様々な元素がつくり出す世界

バックボーン　二次構造　　DNA/RNA（ATGCU，backbone） 全選択　タンパク質選択　リガンド選択　DNA/RNA選択　DNA/RNA backbone選択 空間充填　球棒　球30％　球60％　スティック　針金　消去 アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別 疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 　 　　 背景・黒　灰　白　紺

様々な結晶とタンパク質内の結晶もどき　 ダイヤモンド，石英（水晶），窒化ガリウム，塩化ナトリウムの結晶構造の同時表示 C 炭素（C）の同素体：ダイヤモンド，グラファイト，フラーレン（C60），カーボンナノチューブ（アームチェア型の例）　→ フラーレン Au・Ag・Cu 金（Au）・銀（Ag）・銅（Cu）の結晶構造同時表示 ｜ 金（Au）　銀（Ag）　銅（Cu） Fe 鉄（Fe；面心立方格子構造の結晶） ｜ ※参考： 鉄（Fe；体心立方格子） Fe・S 黄鉄鉱（pyrite；FeS2）部分構造 ｜ Fe2S2・Fe4S4・Fe3S4（以上2wqyより），Fe8S7（3minより），黄鉄鉱（pyrite）部分構造の同時表示　→ 2014年は世界結晶年！｜鉄硫黄クラスターを含む生体分子のSITE例 2017年制作のリガンド・分子・結晶群 ｜ 新旧データ群の抜粋 As 1hyv_TTA Au 5gu2の3量体（Chain名をM・Q・Uに変更）　金（Au）選択　同 中心のAu12原子　→ Jmolトピック Cu 1c9e_MP1 Fe 2hhb_HEM（ヘム）　→ ヘモグロビン Hf 1o7t_HF5（リガンドのみ；アミノ酸の多くが遠方のため） Mg 3arc_CLA[607(A)]（クロロフィルa）　→ 光合成 光化学系IIの部分構造例 Mo 1ogp_MTQ　→ Mo化合物，W化合物を含む生体分子 P 4at1_ATP（ATP） P 4pv1_OPC[205(B)]（ジオレオイルホスファチジルコリン；リン脂質の例，クロロフィルaも含む）　→ Jmolトピック W 1b25_PTT（鉄硫黄クラスターも含む）　→ Mo化合物，W化合物を含む生体分子 Te・W 4z12_TEW　→ Mo化合物，W化合物を含む生体分子 ◆環境問題編 Br デカブロモジフェニルエーテル（DBDE，BDE-209；分子ソフトで組み立て）　→ 新規POPs有害物質リスト Cl 3,3',4,4',5-PeCB（分子ソフトで組み立て）　H原子消去（川上モデルでは水素省略）　→ ダイオキシン類 Hg 塩化メチル水銀（分子ソフトで組み立て）　H原子消去　→ 水俣病 I 1y0x_T44（チロキシン）　→ 甲状腺ホルモンと受容体 ABS（アルキルベンゼンスルホン酸塩）の例 ドデシルベンゼンスルホン酸ナトリウム（DBS；分子ソフトで組み立て）　H原子消去　→ 界面活性剤の種類 ビスフェノールA 2e2r_2OH　→ 多様なリガンドを含むエストロゲン受容体および関連受容体等のSITE比較 ◆その他 DNA部分構造例 A-T ｜ G-C　H原子消去　→ DNAとRNAのいろいろな姿 セルロースとアミロース セルロース（セロビオース単位×2）とアミロース（マルトース単位×2）の同時表示　→ 代表的な高分子

Jmol colors

小惑星探査機「はやぶさ2」が持ち帰った小惑星リュウグウ試料中の元素：
〇〇本トピックに載せた元素（〇はリュウグウで不検出），〇はリュウグウで検出，〇は「はやぶさ2」による試料汚染（Ta）
→ 東京工業大学プレスリリース（2022/06/15）
※お勧め動画：科学のフロンティア16　元素の起源を探る 〜理研RIビームファクトリー〜

蛍光RNAアプタマー“ホウレンソウ”（Spinach aptamer）4kzdのChain R

蛍光RNAアプタマー“ペッパー”（Pepper aptamer）7eogとそのPDBsumデータ（7eok・7eol・7eom・7eon・7eoo・7eopとの比較）

  
阻害剤AMPQDが結合したジヒドロ葉酸レダクターゼ 6cqaとそのPDBsumデータおよび同時公開構造のPDBsumデータ

  
［左］メチレンブルー（methylene blue）　［右］メチレンブルーを含むPDBデータ例としてアセチルコリンエステラーゼ5dlpとそのPDBsumデータ

    
［左］P糖タンパク質CmABCB1（多剤排出ポンプ，内向型）6a6nの2量体（Chain A×2）
［中］同（G132V変異体，外向型）7dqv　［右］6a6mと7dqvのPDBsumデータ

ビンブラスチン（vinblastine）が結合したP糖タンパク質8sbaとPDBsumデータ

DDT（p,p'-DDT）が結合したP糖タンパク質

※参考図：環境ホルモン関連化合物における有機概念図の有機性・無機性値とlog P の関係
→ 環境ホルモンとして疑われている化合物例

  
H1N1インフルエンザウイルスのノイラミニダーゼ6g02のChain A（左）と同PDBsumデータ（右，6g01との比較）

  
［左］アパルタミド（apalutamide）　［右］参考データとしてヒドロキシフルタミドが結合したアンドロゲン受容体4oghとそのPDBsumデータ

 
ピクロトキシン（picrotoxin）と“megabody”Mb38が結合したGABA_A受容体6hugとそのPDBsumデータ，および6huj（ピクロトキシン結合）・6huk（ビククリン結合）・6huo（アルプラゾラム結合，GABA結合）のPDBsumデータ

 
［左］ビククリン（bicuculline）　［右］デスクロロクロザピン（deschloroclozapine；DCZ）

ヒスタミンと“megabody”Mb25が結合したGABA_A受容体β₃-サブユニット7a5v

  
阻害剤4EGI-1が結合したeIF4E 4tpwのChain AとそのPDBsumデータ