《 リンク資料の一部は分子表示プラグインChimeが必要です → ダウンロード方法 》
参考:PPARδタンパク質関連PDBデータ例(3gwxのChain A;LigandはEPA)
参考:文中のカスパーゼ-9(caspase-9;アポトーシスに関与)関連PDBデータ例(1nw9;他に3ygsなど)
参考:シャペロニンの例(PDBデータ1gru) → 今週の分子 No.45
※分子シャペロン − タンパク質のケアテイカー(YOSHIDA & HISABORI Lab)
参考:2-リゾレシチン(2-lysolecithin)の構造式と分子モデルの例(R=C11H23の場合;Chime分子)
参考:ジストロフィン関連PDBデータ例(1dxxより)
参考:ルビスコ関連PDBデータ例(ほうれん草の1rcxより);PDB Molecule of the Month: Rubisco参照
〔左〕Peter Agre教授によるPDBデータ例(1fqyより),〔右〕Roderick MacKinnon教授によるPDBデータ例(1bl8より;3つの黄色い球はKイオン)
※何れの図も,PDB部分データリストで酸性・中性・塩基性アミノ酸区別表示(アミノ酸および特性基の親水性・疎水性参照);紫線は水素結合
※各PDBデータのSequence DetailsのFASTA formatで表示されるアミノ酸配列を以下の各サイトに貼り付けて構造予測すると興味深い(膜貫通型の確認など)
nnpredict | SOSUI | Pfam :: Protein Search → PDBとSOSUIを利用した演習参照
※今週の分子/イオンチャネルタンパク質の例(PDBデータ1BL8より)
※細胞膜のWeb教材例:ビジュアル生理学/細胞の構造(イオンチャネルなど)
※Potassium Channels (PDB Molecule of the Month)
1J0S(interleukin-18)のModel 1と他のインターロイキンの例(PDBの1n1f;interleukin-19)
青い線は水素結合で黄色はProtein中のS原子
〔左〕17-AAG(17-allylamino-17-demethoxygeldanamycin;話題の制がん剤参照),〔右〕geldanamycin結合Hsp90タンパク質の例(1yet)
〔左〕グリベック(イマチニブ,imatinib),〔右〕imatinibを含むPDBデータ例(1iepのChain A;本トピックと直接には関係しません)
▼本サイト内関連コンテンツ例
1udtとバイアグラ(生活改善薬参照)
▼以下続報など
レスベラトロール(resveratrol) → Chime分子,他のポリフェノール例の(+)-catechin
参考PDBデータ例(本トピックと直接には関係しません) → PDB部分データリスト
〔左〕Sir2関連酵素例(1iciのChain A;他に1ma3など),〔右〕Sirt2関連酵素例(1j8fのChain 1)
ラクトフェリン(lactoferrin)関連PDBデータ例の1biy
スフィンゴシン-1-リン酸(Chime分子;スフィンゴシンについては「動く分子事典」p.72に記事)
〔左〕6-ベンジルアミノプリン(ライオンのイノベート成分),〔中〕ミノキシジル(大正製薬のリアップ成分),〔右〕t-フラバノン(花王のフラバサイト成分)