wmv_lp$　［Sodium/glucose cotransporter 1 - Wikipedia］
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    糖尿病治療薬エンパグリフロジン（empagliflozin）が結合したナトリウム/グルコース共輸送体2（SGLT2）7vsiとそのPDBsumデータ


    阻害剤TA-1887が結合したナトリウム/グルコース共輸送体2（SGLT2）とMAP17の複合体8hb0とそのPDBsumデータ


    阻害剤LX2761が結合したナトリウム/グルコース共輸送体1（SGLT1）とMAP17の複合体7wmvとそのPDBsumデータ

  9. 体内でベンゼン環を作る　−薬剤の構造に含まれるベンゼン環を体内合成してがん治療−（理研，2022/01/10）

    チューブリン-コンブレタスタチンA4複合体5lyjのChain A・B
    ［Tubulin - Wikipedia，Combretastatin A-4 - Wikipedia，Aromatization - Wikipedia］
    		5lyjのChain A・B（チューブリン-コンブレタスタチンA4複合体）　7BA（コンブレタスタチンA4）選択　同PDBsumデータ5lyj_7BA$
    ※ポリアセン構造例：ベンゼン（benzene） ｜ ナフタレン（naphthalene） ｜ アントラセン（anthracene）
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    チューブリン-コンブレタスタチンA4複合体5lyjのChain A・BとそのPDBsumデータ

  10. アトピーへの第三の外用薬を使いこなせ！　刺激はほとんどないが、速効性はステロイドに劣る（日経メディカル，2022/01/18）
「生活環境化学の部屋」ホームページ ｜ Jmol版「分子の学習帳」