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ボルテゾミブ(C19H25BN4O4,分子は話題の制がん剤・抗がん剤に;同分子を含むPDBデータ2f16は公開準備中)
陣痛促進剤の例:プロスタグランジンF2α〔左〕とオキシトシン(1npoのB鎖;amino色表示で空間充填はCysのS原子;MDL形式Chime分子)〔右〕
※参考:関連ブログ記事
※参考:「予防原則」を取り上げた本から ─“科学技術と社会”を考える,ブログ記事
▼アクアポリンの参考文献例(イオンチャネルタンパク質の例も参照)
※参考(記事とは直接無関係)
〔左〕ラクトペルオキシダーゼ(LPO,牛乳中)のファミリーであるミエロペルオキシダーゼ(MPO,白血球中)の例1mhlのChain A・C
〔中〕シアリルラクトースの例3'-sialyllactose(矢印)を含むPDBデータ例1qfoのChain A
〔右〕3'-シアリルラクトース(上)と6'-シアリルラクトース(下)→ HIVとエイズで分子参照可
参考:Rhodopseudomonas viridisの光合成反応中心の例 1vrn(他1r2cになど)
ジウロン(Chime分子)
※筆者ブログ記事やRXRと環境ホルモンも参照
メチルプレドニゾロン(methylprednisolone;Chime分子)
表紙は同書p.45図1-14『オリゴマータンパク質に見られる四次構造例』より
※参考:対称構造を持つオリゴマータンパク質の例(PDBデータ1G31ほか)
アセチルコリン受容体の例2bg9
マンノース結合タンパク質の例(同書p.164掲載の2msbのB鎖;表紙画像の類似データ)
※参考:糖鎖を含むタンパク質の例
カルシウムポンプの例(同書p.1272図2の関連データ1wpe;○がCa2+)
左:マグノリグナン(Chime分子),右:チロシナーゼ関連データ例(tyrosine phenol-lyaseの2tplのA鎖)
※参考(メラニンの生合成経路):C.K.Mathews ほか著,清水孝雄 ほか監訳,「カラー生化学」,p.588,西村書店(2003)
※関連参考記事:黒田・福田,『美白への新たなアプローチ−−メラニン輸送をストップさせる』,バイオニクス 2005年11月号
※参考:計算で用いられているロドプシンのPDBデータ例1f88のA鎖(PDBとSOSUI・TMHMMを利用した演習,モノはなぜ見える参照)
※参考(ノーベル賞とは無関係):ピロリ菌由来のタンパク質例(1ji4)
※掲載記事例:伊藤進,『アルカリ酵素はいかにアルカリ環境に適応してきたのか』(pp.30-35)よりアルカリセルラーゼの例(1g0c)
→ 洗剤に使われる酵素の例
ロイシルtRNA合成酵素LeuRSとtRNAの複合体構造例(1wz2のA・C鎖;同じ研究グループによる2bytも参照)
○がロイシル用tRNAに特徴的な長い可変アーム;コドンと遺伝暗号表でChimeデータ参照可能
※参考:News Review『誤らずにつなげること−生命が遺伝暗号を読みとる仕組みに迫る』,バイオニクス 2006年1月号
〔左〕17-AAG(geldanamycin誘導体;話題の制がん剤にChime分子),〔右〕参考データとしてgeldanamycin結合Hsp90タンパク質の例(1yet)
※関連情報:抗癌剤の作用を解明(Nature,2003/09/25) …Hsp90タンパク質の働きを抑制する17-AAGの作用から説明
※参考:17-AAGを取り上げたNHK番組例
コレラ毒素の例(1xtc;eProtS情報) → コレラ毒素の例
▼以下関連ニュース等
SU11248(Chime分子)
G-四重らせん構造の例(ポルフィリンを含む2a5rのModel 1;他にポルフィリンを含まない2a5p) ※画像クリックで拡大(今週の分子95参照)
メチルパラベン(p-ヒドロキシ安息香酸メチル) → 化粧品の成分/パラベン
※掲載記事例:須貝威・浅野正義,『生命分子の変化をつかさどるタンパク質触媒─酵素』,pp.436-439
衣料用洗剤に含まれるタンパク質汚れ分解酵素スブチリシンの例(1jea)の触媒活性中心であるAsp32,His64,Ser221 → 界面活性剤の種類
バイオックス(Vioxx,一般名はロフェコキシブ rofecoxib;Chime分子)
シュードウリジン(プソイドウリジン,pseudouridine,Chime分子)
→ シュードウリジン関連Jmolトピック
※掲載記事例:塚本弘毅,『バイオスケールエンジン』,バイオニクス,2005年8月号,pp.28-30
左:P450norに特徴的なヘムポケット構造(○印)の例(1f26;NOが結合),右:ヘムが見えないP450cam例(2cpp;ショウノウ結合)→ P450データ集
コエンザイムAを2分子が結合したPaaIタンパク質の4量体結晶構造例(1wlvのChain A-D)
〔左〕AK602(HIV / OI Therapeutics Database情報より;Chime分子),〔右〕CCR5データ例1opnのChain A(空間充填は第2細胞外ドメイン)
※満屋裕明,『ヒト免疫不全ウイルス(HIV)の薬剤耐性発現の分子機構』,VIRUS REPORT 2004 Vol.1
※熊本大学大学院医学薬学研究部・血液内科学分野,関連PDBデータ例(1opn;Theoretical Model)
※参考:新規エイズ治療薬(経口CCR5受容体拮抗剤)の新たな試験成績について(小野薬品,2005/03/01)
※参考(CCR5について):Bruce Alberts ほか著,中村ほか 監訳,「細胞の分子生物学 第4版」,p.1438,ニュートンプレス(2004)
ドネペジル(donepezil,塩酸ドネペジルが商品名アリセプト;Aricept)
参考:SUMO(Small Ubiquitin-Related Modifier)-1タンパク質の例1ar5;Ubiquitinについてはユビキチン参照
ポリ乳酸(ポリ-L-乳酸,PLLA)の繰り返し単位
エラグ酸(ellagic acid,Chime分子)
参考:「予防原則」を取り上げた本から
2biwの2つのSITE部分(一方はスティック,他は球棒・CPK色);Exploring the Structureを参考に作成
参考:膜タンパク質データ集
タウリン(アミノエタンスルホン酸,今週の分子)
参考:メタロチオネインの例(1DMC;植物ではなくアオガニCallinectes sapidus由来)で,●がCd,球棒モデルはCys
※同誌中の,吉原利一『有害元素を植物で取り除く』より;ファイトレメディエーション参照
参考:左から,キネシンの例(3KIN),レチノイン酸(Chime分子),ソニック・ヘッジホッグ関連データ例(1VHH)
KU-55933(Chime分子)
参考:カドヘリンの例(PDBデータ1edhより),eProtS情報
参考(ロドプシン例の1f88を取り上げたコンテンツ):PDBとSOSUIを利用した演習,今週の分子
参考:時計タンパク質KaiC六量体の例1tf7(JST資料図1・2参照);本ページ内で“時計”検索により関連情報参照可
上記参考データ1wpv(アンチターミネーションタンパク質)
銅クロロフィリンナトリウム(CAS:65963-40-8)
左・セルロースと右・アミロースの立体構造の比較;グリコ資料の図3参照(Chime分子)
MRIのシグナル源として用いられたアミロイド親和化合物のFSB(Chime分子)▼以下関連情報例
参考:Isomerase(異性化酵素)に結合している免疫抑制剤タクロリムス(1bkfより)
SIV由来の非結合型gp120の構造(2bf1)
参考:1本鎖モネリンの例(1iv7のChain A;2本鎖モネリンの例としては4mon)
※フォールディングの記事が載った最近の雑誌例:「細胞工学」2004年12月号,「現代化学」2005年2月号
スクラロース(甘味物質の秘密参照)
※著者のアナウンスページ(arsvi.com)
※作例:βバレル型膜タンパク質の疎水性インデックス値
ベンツピレン(benzo[a]pyrene)
※SOSUIで求めた膜貫通部分アミノ酸配列(疎水性インデックス順)の例(2at9)
上記Nature論文に示されたキャプシドタンパク質分子の六員環構造を持つN末端部分(1u7k) → レトロウイルスのキャプシド六角環構造
参考:同じ研究グループによる旧報で構造解明されたIP3受容体例 1n4k;上掲記事参考資料10参照 → IP3は,セカンドメッセンジャーにも掲載
サイトカイニンの例のゼアチン(球棒表示がサイトカイニンの基本骨格)→ Chime分子,ゼアチンを含むPDBデータ例1w1r