ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※本ページの分子モデルはMicrosoft EdgeでInternet Explorerモードにして参照できます。
※PDBsumデータでファイル名*_lpであるものはLigPlot+ v.2.2で取得したものです。
★旧Jmolトピックへの追記 → No.571(環境ホルモン) | No.979(カプサイシン受容体) | No.1046(ディールス・アルドラーゼ)
リースケ型鉄硫黄タンパク質 PetA 7yr9(塩化亜鉛が結合)のChain Aと同7yra(鉄硫黄クラスターが結合)のChain A,およびそれぞれのPDBsumデータ(LigPlot+ v.2.2で取得,PDBsumサイトデータが出たら更新)
[Organic cation transport protein - Wikipedia,Solute carrier family - Wikipedia]
[左・中]フェノテロール(fenoterol)が結合した有機カチオントランスポーター1(OCT1)8sc3とそのPDBsumデータ(メトホルミン結合の8sc4との比較) [右]メトホルミン(metformin)
[Voltage-gated potassium channel - Wikipedia]
ポジティブモジュレーターcompound 4が結合した電位依存性カリウムチャネル Kv3.1 8f1cとそのPDBsumデータ
[左]電位依存性カリウムチャネル Kv1.2-2.1 4jtdの8量体(Chain A・B×4)
[右]4jtd(Chain A・B・G・H・Y;Chain Yがサソリ毒カリブドトキシン〈charybdotoxin,ChTx〉)
※2003年ノーベル化学賞受賞のR. Mackinnonらによる
HN37(pynegabine)が結合した電位依存性カリウムチャネル KCNQ2 8w4uのChain AとそのPDBsumデータ
ピモジド(pimozide)が結合したヒトの電位依存性カリウムチャネル hERG(Kv11.1) 8zyqのChain BとそのPDBsumデータ
ZAR1レジストソーム集合体6j5tのChain A・B・CとそのPDBsumデータ
[左]セマグルチドが結合したGLP-1受容体7ki0のChain P・R(Chain Pのアミノ酸残基:1-31)
[右]同7rbtのChain P(アミノ酸残基:1-32)
※セマグルチド(semaglutide)は31アミノ酸残基のペプチド
配列 HAEGTFTSDVSSYLEGQAAKEFIAWLVRGRG
HisAlaGluGlyThrPheThrSerAspValSerSerTyrLeuGluGlyGlnAlaAlaLeuGluPheIleAlaTrpLeuValArgGlyArgGly
[左]チルゼパチドが結合したGLP-1受容体7rgpのChain P・R(Chain Pのアミノ酸残基:1-31)
[右]同7rbtのChain P(アミノ酸残基:1-32)
※チルゼパチド(tirzepatide)は39アミノ酸残基のペプチド
配列 YXEGTFTSDY SIXLDKIAQK AFVQWLIAGG PSSGAPPPS:
Tyr X GluGlyThrPheThrSerAspTyrSerIle X LeuAspLysIleAlaGlnLysAlaPheValGlnTrpLeuIleAlaGlyGlyProSerSerGlyAlaProProProSer
PF-06882961(danuglipron,ダヌグロプリン)が結合した7lciのChain RとそのPDBsumデータ(7lcj・7lckとの比較)
PF-06883365が結合した7s15とそのPDBsumデータ
[GDF15 - Wikipedia]
[左]成長分化因子15(GDF15)の構造例 5vz3(アミノ酸残基番号5-112;末端を球表示)
[右]同分子のAlphafold構造Q99988画像(アミノ酸残基番号1-308;C211G該当のCys211強調)
メトホルミン(metformin)
→ 本ページ内別トピック
※計算機構造データはNature Structural & Molecular Biology誌論文 Supplementary Data 1 (zipファイル)より
[左]人工設計された5つのall α型タンパク質中のH5_fold-0_Elsaの計算機構造7dns_calc [中]同実験構造7dnsのChain B
[右]両分子のPyMOLによる重ね合わせ
ヒトのメディエータ7enj(α炭素のみ)
[Aryl hydrocarbon receptor - Wikipedia,AH receptor-interacting protein - Wikipedia]
[左・中]ベンゾ[a]ピレンが結合したHsp90-XAP2-AHR(芳香族炭化水素受容体)複合体8qmoとそのPDBsumデータ
[右]ベンゾ[a]ピレン(benzo[a]pyrene)
[EEF2 - Wikipedia]
阻害剤ソルダリン(sordarin)が結合した伸長因子2(eEF2)8cdrのChain Aa(80Sリボソーム・eEF2・tRNA複合体中;mmCIF → PDB converterでデータ変換)とそのPDBsumデータ