本サイトにおける現時点のPDB新形式データ表示の問題点
【詳細】wwPDBのデータ修正プロジェクト（PDBj）
| 種別と変更点 | Chime（Chime2.6SP6） | Jmol（ver. 11） |
|---|---|---|
| DNA A・T・G・C ↓ DA・DT・DG・DC |
DNAとして認識せず，立体構造の略記やバックボーンを選択しての表示変更が不可 scriptで塩基別に着色することは可能 |
DNAと認識し，script改変で旧データ形式とほぼ同じように扱える |
| RNA 不変（A・U・G・C） |
AUGC 以外の塩基の区別可能（上図2dlcで白色部分） | 現段階のscriptでは AUGC 以外で表記されている塩基等がある場合は別塩基色で着色されてしまう |
HIVプロテアーゼ阻害剤のメシル酸ネルフィナビルを含むPDBデータ1ohrでの比較（クリックで拡大）
〔左〕Chime版での二次構造表示（ネルフィナビルを親油ポテンシャル表示，Asp25・Asp25'を赤い球棒表示）
〔右〕Jmol版の二次構造表示でChain色にしたもの（ネルフィナビルは空間充填表示）
※二次構造のα-ヘリックス・β-シートの部位や水素結合の位置などが異なることがわかる。
| 項目 | Chime（Chime2.6SP6） | Jmol（ver. 10-11） |
|---|---|---|
| 機種・OS・ブラウザ依存性 | 最近の機種ではWindows上のIEでの利用が標準（詳細；他サイトの解説も参照） | 多くの環境で動作 |
| インストール | 利用者登録，ダウンロード，インストールが必要（説明） | 不要（機種によってはJava Runtimeのインストールが必要な場合がある） |
| ポテンシャル表示*1 | 静電ポテンシャル，親油ポテンシャル表示が可能 |
表示不可 |
| 画像のクリップボードコピー | 可 | 不可（別途キャプチャなどを利用） |
| Script表記 | Rasmol Script，Chime Script利用可能（互換性が高い） | |
| OS | 100アクセス時 件数 | 500アクセス時 件数（割合） |
|---|---|---|
| Windows XP | 70 | 333（66.6％） |
| Windows 2000 | 10 | 71（14.2％） |
| MacOS | 15 | 57（11.4％） |
| Windows 98 | 4 | 22（4.4％） |
| Windows Me | 0 | 9（1.8％） |
| Linux | 1 | 5（1.0％） |
| Windows NT | 0 | 2（0.4％） |
| FreeBSD | 0 | 1（0.2％） |
