パソコンで見る動く分子事典

◆ パソコンで見る動く分子事典 Windows Vista対応版 DVD-ROM付 ◆
アナウンスのページ

2007年9月20日発行（講談社ブルーバックス）
本間善夫・川端潤　共著
※第1版の情報（Chime関連も）はこちらに移動しました。
※付録DVD-ROMはWindows XP/Vistaで利用可能です！

日本化学会機関誌「化学と工業」2012年2月号 [目次PDF]の特集「美しい形の分子」に，本ページで作成の画像を紹介した『タンパク質分子の美しさを広く知ってもらうために』が掲載されました！ → 本文PDF（日本化学会のご厚意により転載）
　※本文文献番号のページ等：[1]，[2]，[3]，[4-5]，[6]（本ページ），[7]，[8]
同誌目次に掲載の画像（辰年に昇龍をイメージして。文献[7]のTLR3から作成）

● 出版社による「パソコンで見る動く分子事典」紹介ページ｜ブルーバックス／化学＆事典・辞典・図鑑
● その他の入手先：Amzon｜bk1｜e-hon｜ジュンク堂｜紀伊國屋書店｜セブンアンドワイ｜本やタウン
● 話の種に「動く分子事典」のある風景（本分子事典を紹介してくれたブログ記事例も掲載）を作成しました。
● 「現代化学」2008年1月号p.70書籍紹介欄に本書の記事が掲載されました。
[TOPIC] 週刊文春2009年1月1日・8日新年特大号の竹内久美子さんの連載「ドコバラ！」（GFPがテーマ）で本書が紹介されました！ [NEW!]
[TOPIC] 2007/11/04，第4回「サイエンスカフェにいがた」（ジュンク堂書店新潟店）において，本書を中心にお話をしました（カフェの報告）。

所蔵図書館マップによる本書の所蔵状況（画像は2008/09/05時点；大学では240館）

本文見本と分子モデル凡例｜参考情報：快適にお使いいただくために（検索語のヒントなど）｜正誤表（新情報を含む）

専用ビューアによる分子表示例（データは糖鎖やα-シクロデキストリンを含むPDB 1CXF）
※左からデータ名リスト（検索も可能），分子モデル表示，分子表示変更の各ウィンドウ
※カスタマイズ版Jmolの制作作会社（p.330記載）：ビーグル株式会社

【ご注意】 Jmol.jar（本書p.316）により分子事典を起動すると，Windows VistaのAeroを利用している場合にはAero（フリップ3Dも）が無効になるため画面が一旦暗くなりますが異常ではありません（RCSB PDBなどJmolを利用している他のサイトでも同様）。分子事典を終了すると再度暗転して復帰します。

◆ 「動く分子事典」掲示板 ◆
◆ Jmol版「分子の学習帳」（Jmol関連リンク集あり） ◆

本書の構成

基本分子
アミノ酸，糖
脂質関連
ビタミン，その他
天然成分
薬剤
においと味の成分
色彩と分子
機能性分子
高分子
環境問題関連
話題のくすり
健康食品・サプリ
生体高分子

※付録DVD-ROMには独自開発のJmol分子ビューアと分子データ約3000を収録！

※本文見本（本間執筆分から）

■ 生体高分子（本文p.254）

イオンチャネル
ion channel

PDB ID：1bl8
分類：Membrane Protein（膜タンパク質）
タイトル：Potassium Channel (Kcsa) From Streptomyces Lividans

　細胞膜の内部に埋め込まれていたり外表面に存在していろいろな機能を果たしているタンパク質を膜タンパク質という（p.127～参照）。このうち細胞内外のイオンの出入りを制御して、例えば生体電気信号を発生して信号を伝達するなどの役割を果たしているのがイオンチャネル（ion channel）である。ナトリウム、カリウム、カルシウムなど通過させるイオンによって構造が異なっている。
　2003年のノーベル化学賞は、水チャネルを発見したアグレとイオンチャネルの立体構造と機能を解明したマキノンに贈られた。図はマキノンらによって求められたK+チャンネルの立体構造であり、GFPとは異なってα-ヘリックス構造で囲まれ、その膜貫通部分は疎水性の中性アミノ酸で構成されている。イオンの流路は刺激によって開閉する細孔であり、イオンが通過できるサイズで親水性になっている。

上面図（上；A～D鎖を色別表示）と側面図（下；通常の2次構造表示）。
側面図中央の大きい球はKイオン、小さい球は水分子の酸素原子。

※PDBデータの詳細はで以下のサイトでID入力（この例では1bl8）による検索で参照できます。
RCSB Protein Data Bank（1bl8の詳細）｜ PDBj（1bl8の詳細）

Jmolで使われている原子色（参考：生体分子の構成元素）

アミノ酸の親水性・疎水性（タンパク質中の20種類のアミノ酸参照）　…本書p.247

アミノ酸分子式疎水性
インデックス log P 酸性・塩基性極性・非極性等電点コンホメーション
選択性

Arg R アルギニン H2N(=NH)NHC3H6CCH(NH2)COOH -4.5 -4.20 塩基性極性（塩基性） 10.76 α

Lys K リシン H2N(CH2)4CH(NH2)COOH -3.9 -3.05 塩基性極性（塩基性） 9.74 α

Asp D アスパラギン酸 HOOCCH2CH(NH2)COOH -3.5 -3.89 酸性極性（酸性） 2.77 －

Asn N アスパラギン H2NCOCH2CH(NH2)COOH -3.5 -3.82 中性極性（中性） 5.41 －

Glu E グルタミン酸 HOOCCH2CH2CH(NH2)COOH -3.5 -3.69 酸性極性（酸性） 3.22 α

Gln Q グルタミン H2NCO-CH2CH2CH(NH2)COOH -3.5 -3.64 中性極性（中性） 5.65 α

His H ヒスチジン H2NCH[CH2(C3H3N2)]COOH -3.2 -3.32 塩基性極性（塩基性） 7.59 α

Pro P プロリン (C4H8N)-COOH -1.6 -2.54 中性非極性（疎水性） 6.30 －

Tyr Y チロシン HO(C6H4)CH2CH(NH2)COOH -1.3 -2.26 中性極性（中性） 5.66 β

Trp W トリプトファン (C8H6N)-CH2CH(NH2)COOH -0.9 -1.05 中性非極性（疎水性） 5.89 β

Ser S セリン HOCH2CH(NH2)COOH -0.8 -3.07 中性極性（中性） 5.68 －

Thr T トレオニン CH3CH(OH)CH(NH2)COOH -0.7 -2.94 中性極性（中性） 6.16 β

Gly G グリシン H2NCH2COOH -0.4 -3.21 中性非極性（疎水性） 5.97 －

Ala A アラニン CH3CH(NH2)COOH 1.8 -2.85 中性非極性（疎水性） 6.00 α

Met M メチオニン CH3SCH2CH2CH(NH2)COOH 1.9 -1.87 中性非極性（疎水性） 5.74 α

Cys C システイン HSCH2CH(NH2)COOH 2.5 -2.49 中性極性（中性） 5.07 β

Phe F フェニルアラニン (C6H5)CH2CH(NH2)COOH 2.8 -1.38 中性非極性（疎水性） 5.48 β

Leu L ロイシン (CH3)2CHCH2CH(NH2)COOH 3.8 -1.52 中性非極性（疎水性） 5.98 α

Val V バリン (CH3)2CHCH(NH2)COOH 4.2 -2.26 中性非極性（疎水性） 5.96 β

Ile I イソロイシン C2H5CH(CH3)CH(NH2)COOH 4.5 -1.70 中性非極性（疎水性） 6.02 β

※疎水性インデックスは以下を参照；Kyte and Doolittle, J. Mol. Biol., 157, 105-132(1982)
※log PはOn-Line Log P Calculation掲載の実験値（参考ページ）
※極性・非極性はChimeのProtein選択様式と関連（参考ページ）

アミノ酸	分子式	疎水性インデックス	log P	酸性・塩基性	極性・非極性	等電点	コンホメーション選択性
Arg	R	アルギニン	H2N(=NH)NHC3H6CCH(NH2)COOH	-4.5	-4.20	塩基性	極性（塩基性）	10.76	α
Lys	K	リシン	H2N(CH2)4CH(NH2)COOH	-3.9	-3.05	塩基性	極性（塩基性）	9.74	α
Asp	D	アスパラギン酸	HOOCCH2CH(NH2)COOH	-3.5	-3.89	酸性	極性（酸性）	2.77	－
Asn	N	アスパラギン	H2NCOCH2CH(NH2)COOH	-3.5	-3.82	中性	極性（中性）	5.41	－
Glu	E	グルタミン酸	HOOCCH2CH2CH(NH2)COOH	-3.5	-3.69	酸性	極性（酸性）	3.22	α
Gln	Q	グルタミン	H2NCO-CH2CH2CH(NH2)COOH	-3.5	-3.64	中性	極性（中性）	5.65	α
His	H	ヒスチジン	H2NCH[CH2(C3H3N2)]COOH	-3.2	-3.32	塩基性	極性（塩基性）	7.59	α
Pro	P	プロリン	(C4H8N)-COOH	-1.6	-2.54	中性	非極性（疎水性）	6.30	－
Tyr	Y	チロシン	HO(C6H4)CH2CH(NH2)COOH	-1.3	-2.26	中性	極性（中性）	5.66	β
Trp	W	トリプトファン	(C8H6N)-CH2CH(NH2)COOH	-0.9	-1.05	中性	非極性（疎水性）	5.89	β
Ser	S	セリン	HOCH2CH(NH2)COOH	-0.8	-3.07	中性	極性（中性）	5.68	－
Thr	T	トレオニン	CH3CH(OH)CH(NH2)COOH	-0.7	-2.94	中性	極性（中性）	6.16	β
Gly	G	グリシン	H2NCH2COOH	-0.4	-3.21	中性	非極性（疎水性）	5.97	－
Ala	A	アラニン	CH3CH(NH2)COOH	1.8	-2.85	中性	非極性（疎水性）	6.00	α
Met	M	メチオニン	CH3SCH2CH2CH(NH2)COOH	1.9	-1.87	中性	非極性（疎水性）	5.74	α
Cys	C	システイン	HSCH2CH(NH2)COOH	2.5	-2.49	中性	極性（中性）	5.07	β
Phe	F	フェニルアラニン	(C6H5)CH2CH(NH2)COOH	2.8	-1.38	中性	非極性（疎水性）	5.48	β
Leu	L	ロイシン	(CH3)2CHCH2CH(NH2)COOH	3.8	-1.52	中性	非極性（疎水性）	5.98	α
Val	V	バリン	(CH3)2CHCH(NH2)COOH	4.2	-2.26	中性	非極性（疎水性）	5.96	β
Ile	I	イソロイシン	C2H5CH(CH3)CH(NH2)COOH	4.5	-1.70	中性	非極性（疎水性）	6.02	β

糖鎖における糖別の着色（参考：糖タンパク質データ集）　…本書p.324
■：Man　■：Fuc　■：Xyl　■：Sia　■：GalNAc　■：GlcNAc　■：GlcA

●快適にお使いいただくために

※以下の記載事項は本間個人によるのもので，パソコンの知識等が必要ですので各自の責任でお試しください。出版社へのお問い合わせはできません。
※DVD-ROMが認識されない場合は，DVDドライブ（CD-ROM専用ドライブでは利用できません）へのセットがうまくいっていない場合があるので再度セットしてみてください。その他，使用中に異常停止するなどトラブルが生じた場合はpp.326-329をお読みください。
※最初にpp.312-314に記載してあるJava Runtime Environment（

日本語の情報ページ）のインストールを行ってください（すでに済んでいる方は不要です）。
※便利な使い方を見出した方は，専用掲示板でご紹介いただければ幸いです。ただし，そこに記載されていることを他の方が試す場合も自己責任でお願いします。

01　DVD-ROMの「Jmol.jar」と2つのフォルダ「hanrei」と「res」をすべて，お使いのパソコンのハードディスクに作成した専用フォルダ（例えば「bb_dvd」などの名称で自分で作成）にコピーすると快適に利用できます。コピーには数分かかるのでご注意ください。コピー後，作成フォルダ中の「Jmol.jar」を起動します。以降はp.316～のマニュアルをご参照ください。
なお，学校における教育目的で，複数台のパソコンでDVD-ROMのデータを利用したい場合は，その台数分だけ本書を購入していただく必要があり，ハードディスクにコピーして使う場合やLANの場合であっても同様です。これは，著作権で認められている複製（コピー）は私的な利用（それも限定的な範囲で）に限られているためです。

02　リストウィンドウに表示される分子名は，立体異性体を区別する，cis ・trans，R ・S （p.54参照），d ・l などがイタリック表示になっていないのでご注意ください。また例えば本書p.114のアフラトキシンB₁の「1」などの下付き文字，イオンであることを示す，^＋，^- などの上付き文字も通常の文字で表示されます。

03　Protein Data Bankから転載した生体高分子の詳細については，RCSB Protein Data BankかPDBjで，PDB ID（例えば 1bl8 など）により検索して参照してください。本分子事典ではデータを見やすくするために，複数のChainのうち一部だけにするなど特殊な処理をしたものがあるという点でも，オリジナルデータを参照することをお勧めします。なお，不明な英単語については以下で検索することができます。
ライフサイエンス辞書（音声付き英和・和英検索）

04　DVD-ROMの各フォルダ内のデータ

\res\jmol\mol：低分子・高分子データ（主にMDL MOL形式；下記PDB形式とともに他の分子ソフト^*の多くで利用可能）
* 国内外のフリーの分子ツール例：　RasMol，Winmostar，Facio

\res\jmol\pdb：生体高分子データ（主にPDB形式）
\res\jmol\csv：リストウィンドウ・検索用テキストファイル（分子ファイル名や分子名^*など；TAB区切りのテキストデータでExcel等でも読込み可能）
* データリスト読込み用のカタカナ表記分子名の1文字目は濁音・半濁音を清音にするなどJavaプログラム上必要な処理がしてあります。

\res\jmol\macro：マクロファイル（表示変更用など）
\hanrei： hanrei.html（「分子データを見るために」）

05　分子データの検索語例と本サイトの関連コンテンツ（順次追加します）

検索語書籍の関連ページ例関連コンテンツ例

CFC 212 温室効果ガス

HIV 258 HIVとエイズ，エイズ薬の例

HTLV ─ HTLV-1情報

Membrane 254など膜貫通タンパク質データ集，βバレル型膜タンパク質データ集

P450 255 P450データ集メニュー

PBDE 209 はっ水剤・難燃剤の生物体内蓄積性（PFOS類，PBDE類，HBCD，リン系難燃剤）

PQS ─ 生体分子は対称形がお好き？

アミノ酸 47 タンパク質中の20種類のアミノ酸

インフルエンザ 225 鳥インフルエンザ＆新型インフルエンザ情報

界面活性剤 162 界面活性剤の種類

香り 127 香りの分子事典

甘味 129 甘味物質の秘密

抗生物質 119など抗生物質分子データ集

抗がん剤 216など話題の制がん剤・抗がん剤

高分子 180 代表的な高分子

シクロデキストリン 174 シクロデキストリン，糖タンパク質データ集

染料 144 染料の種類

ダイオキシン 206 ダイオキシン類の毒性等価係数（WHO-TEF）

糖鎖 257 糖タンパク質データ集　※別キーワード例：ヒアルロン酸

農薬 122～など農薬分子データ集，無登録農薬問題

ビタミン 74 水溶性ビタミンと脂溶性ビタミン

フラーレン 173，272 フラーレン

ヘモグロビン 92，256 ヘモグロビン

薬物 214 新規指定または指定予定の麻薬

※その他，Jmolコンテンツのリストをご参照ください。

WWW を検索 www.ecosci.jp を検索 ac.jp を検索 go.jp を検索

●正誤表（発刊後の新情報を含む）

頁・DVDデータ	誤	正
表紙カバー裏（著者紹介・川端）	現在は農学研究科応用生命科学専攻食品科学講座教授	現在は同大学院農学研究院応用生命科学部門教授
9（5行目）	株式会社ビーグル	ビーグル株式会社
224 《リタリン》	【新情報】リタリンについては，不正な手段で入手して薬物として乱用する例が急増していることから，2007年10月にうつ病をリタリンの適応症から除外することが決まりました。他の適応症であるナルコレプシー（睡眠障害）薬としての利用は継続されます。その一方，ADHD薬としては国内でもようやく承認される見通しとなりました。　※参考：ADHD薬
DVD収録分子データビタミンB₁〈チアミン〉	vit_b1.mol（書籍p.76の構造式は間違いではありません） ※ビタミンには修正データ掲載	vit_b1.mol HDにコピーして利用している場合はダウンロードして注01・注04を参考に\res\jmol\molに保存
DVD収録分子データアモキシシリン	61336-70-7.mol（書籍には記事なし） ※抗生物質分子データ集には修正データ掲載	61336-70-7.mol HDにコピーして利用している場合はダウンロードして注01・注04を参考に\res\jmol\molに保存

「生活環境化学の部屋」　｜　「おもしろ有機化学ワールド」　｜　講談社「ブルーバックス」