◆ Jmolで見るトピックス分子(27-1) ◆

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ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※本ページの分子モデルはMicrosoft EdgeでInternet Explorerモードにして参照できます。
※分子モデルが表示されない場合は分子表示窓右の別データ表示ボタンを押してみてください。
※PDBsumデータでファイル名*_lpであるものはLigPlot+ v.2.2で取得したものです。
★旧Jmolトピックへの追記 → No.571(環境ホルモン) | No.979(カプサイシン受容体) | No.1046(ディールス・アルドラーゼ)


  1. V-Amylose at atomic resolution: X-ray structure of a cycloamylose with 26 glucose residues (cyclomaltohexaicosaose)(PNAS,1999/04/13) ※下掲1c58

    シクロアミロースの構造例(26量体)1c58のChain A
    1c58のChain A(26量体シクロアミロース) | 参考構造(模式図):26量体シクロアミロースにI2を2分子添加(厳密な分子計算はしていない)
    ※ヨウ素分子結合タンパク質例:6uioのChain B(シスタチン関連タンパク質CRES) 同PDBsumデータ6uio_I2I[203(B)]$
    ※アミロース部分構造例: アミロース ‖ グルコース環×4〔マルトース単位×2〕 | グルコース環×8〔マルトース単位×4〕
    ヨウ素分子(I2)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド)
    ヒトの必須・非必須区別
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 紺


    ヨウ素デンプン反応模式図:
    26量体シクロアミロース構造1c58にI2を2分子添加(厳密な分子計算はしていない)

      
    ヨウ素デンプン反応におけるコイル構造のアミロース(α-グルコース重合体の部分構造;β-グルコース重合体セルロースの部分構造と並べて)
    ※右写真はその川上モデル


    ヨウ素分子結合タンパク質例:6uioのChain B(シスタチン関連タンパク質CRES)とPDBsumデータ


      ●アミノ色表示の凡例
      ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
      ●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
      ●極性〈酸性・塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
      SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
      ●有機概念図I/O値順(特性基 R)
      ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
      ●等電点順
      ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG
      ●ヒトの必須・非必須区別
      ILE LEU VAL PHE MET TRP LYS HIS THR ARG ALA PRO CYS TYR GLY GLU GLN ASP SER ASN


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 | Log Pをポケットに!


  2. AIを用いた研究でアルツハイマー病の原因解明へ一歩前進、新たな治療候補の特定を実現(GIGAZINE,2025/05/03) [NEW!] ※“PHGDHの酵素活性を阻害する効果があると見られている「NCT-503」がPHGDHのDNA結合サブ構造にどのようにしてアクセスするのかを確認”。

    NCT-503
    I = 345, O = 465, I/O = 0.742
    NCT-503
    ※PHGDH構造PDBデータ例:6rj6のChain A(阻害剤BI-4924が結合したPHGDH) 同PDBsumデータ6rj6_K5K$ [Phosphoglycerate dehydrogenase - Wikipedia]

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド)
    ヒトの必須・非必須区別
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 紺


    NCT-503


    阻害剤BI-4924が結合したホスホグリセリン酸デヒドロゲナーゼ(PHGDH)6rj6のChain AとPDBsumデータ
    ※Journal of Medicinal Chemistry誌論文(2019/07/31)参照


  3. 下村智恵理,「天網恢々アルケミー 前崎中央高校科学部の事件ファイル」,東京創元社(2025) [NEW!]


    表紙画像(関連書籍と並べて)

    texanol(テキサノール)
    I = 160, O = 220, I/O = 0.727
    p.7 カット:1-methyl-2-pyrrolidone(1-メチル-2-ピロリドン) texanol(テキサノール)
    p.85 カット:ヨウ素デンプン反応図の模式構造として26量体シクロアミロース1c58のChain AにI2を2分子添加(厳密な分子計算はしていない) → 別トピック
    p.173 カット:methamphetamine(メタンフェタミン) d-amphetamine(d-アンフェタミン) methylphenidate(メチルフェニデート) caffeine(カフェイン) cocaine(コカイン)

    (今後も追記します)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド)
    ヒトの必須・非必須区別
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 紺

      
    p.7:
    [左]1-methyl-2-pyrrolidone(1-メチル-2-ピロリドン)
    [右]texanol(テキサノール)


    p.85:ヨウ素デンプン反応模式図(26量体シクロアミロース構造1c58にI2を2分子添加;厳密な分子計算はしていない)
    → 別トピック

      
    p.173:[左]morphine(モルヒネ)ほかドラッグ例の分子モデル
    [右]ドラッグ例分子群の有機概念図


    p.173:cocaine(コカイン)の受容体との結合模式図
    ※山川ほか「メディシナルケミストリー 第4版」(講談社)pp.125-126
    → コカインを含む生体分子のSITE例


  4. Chimeric deubiquitinase engineering reveals structural basis for specific inhibition of the mitophagy regulator USP30(Nature Structural & Molecular Biology,2025/05/05) [NEW!] ※2025/03/19公開9f19(下掲)・9f6g

    阻害剤NK036が結合したユビキチン特異的プロテアーゼUSP30キメラ9f19のChain A(cif→pdb変換)
    [Deubiquitinating enzyme - Wikipedia]
    9f19のChain A(阻害剤NK036が結合したユビキチン特異的プロテアーゼUSP30キメラ) 同PDBsumデータ9f19_lp$
    ※参考(ユビキチン化酵素例):1nbfのChain A,D(ユビキチンアルデヒドが結合したユビキチン特異的プロテアーゼ〈UBP〉)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド)
    ヒトの必須・非必須区別
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 紺


    阻害剤NK036が結合したユビキチン特異的プロテアーゼUSP30キメラ9f19のChain AとPDBsumデータ


    参考:ユビキチンアルデヒドが結合したユビキチン特異的プロテアーゼ(UBP)1nbfのChain A,D
    → 分子モデルで見るノーベル賞(本サイト;2004年ノーベル化学賞/ユビキチン)


  5. 書籍紹介: サラ・イマリ・ウォーカー著・水谷 淳 訳,「誰も知らない生命 アセンブリ理論が明かす生命とその起源」,東洋経済(2025) [NEW!]

    初期表示は1gt0のChain A・B(DNAの構造例)
    p.3ほか多数 RNA:例として転移RNA(tRNA):1g59のChain B(tRNA構造例;tRNAGlu) 同Chain A・B(tRNAGluとGluRSの複合体)
    p.6 尿素:尿素(urea)
    p.11ほか多数 DNA:(以下はDNA部分構造例) → DNAとRNAのいろいろな姿
    1gt0のChain A・B(Oct4・Sox2・DNA 複合体;DNAのみ) | 1gt0全体* C鎖(Oct1)選択 D鎖(Sox2)選択 → Oct1/Sox2/DNA 複合体
    DNA部分構造例(mol形式データは塩基色表示ができません;p.57 A,G,C,T) H原子消去
    A-Tx2_G-Cx2  A-T_G-C(mol形式;以下の2データの同時表示)
    A-T 同mol形式
    G-C 同mol形式
    p.76 生化学物質の大部分はこの6種類の元素だけからできている(C・N・H・O・P・S):代表的な生体分子 部分選択 → DNA |タンパク質 |リン脂質 |グルコース → 生体分子の構成元素
    p.204 メタン:メタン(methane) → 分子の形と性質
    p.204 ホスフィン:ホスフィン(phosphine) → ※参考記事例:金星の大気からホスフィン検出、生命の痕跡である可能性も(Forbes,2023/07/13)

    バックボーン 二次構造
    DNA/RNA(ATGCU,backbone)
    全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド)
    ヒトの必須・非必須区別
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 紺

      
    [左]p.3ほか多数 転移RNA(tRNA)例1g59(tRNAGlu)のChain B
    [右]p.11ほか多数 DNA例1gt0の3Dプリンタ模型


    p.76 生化学物質の大部分はこの6種類の元素だけからできている(C・N・H・O・P・S):
    → 生体分子の構成元素


  6. 国際共同研究により大腸がんの全ゲノム解析を実施し日本人症例を解析 日本人大腸がん患者さんの5割に特徴的な腸内細菌による発がん要因を発見(国立がん研究センター,2025/05/21) [NEW!] ※“解析の結果、日本人症例の5割に、一部の腸内細菌から分泌されるコリバクチン毒素による変異パターンが存在することが明らかに”。

    コリバクチン(colibactin)
    I = 1279, O = 820, I/O = 1.560
    [Colibactin - Wikipedia]
    コリバクチン(colibactin)
    ※参考(ピロリ菌による発がんについて):4dvy(ピロリ菌がんタンパク質CagA) | 1ji4(ピロリ菌の好中球活性化タンパク質)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド)
    ヒトの必須・非必須区別
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 紺


    コリバクチン(colibactin)

      
    ※参考:ピロリ菌による発がん関連(2005年 ノーベル生理学医学賞関連)
    [左]ピロリ菌がんタンパク質CagA 4dvy [右]ピロリ菌の好中球活性化タンパク質1ji4


  7. アズキの栽培化が日本で始まったことをゲノム解析で明らかに(農研機構,2025/05/25) [NEW!]

    “anthocyanidin reductase”構造例:デルフィニジン(delphinidin)が結合したアントシアニジン3-O-グルコシルトランスフェラーゼ
    [Anthocyanidin reductase - Wikipedia]
    “anthocyanidin reductase”構造例:4rem(デルフィニジン〈delphinidin〉)が結合したアントシアニジン3-O-グルコシルトランスフェラーゼ)  DLM(デルフィニジン)選択 同PDBsumデータ4rem_DLM$
    アントシアニジン類分子例:シアニジン(cyanidin;平板構造) 同(ねじれ構造例) | デルフィニジン(delphinidin;平板構造) 同(ねじれ構造例) | ペラルゴニジン(pelargonidin;平板構造) 同(ねじれ構造例) [Anthocyanidin - Wikipedia]
    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド)
    ヒトの必須・非必須区別
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 紺


    デルフィニジン(delphinidin)が結合したアントシアニジン3-O-グルコシルトランスフェラーゼ4remとPDBsumデータ(-O+= は -OH で計算)


    デルフィニジン(平板構造のdelphinidin;旧Chime版で画像作成)


    フラボノイドの生合成経路(抜粋) → フラボノイドの生合成経路
    ※大村恒雄・石村巽・藤井義明 編,「P450の分子生物学 第2版」,講談社サイエンティフィク(2009)


  8. タイヤがサケ大量死の毒をばらまいている、ヒトの体内にも存在 タイヤの粉じんに由来する「6PPDキノン」でギンザケが急死、他の種への影響は?(ナショナル ジオグラフィック,2025/05/29) [NEW!]

    6PPD-Q
    I = 299, O = 350, I/O = 0.854
    [6PPD - Wikipedia]
    6PPD-Q
    ※タイヤゴムの成分例:
    ポリイソプレン(polyisoprene,cis-1,4結合;天然ゴムの主成分) | ポリブタジエン(polybutadiene) → 代表的な高分子
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    CPK色 Jmol色 Rasmol色
     
    背景・黒 灰 白 紺

      
    [右]6PPD-Q [左]ポリイソプレン(polyisoprene,cis-1,4結合;天然ゴムの主成分)


  9. 今月の分子 306: 東部馬脳炎ウイルス(Eastern Equine Encephalitis Virus)(PDBj,2025/06) | Molecule of the Month(PDB) [NEW!]

    東部馬脳炎ウイルス(Eastern Equine Encephalitis Virus,EEEV)6mx4の部分構造(Chain A-L)
    [Eastern equine encephalitis - Wikipedia]
    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    糖鎖別着色(#印のみ):Gal,α-Glc,β-Glc,Man,Fuc,Xyl,Sia,GalNAc,GlcNAc,GlcA
    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド)
    ヒトの必須・非必須区別
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 紺


    東部馬脳炎ウイルス(Eastern Equine Encephalitis Virus,EEEV)6mx4の部分構造(Chain A-L)


  10. MIT研究 ー 麻酔のメカニズムを解明:ケタミンとデクスメデトミジンが脳波位相シフトで意識消失を誘発(innovaTopia,2025/06/07) [NEW!]

    デクスメデトミジン(dexmedetomidine)
    I = 170, O = 260, I/O = 0.654
    [Dexmedetomidine - Wikipedia]
    デクスメデトミジン(dexmedetomidine) | 7ejaのChain R(α2Aアドレナリン受容体(α2AAR);デクスメデトミジン結合)) 同PDBsumデータ7eja_lp$ [Alpha-2A adrenergic receptor - Wikipedia,Dexmedetomidine - Wikipedia] → GPCR
    (S)-ケタミン((S)-ketamine) → 抗うつ剤と神経伝達物質 | (R)-ケタミン | 7eu7のChain D(GluN1-GluN2A NMDA受容体;(S)-ケタミンが結合) 同PDBsumデータ7eu7_JC9$  → 別トピック
    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド)
    ヒトの必須・非必須区別
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 紺

      
    [左]デクスメデトミジン(dexmedetomidine)
    [右]同分子結合アドレナリン受容体(α2AAR)7ejaとPDBsumデータ(6k41・6k42との比較)

      
    [左]S-ケタミン(S-ketamine)とR-ケタミン(R-ketamine)
    [右](S)-ケタミンが結合したGluN1-GluN2A NMDA受容体7eu7のChain DとPDBsumデータ(GluN1-GluN2Bの7eu8との比較)


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