◆化学トピック集(1)・(2),「分子の形と性質」学習帳もご参照下さい.◆
◆「分子モデルの色」についてのアンケートにもご協力下さい!◆
例えば…
『分子と分子の相互作用』では,分子の形が大きな要素になります.以下の図でも,一カ所の置換基の位置の違いが大きな性質の変化になって現れます.このようなことは以下のような言葉で言い表されてきました.“もの”と“こと”
“形態”と“機能”
“構造”と“物性”
…………
カット1 α-グルコースとβ-グルコース,およびそれぞれが長くつながったアミロースとセルロースのモデル.
分子科学計算を行うと,α-グルコース×4(アミロースのモデル)では丸まって,コイル構造[ヨウデンプン反応はこの構造の中にヨウ素分子が取り込まれて起こると考えられています]を取りやすく,一方β-グルコース×4(セルロースのモデル)は直線状[樹木や綿繊強さを支える秘密になっている]になり,実際の分子の構造・性質とよく合致しています.
カット3 ふぐ毒の成分,テトロドトキシン分子(Chime版モデル)の作用
カット2・3は,私たちが心地よい花の香りを感じたり,猛毒のために命を失ったりするのも,分子と分子の相互作用によるものであることを示しています.いろいろな分野でその機構が解き明かされており,新しい分子の合成と利用にも役立っています.
以下の多くの図もコメントは今後追加していきますが,たくさんの図を見ることでいろいろなことを感じ取っていただければ幸いです.
※以下の文献を参考に作成;第2版=1996/10/12
1) 原著出版担当・W.V.メタノムスキー,高分子学会高分子命名法委員会・訳,「IUPAC 高分子命名法」,マグロウヒル (1993)
2) 日本化学会・編,「化学便覧・応用編(第3版)」,丸善 (1980)
※以下はクリックするとかなり大きな画像(平均で600ドット×400ドット程度)が表示されます.画像からこのページに戻るには,ブラウザの『戻る』ボタンをおして下さい.
※有機概念図 | 有機概念図簡易計算機 | 『Excel97用有機概念図計算シート』の使用方法 | 分子と分子の相互作用(QSARと有機概念図から) | log P に関する問題例
【注意】●各分子事典で表示している分子データは,HyperChem(Hypercube社)で組み立てて MM2+計算により最適化し,自作 BASICプログラムで Chemscape Chime 用,Java用にファイル変換したものです.ただし一部,CAMD-I plus(矢野米雄・本間善夫)で組み立てて,最適化していないものがあります.
なお,一部ChemscapeChime版分子は,本来の分子の光学異性体になっている可能性があります.これは,Chemscape Chime ver.0.9 での表示形式に合わせて分子データ変換したものがあり,ver.0.8 以前と ver.1.0 ではその変換により異性体表示になってしまうためです.引用等の際は,文献で構造を再確認してご利用下さい.●3次元分子モデルをマウスで自由に回転,表示変更させることができる Plug-inソフト [Chemscape Chime] は,MDL社製です.以下にアクセスしてダウンロードすることができます(参考ページ).
MDLに接続してChemscape Chimeをダウンロードする
●分子表示用 Javaは公開されている javaファイルを若干加工して,表現できる原子の種類を増やしてあります.用いている classファイル名はオリジナルと同じですが,プログラム内容が異なりますのでご注意下さい.凡例の“terminal”は高分子の末端原子に隣接する原子で,分子データファイル(*.xyz)の原子種を“XX”にしたものに対応しています.
●分子事典の静止画像版の多くは新潟大学工学部(現 東京工業大学)・伊東章先生のサーバにデータを置いて戴いています.これらの画像を描くのに用いた BASICプログラム SSCAI は,化学ソフトウェア学会の FTPサーバまたは本ホームページのライブラリで入手できます.
また,プロバイダの使用可能ファイル数等の問題があり,各分子事典の Chime版と Java版の一部は,本サイト開設当初は福島県葛尾中学校のサーバに置いて戴きました.
サーバの使用を快くお認め下さった上に,様々なアドバイスを下さった伊東章先生,葛尾中学校(現・福嶋県庁)・渡部昌邦先生に深く感謝致します.