◆ Jmolで見るトピックス分子（27-5） ◆

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ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や，RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため，10件ずつ表示するように変更しました（上記書庫も順次修正します）。
※旧版で表示していた一部の参考データ（PDBsumなど）は今後追加します。
※本ページの分子モデルはMicrosoft EdgeでInternet Explorerモードにして参照できます。
※分子モデルが表示されない場合は分子表示窓右の別データ表示ボタンを押してみてください。
※PDBsumデータでファイル名*_lpであるものはLigPlot+ v.2.2で取得したものです。

  1. Expediting hit-to-lead progression in drug discovery through reaction prediction and multi-dimensional optimization（Nature Communications，2025/11/26）　※2025/12/10公開9i3y・9i56・9i5j（下掲）・9i9c

    compound 27が結合したモノアシルグリセロールリパーゼ9i5j
    ［Monoacylglycerol lipase - Wikipedia］
    		9i5j（compound 27が結合したモノアシルグリセロールリパーゼ，cif→pdb変換）　同PDBsumデータ9i5j_lp$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
    ヒトの必須・非必須区別
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    compound 27が結合したモノアシルグリセロールリパーゼ9i5jとPDBsumデータ


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！

  2. 抗ウイルス活性を有する複雑天然物の世界初の完全化学合成　トリゴチェリンAおよびCの全合成（東京大学，2025/11/27）

    トリゴチェリンA（trigocherrins A）
    I = 576, O = 840, I/O = 0.686
    空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    CPK色　Jmol色　Rasmol色
    　
    背景・黒　灰　白　紺


    トリゴチェリンA（trigocherrins A）

  3. The specificity and structure of DNA cross-linking by the gut bacterial genotoxin colibactin（Science，2025/12/04）　※2025/05/25公開9oso（下掲）

    コリバクチン（colibactin）が結合したDNA 9oso
    ［Colibactin - Wikipedia］
    		コリバクチン（colibactin）
    9oso（コリバクチンが結合したDNA，cif→pdb変換）　同PDBsumデータ9oso_lp$
    バックボーン　二次構造　DNA/RNA（ATGCU，backbone）
    全選択　タンパク質選択　DNA/RNA選択　同backbone選択　DNA/RNA（ATGCU，backbone）　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
    ヒトの必須・非必須区別
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左］コリバクチン（colibactin）
    ［中・右］コリバクチンが結合したDNA 9osoとPDBsumデータ

  4. 硫黄含有天然物に硫黄原子が取り込まれる仕組み　鉄硫黄クラスターを使って有機硫黄化合物を合成する酵素の発見（東京大学，2025/07/15）

    アルボマイシン（albomycin）
    I =2837 , O = 760, I/O = 3.733
    		アルボマイシン（albomycin）　I/O = 3.733
    ※Nature Catalysis誌論文に掲載のPDBデータ：2fb3のChain B（鉄硫黄クラスターが結合したモリブデン補因子生合成タンパク質A〈MoaA〉）　同PDBsumデータ2fb3_SF4$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
    ヒトの必須・非必須区別
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    アルボマイシン（albomycin）


    鉄硫黄クラスターが結合したモリブデン補因子生合成タンパク質A（MoaA）2fb3のChain BとPDBsumデータ

  5. 働く酵素の姿をミリ秒で捉える　-SACLAが拓く新しい時分割タンパク質構造決定法の可能性-（大阪医科薬科大学，2025/12/19）　※2025/12/31公開9lz3・9lz4・9lz5・9lz6・9lz7・9lz8・9lz9・9lza・9lzb・9lzc（下掲）・9lzd・9lze・9lzf

    補酵素トパキノン（TPQ）が結合した銅含有アミン酸化酵素9lzcのChain A
    		9lzcのChain A（補酵素トパキノン〈TPQ〉が結合した銅含有アミン酸化酵素）　TPQ選択　同PDBsumデータ9lzc_TPQ$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
    ヒトの必須・非必須区別
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    補酵素トパキノン（TPQ）が結合した銅含有アミン酸化酵素9lzcのChain AとPDBsumデータ

  6. 今月の分子 313: 天然RNAだけでできた集合体（Natural RNA-Only Assemblies）（PDBj，2026/01） ｜ Molecule of the Month（PDB）　※PDBデータ9mcw・9lcr（下掲）・9mcw・9mds・9m78・9lee・9l0r・9mee紹介

    ボツリヌス菌由来のOLE RNAの構造9lcr
    ［OLE RNA - Wikipedia］
    		バックボーン　二次構造　DNA/RNA（ATGCU，backbone）
    全選択　DNA/RNA選択　同backbone選択　DNA/RNA（ATGCU，backbone）　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    ボツリヌス菌由来のOLE RNAの構造9lcr

  7. 持田製薬　妊娠時の悪心・嘔吐治療薬Bonjesta　カナダの製薬企業から日本の開発・販売権取得（ミクスOnline，2025/12/16）　※“同剤は、国内未承認のヒスタミンH1受容体拮抗薬・ドキシラミンコハク酸塩と、既承認成分のビタミンB6製剤・ピリドキシン塩酸塩を有効成分とする経口配合剤”。

    ドキシラミン（doxylamine；異性体あり）
    I = 190, O = 340, I/O = 0.559
    ドキシラミン（doxylamine；異性体あり）　I/O = 0.559
    ビタミンB6（ピリドキシン，pyridoxine）　I/O = 2.406
    空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    CPK色　Jmol色　Rasmol色
    　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左］ドキシラミン（doxylamine；異性体あり）
    ［右］ビタミンB6（ピリドキシン，pyridoxine）
    ※両者誘導体の配合剤が「つわり治療薬」ボンジェスタ（Bonjesta）

  8. The Discovery of GS-1291269: A Neutral Ketohexokinase (KHK) Inhibitor with an Unusual Thietane Amine Functional Group（Journal of Medicinal Chemistry，2025/12/23）　※2026/01/07公開9z28・9z29・9z2a・9z2b・9z2c（下掲）

    阻害剤GS-1291269が結合したケトヘキソキナーゼ（KHK）9z2cのChain A
    ［Hepatic fructokinase - Wikipedia］
    		9z2cのChain A（阻害剤GS-1291269が結合したケトヘキソキナーゼ〈KHK〉，cif→pdb変換）　同PDBsumデータ9z2c_lp$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
    ヒトの必須・非必須区別
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    阻害剤GS-1291269が結合したケトヘキソキナーゼ（KHK）9z2cのChain AとPDBsumデータ

  9. 深海由来の天然物でがん細胞を制御　ヤクアミドBの2つ目の標的タンパク質CD9の発見（東京大学，2026/01/14）

    ヤクアミドB（yaku'amide B）
    I = 3243, O = 1680, I/O = 1.930
    空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    CPK色　Jmol色　Rasmol色
    　
    背景・黒　灰　白　紺


    ヤクアミドB（yaku'amide B）

  10. Structural basis for the subtype-selectivity of KCa2.2 channel activators（Nature Communications，2026/01/08）　※2025/10/15公開9o7s・9oa8・9o85・9o93・9y5q（下掲）・9ydz

    リムツザルカプ（rimtuzalcap）が結合したKCNN4 9y5q
    ［KCNN4 - Wikipedia］
    		9y5q（リムツザルカプ〈rimtuzalcap〉）が結合したKCNN4，cif→pdb変換）　同PDBsumデータ9y5q_lp$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
    ヒトの必須・非必須区別
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    リムツザルカプ（rimtuzalcap）が結合したKCNN4 9y5qとPDBsumデータ

「生活環境化学の部屋」ホームページ ｜ Jmol版「分子の学習帳」