◆ Jmolで見るトピックス分子(26-2) ◆

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ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※本ページの分子モデルはMicrosoft EdgeでInternet Explorerモードにして参照できます。
※分子モデルが表示されない場合は分子表示窓右の別データ表示ボタンを押してみてください。
※PDBsumデータでファイル名*_lpであるものはLigPlot+ v.2.2で取得したものです。
★旧Jmolトピックへの追記 → No.571(環境ホルモン) | No.979(カプサイシン受容体) | No.1046(ディールス・アルドラーゼ)


  1. 今月の分子 299: マラリア原虫PTEX(Malaria Parasite PTEX)(PDBj,2024/11) | Molecule of the Month(PDB)

    マラリア原虫PTEXの中心部分6e10(α炭素のみ)
    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    糖鎖別着色(#印のみ):Gal,α-Glc,β-Glc,Man,Fuc,Xyl,Sia,GalNAc,GlcNAc,GlcA
    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド)
    ヒトの必須・非必須区別
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 紺


    マラリア原虫PTEXの中心部分6e10(α炭素のみ)


      ●アミノ色表示の凡例
      ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
      ●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
      ●極性〈酸性・塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
      SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
      ●有機概念図I/O値順(特性基 R)
      ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
      ●等電点順
      ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG
      ●ヒトの必須・非必須区別
      ILE LEU VAL PHE MET TRP LYS HIS THR ARG ALA PRO CYS TYR GLY GLU GLN ASP SER ASN


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 | Log Pをポケットに!


  2. マイコプラズマ肺炎の患者数 多い状態続く(NHK,2024/11/19) ※マイコプラズマ肺炎関連データを下掲

    マイコプラズマ・ニューモニエの接着タンパク質P40/P90構造例6tlzのChain A
    6tlzのChain A(マイコプラズマ・ニューモニエの接着タンパク質P40/P90構造例) 同PDBsumデータ6tlz_BGC-GAL-SIA$
    エリスロマイシン(erythromycin)
    クラリスロマイシン(clarithromycin)
    ミノサイクリン(minocycline)
    ラスクフロキサシン(lascufloxacin) ※治療薬ラスビック(Lasvic)はラスクフロキサシン塩酸塩 [医療用医薬品 : ラスビック - KEGG]

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    糖鎖別着色(#印のみ):Gal,α-Glc,β-Glc,Man,Fuc,Xyl,Sia,GalNAc,GlcNAc,GlcA
    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド)
    ヒトの必須・非必須区別
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 紺


    マイコプラズマ・ニューモニエの接着タンパク質P40/P90構造例6tlzのChain AとPDBsumデータ


    ラスクフロキサシン(lascufloxacin)


  3. ユーフォルビアロイドAの全合成 4種のエステルが密集した複雑天然物の完全化学合成(東京大学,2024/12/15)

    ユーフォルビアロイドA(euphorbialoid A)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    CPK色 Jmol色 Rasmol色
     
    背景・黒 灰 白 紺


    ユーフォルビアロイドA(euphorbialoid A)
    I = 645, O = 760, I/O = 0.849


  4. ハンチントン病はなんとβ遮断薬により進行抑制できるかもしれない!(Neurology 興味を持った「脳神経内科」論文,2024/12/05)

    カルベジロール(carvedilol)
    I = 385, O = 480, I/O = 0.802
     [Carvedilol - Wikipedia]
    カルベジロール(carvedilol)
    6ps3(β2アドレナリン受容体(β2AR);カルベジロールが結合) CVD(カルベジロール)選択 Chain BをChain色に 同PDBsumデータ6ps3_CVD$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド)
    ヒトの必須・非必須区別
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 紺


    カルベジロール(carvedilol)

      
    PDBデータ6prz〜6ps6(β2アドレナリン受容体,カルベジロール結合の6ps3を上掲)・6ps7(アデノシンA2A受容体)・6ps8(メラトニン受容体MT1)
    ※6prz〜6ps6の文献:Toward G protein-coupled receptor structure-based drug design using X-ray lasers(IUCrJ,2019/10/24)
    → GPCR(本サイト)


  5. 小頭症を引き起こす新規原因分子を発見 胎仔脳の発生過程でのモーター分子の新たな機能(東北大学,2024/12/05) ※“モーター分子Kif23”のKif23構造例を下掲

    Kif23構造例 3vhxのChain B・D
    3vhxのChain B・D《695-800》(Kif23構造例)
    AlphaFold構造 Q02241《1-960;PDB AF_AFQ02241F1〈cif形式データ〉をcif→pdb変換》 アミノ酸残基1-694・801-960(無秩序・非構造化領域)選択 → AlphaFold/AlphaFold2/AlphaFold3構造の利用

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド)
    ヒトの必須・非必須区別
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 紺

      
    [左]Kif23(MKLP1)構造例 3vhxのChain B・D
    [右]AlphaFold構造 Q02241 → AlphaFold/AlphaFold2/AlphaFold3構造の利用


  6. Discovery of MT-7117 (Dersimelagon Phosphoric Acid): A Novel, Potent, Selective, and Nonpeptidic Orally Available Melanocortin 1 Receptor Agonist(Journal of Medicinal Chemistry,2024/12/06)

    MT-7117(dersimelagon)
    I = 555, O = 740, I/O = 0.750
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    CPK色 Jmol色 Rasmol色
     
    背景・黒 灰 白 紺


    MT-7117(dersimelagon)


  7. エムポックスの治療薬、国内で初承認へ アフリカ中央部で流行(朝日,2024/12/07) ※“抗ウイルス薬「テコビリマット」の国内での製造販売承認を了承”。

    テコビリマット(テコビリマト,tecovirimat)
    I = 472, O = 395, I/O = 1.195
    [Tecovirimat - Wikipedia,Mpox - Wikipedia]
    テコビリマット(テコビリマト,tecovirimat)
    ※参考(エムポックス〈mpox〉ウイルス由来タンパク質例):8cetのChain A(阻害剤TO507が結合したエムポックス〈mpox〉ウイルスのメチルトランスフェラーゼVP39) 同PDBsumデータ8cet_UGR$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド)
    ヒトの必須・非必須区別
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 紺


    テコビリマット(テコビリマト,tecovirimat)


    阻害剤TO507が結合したエムポックス(mpox)ウイルスのメチルトランスフェラーゼVP39 8cetのChain AとPDBsumデータ


    表 いろいろなウイルス(DNAウイルスとRNAウイルス)
    ◎以下を編集:吉開泰信 編,「ウイルス・細菌と感染症がわかる」,p.37,羊土社(2004)
    ( )は新興感染症の出現年:竹田美文・岡部信彦,「SARSは何を警告しているのか」,岩波ブックレット(2003)
    SARS-CoV-2ほかを加筆;なお以下の分類等は変更になっている場合もある
      分類 例
    主なDNAウイルス ポックスウイルス科 エムポックス〈mpox,サル痘〉(1970)
    ヘルペスウイルス科 ※鯉ヘルペス
    アデノウイルス科  
    パピローマウイルス科
    (ポリオーマウイルス科も酷似)
    子宮頸がん;ヒトパピローマウイルス〈HPV〉による → 別トピック
    ヘパドナウイルス科 # B型肝炎
    パポバウイルス科  
    主なRNAウイルス パラミクソウイルス科 麻疹,ニパウイルスによる脳炎(1998)
    オルトミクソウイルス科
    (オルソミクソウイルス科)
    インフルエンザ → 鳥インフルエンザ(高病原性H5N1型は1959年)&新型インフルエンザ情報
    コロナウイルス科 SARS(2002) → SARSと抗ウイルス薬
    SARS-CoV-2(2019) → 新型コロナウイルス(SARS-CoV-2|COVID-19)情報
    アレナウイルス科 ラッサ熱
    レトロウイルス科 # 〈逆転写,レンチウイルス属〉AIDS(1983) → HIVとエイズ
    〈一本鎖,デルタレトロウイルス属〉HTLV-1関連症候群(1980) → HTLV-1情報
    フィロウイルス科 エボラ出血熱(1977) → 2014年にエボラ出血熱感染拡大
    レオウイルス科 ロタ
    ピコルナウイルス科 ポリオ,A型肝炎
    カリシウイルス科 ノロ
    ラブドウイルス科 狂犬病 → 別トピック
    フラビウイルス科
    (トガウイルス科も酷似)
    日本脳炎,ウエストナイル熱,デング熱,
    C型肝炎(1989) → 別トピック〈B型肝炎記事含む〉
    ※豚コレラ
    ブニヤウイルス科  
    # 最近のICTVレポートでは,ヘパドナウイルス科とレトロウイルス科は,『逆転写を行うDNAおよびRNAウイルス』として同じカテゴリに分類されている。
    ※参考:デビッド・クアメン 著・甘糟智子 訳,「スピルオーバー ウイルスはなぜ動物からヒトへ飛び移るのか」,明石書店(2021)
    ※参考:ウイルス図鑑,ウイルスの分類 - Wikipedia


  8. 日本人でのゲノム解析から創製された新薬が難治性がんである胆道がんの治療薬として承認 〜大規模ゲノム解析から患者さんに治療薬を届ける実例〜(国立がん研究センター,2024/10/23) ※“FGFRキナーゼ阻害剤 タスルグラチニブ”。

    タスルグラチニブ(tasurgratinib)
    I = 870, O = 640, I/O = 1.359
    [タスルグラチニブ - KEGG DRUG]
    タスルグラチニブ(tasurgratinib)
    ※参考(タスルグラチニブ結合タンパク質例):8ykiのChain A(タスルグラチニブ〈tasurgratinib〉が結合した線維芽細胞増殖因子受容体1〈FGFR1〉;cif→pdb変換) 同PDBsumデータ8yki_lp$ → 別トピック
    9u7sのChain A(compound 8rが結合したFGFR2;cif→pdb変換) 同PDBsumデータ9u7s_lp$
    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド)
    ヒトの必須・非必須区別
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 紺

      
    [左]タスルグラチニブ(tasurgratinib)
    [右]本ページ掲載分子の有機概念図(euphorbialoid A,carvedilol,MT-7117,tecovirimat,tasurgratinib)


    参考データ:タスルグラチニブ(tasurgratinib)が結合したFGFR1 8ykiのChain AとそのPDBsumデータ
    → 別トピック


    compound 8r結合したFGFR2 9u7sのChain AとそのPDBsumデータ


  9. 抗生物質の構造多様性構築に重要な生合成酵素反応の分子基盤を解明 酵素反応選択性の構造基盤の解明と人工制御(東京大学,2024/12/10) ※2017/08/14公開8kdl・8kdk(下掲)

    PLP(ピリドキサール5'-リン酸)類縁体が結合したPLP依存性酵素CcbF構造例8kdkのChain A
    8kdkのChain A(PLP〈ピリドキサール5'-リン酸〉類縁体が結合したCcbF構造例) PLP選択 同PDBsumデータ8kdkA_LLP(PLP)$
    リンコマイシン(lincomycin,リンコマイシン系)
    PLP(ピリドキサール5'-リン酸,pyridoxal 5'-phosphate) → 別トピック

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    糖鎖別着色(#印のみ):Gal,α-Glc,β-Glc,Man,Fuc,Xyl,Sia,GalNAc,GlcNAc,GlcA
    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド)
    ヒトの必須・非必須区別
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 紺

      
    [左]リンコマイシン(lincomycin) [右]PLP(ピリドキサール5'-リン酸,pyridoxal 5'-phosphate)


    PLP(ピリドキサール5'-リン酸)類縁体が結合したPLP依存性酵素CcbF構造例8kdkのChain AとPDBsumデータ

      
    参考データ:左から PLP(ピリドキサール5'-リン酸)が結合したオルニチン脱炭酸酵素G84R変異体7u6uのChain AとPDBsumデータ,
    PLPが結合したシスタチオニン-β-シンターゼ 8s5lのChain BとPDBsumデータ
    → 別トピック


  10. 今月の分子 301: 組立ラインポリケチド合成酵素(Assembly Line Polyketide Synthases)(PDBj,2025/01) | Molecule of the Month(PDB) ※今回からイラスト担当が第1回から300回までのDavid S. GoodsellさんからJanet Iwasaさんに交代(RCSB PDB News),PDBj「今月の分子 300」はJmolトピックNo.1246に追記

    ポリケチド合成酵素7s6cのChain A・B・D
    [Polyketide synthase - Wikipedia]
    7s6cのChain A・B・D(ポリケチド合成酵素) 同PDBsumデータ7s6c_PNS(4'-ホスホパンテテイン〈4'-phosphopantetheine〉)$
    エリスロマイシン(erythromycin)
    テトラサイクリン(tetracycline)
    ラパマイシン(rapamycin) → 別トピック
    ドキソルビシン(doxorubicin) → 話題の制がん剤・抗がん剤
    アベルメクチンの例:アベルメクチンB1a(エバーメクチンB1a,avermectin B1a) → 別トピック
    ※参考(上掲記事に載っていないポリケチド合成酵素例):6kxf(II型ポリケチド合成酵素〈II型ポリケタイド合成酵素〉) 同PDBsumデータ6kxf_DYF$ → 別トピック

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    糖鎖別着色(#印のみ):Gal,α-Glc,β-Glc,Man,Fuc,Xyl,Sia,GalNAc,GlcNAc,GlcA
    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド)
    ヒトの必須・非必須区別
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 紺


    4'-ホスホパンテテインが結合したポリケチド合成酵素7s6cのChain A・B・DとPDBsumデータ


    ※参考データ:II型ポリケチド(ポリケタイド)合成酵素6kxfとPDBsumデータ
     → 別トピック


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