◆ PDBデータのLigand結合部位 ◆
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《初期表示は1ea1／L(HEM)+S》

　データ一覧表右欄のLigand＋SITE表示で，PDBデータ内の“SITE”行に記載されているLigand結合部位（活性部位）だけを拡大して参照できます。全体表示（ただしPDB部分データリストに掲載しているもの；オリジナルデータへは同リストからリンク）ボタンと交互に押せばタンパク質中の位置などを確認可能です。全体表示後に，SITE選択ボタンを押せば，左欄のProtein選択・DNA/RNA選択・Ligand選択・全選択と同様に選択部分だけ表示変更などができます。
　*印は水分子を含み，$印はDNA・RNAを含みます。
　なお，#0を付したデータは本ページ独自の表示を可能にするために，原子団No.を一部変更しています。
　[　] は比較的身近なあるいは話題のLigand名，またはキーワードです。

Ligand＋SITE表示　全体表示　SITE選択
117e／L+S　 117eのChain A　
11ba／L+S　 11baのChain B　
181l／L+S [ベンゼン] （184l，188lと同配列；他に182l〜187l） 181l
184l／L+S （181l，188lと同配列；他に182l〜187l）（略 → オリジナルPDB）
188l／L+S [o -キシレン] （181l，184lと同配列；他に182l〜187l） 188l
1a02／Leucine Zipper #7 1a02のChain F・J＋DNA $
1a4g／L(ZMR)+S [インフルエンザ治療薬 / ザナミビル] 1a4gのChain A　
1a4m／L+S （1a4lと同配列） 1a4mのChain A　
1a6v／L+S （L鎖:4残基・H鎖:5残基；類似L&S=1a6w） 1a6vのChain L・H * #0
1a6w／L+S （L鎖:8残基・H鎖:8残基；類似L&S=1a6v）（略 → オリジナルPDB）
1a9x／L(AD1)+S [ADP] 1a9xのChain A
1a9x／L(AD2)+S [ADP]
1a9x／L(OR1)+S
1aay／Zinc Finger<A>｜ <B>｜ <C> #6 1aay *$ A ｜ B ｜ C
1acm／L+S #1（略 → オリジナルPDB）
1aco／L+S （同配列=1ami・1amj・7acn・8acnなど；何れもHOH除く）（略 → オリジナルPDB） SITE全体
FS4 ｜ HOH ｜ TRA(L)
1adb／L(DMA)+S #0,1,## 1adbのChain A #0
1adb／L(NAA)+S #0,##
1akb／L+S （1akcと同配列）#1（略 → オリジナルPDB）
1akc／L+S （1akb，1arhと同配列；類似配列=1ahy）#1（略 → オリジナルPDB）
◎参考教材１　 1akd，1nooの各HEM+CAM重ね合わせデータ [P450]
　　…1akdは1S-camphor(ACAM)，1nooは5-exo-hydroxycamphor
　　…Protein選択による表示変更無効		 1akd
1noo #0		1akd： HEM ｜ CAM
1noo： HEM ｜ CAM
6ald／L(CAT)+S *（略 → オリジナルPDB）
1aq1／L+S （1ckpと類似配列） 1aq1
1arg／L+S （A鎖:19残基・H鎖:4残基；類似L&S=1ahe，1ahx，1akc，1akb，1arh，1ari）#0 1argのChain A*・B(site) #0
4at1／L+S [ATP] 4at1のChain B　
1avd／L+S （1ave〔Ligandなし〕と同配列，1bibと同Ligand） 1avdのChain A　
1ax4／L(LPA)+S #0,1（略 → オリジナルPDB）
1axs／L+S #0 1axsのChain L・H #0
1az1／L(ALR×2)+S （SITE記載なし；1us0と同配列選択） 1az1
1ben／L+S #0,1 1benのChain B・C・D * #0
1bkf／(L+S) [FK506，タクロリムス] （2fkeと同配列抽出；ただし2fkeのHis87がVal87） 1bkf
1bib／L(CAT)+S （1avdと同Ligand）（略 → オリジナルPDB）
1bo4／L+S　 1bo4のChain A　
1brp／L+S （1hbpと同配列）（略 → オリジナルPDB）
1bsx／L+S ## 1bsxのChain A・X　
1btc／L+S * [α-シクロデキストリン] 1btc
2btf／L(NUC)+S [ATP]（略 → オリジナルPDB）
1btw／L(BIN)+S （1btx，1btyと同配列；他に1btz）（略 → オリジナルPDB）
1btx／L(BLY)+S （1btw，1btyと同配列）（略 → オリジナルPDB）
1bty／L(BIN)+S （1btw，1btxと同配列）（略 → オリジナルPDB）
1bzf／L+S　 1bzfのModel 1　
1c8m／L+S　 1c8mのModel 1　
1ca2／L+S+近傍aa [炭酸脱水酵素]（SITEと近傍aaは1camより）（略 → オリジナルPDB）
1cam／L+S+近傍aa(1)｜ (2) [炭酸脱水酵素]（1ca2とも比較）（略 → オリジナルPDB）
4cd2／L+S （1e26と同配列；他に1daj，3cd2など）（略 → オリジナルPDB）
1cef／L+S （1cegと同配列）（略 → オリジナルPDB）
1ceg／L+S （1cefと同配列）（略 → オリジナルPDB）
1cgp／L+S [cAMP] （A鎖19残基・B鎖1残基） 1cgpのChain A・D $ #0
2cgr／L+S （L鎖5残基・H鎖8残基）（略 → オリジナルPDB）
1cgv／L(MB1)+S [マルトース] #1（略 → オリジナルPDB）
（Protein選択）
1cgv／L(MB2)+S [マルトース]
1cgv／L(MB3)+S [マルトース] #1
6cha／CAT [キモトリプシン] （CAT = His57 + Asp102 + Ser195）#8 6chaのChain A #0
6cha／L(SBA)+S #0　 不要結合削除
1ckp／L+S （1aq1と類似配列） 1ckp *
3cln／L+S(EF1,EF2) * ## 3cln * [11-406 / カルモジュリン / EF-hand] EF1 ｜ EF2
3cln／L+S(EF3,EF4) * ## EF3 ｜ EF4
1cqe／L(FLP)+S 1cqeのChain A
1crm／L+S [Hg]（略 → オリジナルPDB）
4csm／L+S　 4csmのChain A　
1cwh／L(all)+S （1cwkと同配列；他に1cwa，1cwb，1cwc，1cwf，1cwk，1cwl，1cwm）（略 → オリジナルPDB）
1cwk／L(all)+S （1cwhと同配列）（略 → オリジナルPDB）
1cxf／L(ACX)+S [α-シクロデキストリン] （1cxiに別Ligandで同配列あり）（略 → オリジナルPDB）
（Protein選択）
1cxf／L(MAL_687)+S [マルトース] （1cxiと同配列；他に=1cxe，1cxh）#1
1cxi／L(MAL_687)+S [マルトース] （1cxfと同配列；他に=1cxe，1cxh）#1（略 → オリジナルPDB）
1cyn／L+S（略 → オリジナルPDB）
3dap／L(N2)+S ##（略 → オリジナルPDB）
（Protein選択）
3dap／L(INH)+S　
1dbp／L+S [リボース] （同配列=2dri，1drj，1drk）（略 → オリジナルPDB）
3dfr／L(NDP)+S * （SITEにMTX含む）#0,##（略 → オリジナルPDB） SITE全体 ｜ MTX
3dfr／L(MTX)+S * （SITEにNDP含む）#0,## SITE全体 ｜ NDP
1dgd／L+S （同配列=1dge）#0,1（略 → オリジナルPDB）
1dil／L(EQP)+S （Sは下と同／2simと同配列；他に1dim）（略 → オリジナルPDB）
（Protein選択）
1dil／L(AXP)+S （Sは上と同／2simと同配列；他に1dim）
1dra／L(APT)+S * （同配列=1dhj，1drb・3drcなど） 1draのChain A *
1dtp／L(APU)+S ##（略 → オリジナルPDB）
1dyr／L(TOP)+S（略 → オリジナルPDB）
1dz8／HEM近傍 *｜ 同（Iヘリックス含む） * [P450] 1dz8のChain A * #0（PDB）
1dze／L(RET)+S 1dze *
1dze／L(L3P)+S * #1
1dzm／L+S<A>｜ <B> #5 1dzmのChain B * #0（PDB） A ｜ B
1e00／L+S<A>｜ <B> #0,5（略 → オリジナルPDB）
1e02／L+S<A> [ウンデカナール]｜ <B> #0,5（略 → オリジナルPDB）
1e0p／L+S　 1e0pのChain A　
1e26／L+S （4cd2と同配列；他に1daj，3cd2など）（略 → オリジナルPDB）
1e4y／L+S ## 1e4yのChain A
1e71／L(ASC)+S [アスコルビン酸]（略 → オリジナルPDB）
1e71／L(ASC+2SO4)+S　
1e9x／L(HEM)+S * 1e9x [P450]
1e9x／L(PIM)+S
1ea1／L(HEM)+S * 1ea1 * [P450]
1ea1／L(TPF)+S *
◎参考教材２　 1e9x，1ea1の各L(HEM)+S+{PIM or TPF}重ね合わせデータ
　　…Protein選択による表示変更無効，{PIM or TPF}のSITE略		（上の1e9x，1ea1で閲覧）1e9x： S ｜ HEM ‖ PIM
1ea1： S ｜ HEM ‖ TPF
1ea6／L(AC3)+S * [ADP]（略 → オリジナルPDB）
1eb2／L(BPO)+S *（略 → オリジナルPDB）
3erd／〈L+S〉 [エストロゲン受容体] #2'　 3erdのChain A
1ere／〈L+S〉 [17β-エストラジオール，エストロゲン受容体] #2　 1ereのChain A *
◎参考教材３　 1ere／L+S（17β-estradiol＋DES〈重ね合わせ〉）
　　…1ereと3erdのsite部分を重ね合わせ，3erdのprotein削除
　　　※参考：estradiolとDESのみの重ね合わせデータ → エストラジオールとDES）		− Protein
17β-estradiol ｜ DES
◎参考教材４　 1ere，1err，3erd，3ertの各L+S重ね合わせデータ　→ 別版
　　…Protein選択による表示変更無効		−1ere： L ｜ S ‖ L+S
1err： L ｜ S ‖ L+S
3erd： L ｜ S ‖ L+S
3ert： L ｜ S ‖ L+S
1eri／SITE(HRS+HYD+DNA) *$ #0 1eri *$ #0 HRS ｜ HYD ｜ DNA
1err／〈L+S〉 [エストロゲン受容体] #2' 1errのChain A *
3ert／〈L+S〉 [エストロゲン受容体] #2'　 3ert
1eta／L+S （1thaと類似Sequence）#2 1etaのChain 1
1eul／L+S<１>｜ <２> [Caポンプ] 1eul 1 ｜ 2
1eve／L+S+CAT [アルツハイマー病治療薬ドネペジル（アリセプト）] （文献15 口絵1およびp.202図11・14のSITEとcatalyc triad） 1eve
（CATは200,327,440）
1fbf／L(AHM)+S （1fbc〜1fbhと同配列）（略 → オリジナルPDB）
2fke／L+S [FK506，タクロリムス] （1j4rと同配列；他に1fkdなど） 2fke
　 同配列α-helix　→　 SITE選択
1fld／L+S （1h61，1ofvと同Ligand）（略 → オリジナルPDB）
1fnc／L(FAD)+S （1fndと同配列，1frnと類似配列）##（略 → オリジナルPDB）
1fpb／L(F2A)+S （1fbfと同配列；他に1fbh）（略 → オリジナルPDB）
1frn／L(FAD)+S （1fnc，1fndと類似配列）（略 → オリジナルPDB）
1frp／L(AM1)+S [AMP] （1fpiと同配列） 1frpのChain A
1frp／L(AC1)+S [FDP] （1fpiと同配列）#1
3gbp／L+S [グルコース] （Ligand：glucose → 1gcaと比較）（略 → オリジナルPDB）
1gca／L+S [ガラクトース] （Ligand：galactose → 3gbpと比較）（略 → オリジナルPDB）
3gct／CAT+Chain B [キモトリプシン] （CAT = His57 + Asp102 + Ser195）#8 3gct CAT ｜ Chain B
1gjm／L(HEM)+S * #0 1gjm
1gjm／L(FEM)+S
1gkz／L+S * [ADP]（略 → オリジナルPDB）
1gm6／L+S * #0,1 1gm6 * #0
1gm7／L+S * [ペニシリンG]（略 → オリジナルPDB）
1gni／L(1001)+S * [オレイン酸] （OLAが7分子でそれぞれ異なるSITE）（略 → オリジナルPDB）
1gp6／L(DH2)+S [ジヒドロケルセチン] 1gp6 L+S｜ DH2｜ QUE
1gp6／L(QUE)+S [ケルセチン] L+S｜ QUE｜ MES+DH2
1gqw／L(TAU)+S [タウリン] 1gqwのChain A
1gqw／L(AKG)+S
1gvr／L+S(TNL) * #0 1gvr * #0
1gwq／L(ZWB)+S * （1gwrと一部類似配列）#0 1gwqのChain B・D * #0
1gwr／L+S [17β-エストラジオール] （1gwqと一部類似配列）#0（略 → オリジナルPDB）
1gy3／L+S [ATP] （1aq1，1ckpと一部類似配列）（略 → オリジナルPDB）
1h11／L(FCT)+S * #0,## 1h11 * #0,##
1h4s／L(PSD)+S * （1h4qと一部類似配列）#0 1h4sのChain A * #0
1h61／L(FMN)+S * （1fld，1ofvと同Ligand）（略 → オリジナルPDB）
1h61／L(PDN)+S *
1h7x／L(5MU)+S [抗がん剤5-FU] 1h7xのChain A
1h9g／L(COA)+S *（略 → オリジナルPDB）
（Protein+Water選択）
1h9g／L(MYR)+S *
1h9o／L+S * #1,##（A鎖:5残基・B鎖:1残基） 1h9o * #0
1hbp／L+S [レチノール] （1brpと同配列） 1hbp *
1hcq／DNA+near amino acids $ [エストロゲン受容体] ##（作者選択） 1hcqのChain A・B・C・D $ DNA ｜ a.a. ｜ All
1hcq／Zinc Finger z.f. ‖ z.f.+上記All
1hd2／L+S #1（略 → オリジナルPDB）
1hdq／L+S * #0 1hdq #0
1he1／L(AC1)+S * [GDP] （1he8と類似配列，1qf4と同Ligand）（略 → オリジナルPDB）
1he4／L(AC1)+S * [NADP] （1he3，1he5のL(NAP)+Sと同・類似配列）（略 → オリジナルPDB）
1he8／L+S * #0,1（1he1のL(AC1)+Sと類似配列） 1he8のChain B * #0,1
1het／L(NAA)+S * [NAD] #0（略 → オリジナルPDB）
1hfs／L(L04)+S ［ポテンシャル表示不可］ 1hfs
◎参考教材５　 1hho（O2含む），4hhbの各L(HEM)+近接His重ね合わせデータ　→ 別版
　　…SITE選択欄の指定，右下欄のProtein選択・Ligand選択，amino表示は無効
　 1hho・chain AのHEM＋O2＋近接His　…[X]
　 4hhb・chain AのHEM＋近接His　…[Y]		 1hho（oxyhaemoglobin）のchain A
4hhb（deoxyhaemoglobin）のchain A		（[X][Y]と左隣欄の各Chain Aについて）
1hho： HEM近接His選択
4hhb： HEM近接His選択
1hii／L(S1P)+S （A鎖:3残基・B鎖:6残基；同配列=1hih）#0 1hii #0
1hiy／L(AC1)+S（略 → オリジナルPDB）
（Protein+Water選択）
1hiy／L(AC2)+S * #1
1hiy／L(AC3)+S
1hj5／L(C1A)+S（略 → オリジナルPDB）
1hj5／L(D1A)+S * #0
1hj8／L(BM1)+S 〈H原子含む〉 #1,##（略 → オリジナルPDB）
1hld／L(NDA)+S [NAD] （1hetのL(NAA)+Sと類似配列）（略 → オリジナルPDB）
1hld／L(PFB)+S （LigandにZN・NAD含む）
1hpk／L+S （同配列=1hpj）（略 → オリジナルPDB）
1hug／L+S [Au]（略 → オリジナルPDB）
1iei／L(ZES)+S （SITE記載なし；1us0と同配列選択） 1iei
1ing／L+S （同配列=1inh） 1ingのChain A *
1inh／L+S （同配列=1ing） 1inhのChain A
1iny／L+S （類似配列=1ing，1inh） 1iny
2ito／L+S 2ito *
1iow／L+S [ADP] （同配列=1iov）（略 → オリジナルPDB）
1iwi／L+S #3（略 → オリジナルPDB）
1j4r／L+S （同アミノ酸配列の2fkeのSITE情報から作成；図2）#0 1j4rのChain A #0
1j51／L+S #3 1j51のChain A
1juy／L(GNS+IMP+ASP)+S 〈H原子含む〉 （同配列=1gin，1ksz，1nht）#1（略 → オリジナルPDB）
1kw8／(L+S) [BPHC] （文献10 p.852口絵3の活性中心；NOあり） 1kw8
1kw9／(L+S) [BPHC] （文献10 p.852口絵3の活性中心；NOなし） 1kw9
2ldb／L(NAD)+S　（略 → オリジナルPDB）
（Protein選択）
2ldb／L(FBP)+S #1
1lgr／L+S [AMP] #1（略 → オリジナルPDB）
1lgt／(L+S) [DHBD / PCB] （文献10 p.852口絵3の活性中心に準拠；NOなし，His146,His210,Glu260で1kw8・1kw9と異なる） 1lgt
1lkd／(L+S) [DHBD / PCB] （同配列=1lgt） 1lkd
1lld／L+S [NAD] 1lldのChain A
1lth／L+S #0 1lthのChain T #0
1ml5／anticodon-codon #0 1ml5のChain B・C #0
1mms／L+S $ （A鎖:3残基・C鎖:2塩基・D鎖:2塩基）#0 1mmsのChain A・C $
1mup／L+S * #4（略 → オリジナルPDB）
1ncx／L+S(EF1,EF2) * ##（3clnを参考にSITE抽出；1nczと同配列） 1ncx * [EF-hand / Cd] EF1 ｜ EF2
1ncz／L+S(EF1,EF2) * ##（3clnを参考にSITE抽出） 1ncz * [EF-hand / Tb] EF1 ｜ EF2
1nip／L(ADP+2MO4)+S （A鎖:8残基・B鎖:8残基）（略 → オリジナルPDB）
1nnb／L+S 〈H原子含む〉（略 → オリジナルPDB）
1nwp／L(Cu)+S （SITE記載なし；1992年ノーベル化学賞情報から選択） 1nwpのChain A [ブルー銅タンパク質アズリン]
1ocl／L+S #0,1 1oclのChain A * #1
1ofv／L+S （1fld，1h61/FMNと同Ligand）（略 → オリジナルPDB）
1og5／L(HEC)+S 1og5のChain A * #0 [P450(Cyp2C9)]
1og5／L(SWF)+S * #0
2ohx／L(DMA)+S （同配列=2oxi）#4（略 → オリジナルPDB） SITE全体 ｜ NAA
2ohx／L(NAA)+S [NAD] （　〃　）
1ol7／L(ADP)+S #0,1 1ol7 *
3pcb／L(ACA)+S * （A鎖:7残基・M鎖:12残基・HOH:5） 3pcbのChain A・M *
　※3pca〜3pcnに同・類似配列等
3pcb／S * （vestigial site；A鎖:11残基・M鎖:9残基・HOH:9；類似配列=3pcd・3pckなど）
◎参考教材６　 1pha，1phbの各HEM+PFZ重ね合わせデータ [P450]
　　…1phaはcamphor 5-monoxygenase(plus-isomer)，1phbは同(minus-isomer)
　　…Protein選択による表示変更無効		 1pha
1phb #0		1pha： HEM ｜ PFZ
1phb： HEM ｜ PFZ
2pk4／L+S [6-アミノカプロン酸] 2pk4 * #0
　 同配列α-helix　→　 SITE選択
2prg／L+S　 2prgのChain A　
1psd／L+S [NAD] 1psdのChain A　
1pth／L(COX)+S #4 1pth
1pth／L(PER)+S
1qf4／L+S [GDP] （1qf5と同配列，1he1と同Ligand）（略 → オリジナルPDB）
1qkt／L+S * [エストロゲン受容体] 1qkt *
1qku／L+S [17β-エストラジオール，エストロゲン受容体] 1qkuのChain A　
1qmq／L+S * #0　 不要結合削除 1qmq *
1qor／L+S（略 → オリジナルPDB）
1rlc／L+S（略 → オリジナルPDB）
1rne／L(C60)+S（略 → オリジナルPDB）
6rsa／L+S 〈H原子含む〉 [V] （8rsa・9rsaと同配列，別Ligand）#0 6rsa
◎参考教材７（α-helix，β-sheet構造部分の水素結合学習用）
6rsaのα-helix部分の例（Tyr25-Ser32）
6rsaのβ-sheet部分の例（Val43-Val47 & Ile81-Arg85）		−−
8rsa／L+S （6rsa・9rsaと同配列，別Ligand） 8rsaのChain A　
1rta／SITE(ACT+Ribonuclease A) *$ 1rta $ ACT ｜ Ribonuclease A
8ruc／L+S [ルビスコ] 8rucのChain A　
1sdy／L+S [SOD] 1sdyのChain A　
2sim／L+S （1dilと同配列；他に1dim）（略 → オリジナルPDB）
1sln／L(INH)+S *（略 → オリジナルPDB） SITE全体 ｜ INH
1slt／L(NAG+GAL)+S 1sltのChain A
1sxs／L+S （1sxzと同配列） 1sxsのChain A　
1sxz／L+S （1sxsと同配列） 1sxzのChain A　
1tco／L(FK5)+S [FK506，タクロリムス] #0（A鎖:3残基・B鎖:3残基・C鎖:12残基） 1tco #0
1teh／L+S　 1tehのChain A　
1tha／L+S （1thc，1tyrと同配列；他に2roy，1tlm／1etaと類似Sequence） 1thaのChain A * #0
1thc／L(130)+S （1tha，1tyrと同配列；他に2roy，1tlm／1etaと類似Sequence） 1thcのChain A
1thl／L(PEP)+S（略 → オリジナルPDB）
1tyr／L+S [レチノイン酸] （1tha，1thcと同配列；他に2roy，1tlm）（略 → オリジナルPDB）
1uom／L+S * [エストロゲン受容体]（略 → オリジナルPDB）
1us0／L(LDT)+S ##（B配座削除） 1us0 ##
1uv6／L(AC1)+S #0 1uv6のChain A-E #0 [カルバミルコリン]
1uv6／L(AC2)+S #0
1uw6／L(AC1)+S * #0 1uw6のChain A-E #0 [ニコチン]
1uw6／L(AC5)+S * #0
1vfn／L+S *（略 → オリジナルPDB）
1xva／(L+S) （文献10 p.1069図6より作成；Act294含む） 1xvaのChain A
1yat／L+S [FK506，タクロリムス] （2fkeと類似配列）（略 → オリジナルPDB）
1ytn／L+S（略 → オリジナルPDB）


作成図例１（拡大）　1ere-Chain AのSITE表示；左2つは全体表示，右2つはLigand結合部位；SITE部位は1qkuのSITE情報と同配列を抽出
※Ligandは女性ホルモン17β-estradiol → 環境ホルモンの3D-QSAR紹介，分子と分子の相互作用，ステロイドホルモンの生合成と代謝


作成図例２（拡大）　タンパク質では，離れているアミノ酸が協調作業をして機能を示す！（2fke・1j4rを例に）
左：2fke・1j4rと同じ下記アミノ酸配列ですべてα-helix構造にしたもの（MOLDA for Protein Modelingで組立て）とSITE部位の強調表示
GVQVETISPGDGRTFPKRGQTCVVHYTGMLEDGKKFDSSRDRNKPFKFMLGKQEVIRGWEEGVAQMSVGQRAKLTISPDYAYGATGHPGIIPPHATLVFDVELLKLE
中２つ：実際の2fkeとその活性部位（アミノ酸はすべてamino色表示）
右：2fkeの活性部位と同じ配列番号のアミノ酸をSITEとした1j4r
※2pk4についてもアミノ酸配列をすべてα-helix構造にしたデータをリストに追加
《参考》タンパク質の構築原理（理研ゲノム科学総合研究センター／タンパク質構造・機能研究グループ）


作成図例３（拡大）　DNAを含むデータ例である1eriの場合


作成図例４（拡大）　PROSITE pattern“C-x(2,4)-C-x(3)-[LIVMFYWC]-x(8)-H-x(3,5)-H”を持つZinc Fingerの例
（Finger構成残基を球棒＋Dot Surface表示にし，CysのS原子を空間充填表示；注記 #6 参照）


作成図例５　Ligandが同一でSITEが異なる例；1h61と1ofv（酸性・中性・塩基性アミノ酸区別表示，Ligandはflavin mononucleotide）


作成図例６（拡大）　SITEが類似しているP450タンパク質のSITE部分とLigandの重ね合わせ例
左：1ea1のP450に特徴的な全体構造（HEMとそのSITE部分及びTPF），右：1e9xと1ea1のHEM+SITE+{PIM or TPF}重ね合わせ
※参考：P450関連コンテンツ例（ステロイドホルモン，環境ホルモン情報），他の重ね合わせデータ例（エストロゲン受容体4種）
※Googleによる“シトクロム OR シトクローム OR チトクロム OR チトクローム”検索結果

    参考文献・Webページ
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  41. 多型情報ネットワーク ｜ SNPデータベース（一塩基多型データベース） ｜ ヒトミトコンドリアゲノム多型データベース（mtSNP） ｜ 蛋白質多型データベース（dbProP）

  42. MOLDAホームページ ｜ 分子モデリング・計算化学・情報化学・バイオインフォマティクス関連リンク集
  43. 計算生化学の試み ｜ 関連ソフトウェア ｜ 酵素活性部位の抽出

[TOPIC] 本コンテンツについて日本コンピュータ化学会2003秋季年会（2003/10/25-26，広島大学）で発表しました． → PDF版要旨

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