◆ CASTpデータで見るSARS関連タンパク質例 ◆
SARSと抗ウイルス薬

※分子モデル表示にはプラグインのChimeが必要です(詳細ダウンロード方法



CASTpデータで見るSARSコロナウイルス関連タンパク質
CASTpは,PDB ID または Keyword Search(例えば SARS など),あるいはデータアップでポケット部位が探索可能なサイトです.
●SARSウイルスのプロテアーゼ1p9s Chain BのCASTpデータから ※参考:Cleftsデータ(全鎖)
   Pocket 69構成アミノ酸選択 | Pocket 68構成アミノ酸選択

1p9s Chain B全体とPocket 69(薄緑)・ Pocket 68(薄紫) …初期表示
Chain Bの全ポケットデータ(Chain A間との70・71除く;Pocket 69薄緑・68薄紫,他は黄色)
Pocket 69(Area=401.95,Volume=726.65) + DOX 2 | Pocket 69構成アミノ酸残基 + DOX 2
Pocket 68(Area=324.66,Volume=507.47) + MSE 241 | Pocket 68構成アミノ酸残基 + MSE 241
●同1q2w Chain BのCASTpデータから ※参考:Cleftsデータ(全鎖)
   Pocket 60構成アミノ酸選択 | Pocket 59構成アミノ酸選択

1q2w Chain B全体とPocket 60(薄緑)・ Pocket 59(薄紫)
Chain Bの全ポケットデータ(Chain A間との61除く;Pocket 60薄緑・59薄紫,他は黄色)
Pocket 60(Area=407.74,Volume=1013.34) | Pocket 60構成アミノ酸残基
Pocket 59(Area=243.17,Volume=324.83) | Pocket 59構成アミノ酸残基

◆CASTpデータを含まないSARS関連データ
2alv 2cgg 2ga6のChain A-L ‖ 2gz7 2z3c
阻害剤モデル分子等を含むデータ例
2zu4(TG-0204998含む) ※参考:CleftsデータPDBsumによるSITE部分(本サイト)

《 今後データを追加します 》
タンパク質バックボーン 同・二次構造
リガンド表示 OFF
水分子表示(*印データのみ)  OFF

全選択 リガンド選択 タンパク質選択

空間充填 球棒 球・大き目 スティック OFF
CPK色 アミノ色 | 薄緑 薄紫 濃赤 濃青
ラベル表示 OFF
ドット表面表示 OFF
静電ポテンシャル OFF
親油ポテンシャル OFF
水素結合(細) 同(太) OFF
S-S結合(太) OFF
S原子(Protein中)空間充填
光沢表示 OFF 光量30% OFF
背景・黒 背景・灰 背景・白
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酸性・中性・塩基性アミノ酸区別
極性・非極性区別
疎水性インデックス順
有機概念図I/O値順(特性基 R)| 同(アミノ酸)
等電点順


※amino表示の凡例
ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR
ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO

= 以下の表示はアミノ酸の親水性・疎水性参照 =
酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR
ASN GLN PRO MET
 PHE TYR TRP LYS ARG HIS

極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG
HIS
 GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP

※疎水性インデックス順
ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP
SER THR GLY
 ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE

※有機概念図I/O値順(特性基 R
ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS
TYR TRP
 CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE

※同上(アミノ酸)
GLY SER ASN ASP GLN THR GLU ALA ARG HIS
VAL LYS
 CYS PRO LEU TYR ILE MET TRP PHE

※等電点順
ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP
VAL GLY LEU
 ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG



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