◆ PDBデータのLigand結合部位（旧版） ◆
＝ フレーム版 ＝
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※本コンテンツはデータが増えて使いにくくなったため，フレーム版に更新し，本旧版でのデータ追加は停止していますので，今後はフレーム版をご利用ください。

　以下の右欄のLigand＋SITE表示で，PDBデータ内の“SITE”行に記載されているLigand結合部位（活性部位）だけを拡大して参照できます。全体表示（ただしPDB部分データリストに掲載しているもの；オリジナルデータへは同リストからリンク）ボタンと交互に押せばタンパク質中の位置などを確認可能です。全体表示後に，SITE選択ボタンを押せば，左欄のProtein選択・DNA/RNA選択・Ligand選択・全選択と同様に選択部分だけ表示変更などができます。
　なお，#0を付したデータは本ページ独自の表示を可能にするために，原子団No.を一部変更しています。


作成図例１　1ere-Chain AのSITE表示：拡大（左2つは全体表示，右2つはLigand結合部位；SITE部位は1qkuのSITE情報と同配列を抽出）
※Ligandは女性ホルモン17β-estradiol → 環境ホルモンの3D-QSAR紹介，分子と分子の相互作用，ステロイドホルモンの生合成と代謝

データ表示《初期表示は1ea1／L(HEM)+S》

Backbone 2oStructure Termini
DNA/RNA（ATGCU）
Ligands表示 OFF
Water表示（*印データのみ）　 OFF

Protein選択 DNA/RNA選択 Ligand選択 全選択
 空間充填 球棒モデル スティック OFF
CPK amino ｜ ラベル表示 OFF
酸性・中性・塩基性アミノ酸区別
hydropathy index順（Protein）
log P値順（Protein）
有機概念図I/O値順（Protein）
Dot Surface表示 OFF
水素結合表示（細） 同（太） OFF
S-S結合表示（太） OFF
S原子（Protein中）空間充填
静電ポテンシャル 親油ポテンシャル OFF
Specular OFF ｜ 光量30% OFF
軸表示 OFF ｜ Bounding Box表示 OFF
背景・黒 背景・灰 背景・白
回転 OFF ｜ 画像をクリップボードへコピー

※amino表示の凡例
ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR
ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO

＝ 以下の表示はアミノ酸の親水性・疎水性参照 ＝
※酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR
ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS
※hydropathy index順
ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP
SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE
※log P値順
ARG　ASP　ASN　GLU　GLN　HIS　GLY　SER　LYS　THR
ALA　PRO　CYS　VAL　TYR　MET　ILE　LEU　PHE　TRP
※有機概念図I/O値順表示の凡例
GLY　SER　ASN　ASP　GLN　THR　GLU　ALA　ARG　HIS
VAL　LYS　CYS　PRO　LEU　TYR　ILE　MET　TRP　PHE
（有機概念図参考資料：分子と分子の相互作用，Excelシート）
Ligand＋SITE表示　全体表示　SITE選択
117e／L+S　 117eのChain A　
11ba／L+S　 11baのChain B　
1adb／L(DMA)+S #0,1 1adbのChain A #0
1adb／L(NAA)+S #0
4at1／L+S　 4at1のChain B　
1ben／L+S #0,1 1benのChain B・C・D * #0
1bo4／L+S　 1bo4のChain A　
1bsx／L+S ## 1bsxのChain A・X　
1c8m／L+S　 1c8mのModel 1　
1cgv／L(MB1)+S #1（略 → オリジナルPDB）
（Protein選択）
1cgv／L(MB2)+S　
1cgv／L(MB3)+S #1
1cqe／L(FLP)+S（略 → オリジナルPDB）
1dzm／L+S<A>｜ <B> #6 1dzmのChain B * #0（PDB）A｜B
1e00／L+S<A>｜ <B> #0,6（略 → オリジナルPDB）
1e02／L+S<A>｜ <B> #0,6（略 → オリジナルPDB）
1e0p／L+S　 1e0pのChain A　
1e71／L(ASC)+S（略 → オリジナルPDB）
1e71／L(ASC+2SO4)+S　
1ea1／L(HEM)+S　 1ea1　
1ea1／L(TPF)+S　
1ere／L+S #2　 1ereのChain A *
2fke／L+S　 2fke
　 同配列α-helix
　 SITE選択
1gm6／L+S * #0,1 1gm6 * #0
1gm7／L+S *（略 → オリジナルPDB）
1hbp／L+S　 1hbp *
1het／L(NAA)+S * #0（略 → オリジナルPDB）
1iwi／L+S #3（略 → オリジナルPDB）
1j4r／L+S #0,4 1j4rのChain A #0
1j51／L+S #3 1j51のChain A
1lld／L+S　 1lldのChain A
1lth／L+S #0 1lthのChain T #0
2ohx／L(DMA)+S #5（略 → オリジナルPDB）｜NAA
2ohx／L(NAA)+S　
1pth／L+S * #5（略 → オリジナルPDB）
1qku／L+S　 1qkuのChain A　
1qmq／L+S * #0 1qmq *
1teh／L+S　 1tehのChain A　
1tha／L+S　 1thaのChain A * #0
 

#0 本ページ独自の表示を可能にするために，原子団No.を一部変更。また，一部アミノ酸やLigandに2種以上の座標を含むものはについては最初のものだけを残した。
#1 PDBデータ中のSITE情報のうち，Ligandから離れているものは削除してデータ作成。
#2 1ereにはSITE情報が記載されていないので，同じestradiol受容体である1qkuのSITE情報と同一配列番号のアミノ酸を抜き出して作成した。
#3 1iwi（詳細），1j51（詳細）は，1qmq（詳細；一部アミノ酸とLigandに複数の座標があるものは最初のものだけ選択）のHEMのSITE情報と同一配列番号のアミノ酸を抜き出した。ただし1qmqのSITEに含まれる4つの水分子は他では割愛。他に同じSITEを持つものは，SCOP情報参照。
#4 1j4r（LigandはC35H42N2O6F2，詳細）はSITE情報が記載されていないが，同じアミノ酸配列を持つ2fke（LigandはFK506，詳細）のSITE情報と同一配列番号のアミノ酸を抜き出して作成した（作成図例２参照）。
#5 SITE情報に記載されているもの以外の近傍にあるLigandも表示。またLigandの一部がSITE部分になっているものもある。何れも詳細は各オリジナルPDBデータのSITE情報を参照。
#6 Ligandが同一で，ChainによってSITE構成アミノ酸が異なるデータ。
## その他の特殊データ。


作成図例２（拡大）　タンパク質では，離れているアミノ酸が協調作業をして機能を示す！（2fke・1j4rを例に）
左：2fke・1j4rと同じ下記アミノ酸配列ですべてα-helix構造にしたもの（MOLDA for Protein Modelingで組立て）とSITE部位の強調表示
GVQVETISPGDGRTFPKRGQTCVVHYTGMLEDGKKFDSSRDRNKPFKFMLGKQEVIRGWEEGVAQMSVGQRAKLTISPDYAYGATGHPGIIPPHATLVFDVELLKLE
中２つ：実際の2fkeとその活性部位（アミノ酸はすべてamino色表示）
右：2fkeの活性部位と同じ配列番号のアミノ酸をSITEとした1j4r
《参考》タンパク質の構築原理（理研ゲノム科学総合研究センター／タンパク質構造・機能研究グループ）

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